检索结果-内蒙古大学图书馆

中国生物防治学报 2023年第1期39卷 122-129页

作者：张思宇于苗苗王文凯范佳陈巨莲长江大学农学院荆州434000 中国农业科学院植物保护研究所/植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193

利用染料法荧光定量PCR技术开展功能基因的表达量检测时,表达稳定内参基因的选择和引物的高特异性是确保检测结果准确可靠的前提。本文针对昆虫通用的内参基因NADH(nicotinamideadenine dinucleotide dehydrogenase)和DIMT(dimethyladen... 详细信息

利用染料法荧光定量PCR技术开展功能基因的表达量检测时,表达稳定内参基因的选择和引物的高特异性是确保检测结果准确可靠的前提。本文针对昆虫通用的内参基因NADH(nicotinamideadenine dinucleotide dehydrogenase)和DIMT(dimethyladenosine transferase)在荻草谷网蚜中进行了基因克隆、序列分析、不同龄期的时间表达谱分析和基因表达稳定性评估。两个基因的GenBank登录号分别为OL770461和OL770462。NADH和DIMT基因克隆序列与基于高通量测序技术预测结果高度一致,但仍有不同。以β-actin为内参分析两个表达谱,结果显示各自表达稳定、龄期间无显著差异;稳定值由高到低为β-actin,NADH,DIMT,稳定值彼此接近、远小于阈值1.5。以上研究结果说明,通常作为内参基因的持家基因虽然保守,在物种间仍可能存在较大变异,直接引用其他物种的内参引物不可行;不但如此,一代测序技术虽然通量低但准确度极高,与之相比,二代高通量测序则错误率较高,因此引物设计使用的基因应首做克隆测序验证;最后,NADH和DIMT在荻草谷网蚜各发育阶段表达稳定,适用于蚜虫基因、特别是不同发育阶段的基因表达差异分析。

关键词：荻草谷网蚜基因克隆内参基因表达谱表达稳定性

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梨小食心虫实时荧光定量PCR内参基因的筛选

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昆虫学报 2023年第4期66卷 450-458页

作者：韩慧庞钦玮刘晓庆梁宝莲高玲玲马瑞燕郭艳琼山西农业大学植物保护学院太谷030801 CSIRO Agriculture and FoodPrivate Bag 5WembleyWA 6913Australia 文水县农业农村局文水032100

【目的】本研究旨在探明梨小食心虫Grapholita molesta在不同发育阶段、成虫不同组织以及不同浓度的3种杀虫剂处理后成虫中稳定表达的内参基因,为后续对梨小食心虫目的基因表达的研究奠定基础。【方法】基于梨小食心虫转录组数据筛选10... 详细信息

【目的】本研究旨在探明梨小食心虫Grapholita molesta在不同发育阶段、成虫不同组织以及不同浓度的3种杀虫剂处理后成虫中稳定表达的内参基因,为后续对梨小食心虫目的基因表达的研究奠定基础。【方法】基于梨小食心虫转录组数据筛选10个候选内参基因(β-actin,18S rRNA,β-tubulin,EF-1α,RPL13,RPL32,RSPL40,UBC7,α-tubulin和RPS20);通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)测定候选内参基因在梨小食心虫不同发育阶段(卵、1-5龄幼虫、蛹和成虫)、成虫不同组织(头、前肠、中肠、后肠、脂肪体、马氏管、精巢和卵巢)以及不同浓度的3种杀虫剂(阿维菌素:19.819,72.897和179.663μg/mL;吡虫啉:17.638,163.323和762.986μg/mL以及高效氯氟氰菊酯:33.791,96.123和198.282μg/mL)通过玻璃管药膜法处理后成虫中的表达量;利用geNorm,NormFinder,ΔCt,BestKeeper和RefFinder对10个候选内参基因的表达稳定性进行评价。选择梨小食心虫细胞色素P450基因CYP354A 32进行验证。【结果】结合qRT-PCR结果和软件评价结果表明,梨小食心虫不同发育阶段内参基因表达稳定性从高到低依次为β-tubulin,18S rRNA,EF-1α,RPL13,β-actin,RPS20,UBC7,RPL32,α-tubulin和RSPL40;成虫不同组织内参基因表达稳定性从高到低依次为UBC7,β-tubulin,β-actin,18S rRNA,RSPL40,EF-1α,RPS20,RPL13,RPL32和α-tubulin;不同浓度阿维菌素、吡虫啉和高效氯氟氰菊酯处理后成虫中内参基因表达稳定性从高到低依次为RPS20,RPL13,β-tubulin,β-actin,RPL32,RSPL40,EF-1α,UBC7,α-tubulin和18S rRNA。用所获得的内参基因组合对CYP354 A2表达特性进行的分析结果表明,用β-tubulin,18S rRNA和EF-1α组合作为内参基因时CYP354 A2在高龄幼虫及成虫中表达量较高,用UBC7,β-tubulin和β-actin组合作为内参基因时在成虫精巢和卵巢中有较高表达,且用RPS20,RPL13和β-tubulin组合作为内参基因时不同浓度杀虫剂处理后仅有19.819μg/mL阿维菌素处理时CYP354 A2表达量高于对照,其余浓度杀虫剂处理时CYP354 A2表达量均低于对照。【结论】梨小食心虫不同发育阶段目的基因表达的研究推荐使用β-tubulin,18S rRNA和EF-1α组合作为内参基因;梨小食心虫成虫不同组织目的基因表达的研究推荐使用UBC7,β-tubulin和β-actin组合作为内参基因;不同浓度阿维菌素、吡虫啉和高效氯氟氰菊酯处理梨小食心虫成虫后目的基因表达的研究推荐使用RPS20,RPL13和β-tubulin组合作为内参基因。

关键词：梨小食心虫内参基因基因筛选 qRT-PCR 表达稳定性

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胡子鲇qRT-PCR内参基因的筛选

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渔业科学进展 2024年第5期45卷 144-154页

作者：沈奕君朱奕安杨志华叶明慧周大颜李广丽田昌绪广东海洋大学水产学院、广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心、广东省水产动物病害防控与健康养殖重点实验室广东湛江524088 广西壮族自治区水产引育种中心广西南宁530001

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究基因表达有效的工具之一,选取合适的内参基因,是获得可靠的基因表达结果的关键。本研究以胡子鲇(Clarias fuscus)为研究对象,采用qRT-PCR技术检测了13个候选基因(actb1、actb2、ef1a、eef1b2、rpl13a、rp... 详细信息

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究基因表达有效的工具之一,选取合适的内参基因,是获得可靠的基因表达结果的关键。本研究以胡子鲇(Clarias fuscus)为研究对象,采用qRT-PCR技术检测了13个候选基因(actb1、actb2、ef1a、eef1b2、rpl13a、rpl13、ccdc124、cfl1、nm23、eif3g、rap1a、ikbkg和ywhab)在胡子鲇性腺不同发育阶段和成鱼不同组织中的基因表达情况,并利用BestKeeper、GeNorm、NormFinder和RefFinder软件分析其表达稳定性,以筛选在胡子鲇性腺发育和不同组织中稳定表达的内参基因。结果显示,13个候选内参基因的定量PCR引物均可获得特异性扩增产物。在性腺不同发育阶段,候选基因表达稳定性顺序为actb2>rpl13>actb1>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>eef1b2>ywhab>ccdc124,成鱼不同组织中稳定性顺序为actb2>rpl13>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>actb1>eef1b2>ywhab>ccdc124。随后,选择稳定性前二的actb2和rpl13作为候选内参基因,分析zp3、atp2b3、slc13a5和parp8基因在胡子鲇雌、雄性腺中的相对表达量,结果进一步证实,以actb2为内参时,其雌雄性状差异基因表达水平更接近于转录组结果。综合分析表明,actb2基因可作为内参基因用于今后胡子鲇性腺不同发育时期和不同组织间功能基因表达特征的研究。

关键词：胡子鲇 qRT-PCR 内参基因表达稳定性

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大灰象甲实时定量PCR内参基因的筛选

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昆虫学报 2018年第11期61卷 1284-1294页

作者：李晓李建文成波李伟孙文秀高华援鞠倩姜晓静杜龙曲春娟曲明静山东省花生研究所山东青岛266100 长江大学生命科学学院湖北荆州434025 吉林省农业科学院花生研究所吉林公主岭136100

【目的】筛选出适合分析大灰象甲Sympiezomias velatus成虫不同组织中基因表达水平的内参基因。【方法】利用转录组测序技术获得大灰象甲管家基因序列作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析候选基因在大灰象甲雌雄成... 详细信息

【目的】筛选出适合分析大灰象甲Sympiezomias velatus成虫不同组织中基因表达水平的内参基因。【方法】利用转录组测序技术获得大灰象甲管家基因序列作为候选内参基因,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析候选基因在大灰象甲雌雄成虫触角、头、胸、腹和足中的表达量;并利用geNorm, NormFinder和BestKeeper软件及在线工具RefFinder评价候选基因的表达稳定性。以大灰象甲气味结合蛋白1(odorant bindng protein 1, OBP1)基因为目标基因验证候选基因在大灰象甲成虫不同组织中的表达稳定性。【结果】基于大灰象甲转录组数据首次鉴定得到β-肌动蛋白基因(ACT)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、18S核糖体RNA基因(18S rRNA)、60S核糖体蛋白L12基因(RPL12)、60S核糖体蛋白L32基因(RPL32)、40S核糖体蛋白S20基因(RPS20)、延伸因子2基因(EF2)、α-微管蛋白基因(TUA)和β-微管蛋白基因(TUB)共9个管家基因序列。geNorm分析结果显示,RPL12和RPS20是最稳定表达的内参基因,而BestKeeper和NormFinder分析结果显示最稳定表达的内参基因分别是TUA和TUB。综合各分析方法得出9个候选基因中TUB,TUA,RPS20和RPL12是最稳定表达的内参基因,而18S rRNA,ACT和GAPDH这3个广泛应用的内参基因则表现出最低的表达稳定性。最后以OBP1为目标基因对稳定性不同的4个候选基因进行稳定性验证,发现以TUB和RPL12为内参基因,OBP1在成虫不同组织之间的表达模式基本一致;而以RPL32为内参基因,表达模式与应用TUB作为内参基因时稍有不同,使用18S rRNA作为内参基因得到的OBP1表达模式则与应用TUB作为内参基因时的完全不一致。【结论】TUB,TUA,RPS20和RPL12可以作为分析大灰象甲成虫不同组织中基因表达水平的内参基因,为后续基因表达研究奠定了基础。

关键词：大灰象甲实时定量PCR 内参基因基因表达分析表达稳定性

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茉莉花实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证

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华北农学报 2020年第6期35卷 22-30页

作者：齐香玉陈双双冯景王华娣邓衍明江苏省农业科学院休闲农业研究所江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室江苏南京210014 江苏大学生命科学学院江苏镇江212013

为筛选适合茉莉花的内参基因,以5种组织(根、茎、嫩叶、成熟叶、花)和4个发育阶段的花(幼蕾期、膨大花蕾期、最长花蕾期和初绽期)为试验材料,选择较常见的8个候选内参基因进行引物特异性分析,结果显示,8个内参基因均扩增出单一条带,溶... 详细信息

为筛选适合茉莉花的内参基因,以5种组织(根、茎、嫩叶、成熟叶、花)和4个发育阶段的花(幼蕾期、膨大花蕾期、最长花蕾期和初绽期)为试验材料,选择较常见的8个候选内参基因进行引物特异性分析,结果显示,8个内参基因均扩增出单一条带,溶解曲线均只有明显的单一峰。采用qRT-PCR技术分析8个内参基因在不同样品中的表达量,结果显示,内参基因在不同样品中的表达量存在差异,各基因在花中的表达量均显著低于其他样品。利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件对基因的表达稳定性进行评价,并通过RefFinder对表达稳定性进行综合分析,结果表明,适用于不同组织(有花组)的最优内参基因为SAND和UPL7;适用于不同组织(无花组)的最优内参基因为UPL7和GAPDH;而适宜不同发育阶段花的最优内参基因为Actin和EF1α。进一步利用JsDXS和JsPAL2对筛选的内参基因进行验证,结果显示,以稳定性好的Actin、EF1α及Actin+EF1α组合为参照时,JsDXS和JsPAL2在花发育不同阶段的表达水平的变化趋势基本一致,而用最不稳定的PP2A为参照时,花发育不同阶段的表达水平的变化趋势不一致。总之,本研究对茉莉花内参基因进行了筛选,不同组织(有花组)的最优内参基因为SAND和UPL7;不同组织(无花组)的最优内参基因为UPL7和GAPDH;花发育不同阶段的最优内参基因为Actin和EF1α。

关键词：茉莉花 qRT-PCR 内参基因表达稳定性

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柑橘大实蝇内参基因的评估

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昆虫学报 2014年第12期57卷 1375-1380页

作者：王佳赵静刘映红西南大学植物保护学院昆虫研究所重庆400716

【目的】柑橘大实蝇Bactrocera minax（Enderlein）是一种危害严重的柑橘害虫。本研究旨在筛选柑橘大实蝇在特定条件下体内稳定表达的内参基因,以确保使用实时荧光定量PCR分析目标基因表达的可靠性。【方法】选择10种候选内参基因用于... 详细信息

【目的】柑橘大实蝇Bactrocera minax（Enderlein）是一种危害严重的柑橘害虫。本研究旨在筛选柑橘大实蝇在特定条件下体内稳定表达的内参基因,以确保使用实时荧光定量PCR分析目标基因表达的可靠性。【方法】选择10种候选内参基因用于进行实时荧光定量PCR（qRT-PCR）,利用5种软件对柑橘大实蝇在不同虫态下（低龄幼虫、3龄幼虫、1日龄蛹、80日龄蛹、160日龄蛹、雄成虫、雌成虫）以及成虫不同部位（成虫头、胸、腹、整体）中候选内参基因的Ct值进行分析,明确其表达的稳定性。【结果】在柑橘大实蝇不同虫态和成虫不同部位,10种候选内参基因的Ct值都处于15~30之间,各基因Ct值的不同表明各基因的表达量存在差异。综合分析各种软件对内参基因稳定性的排名,结合ge Norm软件对最佳内参基因数量的分析结果,推荐在不同虫态下采用UBQ,GAPDH和GST作为内参基因,在不同成虫部位中采用TUB,GAPDH和GST作为内参基因。【结论】为了获取可信的目标基因表达分析结果,建议根据不同条件选择使用不同的内参基因组合。本研究结果有利于进一步研究柑橘大实蝇在特定条件下的目标基因表达。

关键词：柑橘大实蝇内参基因表达稳定性基因表达分析实时荧光定量PCR

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基于基因组和转录组数据的胡椒内参基因鉴定

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热带作物学报 2020年第10期41卷 2120-2129页

作者：胡丽松吴思婷段兴帅岑怡苏岳峰范睿伍宝朵郝朝运中国热带农业科学院香料饮料研究所海南万宁571533 农业农村部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室海南万宁571533 海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室海南万宁571533 云南农业大学热带作物学院云南普洱665099

为系统筛选适合胡椒基因表达模式分析的内参基因,本研究基于胡椒全基因组和转录组数据,初步筛选出62个候选基因。以胡椒主根、芽尖、叶片、花穗、不同发育时期果实以及接种辣椒疫霉菌的主蔓为材料,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper... 详细信息

为系统筛选适合胡椒基因表达模式分析的内参基因,本研究基于胡椒全基因组和转录组数据,初步筛选出62个候选基因。以胡椒主根、芽尖、叶片、花穗、不同发育时期果实以及接种辣椒疫霉菌的主蔓为材料,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件系统分析候选基因在不同组织中的表达稳定性,结合目标基因的表达模式验证,鉴定稳定表达最优的内参基因为Myeloid leukemia factor 1(Pn17.1212)。结果表明:该基因是分析胡椒果实发育、辣椒疫霉菌响应相关基因表达模式的理想内参。内参基因的选择不应仅限于持家基因,全基因组和转录组信息可提供更加全面的参考基因数据,内参基因的准确鉴定需综合转录组信息、基因表达稳定性、标记基因的表达模式验证等数据分析的结果,获得的理想内参基因可满足不同研究对表达稳定性的要求。

关键词：胡椒内参基因表达稳定性

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麦长管蚜miRNA实时荧光定量PCR内参基因的筛选

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昆虫学报 2021年第4期64卷 439-448页

作者：杨超霞闫艺张方梅朱勋张云慧李祥瑞中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193 信阳农林学院河南信阳464000

【目的】筛选特定条件下麦长管蚜Sitobion avenae稳定表达的微小RNA(miRNA)表达分析内参基因。【方法】根据麦长管蚜miRNA Illumina测序结果筛选出miR-10-3p,miR-993,miR-276,miR-275,miR-252a,miR-1,miR-375,pc-15,pc-73和1个常用内参基因U 6共10个候选内参基因。利用qRT-PCR测定10个候选内参基因在麦长管蚜有翅蚜和无翅蚜不同发育时期、不同组织以及4种化学药剂(95.1%吡虫啉原药、97.8%噻虫啉原药、95%阿维菌素原药和40%氧乐果乳油)处理无翅蚜中的相对表达量。利用GeNorm,NormFinder,ΔCt法,BestKeeper和RefFinder对10个候选内参基因的表达稳定性进行评价。【结果】qRT-PCR结果表明,在麦长管蚜有翅蚜不同发育阶段、无翅蚜不同发育阶段、有翅蚜和无翅蚜不同组织中和4种药剂处理的无翅蚜中表达量较高的内参基因分别是miR-276,miR-276,miR-10-3p和miR-10-3p;5种方法综合分析得出,在上述4种条件下表达稳定性都较好的内参基因分别是miR-252a,miR-993,miR-275和miR-993。GeNorm软件分析表明不同条件下麦长管蚜内参基因的较佳数目为2,结合RefFinder稳定性综合排序的结果分析可知在有翅蚜不同发育阶段、无翅蚜不同发育阶段、有翅蚜和无翅蚜不同组织中和不同药剂处理无翅蚜中稳定表达的内参基因组合分别是miR-252a和miR-276,miR-993和miR-276,miR-275和miR-10-3p,miR-993和miR-10-3p。【结论】麦长管蚜有翅蚜不同发育阶段、无翅蚜不同发育阶段、有翅蚜和无翅蚜不同组织中和不同药剂处理无翅蚜中内参基因优化组合分别为miR-252a和miR-276,miR-993和miR-276,miR-275和miR-10-3p,miR-993和miR-10-3p。研究结果为麦长管蚜miRNA基因定量表达的研究提供了内参基因选择的依据。

关键词：麦长管蚜内参基因 miRNA 表达稳定性 qRT-PCR

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桃蛀螟实时荧光定量PCR内参基因的筛选

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昆虫学报 2017年第11期60卷 1266-1277页

作者：杨苓胡晓静徐志峰何林肖伟西南大学植物保护学院重庆400716

【目的】筛选特定条件下桃蛀螟Conogethes punctiferails稳定表达的内参基因,为桃蛀螟基因定量研究奠定基础。【方法】参考文献报道,并根据桃蛀螟转录组测序结果筛选出β-肌动蛋白基因ACT、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因GAPDH、核糖体蛋白49... 详细信息

【目的】筛选特定条件下桃蛀螟Conogethes punctiferails稳定表达的内参基因,为桃蛀螟基因定量研究奠定基础。【方法】参考文献报道,并根据桃蛀螟转录组测序结果筛选出β-肌动蛋白基因ACT、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因GAPDH、核糖体蛋白49基因RP49、α-微管蛋白基因α-tub、核糖体蛋白L13基因RPL13和液泡型ATP合酶基因V-ATPase等6个候选基因。再利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术测定6个候选基因在桃蛀螟不同发育时期和成虫不同组织中的表达量;然后通过ΔCt法,Ge Norm,Norm Finder,Best Keeper和Ref Finder 5个软件对6个候选基因的稳定性进行评估;最后以桃蛀螟嗅觉受体基因(olfactory receptor co-receptor,Orco)和性信息素结合蛋白基因(pheromone binding protein1,PBP1)为目的基因,验证6个候选基因分别在桃蛀螟不同发育时期和成虫不同组织中的的稳定性。【结果】ΔCt法,Ge Norm,Norm Finder和Best Keeper分析结果表明,4个软件对6个候选基因稳定性的排序相似,在桃蛀螟不同发育时期和成虫不同组织中稳定性较高的3个基因为RP49,RPL13和GAPDH;同时4个软件均判定ACT的稳定性最低。进一步利用Ref Finder进行综合分析,结果显示,在桃蛀螟成虫不同组织中,最稳定的基因为RPL13,其次为RP49;而在不同发育时期,最稳定的基因为RP49,其次为GAPDH。另外经Ge Norm软件计算得出,在桃蛀螟不同发育时期和成虫不同组织中桃蛀螟内参基因的最佳数目为2。最后,以嗅觉受体基因Orco和PBP1为目的基因,对筛选出的候选基因的稳定性进行验证,发现当使用RPL13和RP49以及RP49和GAPDH作为内参基因时,Orco及PBP1的表达量规律一致,并与桃蛀螟生活习性及前人研究结果一致;而使用ACT作为内参基因计算得到的Orco和PBP1表达量则不规律。【结论】在不同发育时期桃蛀螟基因定量研究中建议以RP49和GAPDH作为内参基因,而在桃蛀螟成虫不同组织中基因定量研究中建议以RPL13和RP49作为内参基因。

关键词：桃蛀螟内参基因基因筛选表达稳定性实时荧光定量PCR

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重组人组织型纤溶酶原激活剂缺失变体基因的克隆及工程菌的构建与鉴定

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南京大学学报（自然科学版） 2004年第1期40卷 1-6页

作者：陈于红朱镇华刘蓓钫张菁傅一工王石泉张巍杨庆刘建宁南京大学分子医学研究所南京210093

　利用RT PCR技术,从人脐带静脉上皮细胞中克隆人组织型纤溶酶原激活剂基因,将其接入TA克隆载体PCR2.1中,经DNA序列测定后,以该重组质粒DNA为模板,用PCR方法获得了人组织型纤溶酶原激活剂缺失变体(K2tPA)基因,将其转入pET29a,构建了重... 详细信息

　利用RT PCR技术,从人脐带静脉上皮细胞中克隆人组织型纤溶酶原激活剂基因,将其接入TA克隆载体PCR2.1中,经DNA序列测定后,以该重组质粒DNA为模板,用PCR方法获得了人组织型纤溶酶原激活剂缺失变体(K2tPA)基因,将其转入pET29a,构建了重组表达质粒pET29a/K2tPA,并转化至大肠杆菌BL21(DE3)中,构成工程菌.经IPTG诱导表达,在40kDa处有一明显表达条带,表达量为约占菌体总蛋白的20%.该菌种在贮存与复苏及传代过程中具有良好的质粒稳定性和表达稳定性.

关键词：组织型人纤溶酶原激活剂变体基因工程菌质粒稳定性表达稳定性克隆

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