检索结果-内蒙古大学图书馆

经济动物学报 2025年第2期29卷 169-176页

作者：张昌政王浩龙尹燕博尹月曲雪婷孙伟丽赵海平刘振周李生曹县梁堤头职业中等专业学校青岛农业大学动物科技学院青岛博隆实验动物有限公司

为探究影响比格犬优良特征的遗传机理，利用高通量基因分型芯片数据，分析比格犬群体的基因组选择特征。选取成年比格犬503只（公犬120只，母犬383只），利用犬50 K SNP芯片进行基因分型，采用Tajima′s D检验方法鉴别选择信号。结果表... 详细信息

为探究影响比格犬优良特征的遗传机理，利用高通量基因分型芯片数据，分析比格犬群体的基因组选择特征。选取成年比格犬503只（公犬120只，母犬383只），利用犬50 K SNP芯片进行基因分型，采用Tajima′s D检验方法鉴别选择信号。结果表明：共鉴别290个显著受到正向选择的基因组区域；在选择信号最显著的10个基因组区域，发现108个功能基因；对上述基因进行GO功能和KEGG富集分析，发现TTN,CACNA1D,SERPINA4,TLR5,HMCN2,SEL1L3,TLR1,ESCO1,IDUA和CA12等基因参与机体的生长、繁殖和免疫反应等生物代谢过程，可作为比格犬群体受选择的重要优良性状的候选功能基因。

关键词：比格犬基因型分型芯片选择信号分析功能基因

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泰山黑猪基因组选择信号分析

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中国畜牧杂志 2025年第2期61卷 143-149页

作者：郭宝港王明凯张文娟申小冉于世浩曾勇庆陈伟山东农业大学动物科技学院山东省家畜种质创新与利用重点实验室山东泰安271017 泰安巴夫巴夫农业科技有限公司山东泰安271403 宁阳县农业高新技术产业发展服务中心山东泰安271409

本文旨在检测泰山黑猪基因组选择信号,挖掘泰山黑猪的优良种质特性基因,为泰山黑猪的选育提供理论依据。以泰山黑猪为研究对象,利用中芯一号SNP芯片对泰山黑猪进行基因分型,结合莱芜猪、里岔黑猪的芯片数据,利用群体遗传分化指数(Fst)... 详细信息

本文旨在检测泰山黑猪基因组选择信号,挖掘泰山黑猪的优良种质特性基因,为泰山黑猪的选育提供理论依据。以泰山黑猪为研究对象,利用中芯一号SNP芯片对泰山黑猪进行基因分型,结合莱芜猪、里岔黑猪的芯片数据,利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多态性比值(θπ)进行基因组选择信号分析,滑动窗口长度为50 kb、步长20 kb,取Fst和θπ前5%窗口的交集为基因组受选择区域,并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。分别以莱芜猪和里岔黑猪作为参考群体,对泰山黑猪进行选择信号分析,分别检测出685个和340个受选择区域,分别注释到417和215个基因;并筛选到与泰山黑猪繁殖性能(CCDC87、HIPK4、THRB、CAPN11、EPHB2、SRD5A1、TLE6)、生长发育(AKIRIN2、HSD17B4、MIR27B、TGIF1、RPS20、PLAG1)、脂肪沉积(NDUFS4、COL21A1、DNAJC1、DNMT3A、FN1、GNPDA2)、猪肉品质(ITGA11、PNKD)等重要经济性状相关的候选基因。在富集分析中发现,显著通路多与代谢、MAPK通路、脂肪沉积等有关;通路中HSD17B4、SCD基因均与脂质代谢相关。综上所述,利用基因组信号扫描分析不仅可以挖掘出泰山黑猪重要经济性状相关的候选基因,而且为泰山黑猪的分子选育提供了科学依据。

关键词：泰山黑猪选择信号分析功能富集候选基因

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陕北白绒山羊产羔数和体尺性状的GWAS和选择信号分析

陕北白绒山羊产羔数和体尺性状的GWAS和选择信号分析

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作者：李嘉鑫西北农林科技大学

学位级别：硕士

陕北白绒山羊是我国著名的绒用品种,具有耐粗饲、肉质鲜美等特点。随着经济形势的变化,陕北白绒山羊的肉用价值不断提高,因此对该品种的产羔数和体尺进行选育将创造极大的经济价值。全基因组关联分析技术可以将全基因组范围内的分子标... 详细信息

陕北白绒山羊是我国著名的绒用品种,具有耐粗饲、肉质鲜美等特点。随着经济形势的变化,陕北白绒山羊的肉用价值不断提高,因此对该品种的产羔数和体尺进行选育将创造极大的经济价值。全基因组关联分析技术可以将全基因组范围内的分子标记与表型进行直接关联,进而缩小范围,筛选与表型相关的候选分子标记,是目前研究家畜功能基因的主要方法之一;全基因组受选择信号分析可以用于检测群体间差异性状的候选位点。两种方法结合分析,可以筛选出更为精确可靠的分子标记,为陕北白绒山羊的分子标记辅助育种提供先验指导。本研究对160只陕北白绒山羊进行全基因组重测序,测序平均深度10×,同时记录对应的产羔数和体尺等表型数据,利用全基因组关联分析技术筛选与表型相关的候选基因。结合NCBI上已发表的28只济宁青山羊的重测序数据进行群体间受选择信号分析,进一步筛选影响陕北白绒山羊产羔数和体尺性状的分子标记,结果如下:1陕北白绒山羊产羔数和体尺性状全基因组关联分析对采集到的160只陕北白绒山羊表型进行统计,产羔数平均值为1.73只,标准差为0.71cm;体高平均值为59.33cm,标准差为4.74cm;体长平均值为64.99cm,标准差为5.45cm。近交系数FROH和两两间亲缘关系计算发现,该群体近交程度较低平均FROH=0.07202±0.03685,大部分个体属于二级亲缘。经Illumina建库测序,以及后续变异检测和过滤,最终共获得了包含2,368,352个SNP的变异集合,用于后续全基因组关联分析。关联结果检测到5个与产羔数显著相关的候选基因,分别是位于8号染色体上的LOC102184340、TUSC1基因,14号染色体上的LOC108637540基因,24号染色体上的TRNAS-GGA、LOC108633784基因;4个与体高显著相关的基因,分别是位于2号染色体上的CPS1、KANSL1L基因和5号染色体上的WBP11、LOC108636046基因;9个与体长显著相关的基因,包括位于4号染色体上的GNAT3基因,7号染色体上的LOC106502376基因,15号染色体上的PDE2A、TRNAG-CCC、INPPL基因,18号染色体上的CSNK2A2、CCDC113基因,以及20号染色体上LOC108638395、LOC102187988基因。2陕北白绒山羊和济宁青山羊受选择信号分析对陕北白绒山羊和济宁青山羊两个群体采用Fst、πratio、XP-EHH、iHS四种方法进行受选择信号检测,分别找到1233、501、604、1231个候选区间,不同方法间取交集,本研究共筛选出33个基因。对这些基因进行KEGG富集分析,显示其多在人T细胞白血病病毒1感染(Human T-cell leukemia virus 1 infection)、膀胱癌(Bladder cancer)和Notch信号通路(Notch signaling pathway)等生物通路富集,GO富集分析显示这些基因在参与钠离子跨膜转运的调节(regulation of sodium ion transmembrane transport)、DNA模板转录(transcription,DNA-templated)、肌肉细胞膜(sarcolemma)、肌萎缩相关糖蛋白复合物(dystrophin-associated glycoprotein complex)中发挥重要作用。其中,C6H4orf22、ACTL10、ADAMTSL1、CBFA2T2与繁殖相关,KAT2B、DAG1、KLHDC4与体尺性状的调节相关。在GWAS和选择信号分析中都筛选到LOC102184340基因,反刍动物基因组数据库显示,该基因主要在皮肤和脂肪系统中表达,在生殖和胚胎系统中也有较少表达。综上所述,本研究通过两种分析方法,筛选到9个基因对陕北白绒山羊繁殖性状具有潜在影响,16个对体尺有潜在影响,以及1个基因在GWAS和受选择分析中都有发现。这些结果可以很好的为分子标记辅助育种提供帮助,为后续陕北白绒山羊体大高繁群体的培育提供了理论基础。

关键词：陕北白绒山羊全基因组关联分析选择信号分析繁殖体尺候选基因

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国内外绵羊群体遗传结构及其基因组选择信号分析

国内外绵羊群体遗传结构及其基因组选择信号分析

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作者：张德印甘肃农业大学

学位级别：硕士

绵羊是最早被驯化的家养动物之一。在长期的选择过程中,与其野生祖先相比,家绵羊在生理、行为和形态等方面发生了巨大的变化。我国绵羊品种众多、遗传资源丰富,是研究绵羊驯化遗传机制的宝贵素材。本研究对4个中国地方绵羊品种（每个品... 详细信息

绵羊是最早被驯化的家养动物之一。在长期的选择过程中,与其野生祖先相比,家绵羊在生理、行为和形态等方面发生了巨大的变化。我国绵羊品种众多、遗传资源丰富,是研究绵羊驯化遗传机制的宝贵素材。本研究对4个中国地方绵羊品种（每个品种10只）和6个培育绵羊品种（每个品种10只）进行全基因组重测序,并结合公共数据库中公布的亚洲摩弗伦野羊、非洲地方绵羊品种、中国地方绵羊品种以及培育绵羊品种的基因组数据,共收集了全球范围内308只家羊和17只亚洲摩弗伦野羊的基因组数据,进行群体遗传结构和基因组选择信号分析,鉴别绵羊在驯化改良过程中受到选择的基因组区域和关键基因。研究结果如下:（1）基于测序和整合公共数据库中的基因组数据,共获得了7.25 Tb的数据量,平均测序深达11.18×,平均比对率为97.11%,平均覆盖度为96.23%,经GATK检测后,共获得11013087个高质量SNPs用于后续的分析。（2）群体遗传结构分析结果显示,17只亚洲摩弗伦野羊与308只家绵羊明显区分开,但存在明显的基因交流。本研究所涉及的325个个体分为4支,分别为亚洲摩弗伦野羊、非洲地方品种、中国地方品种以及培育品种。其中中国地方绵羊又分为蒙古系绵羊、藏系绵羊以及哈萨克系3支,与其地理分布和形态学特征一致。（3）将308只家绵羊的基因组数据作为一个数据集,与野羊的基因组数据进行比较,利用固定选择指数(Fixation index,FST)对常染色体和X染色体进行选择信号扫描,筛选到89个受选择的区域,包含453个基因,这些基因主要与视觉、听觉和神经发育相关;30个家绵羊品种分别与野羊进行选择信号分析发现在1号和13号染色体的54.3-54.525 Mb和50.325-50.55 Mb的区域内30个品种都受到选择,并找到了与视力相关的基因,如PANK2和RNF24,和免疫相关的基因,如IFI44和IFI44L。表明家绵羊在早期驯化过程中感觉能力和免疫力等相关基因受到强烈选择。（4）通过比较野羊、地方绵羊品种、培育品种的基因组选择信号,建立了野羊-地方品种-培育品种的驯化和改良途径。野羊与地方绵羊品种相比,受选择的BMP2、PDGFD和PANK2基因主要为与视觉、脂肪沉积相关的基因;地方绵羊品种与培育品种相比,受选择基因主要与生长发育（FGF9和CDH1）和毛色（MITF和KIT）等性状相关,表明与驯化过程相比培育品种在选育改良过程中更重视对生长和毛色等农艺性状的选择。（5）对脂尾型和瘦尾型绵羊群体进行选择消除分析并结合GWAS结果筛选出三个选择值最高的基因PDGFD、MITF和BMP2;并对PDGFD和BMP2基因进行q PCR验证发现在极端大尾脂中的表达量显著高于极端小尾脂组织。随后对BMP2基因g.48979196 C>G进行KASPar分型,结果发现其在湖羊群体中存在多态性,且与湖羊尾脂重和尾脂相对重呈极显著相关。

关键词：绵羊重测序群体遗传结构选择信号分析尾脂重

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波尔山羊全基因组选择信号分析

波尔山羊全基因组选择信号分析

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作者：杨柏高西南大学

学位级别：硕士

波尔山羊,最早在19世纪初驯化于南非,其以生产性能稳定、生长速度快、产肉多等多种优良特性而备受世界关注。自上个世纪中叶后被世界范围内多国引种,如澳大利亚、美国、及亚洲诸国。尤其是澳洲对引入的南非波尔山羊在生长性能上进一步... 详细信息

波尔山羊,最早在19世纪初驯化于南非,其以生产性能稳定、生长速度快、产肉多等多种优良特性而备受世界关注。自上个世纪中叶后被世界范围内多国引种,如澳大利亚、美国、及亚洲诸国。尤其是澳洲对引入的南非波尔山羊在生长性能上进一步持续开展强力的人工选育,使得澳洲波尔山羊的生长性能闻名世界并被誉为“产肉机器”。目前,我国拥有丰富的地方山羊遗传资源并在繁殖等经济性状上携带大量优势基因型。然而,我国山羊群体整体上产肉性能不佳,生长速度缓慢,这也是限制我国肉用山羊产业发展的重要原因之一。早在1995年,我国就开始引进波尔山羊,国内相继开展了关于波尔山羊适应性、生长性能、杂交改良等方面的研究,明确了波尔山羊对我国山羊生长速度等性能的改良贡献显著,暗示了经历长期人工选择的波尔山羊其群体内累积了大量与产肉性能、生长速度等经济性状相关的优势基因型。因此,对波尔山羊开展全基因组选择信号分析,筛选其生长性能相关候选基因组区域和候选基因有助于山羊生长和产肉性能等经济性状的辅助选择遗传标记的开发。本研究利用全基因组高通量测序技术对46只澳洲波尔山羊(个体测序深度为>10×,case组)开展全基因组重测序,并结合公共数据数据库已公布的来自欧洲、非洲和亚洲的81只未明确经历强力人工选择的地方山羊全基因组重测序数据(control组),进行全基因组选择信号扫描和候选基因鉴定。主要结果如下:(1)单核苷酸多态性位点(SNP)数据集结果显示,在全部个体内共鉴定到13,795,202个SNPs。利用F固定指数(F)和群体核苷酸多态性比值(θπ/θπ)以40kb滑动窗口,20kb为步长对全基因组共计128,929个窗口进行选择信号分析。通过对两个参数各前5%窗口的交集,筛选到1,741个高选择信号窗口,并在其中注释到453个候选基因。通过基因富集分析,其中439个候选基因被富集到2739个GO条目和247个已知信号通路。其中我们不仅发现30个候选基因与肌肉发育相关,如POPDC2、LBX1、LOMD3、TBX5,且大量与繁殖、免疫、代谢相关的候选基因也被观察到,如BRCA2、ITFG2、USE1等。(2)插入缺失变异(Indel)数据集结果中,共鉴定到1,122,858个插入缺失变异(InDel),利用F计算组间各InDel位点选择信号分析结果,基于高信号值前1%共筛选到11,229个Indels,并注释得到2,573个候选基因。基因功能富集结果显示其中1200个候选基因富集到5999个GO条目和319个已知信号通路。其中,我们找到88个与肌肉发育和调节相关的候选基因,如MEF2C、MYOZ2、TCF4等,及大量与繁殖、免疫、代谢等相关的候选基因,如SRD5A1、FBXW11、INSR、STXBP3等。(3)拷贝数变异(CNV)结果中,共鉴定到10,338个CNVs。利用F和V计算组间各个CNV的选择信号,并取各参数前1%高信号值CNVs的交集后共筛选到40个CNVs,并注释到23个候选基因,如EDNRA、CYBA、PLCH2、MVD等。其中21个候选基因被广泛富集到与生长发育、免疫等相关的238个GO条目和33个已知信号通路。简而言之,本研究通过对澳洲波尔山羊全基因组选择信号分析,鉴定到大量与山羊生长发育、繁殖等重要性状相关的候选受选择染色体区域及候选基因,为今后山羊生长发育及相关重要经济性状的分子机理研究提供遗传理论基础,同时有助于山羊分子育种的选择遗传标记标记的开发。

关键词：波尔山羊全基因组重测序选择信号分析分子遗传标记候选基因

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内蒙古地区绵羊群体遗传结构及其基因组选择信号分析

内蒙古地区绵羊群体遗传结构及其基因组选择信号分析

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作者：张增魁内蒙古大学

学位级别：硕士

绵羊作为在狗之后被驯化的草食家畜之一,能够为人类提供丰富的物质资源,与人类的生活息息相关。内蒙古地区拥有优质的草地资源,并且绵羊种质资源丰富,但针对于内蒙古地区绵羊的群体遗传结构、种群间基因交流和基因组选择信号方面的研究... 详细信息

绵羊作为在狗之后被驯化的草食家畜之一,能够为人类提供丰富的物质资源,与人类的生活息息相关。内蒙古地区拥有优质的草地资源,并且绵羊种质资源丰富,但针对于内蒙古地区绵羊的群体遗传结构、种群间基因交流和基因组选择信号方面的研究仍然很少。因此,本研究选取内蒙古地区的20个品种（共200个个体）,包括8个地方品种、8个引进品种和4个培育品种,利用CHN＿OVNG50V01芯片进行群体遗传结构和选择信号分析。具体研究结果如下:（1）内蒙古地区的绵羊可以系统地分为三大类,分别是地方品种、引进品种和培育品种,并且蒙古国引进的品种与地方品种遗传关系很近,拥有相同的遗传祖先。其中,引进品种又可根据其引进地理位置和品种培育过程分为4类。（2）引进品种与地方品种之间的群体间分化指数(fixation index,FST)分析,发现引进品种和地方品种主要在机体易感性方面存在选择差异,并筛选出了与易感性相关的候选基因IL1、CXCL12和CCL25。此外,推测地方品种生长速度缓慢的原因可能是因为其属于脂尾型绵羊,降低了饲料转化比,导致生长速度缓慢,并发现了可能影响绵羊尾部脂肪沉积的候选基因,包括GYS1、PIK3CA、PPP1CA、PPP1R3D、PRKAA1和PCK1等。（3）地方品种和培育品种之间的多样性衰减（reduction of diversity,ROD）分析,发现培育品种和地方品种之间,主要在绵羊的抗病性（DEFB124和TLR5）、肉品质（MYO1F和MYH1）和体型（Hox家族基因）方面存在选择差异。（4）对体重和毛色性状分别采取群体间分化指数(FST)和遗传多样性指数（Genetic diversity,π）联合分析的方法,筛选出与体重性状相关的候选基因,包括ALOX12B、AL0X12、ALOXE3、ALOX15、GPS2和BMP2,筛选出与毛色性状相关的TYRP1基因。

关键词：内蒙古地区绵羊 SNP芯片群体遗传结构体重毛色选择信号分析

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三个不同地理分布丝羽乌骨鸡群体遗传多样性、遗传结构及选择信号分析

三个不同地理分布丝羽乌骨鸡群体遗传多样性、遗传结构及选择信号...

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作者：周明芳江西农业大学

学位级别：硕士

丝羽乌骨鸡是我国古老的地方鸡种之一,也称作泰和乌鸡、白绒乌骨鸡和竹丝鸡,如今主要分布于中国江西、福建和广东三省。到目前为止,关于不同地理分布的丝羽乌骨鸡现有群体的遗传多样性、遗传结构和遗传关系鲜见报道,对丝羽乌骨鸡的起源... 详细信息

丝羽乌骨鸡是我国古老的地方鸡种之一,也称作泰和乌鸡、白绒乌骨鸡和竹丝鸡,如今主要分布于中国江西、福建和广东三省。到目前为止,关于不同地理分布的丝羽乌骨鸡现有群体的遗传多样性、遗传结构和遗传关系鲜见报道,对丝羽乌骨鸡的起源进化的认识均仍是依据历史书籍和文献记载。先前的研究表明泰和乌鸡和白绒乌骨鸡分别与其地理位置较近的鸡种具有更相近的遗传关系,但上述研究所用的遗传标记密度均有限,相较于全基因组重测序信息,缺乏系统性且完整度不高。此外,丝羽乌骨鸡上千年的驯化和人为选择历史,使其形成了独特的遗传资源特性,而相关基因组受选择的遗传基础尚未见报道。基于此,本研究对源自三个不同地理分布的丝羽乌骨鸡群体（泰和乌鸡、白绒乌骨鸡和竹丝鸡）共计48个个体开展了全基因组深度重测序,随后利用上述重测序数据开展了泰和乌鸡、白绒乌骨鸡和竹丝鸡三个群体的遗传多样性分析,在此基础上,进一步对5个地方鸡品种（象洞鸡、德化黑鸡、东乡绿壳蛋鸡、余干乌骨鸡和修水黄羽乌鸡）开展全基因组深度重测序,并结合源自网络数据库中下载的2个原鸡群体、30个中国地方鸡品种和8个西方商业鸡种重测序数据,共构建包含526个体的全基因组高质量变异数据集,并开展三个丝羽乌骨鸡群体在全球鸡种范围内的群体遗传关系、血缘组成及其选择信号分析,相关结果阐述如下:（1）三个丝羽乌骨鸡群体遗传多样性分析:泰和乌鸡、白绒乌骨鸡和竹丝鸡全基因组重测序的平均覆盖深度为14.28×（11.57×～15.87×之间）,经变异检测分别鉴定到12,990,037个SNP位点、12,561,370个SNP位点和12,996,371个SNP位点。通过对三个群体的期待杂合度（He）、观测杂合度（Ho）、多态性位点比例（Pn）、连锁不平衡（LD）、核苷酸多样性（π）和近交系数(FROH)遗传多样性参数检测分析,结果显示在Ho、He、Pn和π值指标上均是竹丝鸡最高、泰和乌鸡次之、白绒乌骨鸡最低;而在LD衰减距离（r2=0.2时）和FROH值指标上,从大到小依次为白绒乌骨鸡、泰和乌鸡和竹丝鸡。总体表明在三个丝羽乌骨鸡群体中,竹丝鸡的遗传多样性最为丰富、泰和乌鸡次之,白绒乌骨鸡最低。（2）三个丝羽乌骨鸡群体遗传结构和遗传关系分析:利用包括泰和乌鸡、白绒乌骨鸡和竹丝鸡在内的全球范围鸡种及两个原鸡群体共计526个个体的全基因组重测序数据,经变异检测、质控、LD过滤后共获得1,622,552个SNP作为核心位点进行个体NJtree、群体NJtree、PCA、ADMIXTURE及基因流分析（Tree Mix、D统计、Outgroup-f3统计）。从个体NJtree、群体NJtree和PCA的分析结果中均发现泰和乌鸡、白绒乌骨鸡和竹丝鸡之间的遗传关系最近,而较之其他鸡种,其中江西本地的乌鸡（东乡绿壳蛋鸡和余干乌骨鸡）与三个丝羽乌骨鸡群体的遗传关系更近。此外,群体NJTree分析结果显示,三个丝羽乌骨鸡群体源自同一分支,可推测中国的丝羽乌骨鸡品种起源于单一地区;ADMIXTURE分析结果显示,泰和乌鸡、白绒乌骨鸡和东乡绿壳蛋鸡的血缘较为古老,竹丝鸡和大部分其它中国地方鸡品种均不同程度的混有西方商业鸡种血缘。基因流分析结果显示,竹丝鸡与8个商业鸡种间都存在基因交流的可能性,其中与隐性白羽肉鸡鸡种存在基因交流的可能性最大,且二者的遗传相似性最高。（3）丝羽乌骨鸡选择信号分析:选用泰和乌鸡、白绒乌骨鸡与红色原鸡全基因组重测序数据为试验材料,采用ZFST和Log2（πratio）两种选择信号分析方法联合分析,发现泰和乌鸡与白绒乌骨鸡Top 5%水平共同受选择区域有120个,其中注释到177个基因。发现与丝羽乌骨鸡丝羽性状、多趾性状、黑色素沉积、生产性状（体型,繁殖）等相关基因受到选择,如:PDSS2、RNF32、LMBR1、KITLG、ATP5E、TUBB1、GNAS、TYR、TBC1D1、PNPLA7、LRRIQ1、KCNH7、GPC6基因;受选择区域的基因在功能富集聚类结果显示涉及行为、信号、定位、节律过程、细胞过程、代谢过程、发育过程等相关通路。选用泰和乌鸡、白绒乌骨鸡与竹丝鸡全基因组重测序数据为试验材料,进行LSBL方法的选择信号分析,筛选竹丝鸡特征基因组区域,在Top 1%中有218个受选择区域并注释到403个基因,功能富集聚类分析显示富集通路与代谢过程、发育过程、生长、繁殖过程等相关。在竹丝鸡中筛选到与鸡生产性状相关的候选基因:VLDLR、TBC1D1、PNPLA7、EBF2、SLC9A3、IGFBP2、BOD1L1、LDB2,其中常染色体受到最高的选择基因TBC1D1基因和Z染色体上最高点注释到VLDLR基因分别与鸡重要经济性状（体重和蛋品质）相关,可作为相关性状的重要功能候选基因进一步研究。综上可知,本试验在全基因组深度重测序数据基础

关键词：丝羽乌骨鸡全基因组重测序遗传多样性群体遗传分析选择信号分析

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中国荷斯坦奶牛酮病抗性选择信号分析及基因功能验证

中国荷斯坦奶牛酮病抗性选择信号分析及基因功能验证

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作者：白佳琛河北工程大学

学位级别：硕士

奶牛酮病是中国荷斯坦奶牛种群中发病率较高、多基因控制的代谢性疾病,不仅对奶牛的身体状况造成损坏,而且会对养殖业造成一定的经济损失。由于酮病为多基因调控的低遗传力性状,本研究采用Fimpute和Beagle软件两步基因型填充法,以190头... 详细信息

奶牛酮病是中国荷斯坦奶牛种群中发病率较高、多基因控制的代谢性疾病,不仅对奶牛的身体状况造成损坏,而且会对养殖业造成一定的经济损失。由于酮病为多基因调控的低遗传力性状,本研究采用Fimpute和Beagle软件两步基因型填充法,以190头中国荷斯坦奶牛的150K基因芯片分析为参考,对NAGRP数据库中的2488头中国荷斯坦奶牛的50K基因芯片进行基因型填充。1.以奶牛患酮病或健康二元性状为表型,利用GEMMA软件的一般线性模型,对基因型填充后2678头牛的96217个标记进行了全基因组关联分析,共扫描到25个与酮病相关的显著性位点,并在这些位点周围筛选出可能与酮病相关的候选基因,包含ALDH1L2、ACAD10、AK3等基因。另外以奶牛血液中β-羟丁酸含量作为表型,采用Plink软件的多元回归模型对190头牛的120041个标记进行全基因组关联分析,共筛选到191个显著性位点,定位到了13个与酮病相关的候选基因,包括ACADM、PECR、FN1等基因。2.为了筛选出人工选择过程中酮病抗性高的奶牛相对于酮病抗性低的奶牛的正向选择信号区域与位点,本研究以患酮病牛群组作为参考组,健康牛群组作为实验组,采用适用于疾病-对照正向选择信号分析的三种方法:Fst、XPEHH、XPCLR进行正向选择信号分析,以选择信号top 1%作为阈值。Fst方法共筛选到122个正向选择信号位点;XPEHH法共检测到870个正向选择显著性位点;XPCLR方法筛选到1253个正向选择信号区域,三种方法共定位到了与酮病相关的候选基因81个。GO和KEGG功能富集分析表明这些基因主要集中在糖代谢,脂肪酸代谢以及柠檬酸代谢等代谢通路上。其中至少有两种方法扫描到的候选基因包括ACAA2、ACADS、ACSL3、ACSL6、APOA1、HMGCL、IDH3A、PC、PCK1基因。3.对本研究筛选到和酮病相关的候选基因APOA1,以及文献报道的候选基因CPT1A基因进行功能验证,通过测序和相关性分析鉴定出APOA1基因启动子区域内SNP(g.-572 A>G)和CPT1A基因启动子区域内SNP(g.-108 G>T)与酮病显著相关(P<0.05)。qRT-PCR实验表明APOA1基因和CPT1A基因在患酮病牛中的表达量高于健康牛中表达量(P<0.05)。双重荧光素酶报告实验表明,位于APOA1基因核心启动子区域内的突变型(GG)个体的启动子活性明显高于野生型(AA)个体的启动子活性(P<0.05)。位于CPT1A基因核心启动子区域内的突变型(TT)个体的启动子活性明显高于野生型(GG)个体的启动子活性(P<0.05)。不同基因型个体的APOA1基因和CPT1A基因启动子活性的差异导致基因表达水平的不同,进而影响酮病的发生。最终试验结论为APOA1基因上SNP(g.-572 A>G)和CPT1A基因上SNP(g.-108G>T)可作为奶牛酮病抗性的遗传标记。

关键词：酮病全基因组关联分析选择信号分析 APOA1基因 CPT1A基因

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基于全基因组重测序的现代马群体遗传结构和选择信号分析

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畜牧兽医杂志 2024年第5期43卷 1-7,23页

作者：徐媛徐继平刘小英姜雨西北农林科技大学动物科技学院陕西杨凌712100 榆林市榆阳区补浪河区域畜牧兽医工作站陕西榆林719000

本研究基于全基因组重测序数据,以全球76个马品种共406匹马为研究对象,采用主成分分析、系统发育树和祖先成分分析三种方法,在遗传学层面综合评估了现代马群体的遗传结构。此外,以核苷酸多样性为指标对现代马群体的遗传多样性进行了评估... 详细信息

本研究基于全基因组重测序数据,以全球76个马品种共406匹马为研究对象,采用主成分分析、系统发育树和祖先成分分析三种方法,在遗传学层面综合评估了现代马群体的遗传结构。此外,以核苷酸多样性为指标对现代马群体的遗传多样性进行了评估,并运用Fst和XP-EHH受选择方法检测不同马群体之间的基因组选择信号,筛选出了5个与藏马高原适应性显著相关的候选基因(HBB、EPAS1、TMEM247、RHOQ和ATP6V1E2),3个与中国西南马体型性状显著相关的候选基因(HMGA2、TBX3和TBX5),以及与欧美高度选育马的马术表演,行为和运动显著相关的基因(IGFBP3、IGFBP1、HSD7A和ADCY1)。该研究为进一步保护地方马种的种质资源提供科学依据,并揭示人工培育马种的选择方向。

关键词：全基因组重测序群体结构选择信号分析候选基因

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基于选择信号分析挖掘中蜂在适应我国不同气候条件过程中的关键基因

基于选择信号分析挖掘中蜂在适应我国不同气候条件过程中的关键基...

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中国养蜂学会蜜蜂生物学专业委员会第5届3次学术会议

作者：张易徐浩蔺哲广吉挺扬州大学动物科学与技术学院江苏扬州 225009

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