检索结果-内蒙古大学图书馆

上海海洋大学学报 2025年第1期34卷 94-110页

作者：雷文晶徐兢贾钊柳轶帆郭旭王俊亚邹钧上海海洋大学水产与生命学院上海201306

克隆了草鱼(Ctenopharyngodon idella)TAP1、TAP2a、TAP2t基因、分析了其在系统进化中的地位,发现草鱼TAP基因结构非常保守,与鲤科鱼类亲缘关系最近。通过对TAP蛋白的结构预测发现草鱼TAP蛋白含有多个跨膜区,并具有ATP结合盒式蛋白(ATP-... 详细信息

克隆了草鱼(Ctenopharyngodon idella)TAP1、TAP2a、TAP2t基因、分析了其在系统进化中的地位,发现草鱼TAP基因结构非常保守,与鲤科鱼类亲缘关系最近。通过对TAP蛋白的结构预测发现草鱼TAP蛋白含有多个跨膜区,并具有ATP结合盒式蛋白(ATP-binding cassette transporter, ABC)超家族的典型结构特征。草鱼TAP基因在脾脏和头肾组织中表达量较高;感染嗜水气单胞菌(Aeromonus hydrophila)72 h后,TAP1、TAP2a、TAP2t表达显著上调。植物血凝素(Phytohemagglutinin, PHA)和聚肌苷酸-聚胞苷酸(Polyinosinicpolycytidylic acid)均可诱导草鱼TAP1、TAP2a、TAP2t的表达。此外,分析了细胞因子对TAP基因表达的影响,结果显示,伽马干扰素(IFN-γ)和白介素1beta(IL-1β)上调TAP1和TAP2t的表达。EPC细胞在感染鲤春病毒血症病毒(Spring viraemia of carp virus, SVCV)12、24和36 h后TAP1的表达量显著升高,TAP2t表达在12 h得到上调,提示TAP1和TAP2t参与宿主应答SVCV的免疫反应。研究结果为阐明鱼类MHC I的抗原呈递机制奠定基础。

关键词：抗原加工相关转运蛋白TAP MHCⅠ 草鱼转录表达分析细菌病毒

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核桃JrJAZ基因家族鉴定与转录表达分析

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河北农业大学学报 2021年第1期44卷 41-50页

作者：刘凯李津津王红霞李林晴赵书岗张俊佩马庆国张志华河北农业大学山区研究所/河北省山区农业技术创新中心/国家北方山区农业工程技术研究中心河北保定071001 河北农业大学园艺学院河北保定071001 河北农业大学生命科学学院河北保定071001 中国林业科学研究院林业研究所/国家林业和草原局林木培育重点实验室北京100091

为了揭示核桃JAZ基因家族在核桃生长发育中的作用,本研究通过构建隐马尔科夫模型与转录组数据结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索JAZ家族基因,对该家族进行理化性质、基因结构、保守基序、启动子元件、蛋白互作预测等生物信息学和低... 详细信息

为了揭示核桃JAZ基因家族在核桃生长发育中的作用,本研究通过构建隐马尔科夫模型与转录组数据结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索JAZ家族基因,对该家族进行理化性质、基因结构、保守基序、启动子元件、蛋白互作预测等生物信息学和低温胁迫下的转录表达分析。结果表明,核桃JAZ基因家族包含17个成员,蛋白长度范围为138~385个氨基酸,开放阅读框为417~1149 bp,等电点为8.47~10,全部为碱性不稳定亲水蛋白;含有典型的TIFY和jas 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可分为Group A、Group B、Group C和Group D 4个亚族。在低温胁迫48 h后经转录表达分析,JrJAZ1、JrJAZ3、JrJAZ4、JrJAZ5、JrJAZ7、JrJAZ9、JrJAZ15、JrJAZ16为差异表达基因,推测可能响应低温胁迫。本研究结果将为进一步研究该类基因的功能提供了重要线索和依据。

关键词：核桃 JAZ基因家族生物信息学分析转录表达分析

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高氮水平下大白菜叶柄PAL基因转录表达分析

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分子植物育种 2023年

作者：雷娟利赵彦婷岳智臣陶鹏胡齐赞李必元浙江省农业科学院蔬菜研究所

为了探究高氮水平引起大白菜叶柄黑点症加剧的机制，本研究通过对抗、感叶柄黑点症大白菜品系进行正常氮和高氮水平处理，处理前和处理后不同时间对叶柄取样并进行转录组测序，然后再对大白菜苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因进行鉴定及分析不... 详细信息

为了探究高氮水平引起大白菜叶柄黑点症加剧的机制，本研究通过对抗、感叶柄黑点症大白菜品系进行正常氮和高氮水平处理，处理前和处理后不同时间对叶柄取样并进行转录组测序，然后再对大白菜苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因进行鉴定及分析不同的大白菜苯丙氨酸解氨酶基因在正常氮水平和高氮水平及抗性品系和感性品系之间的差异表达，明确有4个大白菜苯丙氨酸解氨酶基因，2个PAL1基因BraA04g026260.3C与BraA05g008320.3C和2个PAL2基因BraA04g006280.3C与BraA09g044270.3C在高氮水平下表达量比正常氮水平下高，且在高氮水平下感性品系表达量高与抗性品系。因此推测这4个大白菜苯丙氨酸解氨酶基因可能与大白菜叶柄黑点症的形成有关。本研究为揭示大白菜叶柄黑点症发生的机制提供了科学依据。

关键词：大白菜叶柄黑点症发生苯丙氨酸解氨酶基因转录表达分析

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核桃JrDREB基因家族鉴定及其响应冷胁迫基因的转录表达分析

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分子植物育种 2023年

作者：王辉彭佳丽孔德璇刘凯李瑶玲赵书岗河北农业大学生命科学学院河北农业大学园艺学院滨州职业学院

DREB (dehydration responsive element binding protein)作为转录因子是一种干旱应答元件的结合蛋白，对植物的生长发育起着十分重要的调控作用。本研究在核桃全基因组挖掘DREB基因家族成员的基础上，对该家族成员进行了生物信息学分... 详细信息

DREB (dehydration responsive element binding protein)作为转录因子是一种干旱应答元件的结合蛋白，对植物的生长发育起着十分重要的调控作用。本研究在核桃全基因组挖掘DREB基因家族成员的基础上，对该家族成员进行了生物信息学分析，并结合核桃不同品种低温处理48 h后的转录组数据，以及不同组织的转录组数据，分析该家族基因在响应低温胁迫中的作用。结果表明：共获得65个DREB转录因子，基因长度为588～3 765 bp，编码的氨基酸为149～463 aa，等电点在4.72～9.48之间，分布在16条染色体上；系统发育分析表明DREB转录因子分为7个亚组(A1～A7)；核桃DREB基因家族的motif 1、motif 2和motif 4高度保守；冷害处理48 h后，根据转录组数据发现，65个核桃DREB基因家族成员的表达量均有差异，且在同种幼株的不同部位表达量也有所差异；对转录组数据筛选出的差异基因进行启动子分析以及蛋白质结构预测，推测JrDREB6、JrDREB55和JrDREB65 3个基因可能与核桃抵御冷害胁迫有关，且调控机制可能各不相同。本研究为核桃DREB基因家族成员在核桃植株中调控冷害胁迫的分子作用机制提供了理论支撑。

关键词：核桃 DREB 冷胁迫转录表达分析

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核桃Alfin-like基因家族鉴定与转录表达分析

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河北农业大学学报 2021年第4期44卷 51-57页

作者：李洋刘凯路粉王红霞王文桥河北省农林科学院植物保护研究所河北保定071001 河北农业大学山区研究所/河北省山区农业工程技术研究中心/国家北方山区农业工程技术研究中心河北保定071001 河北农业大学园艺学院河北保定071001

为了揭示核桃Alfin-like家族在核桃响应低温胁迫中的作用,本研究通过生物信息学与RNA-seq结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索Alfin-like家族基因,对该家族进行生物信息学和转录表达分析。结果表明,核桃Alfin-like基因家族包含8个成员... 详细信息

为了揭示核桃Alfin-like家族在核桃响应低温胁迫中的作用,本研究通过生物信息学与RNA-seq结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索Alfin-like家族基因,对该家族进行生物信息学和转录表达分析。结果表明,核桃Alfin-like基因家族包含8个成员,分布在5条染色体上,蛋白长度范围为240(JrAL5)~254(JrAL1)个氨基酸,开放阅读框为723(JrAL5)~771 bp(JrAL3),等电点为5.04~5.71,全部为酸性不稳定蛋白;含有典型的DUF3594 Domian和PHD domian 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可与双子叶植物拟南芥较近,与单子叶植物水稻较远。在低温胁迫48 h后经转录表达分析,JrAL2为差异表达基因,并且在种仁和芽中表达较高,在老叶和雄花中较低,推测JrAL2可能响应低温胁迫。

关键词：核桃 Alfin-like基因家族生物信息学分析转录表达分析

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人源LDHA基因启动子质粒的构建及在肺癌细胞中Nrf2对其转录表达调控和功能分析

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生命科学研究 2018年第1期22卷 36-41页

作者：曹玉祥周兴路李祥瑞黄滔柯丽霞吴志浩安徽师范大学生命科学学院中国安徽芜湖241000 皖南医学院检验学院中国安徽芜湖241002 皖南医学院临床医学院中国安徽芜湖241002 皖南医学院基础医学院生物教研室中国安徽芜湖241002

为探索核因子E2相关因子2(nuclear factor erythroid 2-related factor 2,Nrf2)调节肿瘤代谢进而影响肿瘤细胞迁移的分子机制,着重研究了Nrf2对乳酸脱氢酶A(lactate dehydrogenase A,LDHA)表达的调控。首先成功构建了人源LDHA基因启动... 详细信息

为探索核因子E2相关因子2(nuclear factor erythroid 2-related factor 2,Nrf2)调节肿瘤代谢进而影响肿瘤细胞迁移的分子机制,着重研究了Nrf2对乳酸脱氢酶A(lactate dehydrogenase A,LDHA)表达的调控。首先成功构建了人源LDHA基因启动子萤火虫荧光素酶报告基因质粒LDHA-luc。将质粒LDHA-luc与Nrf2表达载体共同转染A549细胞,转染后经双荧光素酶报告基因系统检测,显示共转Nrf2质粒时LDHA-luc活性明显要比对照组高;同时,转染Nrf2质粒时LDHA的蛋白质表达水平明显高于对照组,表明在A549细胞中Nrf2促进LDHA的转录和表达。而LDHA的上调会促进酸性肿瘤微环境的形成,促进细胞迁移。因此,成功构建的人源LDHA基因启动子萤火虫荧光素酶报告基因质粒LDHA-luc及探索出的Nrf2对LDHA基因表达的调控,为进一步研究Nrf2通过LDHA影响细胞代谢进而促进细胞迁移奠定了基础。

关键词：乳酸脱氢酶A(LDHA) 核因子E2相关因子2(Nrf2) 萤火虫荧光素酶报告基因质粒转录表达分析细胞迁移

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香蕉果实后熟过程中果皮差异蛋白基因的克隆及表达分析

香蕉果实后熟过程中果皮差异蛋白基因的克隆及表达分析

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作者：李艳霞海南大学

学位级别：硕士

香蕉是我国南亚热带地区最大宗水果之一。香蕉是典型的呼吸跃变型果实,不耐储藏,延长香蕉的储藏期和货架寿命,降低其储藏和运输成本,提高其商品价值一直是香蕉采后生理学研究的热点。本研究利用蛋白质组学技术对乙烯诱导香蕉后熟初期果... 详细信息

香蕉是我国南亚热带地区最大宗水果之一。香蕉是典型的呼吸跃变型果实,不耐储藏,延长香蕉的储藏期和货架寿命,降低其储藏和运输成本,提高其商品价值一直是香蕉采后生理学研究的热点。本研究利用蛋白质组学技术对乙烯诱导香蕉后熟初期果皮总蛋白和未处理对照果皮总蛋白进行了差异蛋白分析,并利用分子生物学技术对差异蛋白基因进行了克隆和表达分析,取得了如下结果： 1)采用酚抽提法提取乙烯诱导香蕉后熟初期果皮总蛋白和未处理对照果皮总蛋白,采用PH值为4-7的等电聚集胶条进行双向电泳,获得的蛋白点多数形状为椭圆形,并且点与点之间分隔良好,利用ImageMaster软件找出并挑选在乙烯诱导的香蕉果皮中存在的差异蛋白点,质谱分析结果表明,筛选到可能与香蕉后熟相关的候选蛋白(命名为：MaCHⅢ)。 2)根据质谱数据中的肽段信息,在NCBⅠ上找到与该蛋白相关的核酸信息,设计5’和3’PCR反应引物,以香蕉总DNA为模板进行PCR扩增,得到一条约1000bp大小的扩增产物,序列分析结果表明：扩增产物全长序列具有一个972bp的完整阅读框,编码了323个氨基酸残基,该基因序列不含有内含子且与Ⅲ类酸性几丁质酶基因的同源性为99%,可以确定MaCHⅢ基因属Ⅲ类酸性几丁质酶基因。 3)利用qRT-PCR技术对MaCHⅢ基因在香蕉各个组织器官内的表达量进行分析,结果表明：MaCHⅢ基因在香蕉各组织器官中的表达水平不一致,在根、球茎和叶中只有少量表达,在花中表达量较高,在果实中表达量最高。这些说明MaCHⅢ基因的表达具有组织特异性,为进一步研究该基因的在香蕉果实成熟、衰老过程中的功能奠定基础。

关键词：香蕉果实乙烯诱导差异蛋白几丁质酶基因转录表达分析

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柑橘漆酶基因家族的鉴定及抗逆性研究

柑橘漆酶基因家族的鉴定及抗逆性研究

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作者：周一鹏扬州大学

学位级别：硕士

柑橘(Citrus)是我国种植面积第一、产量第二的果树,具有极高的经济价值。漆酶(Laccase)是一类含铜离子的糖蛋白氧化酶,在高等植物木质素合成和抗逆境胁迫等方面发挥着重要的作用,具有广阔的应用前景。目前,柑橘漆酶的功能研究甚少,基因... 详细信息

柑橘(Citrus)是我国种植面积第一、产量第二的果树,具有极高的经济价值。漆酶(Laccase)是一类含铜离子的糖蛋白氧化酶,在高等植物木质素合成和抗逆境胁迫等方面发挥着重要的作用,具有广阔的应用前景。目前,柑橘漆酶的功能研究甚少,基因表达与调控机制还不清楚。本论文首先介绍了对甜橙(Citrussinensis)的漆酶基因家族进行生物信息学分析的结果,并克隆了两个具有潜在抗逆功能基因的启动子;其次描述了基于启动子顺式调控元件分析的qRT-PCR检测结果,即该家族基因部分成员在不同组织和器官中的表达特性,以及不同逆境胁迫与激素处理下的表达特性;最后,分析了低温胁迫下柑橘漆酶活力、可溶性蛋白及相对电导率的变化情况。主要研究结果如下:1.生物信息学分析发现,在甜橙基因组中共有27个Laccase(CsLAC)基因家族成员,27个成员氨基酸序列相似性较低,且外显子与内含子间隔的结构差异大,该家族基因的内含子数目在2～5个之间,其基因结构与编码产物的理化性质存在明显差异;染色体定位表明它们在6号、7号及8号染色体上聚集,4号、5号及9号染色体上没有漆酶基因的分布。依据编码产物构建的系统发育树表明,家族成员共可分为6簇。启动子分析结果显示,CsLAC基因的启动子区域含有大量顺式作用元件,这些元件暗示该家族基因的启动子可能响应外界刺激如光照、温度、水分、激素和微生物等,因而推测CsLAC基因可能涉及到柑橘的形态发育、对生物和非生物逆境胁迫的适应等多种生物学功能。2.使用PCR扩增法从伏令夏橙(Citrussinensis)中克隆得到了两个具有多种抗逆性功能基因的启动子序列CsLAC11478bp,CsLAC31534bp,分析发现二者启动子顺式作用元件差异较大,暗示它们可能具有不同的功能。3.基于生物信息学分析的基础,通过qRT-PCR检测了 CsLAC基因在伏令夏橙(Citrus sinensis)不同组织中、不同胁迫处理下的表达水平。结果表明,CsLAC基因具有组织特异性表达特点,在根、茎、叶片和愈伤组织中均检测到表达,特别的是大部分基因在柑橘的根部表达水平较高。研究结果还表明,CsLAC基因能够被多种激素和非生物胁迫诱导表达。如CsLAC1-01和CsLAC1-02在光照、低温、ABA处理和SA处理中显著上调,CsLAC3受低温和MeJA诱导显著高水平表达;CsLAC12能够被PEG处理显著上调;CsLAC9,CsLAC10,CsLAC19能够被高温诱导显著上调。4.分析4℃低温处理下伏令夏橙(Citrussinensis)和枳壳(Poncirustrifolilta)两个柑橘材料的可溶性蛋白含量、漆酶活性及电导率的变化。研究结果表明,伏令夏橙和枳壳的漆酶活性能够被低温诱导显著上调;枳壳的漆酶活性和可溶性蛋白含量在各个检测点始终显著高于伏令夏橙;伏令夏橙的电导率显著高于枳壳。可见不同柑橘品种的耐寒性与漆酶活性、可溶性蛋白含量呈正相关,与电导率呈负相关。本论文研究结果为进一步揭示漆酶基因在柑橘中的表达特性、生物学功能尤其在响应逆境胁迫中的作用,以及利用漆酶基因改良柑橘抗逆性奠定了基础。

关键词：柑橘漆酶基因家族分析转录表达分析

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