检索结果-内蒙古大学图书馆

生物工程学报 2006年第5期22卷 707-712页

作者：王永杰姚勤陈克平韩序江苏大学生命科学研究院安徽省农业科学院水产研究所合肥230031

为了进一步认识家蚕浓核病毒BmDNV-3(中国株)VD1基因组的结构和功能,VD1被分离、纯化、克隆到pUC119载体上,完成了基因组全序列的测定。序列分析显示VD1基因组全长为6543个核苷酸,末端拥有224个核苷酸反向重复序列(ITRs)。VD1基因组正... 详细信息

为了进一步认识家蚕浓核病毒BmDNV-3(中国株)VD1基因组的结构和功能,VD1被分离、纯化、克隆到pUC119载体上,完成了基因组全序列的测定。序列分析显示VD1基因组全长为6543个核苷酸,末端拥有224个核苷酸反向重复序列(ITRs)。VD1基因组正链含有3个大的开放阅读框(ORF1-3),负链含有1个大的开放阅读框(ORF4)。比较BmDNV-3的VD1和BmDNV-2(Yamanashiisolate)的VD1基因组全序列,两者同源性为98.4%,并且有107个碱基的替代和1个碱基插入,氨基酸突变集中在VD1ORF3和VD1ORF4。Northern杂交结果显示VD1的左边正链上有1.1kb和1.5kb两个转录本,右边的负链上有一个3.3kb转录本。3′和5′-RACE结果显示1.1kb转录本开始于nt290,结束于nt1437;1.5kb转录本开始于nt1423,结束于nt2931;3.3kb转录本开始于nt6287,结束于nt2922。正链上1.5kb转录本和负链上3.3kb转录本拥有10个核苷酸的3′端的共同序列。研究结果显示该病毒基因转录与已报道的其它浓核病毒存在较大的差异性。

关键词：家蚕浓核病毒序列分析转录分析

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衣藻的核基因组转化及外源基因转录分析

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四川大学学报（自然科学版） 2016年第3期53卷 695-699页

作者：王双辉刘芮均兰利琼四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064

通过珠磨法将衣藻表达载体pSP108转入到莱茵衣藻细胞壁缺陷型CC-400藻株中,经抗性筛选及PCR鉴定,获得了24个转化藻株.在抗性基因ble编码序列的中间部位和末端部位分别设计两对不同的探针引物,运用实时荧光定量PCR对转基因藻株进行外源... 详细信息

通过珠磨法将衣藻表达载体pSP108转入到莱茵衣藻细胞壁缺陷型CC-400藻株中,经抗性筛选及PCR鉴定,获得了24个转化藻株.在抗性基因ble编码序列的中间部位和末端部位分别设计两对不同的探针引物,运用实时荧光定量PCR对转基因藻株进行外源基因转录水平的分析.结果发现:不同转化藻株外源基因的转录水平有明显差异;同一转化藻株两对探针引物,外源基因的转录水平也存在差异.说明莱茵衣藻在转化过程中,外源基因整合到基因组上的片段数量及片段长度和完整性具有不确定性.

关键词：莱茵衣藻珠磨法外源基因ble 转录分析

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柞蚕核型多角体病毒ptp-1、ptp-2基因序列比较及转录分析(英文)

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蚕业科学 2007年第2期33卷 307-310页

作者：石生林潘敏慧鲁成西南大学农业部蚕桑学重点开放实验室

柞蚕核型多角体病毒(Antheraea pernyinucleopoly hedrovirus,ApNPV)是柞蚕脓病病原,有关ApNPV的分子生物学研究可为病害综合防治提供理论依据。对ApNPVptp-1、ptp-2基因序列特性进行计算机辅助分析,并就其转录特性进行RT-PCR分析。结... 详细信息

柞蚕核型多角体病毒(Antheraea pernyinucleopoly hedrovirus,ApNPV)是柞蚕脓病病原,有关ApNPV的分子生物学研究可为病害综合防治提供理论依据。对ApNPVptp-1、ptp-2基因序列特性进行计算机辅助分析,并就其转录特性进行RT-PCR分析。结果表明:ApNPVptp-1、ptp-2基因均具有早期基因序列特性,但在柞蚕蛹体内这2个基因分别于感染后72、96 h开始转录,属于杆状病毒晚期基因家族。只有部分鳞翅目杆状病毒编码ptp-1、ptp-2基因同源区,非鳞翅目杆状病毒不编码ptp-1、ptp-2基因同源区,而ApNPV为鳞翅目杆状病毒,同时编码ptp-1、ptp-2基因同源区。PTP-1、PTP-2蛋白氨基酸序列中均含有双特异性蛋白磷酸酶(DSPc)结构域和酪氨酸特异性蛋白磷酸酶结构域,但在杆状病毒生命周期中,这2个蛋白是否具有相同的功能尚不清楚。

关键词：柞蚕核型多角体病毒 ptp基因转录分析

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柞蚕核多角体病毒lef-12基因序列及转录分析(英文)

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蚕业科学 2008年第4期34卷 772-776页

作者：石生林潘敏慧王强鲁成西南大学农业部蚕桑学重点开放实验室重庆400716 沈阳农业大学生物科学技术学院沈阳110161

为加强柞蚕核多角体病毒(Anthraea pernyinucleopolyhedrovirus,ApNPV)的分子基础研究,对ApNPVlef-12基因进行序列及转录分析。ApNPVlef-12基因长516个核苷酸,编码171个氨基酸,预测分子质量19.0 kD。Ap-NPVlef-12基因5′端非编码区含有杆状病毒晚期基因启动子模序(ATAAG),但终止密码子(TAG)下游没有典型的多聚腺苷酸信号(AATAAA)。PSI-BLAST表明18种鳞翅目NPV编码ApNPV LEF-12同源蛋白;ApNPV LEF-12蛋白与类群ⅠNPVLEF-12的氨基酸一致性高于其与类群ⅡNPVLEF-12的氨基酸一致性。ApNPVLEF-12蛋白及与其关系较近的同源蛋白的有效密码子数较低。转录分析表明,ApNPVlef-12基因属晚期表达基因。

关键词：柞蚕 lef-12基因核多角体病毒转录分析

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猪圆环病毒2型SD2分离株ORF3基因转录分析

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中国畜牧兽医 2009年第8期36卷 128-130页

作者：丁鹏李俊于周程凯慧吴家强王金宝青岛农业大学青岛266109 山东省农业科学院畜牧兽医研究所济南250100

对PCV2 SD2株(DQ478947)进行了序列分析发现,其含有11个开放阅读框,与以往分离株开放阅读框有较大差异。根据GenBank发表的PCV2序列设计特异性引物,扩增ORF3基因,预计扩增片段大小为209 bp。分别在接毒后12、24、364、8 h,用Trizol法自... 详细信息

对PCV2 SD2株(DQ478947)进行了序列分析发现,其含有11个开放阅读框,与以往分离株开放阅读框有较大差异。根据GenBank发表的PCV2序列设计特异性引物,扩增ORF3基因,预计扩增片段大小为209 bp。分别在接毒后12、24、364、8 h,用Trizol法自病毒细胞裂解液提取总RNA,然后用DNase I处理,除去残留的病毒DNA,利用醋酸纤维素分离mR-NA,用上述引物进行RT-PCR扩增。在接毒24 h后扩增出的目的片段大小与预计扩增片段大小相符合,测序结果表明扩增片段与PCV2 SD2(DQ478947)ORF3基因序列相符。由此证实,PCV2山东分离株ORF3基因可在接毒24 h后于转录水平表达,为ORF3基因的深入研究打下了基础。

关键词：猪圆环病毒2型 ORF3基因转录分析

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鲤鱼蛋白酶体激活因子PA28-α亚单位基因克隆、鉴定及时空转录分析

鲤鱼蛋白酶体激活因子PA28-α亚单位基因克隆、鉴定及时空转录分析

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作者：谭业平吉林大学

学位级别：硕士

本研究以鲤PA28-α亚单位cDNA3′端部分片段为核酸探针,应用核酸杂交法筛选有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库,克隆了PA28-α亚单位cDNA,全长1097bp,含有编码249个氨基酸的开放阅读框,推测的蛋白序列与斑马鱼PA28-α同源性高达9... 详细信息

本研究以鲤PA28-α亚单位cDNA3′端部分片段为核酸探针,应用核酸杂交法筛选有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库,克隆了PA28-α亚单位cDNA,全长1097bp,含有编码249个氨基酸的开放阅读框,推测的蛋白序列与斑马鱼PA28-α同源性高达92%,GenBank获得注册号为DQ453126。PCR方法克隆了PA28-α基因组DNA,全长3583bp,含有11个外显子和10个内含子且内含子外显子剪接位点均遵守GT-AG规则,获得GenBank注册号为EF051469。此外,根据PA28-αcDNA设计引物,半定量RT-PCR方法分析了正常白细胞和丝列原刺激的白细胞中该基因不同时间的转录差异,还分析了其组织转录谱。结果显示:丝裂原刺激白细胞中PA28-α转录增强,尤其是ConA刺激后增强尤为显著,但是随着时间的延长增强幅度下降。提示PA28-α的转录对于不同的诱导物敏感程度不同,也说明细胞受刺激早期发挥免疫作用;在鲤鱼鳃、肾、脾脏、肌肉、脑、心、肝七个组织均有转录,嗜水气单胞菌Ahcs01菌株刺激鲤鱼48小时后转录不同程度增强,其中与免疫相关的组织增强明显,脾脏尤为显著,这与PA28-α在MHCⅠ类分子介导的抗原呈递过程中具有重要作用相一致。

关键词：鲤鱼 PA28-α cDNA克隆基因组DNA克隆序列分析转录分析

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桃蚜浓核病毒MpDV2基因组扩增、转录分析及植物对其传播的影响

桃蚜浓核病毒MpDV2基因组扩增、转录分析及植物对其传播的影响

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作者：杨炀西北农林科技大学

学位级别：硕士

在寄主植物-昆虫-病原微生物的三级营养系统中,植物在调节昆虫与其致病病毒的互作方面发挥着重要作用。目前,关于寄主植物影响昆虫病毒传播的研究主要集中在大分子DNA杆状病毒和一些RNA病毒上,而植物对其他昆虫病毒的影响尚不清楚。桃蚜... 详细信息

在寄主植物-昆虫-病原微生物的三级营养系统中,植物在调节昆虫与其致病病毒的互作方面发挥着重要作用。目前,关于寄主植物影响昆虫病毒传播的研究主要集中在大分子DNA杆状病毒和一些RNA病毒上,而植物对其他昆虫病毒的影响尚不清楚。桃蚜(Myzus persicae)是一种世界性的刺吸式害虫,严重危害农作物的产量和品质。本实验室前期在杨凌野外桃蚜种群中发现一种新的浓核病毒(Myzus persicae densovirus 2,MpDV2)。浓核病毒(Densovirus,DV)隶属于细小病毒科(Parvoviridae)、浓核病毒亚科(Densovirinae),是一类单链、小分子DNA病毒。本文进一步扩增获得桃蚜浓核病毒MpDV2的全基因组,解析病毒的转录策略,并测定寄主植物对病毒传播的影响,取得的主要结果如下: ***2的基因组扩增通过重叠PCR结合末端扩增技术获得MpDV2基因组全长序列。该病毒基因组全长为5727 nt,两端具有完整的末端重复序列(Inverted terminal repeat sequences,ITRs)。ITRs长度为236 nt(1-236和5493-5727 nt),同时末端88 nt序列(1-88和5641-5727 nt)是不完美的回文序列,可以折叠形成“I”型发卡结构。 ***2的转录分析 RACE分析表明,MpDV2采用双义编码策略,含有3个内含子。正义链包含2个NS蛋白的转录本,分别编码NS1蛋白(666 aa)和NS2蛋白(366 aa);反义链包含2个VP蛋白的转录本,分别编码C端序列一致的VP1蛋白(723aa)和VP2蛋白(515 aa)。MpDV2蛋白具有浓核病毒保守的4个结构域,分别是RCR、SF3 DNA解旋酶、PLA2和Denso-VP4结构域。 ***2的进化分析系统发育分析表明,MpDV2与其他蚜虫浓核病毒聚在一起,都属于半翅目双义浓核病毒属(Hemiambidensovirus)。但MpDV2与I-型桃蚜浓核病毒(MpDV1)和烟蚜浓核病毒(Myzus persicae nicotianae densovirus,Mpn DV)分属不同的分支,且MpDV2与其他浓核病毒的NS1蛋白序列相似度小于85%,表明MpDV2是一个新种或是一个新的株系。 4.寄主植物对MpDV2传播的影响通过测定甘蓝和辣椒饲养的桃蚜种群中MpDV2的传播效率,结果显示,不同寄主植物(甘蓝和辣椒)对病毒的垂直传播和唾液介导的水平传播没有显著影响,但蜜露介导的水平传播效率在不同寄主植物上存在显著差异(甘蓝上传播效率为64.93%,辣椒上仅为16.80%),表明寄主植物会影响病毒在桃蚜种群中的水平传播。进一步分析表明,尽管两种植物上蚜虫单位质量蜜露中的病毒含量一致,但在辣椒上MpDV2感染蚜虫的蜜露产生量显著低于在甘蓝上,且在辣椒上MpDV2感染蚜虫所产蜜露中的病毒总量显著低于在甘蓝上,表明寄主植物可通过调控蚜虫蜜露的产生影响MpDV2的水平传播。综上所述,本研究获得MpDV2基因组全长序列,分析病毒的转录模式和进化关系,发现寄主植物可以通过调控蚜虫蜜露的产生影响MpDV2的水平传播,这暗示着在自然界中寄主植物可能操控蚜虫浓核病毒的扩散。研究结果为揭示浓核病毒-蚜虫-植物三者互作关系以及桃蚜防控奠定理论基础。

关键词：桃蚜浓核病毒基因组扩增转录分析传播

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鲤鱼白细胞介素-1β基因克隆、鉴定及时空转录分析

鲤鱼白细胞介素-1β基因克隆、鉴定及时空转录分析

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作者：何江帅吉林大学

学位级别：硕士

本研究应用核酸杂交法,以鲤鱼白细胞介素-1βcDNA部分片段为探针,筛选丝裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库,克隆了白细胞介素-1β全长cDNA序列,测得全长序列为1213bp,包含831bp的开放阅读框,推测编码276个氨基酸：根据所获得的全长cDN... 详细信息

本研究应用核酸杂交法,以鲤鱼白细胞介素-1βcDNA部分片段为探针,筛选丝裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库,克隆了白细胞介素-1β全长cDNA序列,测得全长序列为1213bp,包含831bp的开放阅读框,推测编码276个氨基酸：根据所获得的全长cDNA序列设计引物,以鲤鱼脾脏基因组DNA为模板,克隆了白细胞介素-1β基因组DNA,序列全长为2451bp,其中含有6个内含子和7个外显子,并且外显子和内含子剪接位点都符合GT-AG规则；荧光定量PCR分析鲤鱼正常白细胞和有丝分裂原刺激的白细胞中,白细胞介素-1β基因不同时间段以及不同刺激物作用后的转录差异,实验结果表明：有丝分裂原刺激的白细胞中白细胞介素-1β转录增强,特别是LPS、PHA联合刺激后转录增强极显著,但是随着时间的延长转录增强的幅度呈下降趋势,可见白细胞介素-1β的转录对不同的诱导物敏感度不同,推测白细胞受刺激早期发挥免疫作用。

关键词：鲤鱼白细胞介素-1β cDNA克隆基因组DNA 序列分析转录分析

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龙须菜世代差异基因在其不同世代及不同发育阶段的转录分析

龙须菜世代差异基因在其不同世代及不同发育阶段的转录分析

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作者：王莉莉中国海洋大学

学位级别：硕士

龙须菜（Gracilaria lemaneiformis）是一种重要的产琼胶红藻，其生活史包括一个单倍的配子体世代和两个二倍的孢子体世代，即四分孢子体及寄生在雌配子体上的果孢子体。龙须菜的四分孢子体和雌、雄配子体在形态上是相同的，可在同一时... 详细信息

龙须菜（Gracilaria lemaneiformis）是一种重要的产琼胶红藻，其生活史包括一个单倍的配子体世代和两个二倍的孢子体世代，即四分孢子体及寄生在雌配子体上的果孢子体。龙须菜的四分孢子体和雌、雄配子体在形态上是相同的，可在同一时间和空间条件下观察到三种藻体，只有在藻体成熟后通过孢子囊、配子囊或果孢子体等特征才能区分。到目前为止，关于红藻性别相关基因在其不同世代及不同发育阶段的调控等还不清楚，相关报道很少，也不够深入。本文拟运用实时荧光定量 PCR技术对在之前构建的龙须菜配子体抑制性消减杂交文库中筛选得到的阳性克隆进行进一步的分析及筛选验证，为龙须菜性别及世代发育调控机制的研究进行初步探讨，同时也为红藻类的性别决定研究提供更多的参考。\n 研究表明，内参基因的选择对实时荧光定量PCR的结果会产生直接的影响。尤其是对于本实验所针对不同世代及发育阶段的龙须菜来说，常用的一些内参基因不一定适合。因此本论文以龙须菜雌配子体的成熟部分及未成熟部分、四分孢子体以及雄配子体为实验材料，首先进行实时荧光定量 PCR内参基因的筛选。根据geNorm和NormFinder两种软件对9个候选内参基因ACT、Rubc-L、GAPDH、ITS1、18S、28S、CoI、PEB、NR在四种实验材料中表达的稳定性进行评价，选择了表达最稳定的Rubc-L基因和CoI基因作为内参基因，对龙须菜不同性别及不同发育阶段差异表达基因实时荧光定量PCR分析。\n 为了得到在龙须菜不同世代及不同发育阶段的差异表达基因，即潜在的相关基因，本实验室在前期工作中建立了5个龙须菜抑制性消减杂交文库并进行了斑点杂交分析和测序。本论文通过对这些SSH文库筛选得到的1873个阳性克隆的序列进行聚类分析，共得到了365条可用序列，其中包括118个重叠群以及247条未被聚类进任何重叠群的单条序列。用Blast2GO在线软件对聚类得到的序列进行了注释分析，对消减杂交结果进行了进一步的整理和明确。由于时间关系本论文只选取了其中的8条序列进行定量PCR分析。其中包括全部属于雌配子体库中的4条序列，contig-3、contig-52、contig-60和7310，雄配子体库中的3条序列，contig-35、contig-11和contig-19以及一个各库混杂的序列contig-44。经分析发现，contig-3、contig-60、contig-52和7310的相对表达基本与SSH文库筛选结果一致，在雌配子体中大量表达，序列7310是与发育相关的一个基因，在雌配子体中的表达量远远大于四分孢子体和雄配子体，而在成熟与未成熟的雌配子体中没有明显表达差异，有可能这个序列与雌配子体细胞中早期与发育为雌性特征的表达相关。\n 981型龙须菜是选育出的耐高温良种。经长期的栽培发现其营养生长旺盛且不易成熟，因此不易断折。为了探究981的该种特性与生长发育调控的关系，我们从已建立的抑制性消减杂交文库中筛选了7个四分孢子体差异表达基因进行进一步的筛选分析。分析结果显示尽管这些基因与有性生殖无关，但与生长相关的基因在981龙须菜中的高表达也证实了该良种生长的优势。

关键词：龙须菜世代差异基因发育阶段转录分析

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铜载体SF2768合成基因簇的转录分析和聚酮合酶基因(gld)的功能研究

铜载体SF2768合成基因簇的转录分析和聚酮合酶基因(gld)的功能研究

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作者：杨攀雷华中农业大学

学位级别：硕士

本论文以来自于两个链霉菌的次级代谢产物生物合成基因簇为研究对象，通过不同的研究方法对这两个生物合成基因簇的功能进行了初步的探究，具体研究内容和结果如下：　　1.铜载体SF2768生物合成基因簇的转录分析　　来自于硫藤黄链霉菌... 详细信息

本论文以来自于两个链霉菌的次级代谢产物生物合成基因簇为研究对象，通过不同的研究方法对这两个生物合成基因簇的功能进行了初步的探究，具体研究内容和结果如下：　　1.铜载体SF2768生物合成基因簇的转录分析　　来自于硫藤黄链霉菌的NRPS基因簇（sfa）负责双异腈类铜载体SF2768的生物合成。除了5个必需基因（sfaA-E）以外，在sfa基因簇中还有一些与调控、转运、短链脂肪酸合成相关的基因存在，其中某些基因的缺失也会降低化合物SF2768的产量，暗示着它们也可能参与了化合物SF2768的合成。包括5个必需基因在内，从orf12到sfaE，共有12个紧密排列的基因转录方向相同。为了研究这些功能尚未确定的基因与必需基因之间的相关性，本研究采用RT-PCR的方法调查了这12个基因的共转录情况，发现除了外排蛋白基因orf12以外，其余11个基因均位于同一操纵子内，一起转录和表达，反映出它们的功能具有显著的相关性。其中orf13（3-羰酰-ACP合成酶基因）、orf14（酰基载体蛋白基因）和orf16（硫酯酶基因）与短链脂肪酸的合成相关，极有可能参与了铜载体SF2768的短链脂肪酸单元的合成。　　2.聚酮合酶基因簇gld的功能研究　　聚酮合酶基因簇gld来自链霉菌SH-62，与来源于StreptomycesautolyticusCGMCC0516的格尔德霉素生物合成基因簇gdm具有很高的相似性，极可能也合成格尔德霉素。但是在链霉菌SH-62和gld基因簇的异源表达菌株中均没有检测到格尔德霉素，而是生成分子量较小的化合物GD-上和GD-下，推测可能是gld基因簇异常表达所形成的代谢中间产物。为了寻找其原因，本研究在第一个PKS基因gldAI敲除实验的基础上，利用CRISPR/Cas9-codA(sm)系统对最后一个PKS基因gldAIII也进行了敲除，发现该基因的缺失并没有影响异源表达产物的合成，表明gldAIII基因没有发挥功能。　　进一步检查gld基因簇的序列，发现其中有大约3kb区域的序列质量较差。因此，本研究对这个区域进行了克隆及再次测序，最后得到完整的基因簇序列信息。进一步的生物信息学分析，在基因水平上没有发现gld基因簇有明显的缺失或异常，而实际情况如何还有待后续基因簇转录及表达情况的检测分析。

关键词：链霉菌 SF2768合成基因簇聚酮合酶基因次级代谢产物转录分析

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