检索结果-内蒙古大学图书馆

药学学报 2021年第7期56卷 1953-1964页

作者：常晋霞王仕宝袁江北刘文虎川北医学院基础医学院药学院四川南充637100 汉中职业技术学院药学院陕西汉中723000 北京大学深圳医院深圳北京大学-香港科技大学医学中心广东深圳518036

肿瘤耐药是多机制、多因子参与的复杂生物学过程,而肿瘤细胞抗凋亡是导致其耐药的重要原因。前期研究显示,Runt相关转录因子3(Runt-related transcription factor 3,RUNX3)在胃癌赫赛汀耐药细胞中与DNA的结合活性显著增强,然而其活性变... 详细信息

肿瘤耐药是多机制、多因子参与的复杂生物学过程,而肿瘤细胞抗凋亡是导致其耐药的重要原因。前期研究显示,Runt相关转录因子3(Runt-related transcription factor 3,RUNX3)在胃癌赫赛汀耐药细胞中与DNA的结合活性显著增强,然而其活性变化是否与耐药有关,尚不明确。本实验以赫赛汀耐药细胞(NCI N87R)为对象,采用CRISPR/Cas9构建RUNX3敲除细胞株(△RUNX3/NCI N87R),探究RUNX3在赫赛汀耐药中的作用及其潜在机制。在此基础上,基于非标记定量蛋白质组学研究△RUNX3/NCI N87R细胞蛋白质表达谱;采用倍数变化及显著性水平筛选差异表达分子;利用GeneAnalytics数据库通路富集分析;使用DAVID Bioinformatics Resources数据库基因本体分析;基于STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络。结果表明,敲除RUNX3使NCI N87R细胞对赫赛汀的敏感性增加。蛋白质组数据显示,577种基因在△RUNX3/NCI N87R中的表达显著改变,其中上调191种、下调386种。根据通路富集率及显著性水平,自噬、细胞周期、凋亡、线粒体脂肪酸β氧化、神经源性位点notch同源蛋白1(neurogenic locus notch homolog protein 1,NOTCH1)、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、Hedgehog及DNA损伤响应信号变化显著(P<0.05),表明敲除RUNX3干扰耐药细胞多条通路。免疫印迹证实,自噬相关蛋白(autophagy-related protein,ATG)13、7及BECN1在△RUNX3/NCI N87R中的表达显著增加,而细胞周期调节分子丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Chk2(serine/threonine-protein kinase Chk2,CHEK2)及凋亡调节分子Bcl-2(apoptosis regulator Bcl-2,BCL2)显著下调;与NCI N87R细胞相比,磷酸化丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶AKT(p-AKT)在△RUNX3/NCI N87R中的表达显著降低(P<0.01),且赫赛汀能够降低p-AKT水平,表明敲除RUNX3改变了耐药细胞周期、增加赫赛汀对p-AKT的抑制作用,促进其自噬并诱导凋亡,提示RUNX3可能是逆转或降低胃癌赫赛汀耐药的潜在靶标。

关键词： Runt相关转录因子3 赫赛汀耐药性非标记定量蛋白质组学自噬凋亡

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基于非标记定量蛋白质组学技术研究RyhB调控禽致病性大肠杆菌酸性耐受力

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中国预防兽医学报 2017年第8期39卷 616-620页

作者：涂健张煜李春晓薛媚王琦祁克宗安徽农业大学动物科技学院/兽医病理生物学与疫病防控安徽省重点实验室安徽合肥230036

为从蛋白水平上探究ryhb对大肠杆菌酸性耐受力相关基因的影响,本研究采用非标记定量(Label-free)蛋白质组学技术对禽致病性大肠杆菌(APEC)野生株和△ryhb基因突变株进行蛋白质组学的差异性比较,并利用荧光定量PCR技术进行验证。本实验... 详细信息

为从蛋白水平上探究ryhb对大肠杆菌酸性耐受力相关基因的影响,本研究采用非标记定量(Label-free)蛋白质组学技术对禽致病性大肠杆菌(APEC)野生株和△ryhb基因突变株进行蛋白质组学的差异性比较,并利用荧光定量PCR技术进行验证。本实验共检测到121个差异表达蛋白,其中44个蛋白的表达水平上调,19个蛋白的表达水平下调。为研究ryhb对表达蛋白的影响情况,并鉴定受其调控的相关基因,从上述差异蛋白中筛选出了hdea、hdeb、gada、gadb等与酸性耐受力相关的蛋白,并在基因水平进行验证。本研究表明,ryhb基因的缺失可能与上述4个耐酸基因转录水平上调相关,进而增强APEC耐酸性。本实验为初步探究ryhb调控通路,对APEC致病性影响提供了一定的实验依据。

关键词：非标记定量蛋白质组学禽致病性大肠杆菌 ryhb 耐酸基因

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基于非标记定量蛋白质组学的谷氨酰内切酶C活性研究

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军事医学 2020年第6期44卷 438-442页

作者：屈安姜王富强徐平安徽医科大学合肥230032 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所北京100850 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京102206

目的谷氨酰内切酶C(Glu C)可特异地切割蛋白谷氨酸或天冬氨酸残基羧基端结合的肽键,是蛋白质组学研究的重要工具酶,优质高效价廉的Glu C产品对蛋白质组学研究意义重大。在课题组前期成功制备重组表达Glu C基础上,应用非标记定量蛋白质... 详细信息

目的谷氨酰内切酶C(Glu C)可特异地切割蛋白谷氨酸或天冬氨酸残基羧基端结合的肽键,是蛋白质组学研究的重要工具酶,优质高效价廉的Glu C产品对蛋白质组学研究意义重大。在课题组前期成功制备重组表达Glu C基础上,应用非标记定量蛋白质组学技术对实验室自制Glu C与市售商品化产品Glu C(Glu C-Com)的活性进行系统的评价比较。方法等量酵母全细胞蛋白裂解物(total cell lysates,TCL)分别用等量的实验室自制Glu C与Glu C-Com消化,酶解肽段经液相色谱-串联质谱联用(LC-MS/MS)检测,产生的数据经MaxQuant(v1.5.2.8)软件的非标记定量(LFQ)方法分析。结果Glu C消化样品后产生的易于质谱鉴定分析的肽段(7~35个氨基酸)的总体数目更多,且肽段的丰度范围分布更广;其二级谱图鉴定率、二级谱图数、肽段数量、蛋白鉴定数量等指标均比Glu CCom组高,且漏切率较低。结论应用基于质谱的非标记定量蛋白质组学技术可实现对Glu C的酶活性评价,数据显示实验室制备的Glu C具有较好的生物活性。

关键词：谷氨酰内切酶C 质谱非标记定量蛋白质组学

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应用非标记定量蛋白质组学技术筛选胃癌差异表达蛋白

应用非标记定量蛋白质组学技术筛选胃癌差异表达蛋白

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作者：张亚泰山医学院

学位级别：硕士

目的: 应用激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)联合基于液相色谱串联质谱的非标记定量蛋白质组学技术,对胃低分化腺癌组织及配对正常胃粘膜组织进行蛋白定量研究。筛选并鉴定两组样品蛋白质酶解产物之间的差异表达蛋... 详细信息

目的: 应用激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)联合基于液相色谱串联质谱的非标记定量蛋白质组学技术,对胃低分化腺癌组织及配对正常胃粘膜组织进行蛋白定量研究。筛选并鉴定两组样品蛋白质酶解产物之间的差异表达蛋白,为今后胃癌的发病机制及早期诊断、预后判断提供理论依据。方法: 1.收集泰山医学院附属医院手术切除后的六对胃腺癌及配对正常胃组织(距癌组织至少5cm以外),术后经病理诊断均为低分化腺癌。用激光捕获显微切割(LCM)仪获取纯化的目的细胞,提取蛋白后将两组样本分别混合。采用纳升级二维液相色谱串联质谱(Nano 2DLC-MS/MS)的非标记定量蛋白质组学技术筛选胃癌差异表达蛋白。应用生物信息学方法(GO和KEGG)对显著差异表达蛋白进行分析。 2.从筛选的胃癌差异蛋白中挑选4个感兴趣的蛋白(Integrinα5、β-catenin、Annexin A2、Stat3),采用蛋白免疫印迹(Western blot)和免疫组织化学方法对蛋白质组学结果进行验证。结果: 1.应用LCM技术成功分离纯化胃癌及配对正常胃粘膜细胞。 2.应用非标记定量技术在胃癌组织和正常胃粘膜组织中分别鉴定出1114和1155个蛋白质,75个为胃癌组织特有、116个为胃正常组织特有。在胃癌和配对正常组织共有的1039个蛋白质中差异倍数超过2倍的有264个,即137个上调蛋白和127个下调蛋白。采用GO富集分析和KEGG细胞信号通路注释发现,264个显著差异蛋白在细胞外成分(intracellular part)中具有较高富集,找到与细胞代谢等相关的分类,同时涉及多项分子功能,包括蛋白结合、核苷酸结合、细胞骨架构建等。KEGG结果显示这些蛋白参与24种信号转导通路,其中匹配率最高的是氧化磷酸化通路。 *** blot和免疫组织化学方法验证差异蛋白(Integrinα5、β-catenin、AnnexinA2、Stat3)表达的动态变化。Western blot结果显示:Integrinα5、Annexin A2和Stat3在胃癌组织中表达上调,β-catenin在胃癌组织中表达下调;免疫组织化学结果显示:与胃正常组织相比,Integrinα5和Annexin A2在胃癌组织中表达上调,β-catenin在胃癌组织中表达下调。验证结果与蛋白质组学结果基本一致。结论: 1.首次联合LCM与非标记定量蛋白质组学技术分析胃癌相关差异蛋白,鉴定出差异超过2倍上调蛋白137个、下调蛋白127个,癌组织特有蛋白75个,正常组织特有蛋白为116个。结果表明该方法可以成为研究胃癌差异蛋白质组学的有效手段。 2.应用生物信息学方法分析质谱鉴定到的胃癌相关差异蛋白,这些蛋白涉及19种分子功能,如蛋白结合、细胞骨架构建、酶抑制活性等;参与24个生物过程,如细胞代谢、蛋白转运、应激反应等;细胞成分包括细胞内、细胞器、细胞外基质等21种,其中80%属于细胞内成分;共参与氧化磷酸化、细胞外机制受体相互作用、局灶黏附等24个信号转导通路,这些结果可为今后胃癌致癌机制及肿瘤标志物的研究奠定基础。 ***α5、Annexin A2、Stat3和β-catenin在6例胃低分化腺癌和配对正常胃粘膜组织中的Western blot和免疫组织化学结果与非标记定量蛋白组学结果基本一致。

关键词：胃癌非标记定量蛋白质组学激光捕获纤维切割质谱生物信息学

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基于非标记定量尿液蛋白质组学筛选糖尿病肾病诊断标志物的研究

基于非标记定量尿液蛋白质组学筛选糖尿病肾病诊断标志物的研究

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作者：杨雪娇昆明医科大学

学位级别：硕士

[目的]糖尿病肾病（diabetic kidney disease,DKD）是一种常见的糖尿病微血管并发症,但糖尿病并发的肾脏损伤不仅包括DKD,还包括非糖尿病肾病（non-diabetic renal disease,NDRD）,肾活检仍然是诊断DKD的金标准,目前临床缺乏有效鉴别诊... 详细信息

[目的]糖尿病肾病（diabetic kidney disease,DKD）是一种常见的糖尿病微血管并发症,但糖尿病并发的肾脏损伤不仅包括DKD,还包括非糖尿病肾病（non-diabetic renal disease,NDRD）,肾活检仍然是诊断DKD的金标准,目前临床缺乏有效鉴别诊断DKD和NDRD的生物标志物。本研究拟采用非标记定量蛋白质组学技术鉴定DKD和NDRD组间的尿液差异表达蛋白,利用生物信息学分析筛选对DKD具有鉴别诊断价值的生物标志物。[方法]1、选择2019年10月30日至2020年11月1日于昆明医科大学第一附属医院、云南省第一人民医院、昆明市延安医院、楚雄州人民医院、西南医科大学附属第一医院肾内科行肾活检的住院患者,收集患者的晨尿。纳入临床资料、实验室指标以及病理资料完整且没有重大慢性疾病的患者,依据肾脏病理结果分为DKD 组、NDRD 组、T2DM 伴 NDRD 组（NDRD-DM）。2、采用倾向性匹配分析（Propensity score matching analysis,PSM）,根据年龄、性别、身体质量指数（Body mass index,BMI）等流行病学资料对三个研究组进行匹配,各组分别挑选10例样本用于蛋白质组学分析。3、Bradford法对尿液样本进行总蛋白定量,凝胶电泳检测尿液蛋白的完整性,各组用80μg总蛋白进行蛋白质组学检测,鉴定和筛选与NDRD组、NDRD-DM组相比DKD组的差异表达蛋白。4、基因本体论（Gene Ontology,GO）、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）、蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interactions,PPI）等生物信息学方法分析差异表达蛋白。5、根据组织定位、蛋白质的表达差异情况以及文献报道,筛选对DKD具有鉴别诊断价值的潜在生物标志物,并采用受试者工作特征曲线（Receiver-operating characteristic curve,ROC）初步分析其鉴别诊断能力。[结果]1、293例行肾活检穿刺的患者中,男性134人,女性159人,平均年龄（40.3±13.8）岁,其中 DKD 组 23 例（7.85%）、NDRD 组 243 例（82.9%）、NDRD-DM组27例（9.21%）,NDRD的病理类型多样,包括IgA肾病、膜性肾病、微小病变型肾病、局灶节段性肾小球硬化症等。与NDRD组相比,DKD组患者的年龄偏大、男性患者居多、患高血压的比例、BMI、收缩压（Systolic Blood Pressure,SBP）、尿素（Uric acid,UA）、肌酐（Serum creatinine,Scr）、空腹血糖（Glucose,GLU）、尿总蛋白、微量白蛋白（Microalbumin,mAlb）、尿白蛋白/肌酐（Albumin/creatinine,ACR）也显著增高（P<0.05）,而血红蛋白（hemoglobin,Hb）、估计肾小球滤过率（Estimate the glomerular filtration rate,eGFR）偏低（P<0.05）。与NDRD-DM组相比,DKD患者患高血压的比例、糖尿病视网膜病变（Diabetic retinopathy,DR）的人数更多（P<0.05）,糖尿病病程更长,SBP和Scr较高（P<0.05）,而Hb含量、eGFR和尿总蛋白含量较低（P<0.05）。2、将患者进行PSM分析后,三组患者的年龄、性别、糖尿病病程、BMI、SBP、舒张压（Diastolic Blood Pressure,DBP）、降糖和降压药物服用情况、高血压病程、是否患有心血管疾病等方面没有统计学差异（P>0.05）。3、蛋白质组学技术分析每组10个尿液样本,检测结果经蛋白定量和定性、主成分分析（Principal component analysis,PCA）、相对标准差（Relative standard deviation,RSD）和皮尔森相关性分析,结果表明所挑3组样本符合蛋白质组学质量控制的要求。4、采用非标记定量蛋白质组学技术筛选三组间的差异表达蛋白,DKD与NDRD组间差异蛋白有193个,其中104个上调,89个下调;DKD与NDRDDM组间的差异蛋白有443种,其中210个上调,233个下调。5、GO分析结果显示DKD/NDRD组共注释到12个生物学过程、8个细胞组成、7个分子功能;DKD/NDRD-DM组共注释到14个生物学过程、8个细胞组成、6个分子功能。与另外两个组比较,DKD组的差异表达蛋白主要涉及的生物学过程为生物学调节、对刺激的反应、代谢过程等;主要定位于细胞、细胞器和细胞膜等细胞组分上

关键词： DKD NDRD 非标记定量蛋白质组学尿液生物标志物

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非标记定量蛋白质组学分析冻结方式对中华管鞭虾肌肉差异蛋白质的影响

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核农学报 2020年第12期34卷 2681-2691页

作者：石娟李勇勇周丽萍李超群王晴唐道军娄永江宁波大学食品与药学学院浙江宁波315211 宁波大学海洋学院浙江宁波315211

为了探究冻结方式对中华管鞭虾(Solenocera melantho)肌肉差异蛋白质的影响,本试验运用非标记(label-free)定量蛋白质组学技术,研究液体浸渍冻结、真空包装结合浸渍冻结、静止空气冻结、真空包装结合空气冻结4种方式对中华管鞭虾差异蛋... 详细信息

为了探究冻结方式对中华管鞭虾(Solenocera melantho)肌肉差异蛋白质的影响,本试验运用非标记(label-free)定量蛋白质组学技术,研究液体浸渍冻结、真空包装结合浸渍冻结、静止空气冻结、真空包装结合空气冻结4种方式对中华管鞭虾差异蛋白表达的影响。结果表明,与新鲜中华管鞭虾相比,上述4种冻结方式处理后的虾肌肉中分别有269、162、299、289个差异蛋白,其中表达上调的蛋白分别有100、59、63、61个,表达下调的蛋白分别有169、103、236、228个。筛选出甘油-3-磷酸脱氢酶(NAD^+)、β-胸腺素2个差异蛋白,有望成为与冻结中华管鞭虾品质变化相关的指示蛋白标志物。本研究为深入了解中华管鞭虾在不同冻结方式下的品质变化机制,以及寻找出与新鲜度相关的指示蛋白提供了理论依据,也为虾的冻结工艺技术提供了参考。

关键词：非标记定量蛋白质组学中华管鞭虾冻结方式差异蛋白生物信息学分析

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^(60)Co γ射线全身照射大鼠尿液的非标记定量蛋白质组学分析

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癌变．畸变．突变 2021年第3期33卷 172-177,192页

作者：向嘉琪孙佳丽王成芳刘青杰田梅中国疾病预防控制中心辐射防护与核安全医学所辐射防护与核应急中国疾病预防控制中心重点实验室北京100088 北京市通州区疾病预防控制中心北京101100

目的:鉴定全身照射大鼠尿液中的异常表达蛋白质,筛选辐射敏感生物标志,并分析其功能和相关生物学过程。方法:以未照射大鼠为阴性对照,分别采用1、5 Gy(剂量率1 Gy/min)的60Coγ射线全身照射30只大鼠,收集照射后第1和第3天的尿液样本,采... 详细信息

目的:鉴定全身照射大鼠尿液中的异常表达蛋白质,筛选辐射敏感生物标志,并分析其功能和相关生物学过程。方法:以未照射大鼠为阴性对照,分别采用1、5 Gy(剂量率1 Gy/min)的60Coγ射线全身照射30只大鼠,收集照射后第1和第3天的尿液样本,采用非标记(label-free)质谱技术检测样本中所鉴定蛋白的相对表达水平,筛选差异表达蛋白,进一步使用Uniport、DAVID数据库对其进行基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,并使用STRING在线网站构建蛋白-蛋白相互作用网络。结果:本研究各样本共鉴定出1069种蛋白。照射后第1和第3天,与对照组比较1和5 Gy照射组均出现差异表达的蛋白279种,其中190种表达上调,97种表达下调。GO富集分析结果显示差异蛋白主要涉及对药物反应、氧化还原、老化等生物学过程,分布在细胞外泌体、细胞外空间等区域,发挥蛋白质同源二聚化活性、蛋白质结合以及钙离子结合等分子功能。KEGG富集分析结果显示差异蛋白主要涉及抗生素生物合成、谷胱甘肽代谢、碳代谢、代谢途径等多种信号通路。结论:γ射线照射后大鼠尿液蛋白质组学的综合分析表明,Gusb、Reg3g、GCLM、AZGP1蛋白上调和Ly6d蛋白下调可作为辐射敏感候选生物标志。

关键词：电离辐射非标记定量蛋白质组学质谱液相色谱-质谱/质谱

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非小细胞肺癌与良性肺结节非标记定量血浆蛋白质组学分析

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现代肿瘤医学 2022年第15期30卷 2732-2738页

作者：孙慧芳张雪欧阳松云代丽萍郑州大学第一附属医院放射科河南郑州450052 郑州大学河南省医药科学研究院肿瘤研究所河南郑州450052 郑州大学第一附属医院呼吸与危重症睡眠医学科河南郑州450052

目的:基于非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)与良性肺结节(benign pulmonary nodules,BPN)患者血浆蛋白质组学分析,寻找良恶性肺结节鉴别诊断相关蛋白标志物。方法:采用非标记定量蛋白质组学技术,以10例BPN患者为对照,对1... 详细信息

目的:基于非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)与良性肺结节(benign pulmonary nodules,BPN)患者血浆蛋白质组学分析,寻找良恶性肺结节鉴别诊断相关蛋白标志物。方法:采用非标记定量蛋白质组学技术,以10例BPN患者为对照,对10例肺鳞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)、10例肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)患者进行血浆蛋白质组学分析。对不同比较组间的可定量蛋白进行基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)。以差异倍数>1.2(上调)或<1/1.2(下调)且P<0.05为标准筛选差异蛋白。应用String网站和R语言对差异蛋白进行基因本体论(gene ontology,GO)分析和主成分分析(principal component analysis,PCA)。结果:LUSC组与BPN组间比较发现380个可定量蛋白,其中20个差异蛋白。GSEA结果显示,可定量蛋白主要富集在肿瘤坏死因子信号通路、代谢途径、碳代谢等通路(P<0.05)。PCA结果显示,差异蛋白可明显区分LUSC与BPN患者。GO分析结果表明,20种差异蛋白大多以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区,且主要富集于组织重塑的调节、细胞黏附等的生物学过程以及肝素结合、肽链内切酶抑制剂活性等的分子功能。LUAD组与BPN组间比较共得到350个可定量蛋白,包含12个差异蛋白。GSEA分析发现,其显著富集的通路有细胞因子与细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号通路、代谢途径等(P<0.05)。PCA结果同样显示,差异蛋白可明显区分LUAD和BPN患者。GO分析结果表明,该12种差异蛋白主要富集于有机循环复合物应答的生物学过程和芳香酯酶活性的分子功能;细胞定位分析发现,其大多也以细胞外泌体的形式存在或主要位于细胞外间隙和胞外区。结论:良恶性肺结节患者血浆蛋白存在明显差异,可为发现良恶性肺结节鉴别诊断的新型标志物提供线索。

关键词：良恶性肺结节血浆非标记定量蛋白质组学新型蛋白标志物

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肌少-骨质疏松症与单纯骨质疏松症患者差异表达蛋白的定量蛋白质组学研究

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中华实验外科杂志 2019年第5期36卷 923-925页

作者：余博飞徐杰林院罗奋棋俞国雨许逸洋福建医科大学省立临床医学院、福建省立医院骨科福州350001

目的构建人肌少-骨质疏松症(SO)和单纯骨质疏松症(OP)的差异表达蛋白质谱,探讨肌肉减少症影响骨代谢的分子机制。方法收集肌少-骨质疏松症与单纯骨质疏松症患者的肌肉组织,采用非标记定量蛋白质组学技术分析和鉴定两组(每组3重复)样本... 详细信息

目的构建人肌少-骨质疏松症(SO)和单纯骨质疏松症(OP)的差异表达蛋白质谱,探讨肌肉减少症影响骨代谢的分子机制。方法收集肌少-骨质疏松症与单纯骨质疏松症患者的肌肉组织,采用非标记定量蛋白质组学技术分析和鉴定两组(每组3重复)样本之间差异表达的蛋白质,并应用基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)对差异蛋白质进行生物信息学分析。结果共筛选出1 507种SO组与OP组差异表达蛋白,其中差异有统计学意义的共有53种,有6种在SO患者中表达上调,47种蛋白质表达下调。GO分析显示,SO组中差异表达的蛋白主要参与氧化还原过程、蛋白水解、代谢过程;主要的分子功能体现在蛋白质结合、三磷酸腺苷(ATP)结合和钙离子结合;SO组与OP组中最重要的细胞结构差异为定位于膜的整体组分。结合KEGG通路分析,初步筛选间隙连接蛋白43(Cx43)、电压依赖性L-型钙通道(VLCC)、超氧化物歧化酶(SOD)等骨质疏松相关蛋白。结论Cx43、VLCC、SOD蛋白可能与肌少症患者容易出现骨量丢失有关。

关键词：肌少-骨质疏松症骨质疏松症非标记定量蛋白质组学生物信息学分析

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一种热蛋白质组学分析数据的归一化方法

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高等学校化学学报 2024年第12期45卷 40-46页

作者：甄雪妍周宝津刘静雯任艳上海中医药大学科技实验中心上海201203

建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药... 详细信息

建立了一种小分子靶标蛋白的鉴定方法,即引入索引保留时间(Indexed retention time,iRT)肽段作为非标记热蛋白质组学(Thermal proteome profiling,TPP)分析定量归一化内标,实现对小分子靶标的准确挖掘.将iRT肽段加入到表征良好的模型药物甲氨蝶呤(Methotrexate,MTX)处理的293T细胞提取液中,在不同温度加热处理时它们稳定存在,因此可作为定量归一化的标准.实验结果表明,以iRT作为定量校正,不仅对总蛋白含量有良好的校正效果,同时对MTX的靶标蛋白二氢叶酸还原酶(Dihydrofolate reductase,DHFR)热熔解拟合曲线也有一定改善.该方法简单方便、经济高效,具有较强实用性和推广性,为非标记TPP技术的实施及定量准确性提供了重要的实验依据.

关键词：非标记定量蛋白质组学热蛋白质组学分析索引保留时间数据归一化

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