在蛋白质水平上,研究干燥方法(真空冷冻干燥、热风干燥、自然干燥)对牡丹花瓣的影响及作用机理。采用非标记定量蛋白质组学技术对牡丹花瓣进行蛋白质组学的差异性比较,并对差异蛋白质进行GO(Gene Ontology)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)注释富集分析,探讨加工方式对代谢通路的作用机制。结果表明:三组样品共定性1423个蛋白质,定量1349个,占总数94.80%;真空冷冻干燥样品FD、热风干燥样品HD、自然风干样品ZD定量蛋白质分别为1325、677、1085个,三组样品共同的定量蛋白质有656个。与HD比较,ZD显著差异蛋白质77个,上调24个,下调53个;77个显著差异蛋白质GO、KEGG分析表明,蛋白质主要集中在糖酵解/糖异生、丙酮酸代谢、TCA循环、内质网蛋白质加工通路。结论:加工方式对牡丹花蛋白质差异影响显著,该研究首次对采用蛋白质组学方法分析牡丹花差异蛋白的表达变化,为不同加工方法在实践中提供科学依据。
目的应用非标记定量技术研究糖尿病患者血清中差异表达蛋白,筛选特异性蛋白质标志物。方法收集2023年深圳市糖尿病患者和健康对照者的血清各3例,应用免疫亲和层析和纳升液相色谱-四极杆-静电场轨道线性离子阱三合一质谱法,利用分级(fraction,FC)和不分级(no fraction,NF)2种方法对糖尿病患者和健康对照者的血清蛋白质组进行非标记定量分析,质谱数据经MaxQuant1.6.1.0进行检索,对分级方法鉴定的差异蛋白质进行GO(gene oncology)功能聚类分析和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析。结果未分级方法鉴定可信蛋白251种,筛选差异蛋白17种;分级方法鉴定可信蛋白494种,筛选差异蛋白74种。其中7种蛋白在2种方法中变化趋势完全一致。有5种蛋白下调,分别是妊娠区带蛋白(pregnancy zone protein,PZP)、碳酸酐酶1(carbonic anhydrase 1,CAH1)、甘露糖结合蛋白C(mannose-binding protein C,MBL2)、纤维蛋白原α链(fibrinogen alpha chain,FIBA)和触珠蛋白(haptoglobin,HPT);2种蛋白上调,分别是脂蛋白a[apolipoprotein(a),LPA]和补体因子H相关蛋白4(complement fac‐tor H-related protein 4,CFH4)。GO分析显示差异蛋白的分子功能主要集中在糖胺聚糖结合、肝素结合等过程。KEGG通路分析显示差异蛋白主要集中在补体和级联凝血、细胞黏附、PI3K-Akt信号通路等通路上。结论基于分级的非标记定量蛋白质组学分析技术可有效分析糖尿病患者血清蛋白的差异表达,为筛选大规模队列疾病血清样本的特异性蛋白质标志物提供了有效技术手段。
考察冬枣不同成熟阶段的蛋白质组,分析差异表达蛋白质及功能,为研究冬枣成熟发育机制提供理论依据。采集开花后第55(幼果期)、76(果实膨大期)、96(果实白熟期)、116天(果实脆熟期)的沾化冬枣样品,利用非标记定量蛋白质组学技术对4个阶段冬枣样品蛋白质组进行分析,各阶段样品与前一阶段相比,得到差异表达蛋白质,并进行基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。结果表明,4个阶段样品共定性2107个蛋白质,定量1986个蛋白质,各阶段果实与前一阶段相比差异表达蛋白质分别为96、185、138个;差异蛋白质GO显示,主要富集单一生物细胞过程、单一生物代谢过程、化学响应、压力响应等生物学过程。KEGG代谢通路表明,差异表达蛋白显著富集在光合作用、类黄酮生物合成、柠檬烯和蒎烯降解、苯丙烷类生物合成、乙醛酸和二羧酸代谢以及核糖体合成等。冬枣果实不同发育阶段蛋白质组差异显著,差异蛋白质主要参与能量代谢、遗传信息处理和其他次生代谢物的生物合成等途径。
晚期肾癌的化学疗法或放射疗法效果均不佳,缺少有效的诊疗分子靶标和治疗手段。本研究基于二级质谱(MS2)数据的非标记定量蛋白质组学方法,对晚期肾透明细胞癌和对应的肾脏正常组织样本进行了蛋白质组学分析,共鉴定出2406个蛋白质。采用谱图计数和MS2总离子流(Total ion current, TIC)两种数据处理方法,对蛋白质组学鉴定结果数据进行定量分析。结果表明, MS2总离子流方法可筛选出144个差异蛋白,谱图计数方法筛选出120个差异蛋白,MS2总离子流方法优于谱图计数方法。两种方法共筛选出147个差异蛋白。其中,肿瘤组织上调蛋白有46个,包括膜联蛋白A4、层粘连蛋白α-4亚基、丙酮酸激酶、ATP-柠檬酸合成酶、组蛋白H1.5和碳酸酐酶9等;下调蛋白有101个,包括电子转移黄素蛋白β亚基、3-酮脂酰基CoA硫解酶、绒毛蛋白-1、V型质子ATP合成酶F亚基、线粒体磷酸盐载体蛋白、细胞色素b-c1复合物8亚基、多重耐药抗性蛋白1、视黄醛脱氢酶2和尿调蛋白等。使用MS1数据对部分差异蛋白分析结果进行了相互验证。本研究基于MS2数据的非标记定量分析研究方法,对肾透明细胞癌组织进行蛋白质组学分析,筛选出的差异蛋白可作为肾透明细胞癌诊治、预后判断的候选标志物,为寻找晚期肾透明细胞癌有效的治疗靶点提供了基础数据。
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