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鸟结核分枝杆菌MAV-2753和结核分枝杆菌38ku蛋白的生物信息学分析

中国病原生物学杂志 2021年第11期16卷 1290-1295,1301页

作者：丁寿鹏李祥芳高婧华陈晓文陈越吴利先王国富大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室云南大理671000

目的通过生物信息学在线分析软件对鸟结核分枝杆菌(Mycobacterium avium tuberculosis,MAV)MAV-2753蛋白和结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)38ku蛋白进行预测分析。方法从BLAST获取MAV-2753和38ku蛋白的氨基酸序列;利用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点和相对分子质量,氨基酸组成及比例,分子式及脂肪指数;利用SPOMA、SWISS-MODEL在线预测软件预测蛋白的二、三级结构;使用TMHMM Server2.0预测跨膜区;使用PortScale进行疏水性预测分析;使用SignlP5.0进行信号肽预测分析;应用ISoftBerry在线分析网址进行亚细胞定位;采用NetPHos3.1Server进行磷酸化位点分析;运用String在线分析软件进行蛋白质相互作用分析;运用NetNGIyc 1.0 Server、NetGlycate 1.0 Server进行糖基化、赖氨酸化分析预测;通过IEDB在线预测软件进行B细胞抗原表位的预测分析。结果MAV-2753基因编码蛋白为Catalase-peroxidase,分子质量单位为81ku;由748个氨基酸组成,相对等电点为4.9;正电荷残基(ArG+Lys)为73,负电荷残基(Asp+Gly)为107;脂肪系数为72.59,总平均亲水性为-0.455,预测为疏水蛋白;无跨膜区;有60个磷酸化位点。亚细胞定位于胞外。38ku蛋白由pstS1基因编码,由374个氨基酸组成,相对等电点为5.14,分子质量单位为38ku;正电荷残基(ArG+Lys)为17,负电荷残基(Asp+Gly)为26;不稳定系数为25.56,脂肪系数为86.79,总平均亲水性为0.066,预测为亲水性蛋白。该蛋白无跨膜区,有60个磷酸化位点,亚细胞定位于胞外。结论MAV-2753、38ku蛋白有着多个磷酸化、糖基化位点,表明与其他细胞间存在信号传递,蛋白空间结构稳定,有多个B细胞优势表位,可为MAC肺病与肺结核的血清学诊断、疫苗开发奠定基础。

关键词：鸟结核分枝杆菌 MAV-2753蛋白 38ku蛋白血清学诊断

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鸟结核分枝杆菌刺激巨噬细胞后对细胞骨架蛋白β-actin的调控机制研究

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中国人兽共患病学报 2015年第9期31卷 800-804页

作者：王建军王泽友姚永良吴建红成阳李光新江苏大学附属昆山医院昆山215300 中南大学肿瘤研究所长沙410078 重庆市肿瘤研究所病理科重庆215300

目的研究鸟结核分枝杆菌刺激巨噬细胞后其对巨噬细胞骨架蛋白及其调节蛋白的作用机制。方法 RT-PCR方法分析***刺激巨噬细胞后cofilin-1,β-actin基因的表达水平,同时Western blot方法从蛋白水平分析***刺激巨噬细胞后β-actin、cofili... 详细信息

目的研究鸟结核分枝杆菌刺激巨噬细胞后其对巨噬细胞骨架蛋白及其调节蛋白的作用机制。方法 RT-PCR方法分析***刺激巨噬细胞后cofilin-1,β-actin基因的表达水平,同时Western blot方法从蛋白水平分析***刺激巨噬细胞后β-actin、cofilin-1蛋白的表达水平。流式细胞术检测***刺激巨噬细胞后巨噬细胞凋亡及坏死的情况。结果β-actin基因及其蛋白在巨噬细胞受***刺激后表达显著下调,而β-actin蛋白的调节蛋白cofilin-1表达显著增强。同时,***刺激巨噬细胞后诱导巨噬细胞凋亡显著增多。结论 ***刺激巨噬细胞后可通过调控β-actin及cofilin-1蛋白的表达,从而诱导巨噬细胞凋亡或坏死。

关键词：巨噬细胞鸟结核分枝杆菌 β-actin cofilin-1

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鸟结核分枝杆菌MAV-5183蛋白的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2021年第10期16卷 1153-1157页

作者：丁寿鹏李祥芳高婧华陈晓文陈越吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室云南大理671000

目的预测鸟结核分枝杆菌致病基因MAV-5183编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库下载MAV-5183基因编码蛋白的基因序列和氨基酸序列;采用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点、相对分子质量,以及氨基酸的组成比例、分子式、分... 详细信息

目的预测鸟结核分枝杆菌致病基因MAV-5183编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库下载MAV-5183基因编码蛋白的基因序列和氨基酸序列;采用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点、相对分子质量,以及氨基酸的组成比例、分子式、分子组成、脂肪指数;利用Phyr、SWISS-MODEL在线预测软件进行二级结构和三级结构模型预测;使用TMHMM Server2.0进行跨膜区预测;使用PortScale进行疏水性预测分析;采用SignlP5.0进行信号肽预测分析;采用IEDB在线软件进行B细胞表位以及CD4免疫原性预测分析;采用NetPHos3.1Server进行磷酸化位点分析;运用String在线软件进行蛋白质相互作用分析。结果 MAV-5183基因编码355个氨基酸,编码蛋白为Antigen 85-C,相对分子质量为38.052 79×10^(3),等电点6.74,分子式为C_(1705)H_(2570)N_(462)_O_(504)S_(14),为不稳定的疏水性蛋白;含有跨膜区与信号肽、25个磷酸化位点(其中丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸分别有14、6、5个),三级结构较为稳定,有多种蛋白与之相互作用。结论 MAV-5183含有多个磷酸化位点和B细胞优势表位,可为MAC临床血清学诊断和疫苗研发提供理论基础。

关键词：鸟结核分枝杆菌 MAV-5183 生物信息学血清学诊断

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荧光RAA法检测鸟分枝杆菌副结核亚种的引物探针组、试剂盒及检测方法和应用

荧光RAA法检测鸟分枝杆菌副结核亚种的引物探针组、试剂盒及检测...

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作者：王新卫王浩千刘华园李建丽李永涛王增韩立强王少华闫永超张秀美王善普 450018 河南省郑州市郑东新区龙子湖高校园区15号

本发明属于生物工程技术领域，具体涉及荧光RAA法检测鸟分枝杆菌副结核亚种的引物探针组、试剂盒及检测方法和应用。本发明的荧光RAA法检测鸟分枝杆菌副结核亚种的引物探针组，包括上游引物、下游引物和探针。本发明提供的引物探针组，... 详细信息

标准号: CN117286272A

本发明属于生物工程技术领域，具体涉及荧光RAA法检测鸟分枝杆菌副结核亚种的引物探针组、试剂盒及检测方法和应用。本发明的荧光RAA法检测鸟分枝杆菌副结核亚种的引物探针组，包括上游引物、下游引物和探针。本发明提供的引物探针组，能够在恒温条件下实现靶基因的有效扩增，快速高效完成鸟结核分枝杆菌副结合亚种的检测，具有检测灵敏度高(可达到1.93×10²copies/μL)、特异性强(可达到100％)、操作简便快速(20min可完成检测)的特点，能够为鸟结核分枝杆菌副结合亚种的临床快速筛查和流行病学调查提供有效的技术支撑。

关键词：引物探针检测鸟分枝杆菌副结核亚种鸟结核分枝杆菌荧光亚种生物工程技术领域流行病学调查检测灵敏度恒温条件技术支撑快速筛查上游引物特异性强下游引物靶基因试剂盒扩增探针应用

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44株HIV/MAV双重感染者MAV基因分型和药敏结果分析

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中国感染控制杂志 2023年第3期22卷 275-279页

作者：李祥芳丁寿鹏高婧华吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室云南大理671000

目的了解云南省西南地区人类免疫缺陷病毒(HIV)/鸟结核分枝杆菌(MAV)双重感染者MAV的基因型和耐药情况。方法选取12个可变数目串联重复序列(VNTR)特异性位点,采用分枝杆菌串联重复序列(MATR-VNTR)基因分型法对MAV进行基因分型;采用聚... 详细信息

目的了解云南省西南地区人类免疫缺陷病毒(HIV)/鸟结核分枝杆菌(MAV)双重感染者MAV的基因型和耐药情况。方法选取12个可变数目串联重复序列(VNTR)特异性位点,采用分枝杆菌串联重复序列(MATR-VNTR)基因分型法对MAV进行基因分型;采用聚合酶链反应(PCR)扩增菌株DNA后进行琼脂糖凝胶电泳,获得MAV的DNA指纹图谱,再应用Quantity One和BioNumerics 6.7软件对电泳图进行数字化处理并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。采用比例法测试44株MAV对10种不同抗菌药物的敏感性。结果各位点VNTR基因分型的Hunter-Gaston指数(HGDI)存在差异,其中MATR-5最高,为0.68,MATR-1、2、3、4、6、7、9、13、15位点的HGDI值均≥0.5;通过聚类分析,44株MAV分为6个集群。药敏试验结果显示,利福布丁对MAV的体外抗菌活性最好(耐药率为0),其次是乙胺丁醇(耐药率86.4%,38/44),所有菌株对其余8种药物均耐药。结论选取的12个位点VNTR基因分型法在云南省西南地区具有较高分辨率,来自云南省不同地区的MAV分离株耐药情况严峻。

关键词：鸟结核分枝杆菌基因分型 VNTR 药敏试验 HIV

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鸟分枝杆菌MAV-4563蛋白的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2022年第9期17卷 1015-1019页

作者：马枫茜陈瑞枫丁寿鹏李祥芳高婧华吴利先大理大学基础医学院微生物与免疫学教研室云南大理671000

目的应用生物信息学方法预测分析鸟结核分枝杆菌MAV-dalidaxue4563基因编码蛋白的结构功能和生物学特性。方法采用Protparam、ProtScaleon Expasy,TMHMM Server v 2.0,SignalP4.1,PSORT,NetPhos 3.1,BLAST,SOPMA,Phyre2,ABCpred,SYFPEITHI等生物信息学软件分析MAV4563蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点、保守域、二结构及三级结构同源建模、B细胞和T细胞表位等生物学特征。结果MAV4563基因全长756 bp,编码251个氨基酸的蛋白。该蛋白分子质量为28 ku,等电点为9.23,分子式(formula)为C_(1264)H_(2013)N_(385)O_(353)S_(7),为不稳定的疏水性蛋白。该蛋白无跨膜区,无信号肽,预测亚细胞定位于细胞质中,有13个磷酸化位点;蛋白二级结构中无规则卷曲占41.83%;预测该蛋白含多个B细胞和T细胞表位,其中MHC-I型和MHC-II型表位集中在蛋白C端的后90个氨基酸区域。结论预测MAV-4563蛋白含多个B细胞和T细胞表位,其中B细胞表位和MHC-I型表位集中在C端的后90个氨基酸区域,该区域可激活NTM特异性CTL和Th免疫应答,可作为非结核病的靶向疫苗抗原,为进一步研究该蛋白的治疗性T细胞疫苗奠定了基础。

关键词：鸟结核分枝杆菌 MAV-4563蛋白 T细胞疫苗

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AIDS合并鸟分枝杆菌感染的研究进展

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中国病原生物学杂志 2020年第10期15卷 1230-1233页

作者：陈越吴利先王国富大理大学基础医学院医学微生物与免疫学教研室云南大理671000

AIDS患者容易机会感染非结核分枝杆菌(Nontuberculous mycobacteria,NTM),其中鸟分枝杆菌(***,MAV)感染率最高。近年来,AIDS合并鸟分枝杆菌感染的趋势在全世界范围内不断上升,给人们带来的健康问题和经济负担不容忽视。因此有必要对AID... 详细信息

AIDS患者容易机会感染非结核分枝杆菌(Nontuberculous mycobacteria,NTM),其中鸟分枝杆菌(***,MAV)感染率最高。近年来,AIDS合并鸟分枝杆菌感染的趋势在全世界范围内不断上升,给人们带来的健康问题和经济负担不容忽视。因此有必要对AIDS合并鸟分枝杆菌感染的流行病学、致病机制、所致疾病、诊断方法作一综述。

关键词：艾滋病鸟结核分枝杆菌非结核分枝杆菌综述

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一种在双降醇中分枝杆菌甾酮C1,2位脱氧酶基因敲除的方法

一种在双降醇中分枝杆菌甾酮C1,2位脱氧酶基因敲除的方法

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作者：王友富王荣王炳乾王洪福邵振平雷灵芝黄橙橙王瑞陈克纲应杨波 317300 浙江省台州市仙居县城关穿城南路14号

本发明涉及基因敲除技术领域，具体公开了一种在双降醇中分枝杆菌甾酮C1,2位脱氧酶基因敲除的方法，该方法具体为首先对结核分枝杆菌、鸟结核分枝杆菌、耻垢分枝杆菌的甾酮C1,2位脱氢酶基因序列进行比对,根据保守区的同源序列设计引物... 详细信息

标准号: CN109971780A

本发明涉及基因敲除技术领域，具体公开了一种在双降醇中分枝杆菌甾酮C1,2位脱氧酶基因敲除的方法，该方法具体为首先对结核分枝杆菌、鸟结核分枝杆菌、耻垢分枝杆菌的甾酮C1,2位脱氢酶基因序列进行比对,根据保守区的同源序列设计引物，以分枝杆菌染色体DNA为模板，A1和B1为引物，通过聚合酶链式反应扩增目的基因，将聚合酶链式反应产物及质粒PUC‑18。该在双降醇中分枝杆菌甾酮C1，2位脱氧酶基因敲除的方法，能够充分对分支杆菌中的C1,2位脱氢酶进行敲除。

关键词：分枝杆菌敲除甾酮酶基因脱氧聚合酶链式反应产物聚合酶链式反应鸟结核分枝杆菌脱氢酶基因序列耻垢分枝杆菌结核分枝杆菌染色体DNA 分支杆菌基因敲除目的基因设计引物同源序列保守区脱氢酶比对扩增引物质粒

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