检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：邓磊张祖平唐勇军张敬普

在全基因组范围内识别生物大分子的相互作用及功能有助于更深层次、更全面地了解大分子的功能机制及其相关疾病的发生机理。生物大数据时代的到来和以人工智能为代表的信息技术的发展，为基于计算的大分子相互作用和功能预测创造了条件... 详细信息

在全基因组范围内识别生物大分子的相互作用及功能有助于更深层次、更全面地了解大分子的功能机制及其相关疾病的发生机理。生物大数据时代的到来和以人工智能为代表的信息技术的发展，为基于计算的大分子相互作用和功能预测创造了条件。该项目融合多源异构信息，采用人工智能新方法和新技术，针对非编码RNA功能预测、蛋白质相互作用热点识别和蛋白质相互作用及功能预测等问题，研究开发了一系列新的、高效的计算预测方法，提升了现有方法的性能或效率。8篇代表作及论文共计被SCI他引291次，单篇最高他引90次，得到生物信息领域的国内外著名科学家、著名大学和研究机构的高度评价及权威专著的大篇幅引用。项目主要创新成果如下： 1)研发了基于多源异构网络融合的1ncRNA相互作用和功能预测方法。针对1ncRNA序列较长、保守性低和实验数据不足等问题，构建了基于多种异构数据源的全局网络，运用网络传播算法、Katz度量方法和基于多神经网络的层次多标签分类方法,建立了有效的1ncRNA相互作用和功能预测模型。通过融合更多的异构生物数据可以比已有的技术更准确的预测出1ncRNA相互作用及功能，覆盖度也更高。该工作得到美国医学与生物工程学院院士潘毅教授、瑞士伯尔尼大学Rory Johnson教授等人的高度评价与大篇幅引用，其中单篇最高SCI他引论文的IF为53.242。 2)提出了基于集成学习的蛋白质相互作用位点识别方法。在蛋白质-RNA相互作用热点识别方面，首次结合残基相互作用网络特征和溶剂暴露特征，将梯度提升树、支持向量机和随机森林模型的预测结果进行加权平均，取得了更加准确的预测结果。在蛋白质-蛋白质相互作用热点预测方面，研发了基于XGBoost算法和结构邻居属性的高效热点预测模型。在蛋白质-RNA相互作用位点方面，提出了基于梯度树提升算法和基于结构邻居属性的集成预测模型，预测结果具有更好的精度和鲁棒性。该工作被美国橡树岭国家实验室生物部门主任Julie C Mitchell以及多名国内外知名专家高度评价。 3)发展了基于多源信息融合的蛋白质相互作用及功能预测方法。首次融合了序列信息、大规模结构比对信息和特定位点打分矩阵等信息，提出了基于贝叶斯网络的蛋白质结构域功能预测方法，显著提升了结构域功能预测效果。研发了全新的预测1ncRNA-蛋白质相互作用的方法PLPIHS,通过随机游走算法计算出多源网络中所隐藏的特征信息，然后结合机器学习方法进行预测，AUC分数达到了0.97。该工作被匈牙利科学院Gdibor E.等人在Bioinformatics、美国加州大学河滨分校知名教授Tao Jiang在BMC Bioinformatics上进行了大段引用或作为基准测试方法。

关键词：蛋白质结构人工智能计算预测方法

来源：评论

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蛋白质复合物组计算预测方法的研究与展望

引用

医学分子生物学杂志 2015年第4期12卷 243-247页

作者：眭维国甘晴薛雯陈洁晶欧明林常燕戴勇中国人民解放军第181医院肾脏科全军器官移植与透析治疗中心广西代谢性疾病研究重点实验室广西区桂林市541002 广西师范大学生命科学学院广西区桂林市541004 暨南大学第二临床医学院(深圳市人民医院)临床医学研究中心广东省深圳市518020

当今系统生物学研究的重要课题之一就是蛋白质复合物组。对蛋白质复合物组中的蛋白质复合物及其相互作用进行全面、深入的研究，可以实现对蛋白复合物参与整个细胞生物进程的了解。近年来，大量从蛋白质组学数据中预测蛋白质复合物而得... 详细信息

当今系统生物学研究的重要课题之一就是蛋白质复合物组。对蛋白质复合物组中的蛋白质复合物及其相互作用进行全面、深入的研究，可以实现对蛋白复合物参与整个细胞生物进程的了解。近年来，大量从蛋白质组学数据中预测蛋白质复合物而得到复合物组网络表达的计算方法、计算模型已被开发出来，这类计算预测方法为生命活动的复杂规律研究提供了重要手段。现将蛋白质复合物组计算预测方法关于生物信息学的研究进步及在各研究领域的应用综述如下，并对其发展前景进行了展望。

关键词：蛋白质复合物组蛋白质复合物蛋白质相互作用网络计算预测方法生物信息学

来源：评论

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人类疾病相关的microRNA预测研究

人类疾病相关的microRNA预测研究

引用

作者： MUGUNGA ISRAEL 厦门大学

学位级别：硕士

MicroRNAs(miRNAs)是一类非编码且有调控功能的小分子RNA。它主要在后转录阶段调控基因的表达,同时,对疾病发病机理的研究有着重要意义。识别与疾病相关的miRNA是研究疾病致病机理的基础。生物实验是一种识别miRNA是否与疾病相关的主要... 详细信息

MicroRNAs(miRNAs)是一类非编码且有调控功能的小分子RNA。它主要在后转录阶段调控基因的表达,同时,对疾病发病机理的研究有着重要意义。识别与疾病相关的miRNA是研究疾病致病机理的基础。生物实验是一种识别miRNA是否与疾病相关的主要的方法。由于生物方法的一些缺点(如实验成本高、周期长),现已经有许多研究者通过不同的计算方法去发现miRNA与疾病的关联,从而辅助生物实验研究。使用计算方法去预测潜在的疾病与miRNA关联是一种直接且有效地方法。但现在只有少量预测算法可以达到较好的预测准确率,这也是面临的主要问题。因此,本文提出了基于路径的随机游走算法预测潜在的miRNA与疾病关联的方法,从而去克服计算方法的研究挑战。除此之外,本文还从miRNA与疾病的数据网络中提取相似性,并将其作为miRNA与疾病的特征值。基于随机游走的预测算法,游走点通过计算MiRNA与疾病向量的相似性,从疾病向量游走到miRNA向量。从而对于任意给定疾病,可计算miRNA与该疾病的相似性得分,且得分越高的miRNA是越可能与该疾病相关。最后,我们将所提出的算法应用在两种肿瘤数据集中进行miRNA的预测。我们将乳腺肿瘤和胰腺肿瘤作为我们的研究案例,从而检验算法的预测效果。跟已有的模型相比,我们的预测模型取得了更优的预测效果。

关键词：疾病相关的miRNA 计算预测方法随机游走相似性得分系统生物学

来源：评论

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两种药物安全性预测评价方法及其在线分析软件的构建

两种药物安全性预测评价方法及其在线分析软件的构建

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作者：邢莉浙江大学

学位级别：硕士

安全性评价是药物研发的核心环节,受到各国药品监管部门和学术界的高度重视。基于实验成本以及动物福利等因素的考量,计算预测等替代方法在药物安全性评价中日益受到重视。本文以毒理基因组学及药物毒性相关蛋白为切入点,研究建立了两... 详细信息

安全性评价是药物研发的核心环节,受到各国药品监管部门和学术界的高度重视。基于实验成本以及动物福利等因素的考量,计算预测等替代方法在药物安全性评价中日益受到重视。本文以毒理基因组学及药物毒性相关蛋白为切入点,研究建立了两种药物安全性预测评价方法及其软件分析平台,丰富了药物临床前安全性评价技术体系。主要工作与研究结果如下：(1)建立了基于毒理基因组学的药物肝毒性分析方法及其软件分析工具LTMap (Liver Toxicological Map)。本研究将Lamb等开发的基于Kolmogorov-Smirnov统计算法的秩排序方法应用于大型毒理基因组学Open TG-GATEs数据库的基因表达谱分析,结合外部验证实例探讨了该方法在研究药物肝毒性作用机制及发现药物潜在肝毒性方面的作用。本研究还进一步开发了相关的在线分析软件-LTM ap,该软件操作简单,结果准确。(2) 根据靶点与副作用之间的关系建立了一套药物潜在副作用预测方法及相应的软件分析工具TADRR (Target-ADRRelation)。该研究首先利用已知的药物毒性相关靶点及其对应的配体化合物结合Keiser等开发的SEA算法建立了一套可大规模预测化合物靶点的方法,进而采用“连坐法(guilt-by-association) "建立靶点-副作用关联,最终实现利用药物-靶点-副作用关联进行药物潜在副作用的预测。为方便使用,本研究进一步搭建了TADRR在线分析平台,只需输入化合物的二维结构,便可利用TADRR预测其潜在的副作用。

关键词：药物安全性评价计算预测方法毒理基因组学药物毒性相关蛋白药物副作用

来源：评论

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变形介质油气藏工程计算预测方法和应用

变形介质油气藏工程计算预测方法和应用

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作者：王新海宋岩张冬丽徐义卫王祖文宋周成安勇谢又新李再均聂采军江山龚文平胡德高马卫国郭立波长江大学

该项目首次系统、完整地建立了煤层气定向羽状水平井开采的数学模型,它考虑了煤层低渗非达西渗流、变形、吸附、解吸、扩散等特征。开发的煤层气定向羽状水平井开采数值模拟软件,填补了国内该类软件方面的空白。。首次研制的变形介质低... 详细信息

标准号: gkls043105

该项目首次系统、完整地建立了煤层气定向羽状水平井开采的数学模型,它考虑了煤层低渗非达西渗流、变形、吸附、解吸、扩散等特征。开发的煤层气定向羽状水平井开采数值模拟软件,填补了国内该类软件方面的空白。。首次研制的变形介质低渗非达西渗流的油藏数值模拟软件,能模拟其它软件不能有效模拟绝对渗透率动态变化且渗流不满足达西定律的油水两相渗流问题。首次建立了可反映自喷井流动期井底压力上升现象的数学模型。建立了压敏表皮系数和相应调查半径方程,提出了压敏表皮系数与压敏系数、试井压差等因素的关系。首次建立了非均匀损害半径方程,进而建立了非均匀损害试井定量评价方法。在注蒸汽开采数学模型中考虑地层绝对渗透率的压力敏感性和盐敏效应,开发出了动态地质模型稠油注蒸汽开采数值模拟方法和软件。

关键词：变形介质油气藏工程计算预测方法

来源：评论

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