检索结果-内蒙古大学图书馆

哈尔滨工程大学学报 2001年第3期22卷 26-29,2页

作者：杜岩张晓宇李文秀哈尔滨工程大学自动化学院黑龙江哈尔滨150001

从海浪形态的Navier -Stokes理想模型出发 ,在对实际海浪形态的随机性和复杂性进行系统分析的基础上 ,将海浪谱引入海浪场景中海浪形态的构造模型中 ,利用真实的海浪谱对计算机模拟的海浪进行控制 ,从而真实地模拟出海浪的随机波动的特... 详细信息

从海浪形态的Navier -Stokes理想模型出发 ,在对实际海浪形态的随机性和复杂性进行系统分析的基础上 ,将海浪谱引入海浪场景中海浪形态的构造模型中 ,利用真实的海浪谱对计算机模拟的海浪进行控制 ,从而真实地模拟出海浪的随机波动的特殊效果 ,同时 ,还引入了修正函数 ,对模型所构造出来的海浪形态作进一步修正 ,使其更具真实感 .并在此基础上 ,利用粒子系统模拟了海浪的浪花和泡沫 .最后。

关键词：虚拟现实海浪谱粒子系统海浪形态计算模拟浪花泡沫

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酮洛芬对映异构体的计算机模拟

引用

安徽化工 2014年第1期40卷 14-16页

作者：洪礼乐张文成任少伟李兵董秀丽合肥工业大学农产品生物化工教育部工程研究中心安徽合肥230009

采用Hyperchem8.0计算酮洛芬对映异构体的分子结构及能量,证明(S)-布洛芬的能量比(R)-酮洛芬略低。以(S)-酮洛芬为模板分子,4-乙烯吡啶(4-VP)、丙烯酰胺(AM)及α-甲基丙烯酸(MAA)为功能单体,模拟及探讨不同功能单体对酮洛芬的结合能,结... 详细信息

采用Hyperchem8.0计算酮洛芬对映异构体的分子结构及能量,证明(S)-布洛芬的能量比(R)-酮洛芬略低。以(S)-酮洛芬为模板分子,4-乙烯吡啶(4-VP)、丙烯酰胺(AM)及α-甲基丙烯酸(MAA)为功能单体,模拟及探讨不同功能单体对酮洛芬的结合能,结果显示4-VP与模板分子所形成复合物的结合能较AM略大,模型稳定性和预测能力俱佳,为混旋酮洛芬的拆分打下了理论基础。

关键词：酮洛芬分子印迹聚合物 Hyperchem8 0 计算模拟

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增强的计算心脏模拟

增强的计算心脏模拟

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作者： C·维隆科 D·克鲁门美国加利福尼亚州

提供了增强心律失常源的计算定位的方法。一种方法可以包括从第一用户接收与临床病例相关联的临床数据。临床数据可以包括患者解剖信息、诊断和/或治疗方式、治疗参数、治疗结果和医学文献。临床病例可以基于与临床数据相关联的第一多... 详细信息

标准号: CN113939243A

提供了增强心律失常源的计算定位的方法。一种方法可以包括从第一用户接收与临床病例相关联的临床数据。临床数据可以包括患者解剖信息、诊断和/或治疗方式、治疗参数、治疗结果和医学文献。临床病例可以基于与临床数据相关联的第一多个特征被索引。索引可以包括将临床数据的至少一部分与具有与第一多个特征匹配的第二多个特征的心律失常计算模拟相关联。响应于来自第二用户的查询，临床数据中与所索引的病例相关联的至少一部分可以被提供给用户。还提供了相关的系统和制品。

关键词：临床数据关联索引心律失常治疗计算模拟解剖信息特征匹配用户接收查询诊断响应医学

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一种利用计算机模拟构建氧化石墨烯与聚碳化二亚胺交联结构模型的方法

一种利用计算机模拟构建氧化石墨烯与聚碳化二亚胺交联结构模型的...

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作者：徐京城崔锦灿李静王玉娴卢杰杨俊和 200093 上海市杨浦区军工路516号

本发明公开一种利用计算机模拟构建氧化石墨烯与聚碳化二亚胺交联结构模型的方法。该方法首先通过Materials Studio软件构建氧化石墨烯分子与聚碳化二亚胺分子的混合结构，然后通过能量最小化和分子动力学运算，利用xLink交联程序进行... 详细信息

标准号: CN108846253B

本发明公开一种利用计算机模拟构建氧化石墨烯与聚碳化二亚胺交联结构模型的方法。该方法首先通过Materials Studio软件构建氧化石墨烯分子与聚碳化二亚胺分子的混合结构，然后通过能量最小化和分子动力学运算，利用xLink交联程序进行结构交联，最终得到交联结构模型。本发明的模拟构建氧化石墨烯与聚碳化二亚胺交联结构模型的方法具有模拟时间短的特点，所有运算均可并行计算，视并行核数和体系大小不同，最快几个小时便可完成，从而为复杂交联体系的计算模拟提供了一种可靠的结构建模方法。

关键词：聚碳化二亚胺氧化石墨烯交联结构构建交联运算分子动力学计算机模拟能量最小化并行计算混合结构计算模拟交联体系结构建模软件构建并行核

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一种利用计算机模拟构建氧化石墨烯与聚碳化二亚胺交联结构模型的方法

一种利用计算机模拟构建氧化石墨烯与聚碳化二亚胺交联结构模型的...

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作者：徐京城崔锦灿李静王玉娴卢杰杨俊和 200093 上海市杨浦区军工路516号

标准号: CN108846253A

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基于转录调控蛋白的生物传感器的智能设计构建

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生物工程学报 2025年第3期41卷 1011-1022页

作者：梁朝宁向腊唐双焱中国科学院微生物研究所微生物多样性与资源创新利用全国重点实验室微生物生理与代谢工程研究室北京100101

基于转录调控蛋白的生物传感器已在代谢工程、合成生物学、代谢物监测等领域发挥重要作用。该工具具有高度模块化、正交性、易于构建及操作等优良特性,但在实际应用中,天然调控蛋白对目标化合物的响应仍然存在响应程度较低、特异性不符... 详细信息

基于转录调控蛋白的生物传感器已在代谢工程、合成生物学、代谢物监测等领域发挥重要作用。该工具具有高度模块化、正交性、易于构建及操作等优良特性,但在实际应用中,天然调控蛋白对目标化合物的响应仍然存在响应程度较低、特异性不符合需求等缺陷。本文综述了近年来在计算机模拟和人工智能技术辅助下,采用蛋白质工程手段,智能设计、改造转录调控蛋白以提升其工作性能所取得的研究进展。主要包括利用蛋白质结构预测、配体结合模拟等优化改造策略快速获取目标突变体,或借助对突变体数据分析并经机器学习等构建数学模型,预测转录调控蛋白突变响应效果等。相较于传统方式,计算机模拟和人工智能辅助技术可实现对生物元件更精准快捷地设计构建,将推动新型生物传感器的创制研发,更好地满足实际应用的需求。

关键词：转录调控蛋白生物传感器计算模拟蛋白质工程机器学习

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钢轨材料的高温及电化学腐蚀机理研究与高压模拟计算

钢轨材料的高温及电化学腐蚀机理研究与高压模拟计算

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作者：李宪哲中原工学院

学位级别：硕士

铁路作为最安全便捷的交通工具之一,高铁不断向着高速、重载化方向进展,这无异对钢轨的性能提出了更高的要求。U71Mn作为高铁最常用的钢轨材料之一,轮轨摩擦后升温对钢轨材料的应用失效至关重要。我国要建设高水平的现代化铁路强国,势... 详细信息

铁路作为最安全便捷的交通工具之一,高铁不断向着高速、重载化方向进展,这无异对钢轨的性能提出了更高的要求。U71Mn作为高铁最常用的钢轨材料之一,轮轨摩擦后升温对钢轨材料的应用失效至关重要。我国要建设高水平的现代化铁路强国,势必要加快推动铁路高质量发展。钢轨作为整个铁路运营的关键零部件,对钢轨材料的腐蚀损伤机理研究也极具重要意义。本论文主要做了如下工作并取得如下结果:研究了钢轨材料高温和磨损条件下的腐蚀行为。首先对钢轨材料进行高温循环腐蚀,而后对钢轨摩擦磨损后高温腐蚀进行研究,对U71Mn钢轨材料进行不同程度的磨损,研究磨损材料在不同高温下的氧化行为,探讨高温和磨损对钢轨表面损伤的影响机制。结果表明:温度和磨损会加重钢轨材料腐蚀,损伤材料基体。随着温度的升高,大量锰元素扩散至氧化膜顶层区域,基体中的锰元素含量下降,从而减弱基体材料的性能。研究了钢轨材料模拟工业-海岸的电化学腐蚀行为。本论文模拟不同工业-海岸大气环境,探讨电化学腐蚀对钢轨失效的作用机理。结果表明:在工业-海岸模拟大气环境下的电化学腐蚀表面物主要为Fe OOH、Fe2O3。随着HSO3-和Cl-浓度的提升,钢轨材料腐蚀加重。研究了渗碳体基的钢轨材料的模拟计算。重载化会使得钢轨承受高压状态,渗碳体是钢轨材料的力学性能支撑相,运用Materials Studio软件对渗碳体基的钢轨材料进行高压模拟计算。结果表明:渗碳体基的钢轨在无压状态下结构稳定,性能较好。当高压存在时,会影响材料的硬度、耐磨性和韧性。在一定的压力范围内（50 GPa）材料具有抗磨损能力,但材料难以承受更高的压力。即:钢轨在列车高速经过时,高压会影响钢轨材料的服役性能。

关键词： U71Mn 高温电化学腐蚀计算模拟

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汽车车身结构碰撞模拟计算

汽车车身结构碰撞模拟计算

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作者：李建新东北大学

学位级别：硕士

随着汽车保有量的增加和车速的提高，汽车交通事故成为了危害人类生命安全的重大社会问题之一，其死亡人数已经超过了在战争中死亡的人数。基于安全方面的考虑，我国于2000年制订实施了汽车被动安全法规《关于车辆正面碰撞乘员保护法则(... 详细信息

随着汽车保有量的增加和车速的提高，汽车交通事故成为了危害人类生命安全的重大社会问题之一，其死亡人数已经超过了在战争中死亡的人数。基于安全方面的考虑，我国于2000年制订实施了汽车被动安全法规《关于车辆正面碰撞乘员保护法则(CMVDR294)》，法规首次对车辆的碰撞安全性提出了一些要求，由于我国此前无此相关法规的要求，所以造成许多汽车厂家要重新考虑汽车碰撞安全性的结构设计，在经济条件不允许做实车碰撞试验的情况下，在碰撞模拟仿真的基础上改进汽车结构抗撞性也是一条行之有效的办法。\n 本文详细介绍了碰撞有限元基本理论和有关算法，涉及到的内容包括有限元求解控制方程、单元离散、沙漏模态控制、时间积分、材料模型和应力修正、薄壳单元算法以及接触碰撞界面算法等。\n 计算机仿真研究是现代汽车碰撞研究的重要方法，所使用的碰撞模拟软件众多，本文介绍了包括LS-DYNA在内的几种常用汽车碰撞模拟软件及前后处理器，其中对本次碰撞模拟选用的LS-DYNA的功能特点作了详细介绍。\n 本文以某一车型为例，在前处理器FEMB中建立碰撞汽车的三维实体模型，其中模型包含弹簧阻尼等零件和一些零部件的不同联结方式，然后对实体模型进行有限单元划分，对不同的零部件选取不同的材质、单元类型和单元算法。\n 本文应用非线性有限元理论，利用LS-DYNA软件分别对汽车与刚性墙和移动壁障进行了碰撞仿真，从中发现了汽车碰撞的一些基本特征和碰撞参数，在此基础上对不同初速度的完全正面碰撞和不同碰撞角度的侧面碰撞两种情况进行了模拟仿真，分析在这两种情况下碰撞参数的一些变化规律以及缘由。最后对基于汽车碰撞安全性的结构改进和后续工作提出了一些意见。

关键词：汽车车身结构正面碰撞侧面碰撞抗撞性计算模拟碰撞模拟汽车交通事故车辆碰撞安全

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酯酶EstXT1的筛选鉴定与分子模拟计算研究

酯酶EstXT1的筛选鉴定与分子模拟计算研究

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作者：张月琦南京农业大学

学位级别：硕士

酯酶(EC 3.1.1.x,Esterases)主要包括羧酸酯酶(EC 3.1.1.1,Carboxylesterases)和脂肪酶(EC 3.1.1.3,Lipases),普遍存在于微生物和动植物中,参与酯水解、酯化、转酯等多种反应。酯酶催化活性高、副反应少,具有广泛的底物特异性、对映异... 详细信息

酯酶(EC 3.1.1.x,Esterases)主要包括羧酸酯酶(EC 3.1.1.1,Carboxylesterases)和脂肪酶(EC 3.1.1.3,Lipases),普遍存在于微生物和动植物中,参与酯水解、酯化、转酯等多种反应。酯酶催化活性高、副反应少,具有广泛的底物特异性、对映异构体选择性等特点,在食品、医药、洗涤剂、造纸等领域均有应用。传统的微生物酯酶基因的筛选方法依赖于微生物的培养与纯化,但自然界中只有0.1%-1%的微生物可以在实验室条件下生长,高达99%以上的微生物难以培养,其蕴含的丰富酯酶资源,大多尚未开发利用。宏基因组技术绕过了微生物的分离培养过程,直接从环境样品中提取总DNA,构建宏基因组文库,通过基于序列或功能的筛选方法从文库中获取酯酶基因,扩大了功能基因的来源,为获取新型酯酶提供了新途径。本研究利用宏基因组技术构建土壤宏基因组文库,采用基于功能的筛选方法,获得新型酯酶基因estXT1,在大肠杆菌BL21(DE3)中实现了estXT1的异源表达,对纯化得到的酯酶EstXT1进行酶学性质表征,将酶与配体小分子进行分子对接和分子动力学模拟计算。主要结果如下:1、土壤宏基因组文库的构建及酯酶基因的筛选。以土壤微生物为研究对象,提取土壤环境DNA,采用噬菌体包装侵染的方法,构建以大肠杆菌为宿主的Fosmid宏基因组文库。通过功能筛选的方法从文库中筛选到一个新型酯酶基因estXT1,其核苷酸序列长1143 bp,编码380个氨基酸残基,预测蛋白分子量为40.0 kDa,等电点为4.60。多序列比对结果显示EstXT1具有第Ⅷ族酯酶的多个特征基序,系统发育分析显示EstXT1与第Ⅷ族酯酶聚为一支,故推定Ser56、Lys59和Tyr165为EstXT1的催化三联体。2、酯酶的异源表达。以筛选到的阳性亚克隆为模板,设计特异性引物扩增estXT1基因,通过酶切酶连的方法克隆到pET-28a(+)表达载体上,构建pET-estXT1重组质粒,在大肠杆菌BL21(DE3)中进行低温诱导表达,使用镍柱亲和层析法纯化重组酶,经SDS-PAGE验证蛋白条带单一,分子量与预测值相一致。3、酶学性质表征。EstXT1对阿魏酸酯具有水解活性,其催化反应的最适pH为8.0,最适温度为55℃,在pH=7-10.6范围内孵育3 h后可以保持80%以上的活性,具有较强的耐碱性。Zn2+和Co2+对EstXT1有一定的激活作用,Cu2+和CTAB对EstXT1的活性具有强烈抑制作用,常用有机试剂中除了 DMF和DMSO外,对酶活也有明显的抑制作用,此外,EstXT1对去离子型表面活性剂Triton X-100和Tween 80有一定的耐受作用。4、EstXT1与配体的分子对接。以蛋白4IVK为模板,构建EstXT1的三维模型,采用AutoDock Vina软件,将EstXT1和底物MFA进行柔性对接,获得蛋白-底物复合物,蛋白与底物之间存在多个氢键和疏水作用,为配体的稳定结合提供支撑。5、EstXT1的分子动力学模拟计算研究。利用Amber和NAMD软件对蛋白配体复合物进行溶剂化处理,对整个系统进行能量最小化和平衡,最后进行动力学模拟,并对NAMD分子动力学模拟的最后一个平衡构型进行QM/MM模拟,将催化三联体、底物分子和两分子水划为QM区,其余部分作为MM区,分别进行量子力学与分子力学计算。用Amber进行的MM-MD计算得到的总能量较低,为-91385.2304kcal/mol,而用 NAMD 进行的 MM-MD 为-511381.1862 kcal/mol,QM/MM 为-453299.7295 kcal/mol。通过MM-GBSA和MM-PBSA方法计算得到EstXT1和底物MFA的结合自由能分别为-32.1722 kcal/mol和-4.1049 kcal/mol,表明酶与底物之间结合较紧密,催化活性较高。将活性口袋附近的苯丙氨酸Phe128突变为丙氨酸形成突变体F128A,通过丙氨酸扫描分析得到突变体结合自由能增大,丙氨酸的替代不利于配体分子的结合,而活性口袋附近的Phe128对MFA的紧密结合是有利的。本研究中的EstXT1是第Ⅷ家族酯酶,其具有较强的耐碱性,对去离子型表面活性剂Triton X-100和Tween 80有一定的耐受作用,并且可以水解阿魏酸酯类化合物,这些特性使其具有潜在的工业应用价值。该研究结果表明,利用宏基因组技术,能够从不可培养微生物的基因资源中获得新型酯酶,为寻找具有特殊酶学性质的新型酯酶提供了新的研究策略,扩大了功能基因的资源,为工业提供具有潜在应用价值的生物催化剂。此外,对EstXT1与MFA的分子模拟计算结果为酶与配体的结合和催化过程的理解提供了重要依据。

关键词：酯酶宏基因组技术功能筛选酶学性质计算模拟

来源：评论

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多相岩石介质本构关系的模拟计算

多相岩石介质本构关系的模拟计算

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作者：杨振涛北京大学

学位级别：硕士

目前用实验的方法研究多种矿物组合或矿相组合的流变性质耗费大量的人力、物力和时间:同时流变学试验所能够涉及的温度、压力范围非常有限,因此,该文利用有限元计算方法从单矿物的流变关系式来确定其组合而成的岩石整体的流变规律.该文... 详细信息

目前用实验的方法研究多种矿物组合或矿相组合的流变性质耗费大量的人力、物力和时间:同时流变学试验所能够涉及的温度、压力范围非常有限,因此,该文利用有限元计算方法从单矿物的流变关系式来确定其组合而成的岩石整体的流变规律.该文建立了三维不可压缩流体的粘弹性有限元模型,计算模型的骨架矿物橄榄石为立方体,填充矿物尖晶石分别取为立方体、单一球体和多个球体,模拟双矿物在三轴压缩实验条件下的蠕变变形过程.首先,验证了使用有限元方法数值模拟双矿物在三轴压缩实验下的蠕变变形的可行性.其次,计算研究了当填充矿物为弱矿物时几何外形对整体流变强度的影响,结果表明,填充矿物的几何外形为立方体时比球体时对整体的流变强度有更大的影响.当填充矿物体积不同时,随着填充矿物体积的增加,填充矿物对整体流变强度的影响也不断加大.随着蠕变时间的推移,应力和应变率在骨架矿物和填充矿物中的差异逐渐减小并趋于稳定.最后利用三维模型得到的双矿物整体的流变强度结果,归纳出了填充矿物尖晶石占体积5%,10%,15%,20%时和骨架矿物橄榄石构成的双矿物岩石的蠕变关系式.与Tullis利用平面应变模型归纳出的双矿物经验流变关系式比较,发现Tullis的经验流变公式存在较大的误差,而该文得到的双矿物蠕变公式与理论结果更好地符合.该文结果为研究地幔多矿物岩石流变规律提供了新的途径.

关键词：多矿物岩石尖晶石橄榄石有限元计算模拟

来源：评论

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