检索结果-内蒙古大学图书馆

现代食品科技 2021年第8期37卷 135-141,159页

作者：蒋晓玙马超余凯周安朱国飞贵阳职业技术学院生化工程系贵州贵阳550081 贵州理工学院食品药品制造工程学院贵州贵阳550003

胡桃醌为胡桃科核桃属植物胡桃楸(Jugland mandshurica Maxim)和核桃(Juglans regia L)中存在的重要活性物质,脯氨酰顺反异构酶1(Pin1)为细胞内主要起信号传导作用的小分子蛋白。为探究胡桃醌对Pin1的抑制机理,通过定点突变、计算模拟... 详细信息

胡桃醌为胡桃科核桃属植物胡桃楸(Jugland mandshurica Maxim)和核桃(Juglans regia L)中存在的重要活性物质,脯氨酰顺反异构酶1(Pin1)为细胞内主要起信号传导作用的小分子蛋白。为探究胡桃醌对Pin1的抑制机理,通过定点突变、计算模拟以及多种光谱学技术研究了胡桃醌与Pin1的相互作用。荧光光谱显示,胡桃醌可以有效地淬灭Pin1内源荧光。293 K温度时,其淬灭常数(Ksv)为1.36×10^(4) L/mol,结合常熟(Ka)为2.32×10^(4) L/mol,结合数(n)为0.85,随着温度升高,其Ksv和Ka逐渐降低,表明其淬灭机制为静态淬灭,n值接近1则表明两者可形成1:1复合物。同步荧光光谱表明,胡桃醌与Pin1结合会促使Pin1酪氨酸和色氨酸残基周围微环境疏水性降低,极性增加。圆二色谱揭示胡桃醌与Pin1结合会导致Pin1中的α-螺旋结构减少。热力学参数显示,在293 K条件下,ΔH=12.97 kJ/mol,ΔS=127.83 J/(mol·K),ΔG=-24.49 kJ/mol,表明胡桃醌与Pin1可自发结合,其主要作用力为疏水作用力。分子对接显示,氢键和范德华力在两者作用过程中同样扮演着重要角色。分子对接、定点突变以及分子动力学模拟进一步揭示Pin1催化残基Cys113在胡桃醌结合到Pin1过程中发挥着至关重要的作用。

关键词：胡桃醌脯氨酰顺反异构酶1(Pin1) 光谱学计算模拟定点突变

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混合工质节流制冷系统中节流元件毛细管的理论分析和计算模拟

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低温工程 2001年第6期 6-12,20页

作者：齐延峰吴剑峰公茂琼中国科学院理化所制冷与低温工程研究中心北京100080

对节流元件毛细管进行了理论分析 ,得出了一个计算模型 ,可根据需要的系统条件 ,计算出毛细管的长度。利用此模型对多元混合工质低温制冷系统中的毛细管进行了研究 ,讨论了混合工质系统中毛细管的特性。

关键词：毛细管多元混合工质计算模拟理论分析节流制冷系统节流元件几何参数

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蛋白质分子大幅度构象变化的计算模拟研究

蛋白质分子大幅度构象变化的计算模拟研究

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作者：翁经纬复旦大学

学位级别：博士

蛋白质是生物体各种生理过程的主要执行者。在生理条件下,不同蛋白质特定序列的氨基酸长链能够折叠成特定的三维结构,行使其生理功能。因此漫长的进化过程必然使蛋白质的结构具有功能意义。随着蛋白质结构测定技术的日益成熟,越来越多... 详细信息

蛋白质是生物体各种生理过程的主要执行者。在生理条件下,不同蛋白质特定序列的氨基酸长链能够折叠成特定的三维结构,行使其生理功能。因此漫长的进化过程必然使蛋白质的结构具有功能意义。随着蛋白质结构测定技术的日益成熟,越来越多的蛋白质三维结构被解析出来,这些结构信息揭示了很多重要生理过程的分子机制,也为药物的研制提供了关键的理论基础。然而,随着当前结构生物学和生物物理化学的逐步深入发展,人们发现仅有蛋白质三维结构的信息往往不足以理解其生物学功能。这是因为结构解析给出的是单一的一个静态结构(如晶体结构),而蛋白质在行使其生理功能时往往会发生构象变化,产生一系列瞬态构象。换言之,溶液中的蛋白质作为一种软物质可以在其平衡构象附近振荡,甚至可以远离平衡构象,而晶体结构得到的只是蛋白质势能面上的一个点。要全面理解蛋白质的功能和揭示生理过程的分子机制我们不但需要了解蛋白质的静态结构,更需要了解蛋白质的结构柔性和各个瞬态构象之间的转换,即动力学性质。因此需要在传统的结构生物学研究中加入时间的维度,将结构-功能关系扩展到结构-动力学-功能关系的研究。蛋白质动力学行为的时间尺度很宽,其涵盖范围从快速而局部性的原子波动到慢速而整体性的诸如蛋白质折叠的构象变化。许多蛋白质分子实现其生物功能时都需要发生大幅度的构象变化,比如通过线团(loop)结构的摆动和二级结构单元的运动实现对活性位点构象的调整或者对底物分子进行识别,这类运动的时间尺度大致在纳秒到微秒(10-9到10石秒)级别,运动幅度一般在1到5A。更复杂的运动则往往需要通过结构域的整体运动来完成,这种结构域间的相对转动和平动的时间尺度大致在微秒到毫秒(10-6到10-3秒)级别,运动幅度一般会达到5到10 A左右。各时间尺度上的运动从原子振动到大幅度的蛋白整体运动会发生相互耦合,使得对蛋白质动力学和功能关系的研究变得越发复杂。和实验手段相比,计算机模拟方法在研究蛋白质动力学方面具有独特的优势。只要有一个高精度的蛋白质实验结构作为起点,计算方法就能够“全面”地描述蛋白质的动力学(以分子动力学模拟为代表),我们可以跟踪单个蛋白质分子在每个时刻每个原子的精确位置和相应的能量。尽管蛋白质不同的构象状态和它们之间的转换速率可以通过实验方法检测,但是对构象之间转换路径上各个状态的高精度描述却是实验无法达到的,因为这些状态都是寿命很短,出现几率很低的高能构象。计算方法则可以克服这些局限。另一方面,计算机模拟中包含了体系粒子之间的所有相互作用力和相应的能量,因此尽管实验方法可以告诉我们蛋白质怎样运动,计算方法却可以告诉我们蛋白质为什么这样运动。目前计算方法的主要缺陷是传统的分子动力学方法能够模拟的动力学时间尺度是皮秒到纳秒范围,对蛋白质的一些慢速(微秒到毫秒)构象变化过程的模拟则非常困难。为了克服这一困难,计算生物学家发展了多种方法和策略来简化力场或施加外力以加速构象变化过程。我们选取了三个大小构造不一但都能够发生大尺度构象变化的蛋白质体系来研究结构单元和构象变化之间的关系。这些体系包括含有四个结构域的ABC转运体蛋白输入体BtuCD和输出体MsbA、PSD-95蛋白中含有两个结构域的串列体PDZ12以及脂质化修饰的膜融合SNARE蛋白Ykt6。在实际应用过程中,除了常规分子动力学模拟之外我们也使用了靶向分子动力学模拟和正则模式分析的方法,分别通过外加力场加速构象变化以及分析局域势能面形态的方式来获得蛋白质体系大幅度构象变化的信息。 ABC转运体蛋白超家族在生物体中能够利用ATP分子结合和水解的能量实现底物分子跨细胞膜的转运。转运的过程需要发生大幅度的构象变化,在面向内(inward-facing)构象(孔道向内打开向外关闭)和面向外(outward-facing)构象(孔道向内关闭向外打开)之间切换。ABC转运体蛋白由两个跨膜结构域与两个核苷结合结构域组成,其运作的核心机制在于其跨膜结构域与核苷结合结构域的运动耦合。前者内部底物转运孔道的开闭和后者在ATP分子的结合和水解时表现出的二聚和解离贯穿着整个底物转运的过程。就此,我们以BtuCD输入体和MsbA输出体为研究对象采用了正则模式分析和靶向分子动力学模拟的方法进行了研究。维生素B12输入体BtuCD蛋白具有20个跨膜螺旋,孔道的大部分由一对TM5螺旋组成,而跨膜结构域则通过L线团结构与核苷结合结构域相连。我们发现不论是从面向外到面向内还是从面向内到面向外的构象变化过程,核苷结合结构域的运动总会通过L线团与转运孔道细胞内侧端的运动同步进行。在从面向外构象到面向内构象的变化中,核苷结合结构域的打开会导致L-线团的打开,继而引起孔道主体TM5螺旋细胞内侧端的打开。其逆过程也基本相似。同时,我们也发现正逆向的变化过程并没有经

关键词：计算模拟构象变化蛋白质分子动力学模拟正则模式分析靶向分子动力学模拟 ABC转运体蛋白多类药物抗药性 PDZ结构域串列体 SNARE蛋白

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非理想第二类超导体磁通蠕动的计算模拟研究

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低温物理学报 1999年第4期21卷 26-29页

作者：聂惠芬刘宇峰阎守胜北京大学物理系

本文用Ｃ语言模拟了非理想第二类超导体内的磁通蠕动过程．通过数值计算，给出了样品局部的磁滞回线及恒定外场下的ｂｌｏｇｔ曲线，指出局部磁滞回线对外场变化速度的依赖，还探讨了非均匀钉扎势和自组织临界态模型对磁通蠕动模拟结... 详细信息

本文用Ｃ语言模拟了非理想第二类超导体内的磁通蠕动过程．通过数值计算，给出了样品局部的磁滞回线及恒定外场下的ｂｌｏｇｔ曲线，指出局部磁滞回线对外场变化速度的依赖，还探讨了非均匀钉扎势和自组织临界态模型对磁通蠕动模拟结果的影响

关键词：磁通蠕动自组织临界态非理想第二类超导体钉扎势计算模拟

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无限域中波传播问题的数值计算模拟

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中国科学：物理学、力学、天文学 2010年第7期40卷 828-837页

作者：赵崇斌中南大学计算地球科学研究中心长沙410083 澳大利亚科学院勘探与采矿研究所

论述了标量波和矢量波在无限域中传播所涉及的有关数值计算模拟问题.根据有限元方法所固有的特点,无限域中波传播问题近域部分的几何复杂性和介质材料多变性均可采用有限元模拟.为了避免在近域与远域的分界面处发生波的反射与折射,需要... 详细信息

论述了标量波和矢量波在无限域中传播所涉及的有关数值计算模拟问题.根据有限元方法所固有的特点,无限域中波传播问题近域部分的几何复杂性和介质材料多变性均可采用有限元模拟.为了避免在近域与远域的分界面处发生波的反射与折射,需要在该分界面处施加一些特殊的处理方法.对于波辐射问题,可在近域与远域的分界面处施加所谓的波吸收边界.而对于波散射问题,可在近域与远域的分界面处使用动力无穷元将入射波从近域传播到远域.为了演示如何应用这两种不同方法模拟远域的影响,不仅通过考虑无限域中的标量波辐射问题推导了高阶精度波吸收边界的数学表达式,而且还通过考虑无限域中的矢量波散射问题推导了二维动力无穷元的有关计算公式.运用有限元与动力无穷元耦合方法,研究了不同地形条件对河谷表面自由场分布的影响.

关键词：波吸收边界动力无穷元波传播问题无限域计算模拟

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容积式制冷压缩机的计算模拟与验证

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北京工业大学学报 2001年第1期27卷 104-107页

作者：何晓明张锐王世洪尚春鸽俞炳丰北京工业大学建筑工程学院北京100022 西安交通大学空调系西安710049

根据变质热力学的基本原理，建立了容积式制冷压缩机吸排气腔和工作腔工作过程的热力学模型，采用有限元方法建立了压缩机吸排气阀的动力学模型，并提出了判断阀片离开升程限制器的新方法．根据所建模型，采用Ｃ＋＋语言编制了模拟程序... 详细信息

根据变质热力学的基本原理，建立了容积式制冷压缩机吸排气腔和工作腔工作过程的热力学模型，采用有限元方法建立了压缩机吸排气阀的动力学模型，并提出了判断阀片离开升程限制器的新方法．根据所建模型，采用Ｃ＋＋语言编制了模拟程序及用户界面，并以实验结果验证了模拟计算程序的正确性．

关键词：容积式制冷压缩机计算模拟有限元方法验证

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激光束低频畸变波前模型的计算模拟

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强激光与粒子束 2000年第F11期12卷 163-166页

作者：粟敬钦魏晓峰马驰袁静高福华郭永康四川大学物理系四川成都610064 中国工程物理研究院高温高密度等离子体物理国家重点实验室四川绵阳919988信箱621900

在分析强激光束低频位相噪声特点的基础上 ,采用位相均方根梯度表征激光束的低频位相噪声并结合随机位相屏构建相应的畸变波前模型。通过模拟计算 ,给出低频位相噪声的均方根梯度与聚焦光斑尺寸的初步规律。

关键词：激光束低频畸变波前模型计算模拟低频位相噪声随机位相屏均方根梯度聚焦光斑尺寸激光惯性约束聚变

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基于计算模拟与光谱法研究细胞色素CYP2C9与双酚A的相互作用

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分析试验室 2020年第5期39卷 532-536页

作者：刘红艳张文强谢世伟唐琳易忠胜单杨桂林理工大学化学与生物工程学院桂林541006 湖南省农业科学院湖南农产品加工研究所长沙410125

基于分子对接、分子动力学模拟、紫外吸收光谱法、荧光光谱法与红外光谱法,研究了细胞色素CYP2C9与双酚A (BPA)之间的相互作用。分子对接研究表明,对接位点位于Thr364附近的空腔,结合能为-7. 51 kcal/mol;分子动力学模拟观察了10 ns内... 详细信息

基于分子对接、分子动力学模拟、紫外吸收光谱法、荧光光谱法与红外光谱法,研究了细胞色素CYP2C9与双酚A (BPA)之间的相互作用。分子对接研究表明,对接位点位于Thr364附近的空腔,结合能为-7. 51 kcal/mol;分子动力学模拟观察了10 ns内蛋白的整体构象变化,发现Thr364也是BPA与CYP2C9发生相互作用时的结合位点。光谱学研究发现CYP2C9与双酚A结合发生荧光增强现象,并且它们间的相互作用力主要为疏水作用力;二级结构中β-转角、无规则卷曲与β-折叠等也发生明显变化;随着底物浓度增加紫外吸收峰有明显上升且伴随红移。模拟计算与光谱检测均表明CYP2C9与BPA间存在较强的相互作用。

关键词：细胞色素CYP2C9 双酚A 计算模拟光谱法相互作用

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黑龙江金厂矿区热液成矿过程计算模拟及成矿机制探讨

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桂林理工大学学报 2015年第4期35卷 780-785页

作者：赵义来罗先熔欧阳菲桂林理工大学地球科学学院广西桂林541004 桂林理工大学广西隐伏金属矿产勘查重点实验室广西桂林541004

黑龙江金厂金矿是一特大型金矿床,该区中生代构造-岩浆活动强烈,并伴随大规模的热液蚀变活动,形成了金厂矿床的隐爆角砾岩型、裂隙充填型、岩浆穹窿型及接触带型等多种矿化类型,而热液扩容充填成矿可作为该矿区的代表性矿化类型。通过FL... 详细信息

黑龙江金厂金矿是一特大型金矿床,该区中生代构造-岩浆活动强烈,并伴随大规模的热液蚀变活动,形成了金厂矿床的隐爆角砾岩型、裂隙充填型、岩浆穹窿型及接触带型等多种矿化类型,而热液扩容充填成矿可作为该矿区的代表性矿化类型。通过FLAC3D软件进行金厂矿区热液成矿过程计算模拟,结果表明:燕山晚期花岗斑岩对本区金成矿具有控制作用;本区温度场的分布受成矿岩体规模控制;受东西向压应力场影响,本区出现了NW、NE向的剪切应变带及NEE-SWW向展布的张应变扩容区,扩容区不仅与流体汇流、实际成矿位置对应较好,还指示了新的找矿靶区。

关键词：热液成矿计算模拟成矿机制金厂金矿黑龙江

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有机添加剂柠檬酸与乙二胺四乙酸吸附在 Mg(0001)表面的计算模拟研究

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原子与分子物理学报 2022年第3期39卷 38-45页

作者：王群林小龙孙静肖蔺娟彭思杰阿力莫子牛魏荣伯孙玉希绵阳师范学院生命科学与技术学院绵阳621006 绵阳师范学院生态安全与保护四川省重点实验室绵阳621006 绵阳师范学院光致功能材料重点实验室绵阳621006 曲阜师范大学生命有机分析重点实验室曲阜273165 北京市食品风味化学重点实验室北京100048

镁及镁合金具有良好的生物降解性,生物相容性和优异的力学相容性,作为新一代理想的可降解医用金属材料具有巨大的潜力,但植入人体后,极易腐蚀和降解.本工作用密度泛函理论计算模拟方法研究了有机添加剂柠檬酸与乙二胺四乙酸在Mg(0001)... 详细信息

镁及镁合金具有良好的生物降解性,生物相容性和优异的力学相容性,作为新一代理想的可降解医用金属材料具有巨大的潜力,但植入人体后,极易腐蚀和降解.本工作用密度泛函理论计算模拟方法研究了有机添加剂柠檬酸与乙二胺四乙酸在Mg(0001)表面的吸附.通过吸附能,分态密度,差分电荷密度及布居电荷分析发现柠檬酸与乙二胺四乙酸在Mg(0001)表面存在强烈的Mg-O"单齿"和O-Mg-O"双齿"共价相互作用,而乙二胺四乙酸平躺于Mg(0001)表面有最强的相互作用.研究结论有望为在有机添加剂改善镁及镁合金生物医用材料的腐蚀及降解方面提供有用的理论指导.

关键词：镁及镁合金密度泛函理论计算模拟柠檬酸乙二胺四乙酸

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