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南方医科大学学报 2015年第9期35卷 1308-1311页

作者：钟敏潘速跃李伟南方医科大学南方医院急诊科广东广州510515 南方医科大学南方医院神经内科广东广州510515

目的探讨连接片段在缺失型Duchenne型肌营养不良症（Duchenne muscular dystrophy,DMD）携带者检测中的应用价值。方法对1个DMD家系和1例DMD散发病例进行研究。DMD家系中以确诊的患者Ⅲ2和待查携带者Ⅱ3为研究对象;散发病例以患者Ⅱ1及... 详细信息

目的探讨连接片段在缺失型Duchenne型肌营养不良症（Duchenne muscular dystrophy,DMD）携带者检测中的应用价值。方法对1个DMD家系和1例DMD散发病例进行研究。DMD家系中以确诊的患者Ⅲ2和待查携带者Ⅱ3为研究对象;散发病例以患者Ⅱ1及其母亲Ⅰ2为研究对象。通过外显子检测确定家系中患者Ⅲ2第31~43外显子缺失,散发病例患者Ⅱ1第45~54外显子缺失。然后以PCR步移法在相应内含子设计引物定位断裂点的位点,最后在尽量靠近断裂连接点处设计1对引物直接对患者及其待查女性亲属进行连接片段的PCR扩增。结果对上述DMD家系中待查女性Ⅱ3的检测结果为PCR扩增出与患者Ⅲ2一致的阳性片段,诊断其为DMD携带者。对散发病例患者母亲Ⅰ2的检测结果为PCR反应阴性,而对照的患者Ⅱ1扩增出阳性结果,排除其母亲为DMD携带者。结论利用常规PCR技术直接检测缺失型DMD患者的女性亲属是否带有连接片段,可以同样达到进行携带者检测的目的。该方法有别于目前DMD携带者检测中所使用的各种定量分析方法。

关键词： Duchenne型肌营养不良症基因缺失连接片段携带者检测

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Dystrophin基因51号外显子缺失连接片段的克隆和测序

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Acta Genetica Sinica 2002年第2期29卷 105-110页

作者：潘速跃张成刘焯霖陈国俊卢锡林中山医科大学第一附属医院广州510080

为了解Dystrophin基因缺失断裂点和连接片段的序列特点 ,以分析Dystrophin基因缺失的分子机制 ,利用巢式反向PCR克隆了 1名 5 1号外显子缺失DMD(DuchenneMuscularDystrophy ,DMD)患者的缺失连接片段 ,通过测序 ,确定 5′和 3′断裂点及... 详细信息

为了解Dystrophin基因缺失断裂点和连接片段的序列特点 ,以分析Dystrophin基因缺失的分子机制 ,利用巢式反向PCR克隆了 1名 5 1号外显子缺失DMD(DuchenneMuscularDystrophy ,DMD)患者的缺失连接片段 ,通过测序 ,确定 5′和 3′断裂点及连接片段的序列。对 5′、3′断裂点和连接片段进行重复序列、TOPOI、TOPOII酶切位点等分析。结果共测得 5 0号内含子 16 14bp ,确定该患者Dystrophin基因的 5′断裂点位于THE1(Transposon likeHumanElement,THE)内 ,3′断裂点位于L2序列内。连接片段有 3bp的连接同源序列cta ,局部无小的缺失、插入和碱基置换。本研究首次在 5 0号内含子内发现一THE1序列 ,再次发现Dystrophin基因的缺失断裂点位于THE1结构内。反向PCR操作简单、耗时短 ,可以推扩应用于缺失连接片段的克隆 ;THE1可能与部分Dystrophin基因的缺失有关 ;Dystrophin基因缺失大多与同源重组无关 ,非同源末端连接可能参与了Dystrophin基因缺失的形成。

关键词：肌营养不良症缺失机制连接片段外显子 Dystrophin基因克隆测序

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Dystrophin基因3～5号外显子缺失连接片段的克隆和测序

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南方医科大学学报 2006年第6期26卷 757-759页

作者：钟敏潘速跃陆兵勋姜立李伟南方医科大学南方医院神经内科广东广州510515 南方医科大学分子生物学研究所广东广州510515

目的通过对抗肌萎缩蛋白(dystrophin)基因3-5号外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析,探讨dystrophin基因缺失的发生机制。方法先以外显子PCR反应检测证实1例杜氏肌营养不良症患者3-5号外显子缺失,然后在2、5号内含子上用PCR步移方法... 详细信息

目的通过对抗肌萎缩蛋白(dystrophin)基因3-5号外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析,探讨dystrophin基因缺失的发生机制。方法先以外显子PCR反应检测证实1例杜氏肌营养不良症患者3-5号外显子缺失,然后在2、5号内含子上用PCR步移方法寻找断裂位点,最后用靠近断裂位点处设计的引物,以PCR法直接扩增dystrophin基因的缺失连接片段并测序,测序结果和正常内含子序列作对比分析。结果获得2113bpPCR产物,本例基因缺失片段长约49000bp。5'端断裂点位于2号内含子短散在元件Alu序列内,3'端断裂点在单一序列,附近有TTTAAA序列。断裂点附近有较强的拓扑异构酶Ⅱ酶切位点。连接片段插入了26bp序列并在断裂点周围形成3个13bp的短序列重复(GGCTTATATTTAA)连接断裂点两端。结论推测重复序列、断裂点附近较强的拓扑异构酶Ⅱ酶切位点关联易引起基因的断裂重组,加上非同源末端连接修复机制等综合因素可能是导致基因缺失的重要原因。

关键词：肌营养不良症连接片段基因缺失

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dystrophin基因第45 ~54外显子缺失连接片段的克隆和测序(英文)

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中华医学遗传学杂志 2006年第2期23卷 138-141页

作者：钟敏潘速跃陆兵勋李伟南方医科大学南方医院神经内科广州510515

目的通过对dystrophin基因第45-54外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析，探讨dystrophin基因缺失的发生机理。方法先以外显子PCR反应检测证实1例杜氏肌营养不良症（Duchenne muscular dystrophy，DMD）患者第45～54外显子缺失，然后在... 详细信息

目的通过对dystrophin基因第45-54外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析，探讨dystrophin基因缺失的发生机理。方法先以外显子PCR反应检测证实1例杜氏肌营养不良症（Duchenne muscular dystrophy，DMD）患者第45～54外显子缺失，然后在第44和第54内含子上用PCR步移方法寻找断裂位点，最后用靠近断裂位点处设计的引物，以PCR法直接扩增dystrophin基因的缺失连接片段并测序，测序结果和正常内含子序列作对比分析。结果对扩增连接片段的PCR产物测序获得2716bp有效序列。本例基因缺失片段长达402kb。5’端断裂点位于第44内含子长散在元件（long interspersed elements，LINE）L1序列内，邻近基质附着区（matrix attachment region，MAR），3’端断裂位点在第54内含子较可能形成MAR的一个次级区域内，附近有拓扑异构酶Ⅱ识别位点，断裂点两旁存在6bp的回文序列。连接片段通过4bp的微小同源序列AGAG连接断裂点两端。结论由L1重复序列、断裂点附近拓扑异构酶Ⅱ酶切位点、MARs以及微小同源序列的非同源末端连接修复等综合因素引起的非同源基因重组可能是导致此一大片段基因缺失的重要原因。

关键词：肌营养不良症连接片段基因缺失

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DMD基因缺失突变及连接片段应用于基因诊断的研究

DMD基因缺失突变及连接片段应用于基因诊断的研究

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作者：钟敏南方医科大学

学位级别：博士

DMD基因突变是假肥大型肌营养不良症的分子病理基础,其中大片段缺失约占所有突变类型的65%。依据阅读框学说,通常DMD基因移码突变导致Duchenne型肌营养不良（Duchenne muscular dystrophy,DMD）,而整码突变导致Becker型肌营养不良（Beck... 详细信息

DMD基因突变是假肥大型肌营养不良症的分子病理基础,其中大片段缺失约占所有突变类型的65%。依据阅读框学说,通常DMD基因移码突变导致Duchenne型肌营养不良（Duchenne muscular dystrophy,DMD）,而整码突变导致Becker型肌营养不良（Becker muscular dystrophy,BMD）。DMD基因缺失的机制甚为复杂,但在DMD基因发生断裂缺失后大都通过非同源末端连接进行修复。DMD基因缺失连接片段即为DMD基因断端重接形成的一段变异的DNA序列。对连接片段进行克隆和序列特点分析,可以为研究DMD基因缺失重组机制提供帮助;同时采用PCR技术扩增这段变异的DNA序列可以考虑用于缺失型DMD/BMD携带者检测和产前诊断。我们进行的研究工作分为三个部分:一、DMD基因缺失和5例中国人连接片段序列分析;二、利用连接片段进行缺失型DMD/BMD携带者检测;三、连接片段在缺失型DMD/BMD产前诊断的应用和评价。一、DMD基因缺失和5例中国人连接片段序列分析 1.研究目的通过阅读框规则分析所选缺失型DMD/BMD患者基因型与表型的关系;通过进行DMD基因缺失连接片段测序,分析中国人连接片段序列的一些特点并探讨DMD基因缺失和修复的机制。 2.方法研究对象:6例经证实的缺失型DMD/BMD患者。其中病例1、病例2、病例3、病例4为DMD,病例5、病例6为BMD,来自同一家系,故实际互相无血缘关系的研究对象为5例。抽提制备以上患者外周血基因组DNA。 DMD基因缺失突变的阅读框检测:通过外显子PCR检测确定病例1为DMD基因第46～50外显子缺失,病例2为第51～55外显子缺失,病例3为第31～43外显子缺失,病例4为第45～54外显子缺失,相同家系的病例5、病例6为第3～5外显子缺失。采用在线程序对以上6例研究对象进行外显子缺失的阅读框检测,判断其缺失突变所致可读框改变类型。连接片段的克隆和测序:在研究对象DMD基因缺失断裂点所在的相应内含子上每间隔一定距离（一般为3 kb）设计1对引物,通过PCR步移的方法定位相应内含子上的断裂点位点。对5例研究对象内含子上断裂点位点成功定位后,分别在靠近其上下游断裂点处各设计1对配对引物,以直接对各例连接片段进行长片段PCR扩增,将扩增成功的PCR产物纯化后测序。连接片段的序列特点分析:对所测5例中国人连接片段5'端和3'端断裂点两侧的序列进行重复序列、基质附着区（matrix attachment regions,MARs）、回文序列、TTTAAA序列以及基因缺失后修复方式的分析。 3.结果 6例病例基因型和表型的关系:经检测病例1、病例2、病例3、病例4的缺失突变均属框外缺失（out-of-frame deletion）,为改变遗传信息可读框的移码突变,其相应的临床表型均为DMD。同一家系的病例5、病例6的缺失突变属框内缺失（in-frame deletion）,为缺失下游仍然保持正常可读框的整码突变,其相应的临床表型为BMD。 5例中国人连接片段的序列特点:分析发现JUNCTION 1的5'端断裂点位于第45内含子LINE/L1序列内,邻近MAR,附近存在回文序列,其3'端断裂点邻近第50内含子的MAR;JUNCTION 2的5'端断裂点附近存在回文序列,其3'端断裂点位于第55内含子LINE/L1序列内;JUNCTION 3的5'端断裂点位于第30内含子LINE/L1序列内,附近存在回文序列;JUNCTION 4的5'端断裂点位于第44内含子LINE/L1序列内,邻近MAR,其3'端断裂点两旁存在回文序列;JUNCTION 5的5'端断裂点位于第2内含子SINE/Alu序列内,其3'端断裂点邻近第5内含子的MAR,附近有TTTAAA序列。 5例DMD基因缺失相连接的序列均无广泛同源性。发现JUNCTION 1具有5 bp的微小同源序列连接断裂点两端;JUNCTION 2为平端连接,另外在其5'端断裂点上游39 bp位置发现一处A→G点突变;JUNCTION 3插入7 bp序列连接断裂点两端;JUNCTION 4具有4 bp的微小同源序列连接断裂点两端;JUNCTION 5插入26 bp序列并在连接点周围形成3个13 bp的重复连接断裂点两端,且在其5'端断裂点上游20 bp位置发现一处A→G点突变。 4.结论 6例假肥大型肌营养不良症病例基因型和表型的关系均符合阅读框规则,其中4例为out-of-frame缺失突变导致DMD,2例为in-frame缺失突变导致BMD。 DMD基因的一些

关键词：肌营养不良 DMD基因基因缺失连接片段携带者检测产前诊断

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Dystrophin基因45～54号外显子缺失连接片段的克隆和测序(摘要)

Dystrophin基因45～54号外显子缺失连接片段的克隆和测序(摘要)

引用

第六次全国中西医结合神经科学术会议

作者：潘速跃钟敏陆兵勋广东省南方医科大学南方医院(广东 510515)

目的：通过对Dystrophin基因45～54号外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析,探讨Dystrophin基因缺失的发生机制。方法：先以外显子PCR反应检测证实1例DMD患者45～54号外显子缺失,然后在44、54号内含子上用PCR步移方法寻找断裂位点... 详细信息

目的：通过对Dystrophin基因45～54号外显子缺失后连接片段的克隆和测序分析,探讨Dystrophin基因缺失的发生机制。方法：先以外显子PCR反应检测证实1例DMD患者45～54号外显子缺失,然后在44、54号内含子上用PCR步移方法寻找断裂位点,最后用靠近断裂位点处设计的引物,以PCR法直接扩增Dystrophin基因的缺失连接片段并测序,测序结果和正常内含子序列作对比分析。结论：L1重复序列、断裂点附近拓扑异构酶Ⅱ酶切位点和MAR结构易引起基因的非同源重组，加上微小同源序列的非同源末端连接修复机制等综合因素可能是本例大片段基因缺失的重要原因。

关键词：肌营养不良症连接片段基因缺失

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一种基于深度学习连接片段的化合物优化方法

一种基于深度学习连接片段的化合物优化方法

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作者：杨跃东戴凌雪谭游海王一 510275 广东省广州市海珠区新港西路135号

本发明公开了一种基于深度学习连接片段的化合物优化方法，包括步骤如下：S1：基于药物发现数据库对Transformer模型进行预训练，将Transformer模型初始化Prior先验模型和Agent模型；S2：随机选择一对片段作为源序列输入；S3：Agent模... 详细信息

标准号: CN114187978A

本发明公开了一种基于深度学习连接片段的化合物优化方法，包括步骤如下：S1：基于药物发现数据库对Transformer模型进行预训练，将Transformer模型初始化Prior先验模型和Agent模型；S2：随机选择一对片段作为源序列输入；S3：Agent模型通过采样方式批量生成新分子；S4：将生成的新分子输入奖励模块得到每个新分子的奖励值，判断新分子的奖励值是否达到预期，若没有达到预期，则执行S5；若达到预期，则执行S6；S5：将源序列及Agent模型生成的新分子送入Prior先验模型进行监督训练得到新分子的先验似然，将先验似然与S4得到的奖励值组成增强似然；根据新分子的重复性得到一个惩罚矩阵，根据增强似然、惩罚矩阵更新Agent模型的网络参数，并回到步骤S3；S6：完成对Agent模型的网络参数的调整。

关键词：新分子奖励先验网络参数先验模型源序列矩阵模型初始化惩罚采样方式矩阵更新连接片段随机选择药物发现送入数据库优化监督学习

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一种一步法BsaI酶切连接片段组装方法、组装试剂盒及应用

一种一步法BsaI酶切连接片段组装方法、组装试剂盒及应用

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作者：冯延叶胡霞柴智刘绍辉杨敏敏吴典杨佳豪 201100 上海市闵行区园美路58号2幢4层、5层

本发明属于生物技术领域，尤其涉及一种一步法BsaI酶切连接片段组装方法、组装试剂盒及应用。本申请经过广泛而深入的研究，通过大量筛选和摸索，首次提出了一种一步法BsaI酶切连接组装试剂盒、组装方法，将BsaI限制性内切酶酶切与T4 DN... 详细信息

标准号: CN114250241A

本发明属于生物技术领域，尤其涉及一种一步法BsaI酶切连接片段组装方法、组装试剂盒及应用。本申请经过广泛而深入的研究，通过大量筛选和摸索，首次提出了一种一步法BsaI酶切连接组装试剂盒、组装方法，将BsaI限制性内切酶酶切与T4 DNA聚合酶连接合二为一，极大地减少了克隆构建的步骤，可适用于编码sgRNA等短片段的组装，并大幅度降低操作的流程和步骤。与其他组装或构建试剂盒相比，本发明的组装效率高，可用于不同长度和多片段的连接组装，适用于多模块的组装构建。

关键词：组装试剂盒构建酶切一步法生物技术领域限制性内切酶连接片段组装效率多模块短片可用克隆筛选申请应用研究

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一种一步法BbsI酶切连接片段组装方法、组装试剂盒及应用

一种一步法BbsI酶切连接片段组装方法、组装试剂盒及应用

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作者：冯延叶胡霞柴智刘绍辉杨敏敏吴典杨佳豪 201100 上海市闵行区园美路58号2幢4层、5层

本发明属于生物技术领域，尤其涉及一种一步法BbsI酶切连接片段组装方法、组装试剂盒及应用。本申请经过广泛而深入的研究，通过大量筛选和摸索，首次提出了一种一步法BbsI酶切连接组装试剂盒、组装方法，将BbsI限制性内切酶酶切与T4 DN... 详细信息

标准号: CN114250242A

本发明属于生物技术领域，尤其涉及一种一步法BbsI酶切连接片段组装方法、组装试剂盒及应用。本申请经过广泛而深入的研究，通过大量筛选和摸索，首次提出了一种一步法BbsI酶切连接组装试剂盒、组装方法，将BbsI限制性内切酶酶切与T4 DNA聚合酶连接合二为一，极大地减少了克隆构建的步骤，可适用于编码sgRNA等短片段的组装，并大幅度降低操作的流程和步骤。与其他组装或构建试剂盒相比，本发明的组装效率高，可用于不同长度和多片段的连接组装，适用于多模块的组装构建。

关键词：组装试剂盒构建酶切一步法生物技术领域限制性内切酶连接片段组装效率多模块短片可用克隆筛选申请应用研究

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-α^3.7伴有anti4.2片段的α地中海贫血基因型的研究

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中华血液学杂志 2010年第6期31卷 420-422页

作者：荣卡彬陈志红李运雄黄革罗宪玲孟锦绣蒋文玲张绪超广东省人民医院(广东省医学科学院)医学研究中心、广东省老年医学研究所广州510080

在我国广东、广西两省人群中α地中海贫血（α地贫）基因携带率约高达10%.其中东南亚型缺失（--^SEA）、右向缺失（-α^3.7）和左向缺失（-α^4.2）占α地贫的96%以上.一些更复杂的交叉重组可能产生更复杂的异常基因型（如HKαα,在同... 详细信息

在我国广东、广西两省人群中α地中海贫血（α地贫）基因携带率约高达10%.其中东南亚型缺失（--^SEA）、右向缺失（-α^3.7）和左向缺失（-α^4.2）占α地贫的96%以上.一些更复杂的交叉重组可能产生更复杂的异常基因型（如HKαα,在同一条染色体上含有-α^3.7及anti4.2不平衡交叉连接片段）.

关键词： α地中海贫血基因型东南亚型连接片段染色体

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