检索结果-内蒙古大学图书馆

REML法和MCMC法在数量性状核心家系遗传方差分量模型中参数估计的比较

复旦学报（医学版） 2003年第4期30卷 299-303页

作者：郜艳晖姜庆五孟炜陈启明赵耐青沈福民复旦大学公共卫生学院流行病学教研室上海200032 复旦大学卫生统计与社会医学教研室上海200032

目的比较限制性最大似然估计(REML)和马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)方法在数量性状遗传方差分量模型中参数估计的偏差和精度。方法计算机模拟50个数量性状核心家系数据集,运用SAS软件中的PROC MIXED程序和WinBUGS软件进行参数估计,比较不... 详细信息

目的比较限制性最大似然估计(REML)和马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)方法在数量性状遗传方差分量模型中参数估计的偏差和精度。方法计算机模拟50个数量性状核心家系数据集,运用SAS软件中的PROC MIXED程序和WinBUGS软件进行参数估计,比较不同样本含量时两法参数估计结果。结果在本试验参数指定条件下,对固定效应参数,两法估计的相对偏差低于2％;对随机效应,估计偏差较高。小样本时,MCMC法估计结果比REML法更接近真值。结论在模拟数量性状方差分量模型时,大样本家系资料可根据实际情况选用两法;小样本家系资料,MCMC法可得到比REML法更稳健的估计,推荐使用。

关键词：数量性状核心家系遗传方差分量模型参数估计 REML法 MCMC法偏差精度

来源：评论

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原发性肝癌发病年龄的遗传方差分量模型研究

引用

复旦学报（医学版） 2008年第4期35卷 528-532页

作者：郜艳晖姜庆五丁保国张丕德陈思东广东药学院公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室广州510310 复旦大学公共卫生学院流行病学教研室上海200032 江苏省泰兴市疾病预防与控制中心泰兴225400

目的HBV感染对原发性肝癌的家庭聚集性有很重要的影响,本研究控制HBV感染的同时,研究原发性肝癌发病年龄的遗传方差分量。方法家系资料来自2001～2002年江苏泰兴的一次原发性肝癌的病例对照家系调查,利用Cox遗传方差分量模型,分析满足... 详细信息

目的HBV感染对原发性肝癌的家庭聚集性有很重要的影响,本研究控制HBV感染的同时,研究原发性肝癌发病年龄的遗传方差分量。方法家系资料来自2001～2002年江苏泰兴的一次原发性肝癌的病例对照家系调查,利用Cox遗传方差分量模型,分析满足方差分量模型要求的178个肝癌核心家系和184个肝癌扩展家系资料,MCMC方法用于协变量回归系数和随机效应方差分量的估计。结果不包含家庭共享环境方差的简化模型最终收敛。核心家系和扩展家系资料的遗传方差分量模型得到相似的参数估计结果,扩展家系结果显示HBsAg阳性对肝癌发病年龄的HR值为12.13（95%CI：6.94-23.03）;遗传加性效应方差分量为0.076（95%CI：0.002-0.291）,遗传显性效应方差分量为0.301（95%CI：0.010-1.067）。结论除HBV感染的作用外,原发性肝癌发病年龄的家庭相关还有遗传因素的作用,包括遗传加性效应和遗传显性效应/同胞共享环境因素影响肝癌的发病年龄。

关键词：原发性肝癌发病年龄遗传方差分量模型

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核心家系中数量性状遗传方差分量模型的研究

引用

中国卫生统计 2003年第1期20卷 12-15页

作者：郜艳晖姜庆五孟炜陈启明沈福民复旦大学公共卫生学院流行病学教研室 200032

目的　研究核心家系中带协变量的数量性状的遗传方差分量模型 ,探索数量性状的遗传因素和环境因素作用大小的分析方法。方法　将线性混合模型应用于核心家系资料 ,根据核心家系成员的遗传关系建立遗传方差分量模型 ,运用SAS软件中的Mixe... 详细信息

目的　研究核心家系中带协变量的数量性状的遗传方差分量模型 ,探索数量性状的遗传因素和环境因素作用大小的分析方法。方法　将线性混合模型应用于核心家系资料 ,根据核心家系成员的遗传关系建立遗传方差分量模型 ,运用SAS软件中的Mixed模块和WinBUGS软件进行参数估计 ,分析各影响因素作用大小。结果　模拟研究表明REML法和MCMC法都可得到近似无偏的参数估计。REML法计算耗时较少 ,但该法对各参数的区间估计具有一定的局限性 ,而MCMC法可方便地得到各参数的可信区间。结论　该模型可应用于实际家系资料。

关键词：核心家系数量性状遗传方差分量模型线性混合模型 MCMC Gibbs抽样病因学

来源：评论

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基于Weibull回归模型的遗传方差分量模型研究

引用

中国卫生统计 2008年第3期25卷 239-242页

作者：郜艳晖张丕德李丽霞徐英姜庆五广东药学院公共卫生学院卫生统计学教研室 510310 复旦大学公共卫生学院流行病学教研室 200032

目的研究家系资料中生存时间资料的遗传方差分量模型,评价环境因素和遗传因素对删失性状的影响。方法将单随机效应的Weibull回归模型扩展到多个随机效应,建立遗传方差分量模型,运用MCMC的方法进行参数估计,通过模拟研究说明参数估计的... 详细信息

目的研究家系资料中生存时间资料的遗传方差分量模型,评价环境因素和遗传因素对删失性状的影响。方法将单随机效应的Weibull回归模型扩展到多个随机效应,建立遗传方差分量模型,运用MCMC的方法进行参数估计,通过模拟研究说明参数估计的准确性。结果模拟研究表明该方法可得到近似无偏的参数估计。结论基于Weibull回归模型的遗传方差分量模型可用于家系资料,研究生存时间资料的遗传和环境因素的作用。

关键词：生存时间 Weibull回归模型遗传方差分量模型

来源：评论

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核心家系中删失性状遗传方差分量模型的研究

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中国卫生统计 2008年第5期25卷 467-469,473页

作者：郜艳晖张丕德丁保国李丽霞姜庆五广东药学院公共卫生学院卫生统计学教研室 510310 江苏泰兴市疾病预防和控制中心 225400 复旦大学公共卫生学院流行病学教研室 200032

目的研究核心家系资料中删失性状的遗传方差分量模型,评价环境因素和遗传因素对删失性状的影响。方法应用多变量脆弱模型研究删失性状的遗传方差分量,基础模型选用Cox比例危险模型,MCMC方法用于参数估计,原发性肝癌核心家系发病年龄资... 详细信息

目的研究核心家系资料中删失性状的遗传方差分量模型,评价环境因素和遗传因素对删失性状的影响。方法应用多变量脆弱模型研究删失性状的遗传方差分量,基础模型选用Cox比例危险模型,MCMC方法用于参数估计,原发性肝癌核心家系发病年龄资料的分析说明了该方法的实际应用。结果实例分析结果符合专业解释,该模型对生存时间分布没有要求因而有更广泛的适用性。结论基于Cox回归模型的遗传方差分量模型可用于家系资料,研究生存时间资料的遗传和环境因素的作用。

关键词：删失性状 Cox模型遗传方差分量模型

来源：评论

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核心家系中质量性状遗传方差分量模型的研究

引用

中国卫生统计 2007年第3期24卷 259-262页

作者：郜艳晖李丽霞张丕德陈思东姜庆五广东药学院公共卫生学院卫生统计教研室 510224 复旦大学公共卫生学院流行病学教研室

目的研究核心家系中带协变量的质量性状的遗传方差分量模型,定量地评价遗传因素和环境因素对质量性状的作用。方法将广义线性混合模型应用于核心家系资料建立遗传方差分量模型,运用MCMC方法进行参数估计。结果模拟研究表明大样本时MCMC... 详细信息

目的研究核心家系中带协变量的质量性状的遗传方差分量模型,定量地评价遗传因素和环境因素对质量性状的作用。方法将广义线性混合模型应用于核心家系资料建立遗传方差分量模型,运用MCMC方法进行参数估计。结果模拟研究表明大样本时MCMC法可得到近似无偏的参数估计。结论该方法可应用于家系资料,分析遗传因素和环境因素对质量表型的影响大小。

关键词：质量性状遗传方差分量模型家系研究

来源：评论

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基于Cox模型的遗传方差分量模型研究及应用

基于Cox模型的遗传方差分量模型研究及应用

引用

作者：叶荣广东药学院

学位级别：硕士

复杂疾病是环境因素和遗传因素共同作用的结果。为研究复杂疾病病因,遗传流行病学首先需对疾病性状进行家庭聚集性评价。家庭成员间性状不独立是家系资料的特点。对常见数量性状和质量性状,可采用边际模型或广义线性混合效应模型解决家... 详细信息

复杂疾病是环境因素和遗传因素共同作用的结果。为研究复杂疾病病因,遗传流行病学首先需对疾病性状进行家庭聚集性评价。家庭成员间性状不独立是家系资料的特点。对常见数量性状和质量性状,可采用边际模型或广义线性混合效应模型解决家系内相关的问题。但如发病年龄、月经初潮等删失性状,则需要在生存分析的框架下研究,Cox模型是生存分析中应用最广泛的模型之一。经典的遗传方差分量模型将家系中各成员间复杂性状的家庭相关来源分为加性遗传随机效应、显性遗传随机效应和家庭共享环境随机效应,且通常假设随机效应服从多元正态分布。本文在Cox模型的基础上引入遗传和环境随机效应,构造包含多个随机效应的Cox遗传方差分量模型。由于随机效应服从多元正态分布,给模型参数估计时求解高维积分带来极大困难,本课题探讨了应用Laplace近似法和惩罚性似然理论来解决高维积分的困难;在R和S-Plus软件中编制程序实现了核心家系和扩展家系资料的随机效应方差协方差矩阵的设计矩阵,并利用coxme函数实现了Laplace近似的惩罚性偏似然(PPL)参数估计;同时将Cox遗传方差分量模型应用于广东顺德的原发性肝癌核心家系资料和江苏泰兴的原发性肝癌扩展家系资料,利用Laplace近似的PPL参数估计方法建立原发性肝癌发病年龄的Cox遗传方差分量模型,以说明该模型和参数估计方法的可行性。本研究旨在为遗传流行病学研究者提供一种有效的、灵活的用于评价删失性状家庭聚集性的统计分析工具。

关键词：发病年龄删失性状 Cox脆弱模型家庭聚集性遗传方差分量模型 Laplace近似惩罚性偏似然估计

来源：评论

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