检索结果-内蒙古大学图书馆

解剖学报 2019年第3期50卷 324-328页

作者：孙大永郭亚妮张翔宇王天真左彦珍承德市中心医院放化疗中心承德医学院临床医学系承德医学院药理学教研室河北承德067000

目的建立非小细胞肺癌(NSCLC)A549放疗抵抗模型,表达谱芯片技术筛查放疗抵抗差异基因。方法 A549细胞系长期间歇照射诱导建立的放疗抵抗细胞模型;表达谱基因芯片筛查放疗抵抗细胞株与敏感株全基因组RNA表达差异;分析2倍以上差异的基因(P... 详细信息

目的建立非小细胞肺癌(NSCLC)A549放疗抵抗模型,表达谱芯片技术筛查放疗抵抗差异基因。方法 A549细胞系长期间歇照射诱导建立的放疗抵抗细胞模型;表达谱基因芯片筛查放疗抵抗细胞株与敏感株全基因组RNA表达差异;分析2倍以上差异的基因(P<0.05),分别进行生物学信息基因分类(GO)和信息通路(Pathway)分析。结果表达谱芯片显示,抵抗株与敏感株相比,差异表达基因为1410个(733个上调,677个下调);GO分析显示,主要与细胞周期、DNA修复有关;通路显著性富集分析显示,丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)等多条信号通路激酶出现显著性差异。结论多种基因和信号通路参与了放疗抵抗过程。

关键词：非小细胞肺癌放疗抵抗集落形成表达谱芯片基因分类分析通路分析人

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表达谱芯片对灰绿藜和水稻NHX1基因在转基因拟南芥中表达差异的研究

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新疆农业科学 2010年第1期47卷 1-6,F0003页

作者：郭继娜张富春新疆大学生命科学与技术学院/新疆生物资源基因工程重点实验室乌鲁木齐830046

【目的】基因芯片作为高通量、高效率的DNA分析技术,已被广泛地用于植物抗逆性功能基因的分析之中。为探讨盐生植物和甜土植物NHX1基因调控盐应答过程和亲水性C端的功能研究提供借鉴,进一步揭示盐生植物和甜土植物耐盐机制的差异,为植... 详细信息

【目的】基因芯片作为高通量、高效率的DNA分析技术,已被广泛地用于植物抗逆性功能基因的分析之中。为探讨盐生植物和甜土植物NHX1基因调控盐应答过程和亲水性C端的功能研究提供借鉴,进一步揭示盐生植物和甜土植物耐盐机制的差异,为植物耐盐机理的实际应用提供依据。【方法】利用Affymetrix拟南芥表达谱芯片对过表达盐生植物灰绿藜和甜土植物水稻NHX1基因及缺失部分C端基因的转基因拟南芥进行基因表达差异的分析。【结果】在盐胁迫的转基因拟南芥组织中,筛选出在四组转基因型拟南芥中共同差异表达的基因有394条,占筛选基因总数的1.64%,其中上调表达的基因有177条,下调表达的基因有217条。将这些差异基因初步分为12类,包括非生物性与生物性刺激的应答过程、胁迫应答过程、电子转移和能量途径、信号转导和转录等功能类别。【结论】表明植物耐盐过程是一个多基因参与的复杂的变化过程,涉及到许多相关基因的变化。联系两两比较散点图和聚类分析结果从理论上说明,转基因拟南芥cgNHX1,cgNHX1dc,osNHX1和osNHX1dc耐盐性有依次减弱的趋势。

关键词：表达谱芯片灰绿藜水稻 NHX1 植物耐盐

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基于表达谱芯片挖掘鸡骨骼肌不同类型肌纤维的差异表达基因

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中国农业科学 2017年第14期50卷 2826-2836页

作者：束婧婷姬改革单艳菊章明肖芹屠云洁盛中伟张笛邹剑敏江苏省家禽科学研究所江苏省家禽遗传育种重点实验室

【目的】肌纤维类型的差异是直接影响肌肉生长发育和肉品质的重要因素,红肌纤维比例高的肌肉肉品质要显著优于白肌纤维比例高的肌肉,然而,目前对于鸡骨骼肌纤维类型形成及转换的分子调控机制尚不明确。本究以中国优良的地方品种清远麻... 详细信息

【目的】肌纤维类型的差异是直接影响肌肉生长发育和肉品质的重要因素,红肌纤维比例高的肌肉肉品质要显著优于白肌纤维比例高的肌肉,然而,目前对于鸡骨骼肌纤维类型形成及转换的分子调控机制尚不明确。本究以中国优良的地方品种清远麻鸡为研究对象,首次对其骨骼肌中不同类型肌肉的转录组差异进行了研究,以期挖掘在鸡肌纤维生成和类型转换中发挥调控作用的关键因子。【方法】采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对清远麻鸡骨骼肌表型差异较大的比目鱼肌和趾长伸肌中与肌纤维类型组成和转换相关的候选基因进行系统筛查,采用荧光定量PCR对芯片筛选出的差异表达基因进行验证,采用慢病毒质粒包装系统构建特异靶向鸡PPARGC1A基因的RNA干扰慢病毒载体进行基因功能研究。【结果】芯片结果共发现差异倍数在2倍及以上的基因1 224个(P<0.05,FC≥2),以趾长伸肌作为参照,比目鱼肌中上调基因为654个,下调基因为570个,尽管芯片和荧光定量PCR两种方法得出的差异倍数并不完全一致,但所选基因的表达趋势是一致的,表明芯片结果是可靠的。对差异表达基因进行GO(GO ontology)功能分类,共发现了74个显著性GO,主要分为生物学过程、分子功能和细胞组分等3大类。基于KEGG Pathway分析发现,一些已知的与肌纤维类型转换、肌肉发育以及脂质代谢相关的信号通路在两种类型的肌肉中被显著富集。综合差异基因的GO、KEGG Pathway和共表达网络分析,推测PRKAG3,ATP2A2以及PPARGC1A可能是与肌纤维类型性状紧密关联的关键基因。进一步对PPARGC1A基因进行功能研究发现,PPARGC1A基因的敲低,引起了PPP3CA,MEF2C以及SM等慢肌纤维标志基因以及与肌纤维发育与转换相关基因表达水平的显著降低,而快肌纤维标志基因FWM的表达水平则显著上升。【结论】揭示了鸡红肌和白肌两种不同类型肌肉间的转录组差异,证明了PPARGC1A基因能够与钙离子信号通路相关基因协同从而在鸡肌纤维类型组成和转换中发挥着重要作用,从而为中国地方鸡肉品质性状的遗传改良提供一定的理论依据。

关键词：表达谱芯片转录组差异肌纤维类型 PPARGC1A 鸡

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乙型肝炎病毒E抗原肝细胞作用蛋白AK026018表达谱芯片的研究

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中华实验和临床病毒学杂志 2006年第2期20卷 46-48页

作者：李伯安侯俊何卫平戚扬迟舒萍赵军程云解放军第三二医院临检中心北京100039

目的应用基因芯片技术,筛选能被乙型肝炎病毒E抗原(HBeAg)肝细胞作用蛋白AK026018反式调节的靶基因,初步研究该蛋白的生物学功能。方法应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从HepG2细胞中扩增编码AK026018蛋白的全基因,构建真核表达载体... 详细信息

目的应用基因芯片技术,筛选能被乙型肝炎病毒E抗原(HBeAg)肝细胞作用蛋白AK026018反式调节的靶基因,初步研究该蛋白的生物学功能。方法应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从HepG2细胞中扩增编码AK026018蛋白的全基因,构建真核表达载体,转染肝母细胞瘤系HepG2,提取总mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA3·1的HepG2细胞进行DNA芯片分析并比较。结果经限制性内切酶分析和DNA序列测定鉴定构建的重组表达载体正确。在8464个基因表达谱的筛选中,发现有122个基因有差异表达,其中78种基因表达水平显著下调,45种基因表达水平显著上调。结论成功地应用DNA芯片技术筛选出HBeAg结合蛋白新基因AK026018的反式调节蛋白,证明该基因对于肝细胞基因表达谱有显著影响。

关键词：肝炎病毒,乙型肝炎e抗原,乙型 AK026018基因表达谱芯片

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基于表达谱芯片挖掘清远麻鸡和科宝肉鸡比目鱼肌差异表达基因

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畜牧兽医学报 2016年第1期47卷 25-33页

作者：束婧婷章明宋迟单艳菊徐文娟宋卫涛李慧芳江苏省家禽科学研究所扬州225125

对生长速度长期的高压选择导致了快大型肉鸡与优质型地方鸡显著的表型差异,本研究旨在研究这种表型差异的分子遗传机理。采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对达到性成熟的优质型清远麻鸡(112d)和快大型科宝肉鸡(42d)比目鱼肌中与肌纤维... 详细信息

对生长速度长期的高压选择导致了快大型肉鸡与优质型地方鸡显著的表型差异,本研究旨在研究这种表型差异的分子遗传机理。采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对达到性成熟的优质型清远麻鸡(112d)和快大型科宝肉鸡(42d)比目鱼肌中与肌纤维发育和类型组成相关的候选基因及信号通路进行系统筛查。结果,芯片分析共筛选到差异倍数在2倍及以上的基因1 318个,以科宝肉鸡作为参照,清远麻鸡中上调基因501个,下调基因817个,主要涉及到肌肉发育、能量代谢、脂质代谢等生物学过程。基于KEGG Pathway分析发现,差异基因除了参与肌纤维发育和分化相关信号通路(如Hedgehog信号通路和Ca2+信号通路)外,Wnt信号通路,mTOR信号通路,MAPK信号通路,ErbB信号通路、JAK-STAT信号通路等一些跟能量代谢相关的信号通路也被富集为显著的信号通路。与能量代谢相关的信号通路和与肌肉发育相关的信号通路相互作用形成一个调控网络从而影响肌纤维的发育,筛选出了20个在肌纤维生长发育及分化过程中可能具有重要影响的候选基因,但这些差异表达基因在肌纤维的发育和分化过程中的作用尚待深入研究。

关键词：肌纤维性状表达谱芯片差异表达基因清远麻鸡科宝肉鸡

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基于表达谱芯片筛选鸡不同部位皮肤组织差异表达基因

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畜牧兽医学报 2018年第1期49卷 36-45页

作者：姬改革束婧婷单艳菊章明屠云洁刘一帆巨晓军邹剑敏江苏省家禽科学研究所江苏省家禽遗传育种重点实验室扬州225125

旨在筛选鸡不同部位(背部和腿部)皮肤组织中的差异表达基因,探讨二者皮肤毛囊出现表型差异的分子机制。以处于上市日龄的(63日龄)商品代肉鸡为素材,利用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对皮肤厚度、毛囊密度和直径出现显著差异的背部和腿... 详细信息

旨在筛选鸡不同部位(背部和腿部)皮肤组织中的差异表达基因,探讨二者皮肤毛囊出现表型差异的分子机制。以处于上市日龄的(63日龄)商品代肉鸡为素材,利用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对皮肤厚度、毛囊密度和直径出现显著差异的背部和腿部皮肤组织mRNA表达水平进行检测,对与皮肤毛囊发生发育相关的候选基因及信号通路进行系统筛查,并运用实时荧光定量PCR技术对部分差异表达基因进行验证。结果显示,芯片分析共筛选到差异表达基因676个(|FC|≥2,P<0.05),以腿部皮肤为参照,背部皮肤组织中上调基因223个,下调基因453个。荧光定量PCR验证部分差异表达基因的表达趋势与芯片结果基本一致。GO分析表明,差异表达基因参与细胞增殖和凋亡调控、Wnt信号通路、神经元分化、细胞间黏附调节、细胞命运的确定等生物学过程。KEGG信号通路分析发现,除了部分已知的与皮肤毛囊生长发育相关的信号通路(Wnt和Hedgehog信号通路),ECM受体相互作用、黏着、细胞黏附分子、黏合连接等信号通路也被富集。蛋白互作网络分析表明,这些差异表达基因相互作用形成一个调控网络,可能通过影响皮肤毛囊的生长发育和周期变化来影响皮肤毛囊的性状,推测ECM受体相互作用、黏着、运输等调控通路及DKK1、WNT3A、SHH、FGF1、IGF1等基因可能是参与鸡不同部位皮肤毛囊性状出现差异的重要调控通路和候选基因。

关键词：鸡不同部位皮肤毛囊表达谱芯片

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利用表达谱芯片分析水稻籼粳交杂种优势的分子基础

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南京农业大学学报 2015年第6期38卷 883-889页

作者：牛付安曹黎明储黄伟程灿周继华罗小金顾永平袁勤罗忠永上海市农业科学院作物育种栽培研究所上海201106 复旦大学生命科学学院上海200433 上海市崇明县良种繁育推广中心上海202150 上海农科种子种苗有限公司上海201106

[目的]本文旨在研究水稻籼粳交杂种优势的分子基础。[方法]利用Affymetrix水稻表达谱芯片分析了强优势水稻籼粳交组合‘申9A/繁31’与母本‘申9A’和父本‘繁31’在幼穗分化初期剑叶组织的基因表达差异,并对差异表达基因进行了基于生物... 详细信息

[目的]本文旨在研究水稻籼粳交杂种优势的分子基础。[方法]利用Affymetrix水稻表达谱芯片分析了强优势水稻籼粳交组合‘申9A/繁31’与母本‘申9A’和父本‘繁31’在幼穗分化初期剑叶组织的基因表达差异,并对差异表达基因进行了基于生物学过程的GO(gene ontology)功能分类和代谢通路分析。[结果]幼穗分化初期杂种与双亲的表型已经产生了明显差异;共有2 258个基因在杂种与亲本之间差异表达(差异倍数≥2或≤0.5),杂种与双亲均显示差异表达的基因有327个,杂种与父本之间的差异表达基因远多于母本。杂种差异表达基因具有多种表达模式,具有正效应基因的增强表达和具有负效应基因的抑制表达对杂种优势均有贡献。差异表达基因主要参与了磷代谢、运输、防卫反应以及碳水化合物代谢等生物学过程,并在碳固定、氨基酸代谢、糖酵解/糖原异生以及磷酸肌醇代谢等多个代谢通路富集。[结论]水稻籼粳交杂种优势存在复杂的分子基础,多种分子机制参与了杂种优势的形成,光合效率和光合产物运输分配效率的提高可能是杂种优势产生的主要原因。

关键词：水稻表达谱芯片杂种优势分子基础

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基于时序表达谱芯片挖掘鸡脂肪酸代谢关键调控基因

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畜牧兽医学报 2013年第12期44卷 1882-1890页

作者：王洪志常国斌马腾翟飞夏明秀刘璐陈静徐璐陈国宏扬州大学动物科学与技术学院扬州225009

不同脂肪酸的代谢产物决定了鸡肉风味的差异,找出影响鸡肌肉组织中脂肪酸代谢的关键调控基因对提高肉品质以及对优质肉鸡新品系选育具有重要意义。本研究对KEGG和Wikipathway数据库中脂肪酸代谢网络进行整合分析,挖掘鸡脂肪酸代谢的关... 详细信息

不同脂肪酸的代谢产物决定了鸡肉风味的差异,找出影响鸡肌肉组织中脂肪酸代谢的关键调控基因对提高肉品质以及对优质肉鸡新品系选育具有重要意义。本研究对KEGG和Wikipathway数据库中脂肪酸代谢网络进行整合分析,挖掘鸡脂肪酸代谢的关键基因,通过Gene Spring筛选出不同周龄的肌肉组织中表达谱芯片与关键基因共表达的差异基因(Pearson相关系数≥0.9),然后导入Cytoscape进行共表达网络分析,最后进行跨物种检索关键调控基因功能,得到鸡肌肉组织中脂肪酸代谢的节点基因和相关通路。结果表明,Ep300、Traf2和Pak1等基因是影响鸡肌肉中脂肪酸代谢的节点基因,MAPK通路、ErbB通路和Herpes simplex infection通路可能是肌肉中脂肪酸代谢调控的关键通路,该结果为研究家禽肌肉中脂肪酸代谢的分子机制和进一步筛选优质肉质基因提供了基础资料。

关键词：脂肪酸表达谱芯片节点基因调控通路

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基于表达谱芯片探究冷冻对鸡精子基因表达的影响

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农业生物技术学报 2021年第8期29卷 1557-1565页

作者：苏运泽邢凯齐晓龙郭勇倪和民盛熙晖陈余王梁王相国肖龙菲北京农学院动物科学技术学院北京市畜牧总站

禽类精子低温保存在人工授精、育种选择和疾病预防等领域具有巨大的应用潜力。尽管冷冻保存条件在许多方面都得到了优化,但精子的受精能力在冷冻后与鲜精相比仍然有所下降。本研究旨在探讨鸡(Gallus)新鲜精液和解冻后精液(冻精)中精子... 详细信息

禽类精子低温保存在人工授精、育种选择和疾病预防等领域具有巨大的应用潜力。尽管冷冻保存条件在许多方面都得到了优化,但精子的受精能力在冷冻后与鲜精相比仍然有所下降。本研究旨在探讨鸡(Gallus)新鲜精液和解冻后精液(冻精)中精子的基因表达差异,采用Affymetrix鸡全基因组表达谱芯片检测鸡鲜精和冻精中精子的基因表达水平,筛选与鸡精液冷冻损伤相关的信号通路和候选基因,并用qRT-PCR技术验证部分差异表达基因。结果表明,两组共有687个显著差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)(|Log2(FC)|>1; q-value<0.05),其中鲜精组有615个基因显著上调,72个基因显著下调。基因本体(Gene Ontology, GO)分析显示,在所有显著差异表达的基因中,有196个DEGs涉及丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)信号通路、ATP的激活和细胞周期循环等生物学过程。KEGG信号通路分析发现,DEGs在物质和能量的新陈代谢、细胞信号传导、细胞增值与凋亡等途径上显著富集(P<0.01)。挑选冷诱导RNA结合蛋白(cold-inducible RNA-binding protein, CIRBP)、90 kD热休克蛋白(90 kD heat shock protein, HSP90)、HSP70和Ras同源家族成员A (Ras homolog family member A, RHOA) 4个DEGs利用qRT-PCR对芯片结果进行验证,二者结果相吻合。由此可见,MAPK通路和细胞周期调控等通路及CIRBP、HSP90、HSP70和RHOA等基因可能是导致精液冷冻前后精子活率出现显著差异的重要调控通路和候选基因。该研究将为了解鸡精子冷冻损伤的潜在分子机制以及如何提高冻精的受精能力提供了理论参考。

关键词：鸡新鲜精子冻融精子表达谱芯片

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全基因组表达谱芯片筛选胰腺癌凋亡相关基因

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中华消化杂志 2009年第9期29卷 561-562页

作者：江华沈晓莹胡晔东徐文钟岚宋振云张小燕熊伍军刘菲郜恒骏同济大学附属东方医院消化科上海200120 生物芯片上海国家工程中心

尽管近年来有关胰腺癌分子发病机制的研究已经取得了很大的进展，但目前早期诊断依然很困难，仍缺乏有效的诊治手段。广泛、深入研究胰腺癌发病的分子机制，寻求早期诊断特异性标志物以及特异性治疗靶点等是有效防治胰腺癌、改善其预后... 详细信息

尽管近年来有关胰腺癌分子发病机制的研究已经取得了很大的进展，但目前早期诊断依然很困难，仍缺乏有效的诊治手段。广泛、深入研究胰腺癌发病的分子机制，寻求早期诊断特异性标志物以及特异性治疗靶点等是有效防治胰腺癌、改善其预后的关键。众多研究表明细胞凋亡与胰腺癌发病关系密切^[1,2]。进一步广泛、深入地寻找胰腺癌细胞的凋亡相关基因，

关键词：胰腺癌细胞凋亡相关基因表达谱芯片全基因组分子发病机制特异性标志物筛选早期诊断

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