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范例一：(K=图书馆学 OR K=情报学) AND A=范并思 AND Y=1982-2016
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文献类型

2 篇 学位论文

馆藏范围

2 篇 电子文献
0 种 纸本馆藏

日期分布

学科分类号

2 篇 农学
- 2 篇 作物学

主题

2 篇 重复序列探针
2 篇 荧光原位杂交
2 篇 燕麦属
1 篇 标准核型系统
1 篇 基因组进化
1 篇 起源和进化
1 篇 信号模式

机构

2 篇 四川农业大学

作者

1 篇 杨闯
1 篇 吕紫琴

语言

2 篇 中文

检索条件"主题词=重复序列探针"

共 2 条记录，以下是1-10 订阅

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详细简洁

排序：

燕麦标准核型系统的优化及其物种关系分析

燕麦标准核型系统的优化及其物种关系分析

引用

作者：吕紫琴四川农业大学

学位级别：硕士

燕麦属（Avena L.）隶属于禾本科（Poaceae）早熟禾亚科（Pooideae）燕麦族（Aveneae）,包含大量优异的种质资源。由于燕麦属物种基因组庞大、进化历程漫长以及染色体结构变异复杂,导致多倍体燕麦的起源和系统进化关系一直存在争议,限... 详细信息

燕麦属（Avena L.）隶属于禾本科（Poaceae）早熟禾亚科（Pooideae）燕麦族（Aveneae）,包含大量优异的种质资源。由于燕麦属物种基因组庞大、进化历程漫长以及染色体结构变异复杂,导致多倍体燕麦的起源和系统进化关系一直存在争议,限制了优异资源的高效利用。随着燕麦属物种测序数据的陆续公布,大量重复序列探针被开发,用于区分各染色体。然而,现有探针组合通常需要三种或更多才能完全区分所有染色体,且部分染色体信号模式很相似,亟需优化组合。同时,部分燕麦属多倍体物种染色体间的部分同源关系尚未明晰。因此,本研究利用燕麦全基因组测序数据开发重复探针,优化探针组合。基于新的探针组合,标记大量燕麦属物种,并基于全染色体的寡核苷酸探针划分燕麦多倍体物种的同源群,完善燕麦属物种标准核型系统,为燕麦属物种之间的亲缘和进化关系提供依据。具体结果如下: 1.使用TRF（version 4.09）软件对燕麦全基因组测序数据进行分析,以获得串联重复序列。使用Python程序筛选出重复基序长度大于50且拷贝数大于20的数据。随后,利用CD-HIT软件对相似性大于80%的串联重复序列进行聚类分析,最终得到了1103个cluster。根据聚类结果,进一步挑选拷贝数高、信号强度大、信号位点丰富的序列,命名为oligo-898。 2.仅采用2个优化的探针进行组合,提高了染色体的区分效率,各物种的每条染色体均有独特的标记信号。探针oligo-898+oligo-356标记结果显示A基因组二倍体各亚型信号模式特异,其中***信号模式与其余Aa基因组二倍体存在显著差异,而与Ad基因组二倍体更为相似;Ce基因组二倍体与Cv基因组二倍体信号模式不同;利用寡核苷酸探针明确了AB基因组四倍体***不同染色体间的部分同源关系,重复序列探针组合标记结果表明barbata组信号模式相似度很高,且与***存在明显差异;CD基因组四倍体3个种间存在不同程度的信号相似;六倍体As亚基因组之间差异不大,Cs、Ds亚基因组的部分染色体存在信号差异。 3.基于构建的标准核型系统,探讨燕麦属物种各基因组间的亲缘和进化关系。六倍体As亚基因组与Aa基因组二倍体信号模式更相似,表明Aa基因组二倍体可能作为六倍体As亚基因组供体参与进化;对于Cs、Ds亚基因组,未找到可能的二倍体祖先,但其信号模式与CiDi基因组四倍体***尤为相似。在AB基因组四倍体中,barbata组Ab亚基因组的信号模式与Aa基因组二倍体非常相似,B亚基因组来源于A基因组二倍体;*** A'亚基因组信号模式与Aa、Ad和Al基因组二倍体相似,尚未检测到与B亚基因组相似的二倍体物种。将CD基因组四倍体与现存所有的A、C基因组二倍体模式相比,Ce和Ad基因组二倍体与四倍体C和D亚基因组最为相似。

关键词：燕麦属重复序列探针荧光原位杂交标准核型系统基因组进化

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基于探针Ab-T148和Ast-T125的燕麦属物种染色体识别和种间关系研究

基于探针Ab-T148和Ast-T125的燕麦属物种染色体识别和种间关系研究

引用

作者：杨闯四川农业大学

学位级别：硕士

燕麦属(Avena L)隶属于禾本科(Poaceae),早熟禾亚科(Pooideae),燕麦族(Aveneae),全世界约30个种,包含A、B、C、D 4种基因组,共有AA、CC、AABB、CCCC、AACC/CCDD、AACCDD 6种基因组组成,其染色体基数为7。燕麦基因组庞大复杂,种间关系不... 详细信息

燕麦属(Avena L)隶属于禾本科(Poaceae),早熟禾亚科(Pooideae),燕麦族(Aveneae),全世界约30个种,包含A、B、C、D 4种基因组,共有AA、CC、AABB、CCCC、AACC/CCDD、AACCDD 6种基因组组成,其染色体基数为7。燕麦基因组庞大复杂,种间关系不清晰,各染色体间同源关系不明确。基于此,本研究利用在燕麦基因组中大量分布的重复序列作为探针,筛选在燕麦属二倍体、四倍体、六倍体物种的各染色体中具有较高多态性的探针,以此对燕麦基因组各染色体进行区分识别。同时将不同探针的标记结果进行比对,对不同基因组和不同物种间的亲缘关系和进化关系进行了研究。1.利用两个重复序列探针与5s探针和基因组特异性探针进行标记,同时与染色体核型相结合,成功区分了燕麦属物种的不同染色体,完善了前人的燕麦染色体命名系统,推进了燕麦各染色体的细胞学鉴定工作。***基因组四倍体中的A、B基因组分别与现存的不同A基因组二倍体物种亲缘关系较近,前者与As基因组二倍体相似度较高,而后者则被认为起源于Ad基因组二倍体。而其它多倍体物种均未能找到确切的二倍体供体种,说明前者在进化过程中发生的变化较小。多倍体中的A、B、D 3个基因组的来源都与不同A基因组二倍体物种有着密切的关系,而C基因组则被认定为是起源于C基因组二倍体,C基因组的探针信号模式也与其它3个基因组差异较大。推测A、B、D基因组起源于与C基因组不同的另一祖先。3.在A基因组二倍体中,各个亚型之间探针标记情况差异较大,每个亚型都有自己独特的信号标记模式。As基因组中的***与***与其它种的信号标记情况存在着一定的差异,但总体来说它们的信号模式依然与As基因组亚型更相似。供试的3个C基因组二倍体物种中,两个Cp基因组物种***和***的信号分布几乎一致,Cv基因组物种***与它们存在着较小的差异,3个物种的亲缘关系较近。4.结合探针信号可以发现***、***和***这3个物种的A基因组和B基因组之间信号差异较大,更支持AB基因组四倍体为异源起源的观点。AB基因组四倍体中***与其它三个种的结果差异较大,基于本研究结果认为AB基因组四倍体的起源可以分为2个分支,其中***、***和***为一个起源路径、***为独立的起源路径。AC(CD)基因组四倍体中,***和***的亲缘关系更近,与***的差异较大;通过对结果的比较分析认为AC(CD)基因组四倍体燕麦物种的基因组组成为CCDD,而不是AACC。燕麦六倍体的各个种之间差异较小,对比AC(CD)基因组四倍体和六倍体的结果,发现***和***与六倍体中C、D基因组的信号模式相似度较高,其中四倍体***的信号模式更为相似,支持了六倍体燕麦是由A基因组二倍体与CD基因组四倍体杂交加倍形成。

关键词：燕麦属荧光原位杂交重复序列探针信号模式起源和进化

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