检索结果-内蒙古大学图书馆

生物技术通报 2023年第3期39卷 101-115页

作者：宋海娜吴心桐杨鲁豫耿喜宁张华敏宋小龙平顶山学院化学与环境工程学院河南省生态经济型木本植物种质创新与利用重点实验室平顶山467000 河南城建学院生命科学与工程学院平顶山467036 河南科技大学化工与制药学院洛阳471000

葱鳞葡萄胞菌引起的韭菜灰霉病是影响韭菜产量和品质的主要因素之一。为了筛选出感染灰霉病后韭菜叶片中稳定表达的内参基因用于基因定量表达分析,以模拟接种和接种葱鳞葡萄孢菌24、48、72 h的韭菜叶片为材料,基于前期的转录组测序结果... 详细信息

葱鳞葡萄胞菌引起的韭菜灰霉病是影响韭菜产量和品质的主要因素之一。为了筛选出感染灰霉病后韭菜叶片中稳定表达的内参基因用于基因定量表达分析,以模拟接种和接种葱鳞葡萄孢菌24、48、72 h的韭菜叶片为材料,基于前期的转录组测序结果选取UBC1、UBC2、UBQ1、UBQ2、GAPDH3、GAPDH4、TUB、EF-1α、40S RP、DDX、eIF-1A、PABP和DnaJ共13个基因为候选内参基因,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测13个基因的表达情况,采用geNorm、NormFinder、BestKeeper软件和Reffinder在线程序对候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果表明,13个候选内参基因中UBQ1的Ct值变化范围最小,表达水平最稳定。GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件筛选出的最佳内参基因不同,RefFinder综合评估显示,UBC2和UBQ1是韭菜叶片接种葱鳞葡萄孢菌后表达稳定性较好的基因,DDX是稳定性较差的基因。为了验证所筛选内参基因的可靠性,选择6个稳定性不同的候选内参基因分别作为定量分析的内部参照,对接种葱鳞葡萄孢菌后不同时间韭菜叶片中GST676和PRP902基因的表达水平进行归一化处理。结果显示,以稳定性较高的UBC2或UBQ1为内参基因时,校正的GST676和PRP902基因的表达趋势与转录组测序结果一致,而以稳定性相对较差的40S RP、eIF-1A、GAPDH4或DDX为内参基因时,校正的目的基因的表达趋势与转录组测序结果稍有差异。软件分析和实验验证结果表明,UBC2和UBQ1基因可作为葱鳞葡萄孢菌侵染韭菜叶片后相关基因定量表达分析的最合适内参基因。研究结果为后续开展韭菜抗灰霉病关键基因表达分析和功能研究奠定了基础。

关键词：韭菜葱鳞葡萄孢菌内参基因实时荧光定量PCR 表达稳定性灰霉病

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狐臭柴实时荧光定量PCR内参基因的筛选

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植物生理学报 2023年第12期59卷 2309-2319页

作者：阳娇杨宁线王艳秋吴洪丽黄海东刘淼张明生贵州大学生命科学学院山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室贵阳550025

基于狐臭柴转录组数据,本文筛选出肌动蛋白基因(ACT)、18S核糖体RNA基因(18S rRNA)、α-微管蛋白基因(TUA)、β-微管蛋白基因(TUB)、翻译延伸因子基因(EF-1)和泛素连接酶基因(UBC)等6个候选内参基因,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术... 详细信息

基于狐臭柴转录组数据,本文筛选出肌动蛋白基因(ACT)、18S核糖体RNA基因(18S rRNA)、α-微管蛋白基因(TUA)、β-微管蛋白基因(TUB)、翻译延伸因子基因(EF-1)和泛素连接酶基因(UBC)等6个候选内参基因,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测不同处理(暗培养、乙烯处理、模拟干旱处理)下、狐臭柴不同器官中各候选内参基因的表达情况,并运用Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper等软件对候选内参基因的表达稳定性进行综合分析。结果表明:在狐臭柴不同器官中,18S rRNA和ACT的表达最稳定;暗培养条件下可选择UBC、18S rRNA和EF-1作为内参基因,ACT、EF-1、UBC可作为在外源乙烯处理下的内参基因,模拟干旱处理需引入第6个基因进行矫正。此外,ACT和EF-1在所有样品中的表达稳定性均较好,可以用于荧光定量表达分析。本研究结果为狐臭柴相关基因的功能分析及其调控机理研究提供了基础。

关键词：狐臭柴内参基因表达稳定性实时荧光定量PCR

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多孢木霉HZ-31菌株胁迫下野燕麦内参基因的选择

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草地学报 2021年第8期29卷 1666-1674页

作者：朱海霞青海大学农林科学院青海西宁810016 农业部西宁作物有害生物科学观测实验站青海西宁810016 青海省农业有害生物综合治理重点实验室青海西宁810016

为构建多孢木霉(Trichoderma polysporum)HZ-31菌株胁迫下野燕麦(Avena fatua L.)基因表达的RT-qPCR技术体系,筛选稳定内参基因,本研究利用GeNorm,NormFinder,BestKeeper和RefFinder 4个程序,对接种多孢木霉HZ-31菌株的野燕麦样本中8种候选内参基因(18S,28S,TUA,UBC,ACT,GAPDH,TBP和EF-1α)进行基于SYBR Green的RT-qPCR分析。结果表明TBP,18S和UBC是木霉侵染时野燕麦中表达最稳定的内参基因,TBP和TUA,TBP和GAPDH,18S和TBP,UBC和18S为最适宜两内参基因组合,可作为多孢木霉HZ-31菌株与野燕麦互作过程中功能基因表达分析的内参基因。

关键词：野燕麦内参基因多孢木霉HZ-31菌株表达稳定性

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意大利蝗Calliptamus italicus卵巢基因表达RT-qPCR定量内参基因的筛选

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应用昆虫学报 2022年第6期59卷 1362-1371页

作者：许亚丽董彬丁国婵桑迪季荣王晗新疆师范大学生命科学学院中亚区域跨境有害生物联合控制国际研究中心新疆特殊物种保护与调控生物学实验室乌鲁木齐830054 新疆玛纳斯县蝗虫鼠害预测预报防治站玛纳斯832200

【目的】意大利蝗Calliptamus italicus是新疆草原重要害虫,研究其繁殖相关基因的生物学功能,对于害虫防控靶标筛选具有重要意义。为研究意大利蝗雌虫卵巢发育过程中功能基因的表达动态及调控功能,首先要选择适合的内参基因,以确保RT-q... 详细信息

【目的】意大利蝗Calliptamus italicus是新疆草原重要害虫,研究其繁殖相关基因的生物学功能,对于害虫防控靶标筛选具有重要意义。为研究意大利蝗雌虫卵巢发育过程中功能基因的表达动态及调控功能,首先要选择适合的内参基因,以确保RT-qPCR定量结果的准确性。【方法】选择β-actin、EF1-a、β-tubulin、α-tubulin、GAPDH、SDHA、GST、RPL32和TBP为候选内参基因,采用RT-qPCR技术检测其在意大利蝗卵巢发育过程中的表达水平,通过GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder评估其表达稳定性。以Hex2、VgR、Sox9a和Cyp6bg10为目标基因,验证候选基因在不同发育阶段卵巢组织中的表达稳定性。【结果】GeNorm、NormFinder和BestKeepe分析结果表明,β-tubulin、RPL32、GAPDH、EF1-α基因均表现出良好的稳定性。通过GeNorm判断配对变异值确定的内参基因最佳数目,结合RefFinder软件综合分析,表明意大利蝗卵巢发育过程中最优内参组合为RPL32和EF1-α。【结论】本研究获得意大利蝗卵巢发育过程中表达最稳定的内参基因组合,可用于后续的基因表达定量研究。

关键词：意大利蝗内参基因表达稳定性卵巢发育实时荧光定量PCR

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热胁迫下棉花粉蚧内参基因的筛选

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昆虫学报 2014年第10期57卷 1146-1154页

作者：陈芳陆永跃华南农业大学昆虫学系广州510642

【目的】筛选出热胁迫下棉花粉蚧Phenacoccus solenopsis的实时定量PCR最适内参基因。【方法】本研究应用实时荧光定量PCR技术测定了棉花粉蚧2龄若虫、3龄若虫和雌成虫α-tub,β-tub,rpl32,GAPDH,SDHA和TBP共6个候选内参基因在7个不同... 详细信息

【目的】筛选出热胁迫下棉花粉蚧Phenacoccus solenopsis的实时定量PCR最适内参基因。【方法】本研究应用实时荧光定量PCR技术测定了棉花粉蚧2龄若虫、3龄若虫和雌成虫α-tub,β-tub,rpl32,GAPDH,SDHA和TBP共6个候选内参基因在7个不同温度处理(恒温18℃和32℃,以及37℃,39℃,41℃,43℃和45℃热激处理1 h并在26℃恢复1 h)下mRNA表达水平的稳定性;应用ge Norm,Bestkeeper,Normfinder和Ref Finder软件分析6个基因表达的稳定性。【结果】在不同高温胁迫下2龄若虫6个候选内参基因的稳定值M由小到大依次为α-tub(0.579)稳定值M由小到大依次为α-tub(0.542)<β-tub(0.596)稳定值M由小到大依次为rpl32(0.554)<α-tub(0.635)稳定,雌成虫中rpl32最稳定。【结论】α-tub可作为棉花粉蚧2龄若虫和3龄若虫的内参基因,rpl32可作为雌成虫的内参基因。本结果为进一步开展热胁迫下棉花粉蚧热激蛋白基因的表达规律研究提供了参照。

关键词：棉花粉蚧温度热胁迫内参基因表达稳定性实时荧光定量PCR

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家兔不同发育阶段和组织中内参基因的稳定性分析

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畜牧兽医学报 2016年第3期47卷 477-483页

作者：陈瑞杨晓农曾婉秋文娟西南民族大学生命科学与技术学院成都610041

本研究旨在筛选出新西兰白兔不同时期不同器官中表达最稳定的内参基因。以胚胎期(E28.5)、幼龄期(10d)和成年期(A)3个阶段的新西兰白兔的肾、心和肝3种组织作为研究对象,按照RT-qPCR试验最低要求试验信息量(MIQE)的指导,运用RT-qPCR和... 详细信息

本研究旨在筛选出新西兰白兔不同时期不同器官中表达最稳定的内参基因。以胚胎期(E28.5)、幼龄期(10d)和成年期(A)3个阶段的新西兰白兔的肾、心和肝3种组织作为研究对象,按照RT-qPCR试验最低要求试验信息量(MIQE)的指导,运用RT-qPCR和在线内参基因稳定性评价工具RefFinder,比较6个常用的内参基因(GAPDH、HPRT1、18S rRNA、B2 M、Sdha、β-actin)mRNA的表达稳定性。结果表明,新西兰白兔的肝和肾组织中的6个内参基因在3个发育阶段最稳定的3个内参基因依次是β-actin、HPRT1、GAPDH,而在心组织中最稳定的3个内参基因依次是β-actin、HPRT1、Sdha。在新西兰白兔胚胎期的3种组织中,最稳定的3个内参基因依次是GAPDH、β-actin、HPRT1,而在幼龄期和成年期最稳定的3个内参基因依次是HPRT1、GAPDH、β-actin。对新西兰白兔的3个发育阶段和3种组织的内参基因稳定性结果分析表明,最稳定的3个内参基因依次是β-actin、HPRT1、GAPDH。本研究证实,新西兰白兔不同的发育时期和组织中,最稳定的内参基因不同。推荐在进行新西兰白兔的相关试验时,可以选择上述表达最稳定的至少3个内参基因的几何平均数作为标准化相关RT-qPCR数据的指标,以确保试验组个体间的差异最小,和小变量的准确数据分析。

关键词：内参基因表达稳定性 MIQE RefFinder

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玉米大斑病菌实时荧光定量PCR内参基因的筛选与应用

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农业生物技术学报 2023年第4期31卷 867-882页

作者：代玉立刘晓菲甘林兰成忠滕振勇杨秀娟福建省农业科学院植物保护研究所/福建省作物有害生物监测与治理重点实验室/福建省作物有害生物绿色防控工程研究中心福建省种子总站

由异宗配合的子囊菌大斑凸脐蠕孢(Exserohilum turcicum)引起的大斑病(northern leaf blight)是我国玉米(Zea mays)和高粱(Sorghum bicolor)生产的重要真菌病害。为筛选适用于玉米大斑病菌实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR; qRT-PCR)的内参基因，本研究以转录延伸因子1α(elongation factor-1α, EF-1α)、新生多肽相关复合物α多肽(nascent-polypeptide-associated complex alpha polypeptide, NACA)、60S核糖体蛋白L2(60S ribosomal protein L2, RPL2)、60S核糖体蛋白L37a(60S ribosomal protein L37a,RPL37A)、泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme, UBC)、α微管蛋白(α-tubulin, TUBA)、肌动蛋白(actin,ACT)和β微管蛋白(β-tubulin, TUBB)为候选内参基因，以玉米大斑病菌4个不同菌株、3个不同发育阶段、体内侵染4个不同时期以及苯醚甲环唑胁迫4个不同时间的样品为实验材料，通过qRT-PCR技术测定玉米大斑病菌各候选内参基因在上述不同条件下的表达量，利用geNorm(v3.5)、NormFinder(v0.953)、BestKeeper(v1.0)、Delta-CT以及RefFinder(http://***/RefFinder/)等分析方法综合评价候选内参基因的表达稳定性。同时，分别以筛选的稳定性较好和较差的内参基因，分析玉米大斑病菌羊毛甾醇14α去甲基化酶(lanosterol 14α-demethylase, CYP51)基因在苯醚甲环唑胁迫下的表达规律。结果表明，8个候选内参基因的扩增效率范围为90.3%～97.8%(r>0.99)，熔解曲线峰图均为单一峰，符合qRT-PCR的扩增效率要求。TUBA和TUBB适于做玉米大斑病菌不同菌株间基因表达分析的内参基因；RPL2和TUBA是不同发育阶段表达较稳定的内参基因；NACA和TUBA是体内侵染不同时期较理想的内参基因；ACT适于做苯醚甲环唑胁迫不同时间基因表达分析的内参基因。qRT-PCR分析表明，在苯醚甲环唑胁迫下，玉米大斑病菌CYP51基因的表达量随时间的推移显著增加，胁迫24 h时，表达量达到最大，胁迫36 h表达量显著下调(P<0.05)。以稳定性较好的ACT作为内参基因时，与未胁迫组相比，苯醚甲环唑胁迫可显著诱导玉米大斑病菌CYP51基因上调表达(P<0.05)。但是，以稳定性较差的TUBB作为内参基因时，得出了2个菌株的CYP51基因表达量相反的结果。本研究为玉米大斑病菌基因表达定量分析提供了有效的校正工具，确保基因定量分析的准确性，为进一步研究玉米大斑病菌抗药基因过表达提供了参考依据。

关键词：大斑凸脐蠕孢实时荧光定量PCR 内参基因扩增效率表达稳定性

来源：评论

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双孢蘑菇内参基因的筛选与矫正

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浙江农业学报 2019年第8期31卷 1312-1320页

作者：赵建霞沈颖越冯伟林金群力宋婷婷范丽军蔡为明浙江省农业科学院园艺研究所浙江杭州310021 浙江师范大学化学与生命科学学院浙江金华321004

根据特定试验材料与条件选择RT-qPCR分析中合适的内参基因,对于准确校正目的基因的表达至关重要。该研究采用RT-qPCR技术对8个内参基因在5个发育时期、3种不同组织器官和4个不同温度处理下的表达情况进行检测,通过ΔCt法、GeNorm和NormF... 详细信息

根据特定试验材料与条件选择RT-qPCR分析中合适的内参基因,对于准确校正目的基因的表达至关重要。该研究采用RT-qPCR技术对8个内参基因在5个发育时期、3种不同组织器官和4个不同温度处理下的表达情况进行检测,通过ΔCt法、GeNorm和NormFiner对单基因、双基因组合和三基因组合的表达差异情况进行稳定性分析。结果表明:双孢蘑菇不同发育时期、不同组织,以及不同温度处理菌丝中最佳内参基因分别为40 s+actin+Eif 5基因组合、Eif5+ubiquitin+PRL 14基因组合和EF1+ubiquitin+RPL 14基因组合。该研究结果可为双孢蘑菇发育和温度相关基因的定量表达分析提供参考。

关键词： RT-qPCR 内参基因表达稳定性双孢蘑菇

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小鼠卵巢组织定量PCR分析中内参基因的筛选

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畜牧兽医学报 2019年第2期50卷 446-453页

作者：杨显英熊显荣韩杰黄向月王艳阿果约达李键西南民族大学生命科学与技术学院成都610041 青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室成都610041

旨在选择小鼠卵巢组织中合适的内参基因,为研究卵巢发育过程中基因表达提供可靠数据。以不同年龄(0日龄、3周龄、5周龄、8周龄)小鼠卵巢组织为试验材料,Trizol法提取样本总RNA,并合成cDNA,根据已报道的小鼠(Mus musculus)各组织中相对... 详细信息

旨在选择小鼠卵巢组织中合适的内参基因,为研究卵巢发育过程中基因表达提供可靠数据。以不同年龄(0日龄、3周龄、5周龄、8周龄)小鼠卵巢组织为试验材料,Trizol法提取样本总RNA,并合成cDNA,根据已报道的小鼠(Mus musculus)各组织中相对稳定表达的8个常见内参基因(Gapdh、β-actin、β-tubulin、18S rRNA、16S rRNA、H2afz、Ubc、Rpl13a)的GenBank登录序列设计引物,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法构建卵巢cDNA等梯度(1∶10)稀释后的标准曲线;利用geNorm分析候选内参基因的表达稳定性(M);NormFinder筛选表达最稳定的内参基因;BestKeeper计算qRT-PCR结果的标准差(SD)和变异系数(CV),从而预测候选内参基因的稳定性。结果表明,8个内参基因的引物特异性较强,具有良好的线性关系;候选内参基因的表达稳定度排序:Gapdh=β-actin>18S rRNA>Ubc>16S rRNA> H2afz>Rpl13a>β-tubulin;其中Gapdh表达稳定性最好,且标准差及方差系数最小(SD:0.32,CV:1.95),H2afz标准差及方差系数最大(SD>1.0,CV:5.76)。综上表明,本研究成功获得出生后小鼠卵巢发育过程中稳定表达的内参基因(Gapdh和β-actin),可作为其基因表达研究中的最佳候选内参。

关键词：小鼠卵巢 qRT-PCR 内参基因表达稳定性

来源：评论

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优质水稻品种越光(Koshihikari)中控制稻米淀粉RVA谱特征值的QTL分析

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中国水稻科学 2010年第2期24卷 137-144页

作者：张永生江玲刘喜刘世家陈亮明翟虎渠万建民南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/江苏省植物基因工程技术研究中心江苏南京210095 中国农业科学院作物科学研究所北京100081

利用南京11×Koshihikari RIL群体在南京两年的种植结果,检测与稻米淀粉RVA谱特征值峰值黏度、最低黏度、最终黏度、崩解值、消减值、峰值时间和糊化温度相关加性和上位性效应QTL,并分析其表达稳定性。结果表明,7个稻米淀粉RVA谱特... 详细信息

利用南京11×Koshihikari RIL群体在南京两年的种植结果,检测与稻米淀粉RVA谱特征值峰值黏度、最低黏度、最终黏度、崩解值、消减值、峰值时间和糊化温度相关加性和上位性效应QTL,并分析其表达稳定性。结果表明,7个稻米淀粉RVA谱特征值在两年中均呈连续分布,且存在超亲遗传现象。共检测到8个具有加性效应的QTL与稻米6项淀粉RVA谱特征值有关,两年中能重复出现的QTL有6个,即qTPV-6、qFPV-6、qBDV-6、qSBV-6、qPKT-6和qPT-6,分别控制最低黏度、最终黏度、崩解值、消减值、峰值时间和糊化温度,两年的平均贡献率分别为46.4%、60.3%、31.1%、71.9%、38.5%和12.4%,而qSBV-8和qPT-5仅在1年中被检测到,环境稳定性差。此外,还检测到5对影响稻米淀粉RVA谱特征值的QTL具有上位性效应,互作既发生在相同染色体上也发生在不同染色体之间,但贡献率较小,且受环境的影响较小。控制稻米淀粉RVA谱特征值的稳定、主效QTL,可为Koshihikari中稻米优良蒸煮食味品质相关基因的育种利用提供基础。

关键词：稻米淀粉黏滞性谱数量性状基因座加性效应上位性表达稳定性

来源：评论

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