检索结果-内蒙古大学图书馆

电脑知识与技术 2021年第18期17卷 51-54页

作者：田爱景王夏周彩红湖北大学计算机与信息工程学院湖北武汉430062 武汉市华光信息科学研究院湖北武汉430040 武汉市汉阳区社会福利院湖北武汉430050

泛计算主义者提出了一个认识世界和宇宙的新观点:宇宙是一个巨大的计算系统;这个计算系统是分层次的,从基本粒子层次、到分子层次、再到生物系统层次、然后到社会组织层次,整个宇宙就展现为一个具有不同层级的信息结构的及其计算过程的... 详细信息

泛计算主义者提出了一个认识世界和宇宙的新观点:宇宙是一个巨大的计算系统;这个计算系统是分层次的,从基本粒子层次、到分子层次、再到生物系统层次、然后到社会组织层次,整个宇宙就展现为一个具有不同层级的信息结构的及其计算过程的系统。计算信息学是理论信息学与广义计算理论交叉研究的重要方向之一。本文探讨计算信息学的研究对象、研究方法、基本概念以及知识框架,初步界定它在宇宙这个巨大的计算系统中的地位。

关键词：计算信息理论信息学计算信息学宇宙计算系统

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基于生物信息学分析DHCR7在胃癌中的表达及临床意义

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国际肿瘤学杂志 2025年第2期52卷 94-100页

作者：姬海涛王延峰刘永成郝楠延安大学附属医院检验科延安716000 陕西省人民医院肿瘤外科西安710000 延安大学附属医院病理科延安716000 西安交通大学第一附属医院肿瘤外科西安710000

目的利用生物信息学方法探究7-脱氢胆固醇还原酶(DHCR7)在胃癌中的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系。方法利用UALCAN数据库分析DHCR7在胃癌中的表达情况;采用Kaplan-Meier plotter数据库分析DHCR7 mRNA表达及其与胃癌患者预后... 详细信息

目的利用生物信息学方法探究7-脱氢胆固醇还原酶(DHCR7)在胃癌中的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系。方法利用UALCAN数据库分析DHCR7在胃癌中的表达情况;采用Kaplan-Meier plotter数据库分析DHCR7 mRNA表达及其与胃癌患者预后的关系;采用Sangerbox 3.0和TIMER数据库分析DHCR7的表达及其与肿瘤免疫浸润水平的相关性;利用实时荧光定量PCR检测DHCR7 mRNA在胃癌组织和癌旁组织中的表达;免疫组织化学染色检测胃癌组织和癌旁组织中DHCR7的表达及其与临床病理特征的相关性;采用受试者操作特征(ROC)曲线评估DHCR7表达对胃癌的诊断效能。结果UALCAN数据库分析结果显示,不同性别(χ^(2)=18.15,P<0.001)、Grade分级(χ^(2)=16.32,P<0.001)及TP53突变状态(χ^(2)=20.12,P<0.001)的胃癌患者DHCR7 mRNA表达差异有统计学意义。生存分析显示,DHCR7高表达组胃癌患者的10年总生存(OS)率(HR=1.55,95%CI为1.31~1.84,P<0.001)、10年无进展生存(PFS)率(HR=1.67,95%CI为1.36~2.05,P<0.001)及10年进展后生存(PPS)率(HR=1.81,95%CI为1.43~2.28,P<0.001)显著低于DHCR7低表达组。免疫浸润分析显示,DHCR7表达与胃癌的综合评分(r=-0.51,P<0.001)、基质细胞评分(r=-0.48,P<0.001)、免疫细胞评分(r=-0.45,P<0.001)、CD4+T细胞(r=-3.01,P<0.001)、巨噬细胞(r=-0.40,P<0.001)、中性粒细胞(r=-0.32,P<0.001)及树突状细胞(r=-0.37,P<0.001)浸润水平均呈负相关,与胃癌细胞纯度呈正相关(r=0.15,P<0.001)。qRT-PCR结果显示,与癌旁组织(1.86±0.51)比较,DHCR7在胃癌组织中的表达(3.43±0.13)显著上调,差异有统计学意义(t=42.89,P<0.001)。DHCR7在正常胃黏膜细胞GES-1中的相对表达量为1.06±0.19,在4种胃癌细胞(HGC-27、AGS、SNU-1与SGC-7901)中的相对表达量分别为2.40±0.26、1.88±0.11、1.51±0.04和2.63±0.20,DHCR7在上述5种细胞中的表达差异有统计学意义(F=38.34,P<0.001),正常胃黏膜细胞的DHCR7相对表达量分别与上述4种胃癌细胞相比,差异均有统计学意义(P=0.002;P=0.003;P=0.017;P<0.001)。免疫组织化学结果显示,DHCR7在胃癌组织中的高表达率为80.0%(96/120),显著高于癌旁组织的68.3%(82/120)(χ^(2)=56.84,P<0.001)。DHCR7高表达与低表达患者的肿瘤最大径(χ^(2)=40.17,P<0.001)、组织学分级(χ^(2)=16.20,P<0.001)及pTNM分期(χ^(2)=16.99,P<0.001)差异均有统计学意义。ROC曲线分析结果显示,DHCR7表达水平诊断胃癌的曲线下面积(AUC)分别为0.76(基于TCGA数据库,95%CI为0.68~0.83,P<0.001)、0.97(120例胃癌临床样本,95%CI为0.95~0.99,P<0.001)。结论DHCR7在胃癌组织中高表达,并与患者不良预后密切相关,可能是胃癌诊断和预后的新型标志物。

关键词：胃肿瘤 DHCR7 计算信息学预后诊断

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从密码子和16S核糖体分析鼠疫菌的进化

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中国地方病学杂志 2010年第5期29卷 504-507页

作者：何电龙应欢张洪英董兴齐云南省大理学院公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室 671000 北京协和医学院研究生院云南省地方病防治所鼠疫防治科

目的从密码子和16S核糖体的角度探讨鼠疫菌的突变和进化.方法利用生物信息学工具对鼠疫菌的密码子偏好和16S核糖体进行分析.结果密码子分析发现4株耶尔森菌的低钙反应质粒（PCD1）密码子偏好相似,古老型鼠疫菌的3个质粒中鼠毒素质粒... 详细信息

目的从密码子和16S核糖体的角度探讨鼠疫菌的突变和进化.方法利用生物信息学工具对鼠疫菌的密码子偏好和16S核糖体进行分析.结果密码子分析发现4株耶尔森菌的低钙反应质粒（PCD1）密码子偏好相似,古老型鼠疫菌的3个质粒中鼠毒素质粒（PMT1）和PCD1质粒密码子相似,而PCD1、鼠疫菌素质粒（PCP1）和云南鼠疫菌PYC（6 kb）质粒的密码子偏好有一定的差异.16S核糖体分析发现11株耶尔森菌的16S核糖体序列相似,其中假结核和鼠疫菌最接近,只有1个碱基的差别,经过分析发现鼠疫菌的这个位点的碱基发生了突变,由G变成T,相应的氨基酸也由甲硫氨酸（M）变成异亮氨酸（I）;而鼠疫菌的16S核糖体序列与大肠埃希菌、人蚤有一定的区别.结论鼠疫菌获得PCP1的时间可能要比PMT1晚,或者说鼠疫菌与PMT1的亲缘性要比PCP1和云南6 kb质粒相近;鼠疫菌16S核糖体核苷酸位点的改变可能会导致16S rRNA功能和结构的改变,而鼠疫菌16S核糖体的序列与人蚤相似性很低,推断其协同进化时间很短,说明鼠疫菌的出现很晚.

关键词：耶尔森菌鼠疫密码子 RNA 核糖体 16S 进化计算信息学

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生物信息学技术在生殖领域中的研究进展

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国际生殖健康／计划生育杂志 2022年第6期41卷 487-493页

作者：周理韡郑书栋黄硕鲁婷刘悦丁之德上海-渥太华联合医学院临床医学系 200025 上海交通大学医学院上海交通大学组织胚胎学与遗传发育学系

生物信息学(bioinformatics)在生殖系统的研究中被广泛应用于各个技术层面,包括基因组、转录组、蛋白组和代谢组。通过数据的系统化采集和可视化处理,生殖过程中各种关键分子的作用机制正逐步被发现并阐明。生物信息学技术在生殖系统研... 详细信息

生物信息学(bioinformatics)在生殖系统的研究中被广泛应用于各个技术层面,包括基因组、转录组、蛋白组和代谢组。通过数据的系统化采集和可视化处理,生殖过程中各种关键分子的作用机制正逐步被发现并阐明。生物信息学技术在生殖系统研究中的应用,既在保障严谨性和科学性的基础上有效地推动了生殖系统研究的发展与创新,如从基因组、转录组、蛋白组和代谢组等不同层次水平上分析生殖系统中不同器官的正常功能或其异常病理现象;同时也促进了生殖系统相关疾病临床诊断和治疗的进展,如在对疾病诊治中,新的临床疾病标志物及药物靶点的发现等。综述近年生殖医学前沿研究的最新生物信息学技术并总结现有生殖医学相关生物信息学研究的主要进展,这也为后续的各类研究提供了重要的方向和思路。

关键词：泌尿生殖系统计算信息学基因组转录组蛋白质组代谢组

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基于生物信息学分析KIF23在肺腺癌中的功能及验证

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国际呼吸杂志 2023年第5期43卷 539-547页

作者：邢亮亮徐雷棣常宁张勇邱丹周英巨清王敏张艰空军军医大学第一附属医院呼吸与危重症医学科西安710032

目的探究驱动蛋白超家族23(kinesin superfamily 23,KIF23)在肺腺癌中的表达水平与预后的相关,以及其对肺腺癌细胞侵袭、迁移和增殖的影响。方法分析基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库中KIF23在肺腺癌中的表达水平,利用Kaplan-Meier ... 详细信息

目的探究驱动蛋白超家族23(kinesin superfamily 23,KIF23)在肺腺癌中的表达水平与预后的相关,以及其对肺腺癌细胞侵袭、迁移和增殖的影响。方法分析基因表达谱数据动态分析(GEPIA)数据库中KIF23在肺腺癌中的表达水平,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析肺腺癌患者生存周期,对KIF23进行基因集富集分析(GSEA)。采用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)和蛋白质印迹法(Western blot)检测肺癌细胞系中KIF23的表达水平,使用shRNA-KIF23病毒感染细胞,沉默KIF23的表达。Transwell法检测细胞侵袭、迁移能力。通过细胞计数试剂盒8(CCK-8)法检测细胞增殖能力。通过免疫组织化学染色分析KIF23在肺腺癌和癌旁组织的表达水平。结果GEPIA数据库分析表明KIF23在肺腺癌(515例)中表达高于正常肺组织(59例),差异有统计学意义(P<0.001);Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析表明高表达KIF23患者358例总生存期(overall survival,OS)短于低表达KIF23患者361例OS,差异有统计学意义(HR=1.35,95%CI:1.06~1.70,P=0.013);GSEA结果提示KIF23高表达组的肺腺癌患者255例中心体相关通路和G2/M检查点通路富集程度高于KIF23低表达组患者255例。Transwell结果显示,转染shRNA-KIF23的H1299和A549细胞迁移率明显低于对照组(F分别为55.45和64.93,均P<0.001)。转染shRNA-KIF23的H1299和A549细胞的侵袭率也低于对照组(F=68.16和175.00,均P<0.001)。CCK-8实验结果显示除第1天外,在第2、3、4、5天H1299和A549肺癌细胞系的2个KIF23敲低组的增殖能力均低于对照组,差异有统计学意义(H1299细胞F值分别为72.74、113.60、46.93、93.48;A549细胞F值分别为31.07、103.80、92.83、130.20,均P<0.001)。肺腺癌标本免疫组织化学染色表明KIF23在肺腺癌(53.06±10.78)中表达水平高于癌旁组织(33.03±11.98),差异有统计学意义(t=9.63,P<0.001)。结论KIF23在肺腺癌中表达水平高于正常肺组织,参与了肺腺癌的细胞侵袭、迁移和增殖,促进了肺腺癌的发生发展,可能成为新的靶向治疗靶点并作为预测肺腺癌预后的分子标志物。

关键词：肺肿瘤腺癌 KIF23 免疫组织化学计算信息学

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