检索结果-内蒙古大学图书馆

分子植物育种 2025年第8期 2737-2744页

作者：徐小博徐鑫徐萍强悦鑫刘紫怡陈磊山新乡学院生命科学与基础医学学院动物疫病分子诊断河南省工程实验室

本研究根据地黄(Rehmannia glutinosa)转录组数据获得的RgdXS基因序列设计特异性引物，通过RT-PCR技术获得RgdXS基因c dNA的全长序列，并且克隆了地黄1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-d-xylulose-5-phosphate synthase, RgdXS)基因，进行生物信息学分析。结果显示，地黄RgdXS基因全长2 139 bp，编码712个氨基酸，其理论相对分子质量为76.478 80 kd，理论等电点为6.93；亚细胞定位于叶绿体，不存在跨膜区及信号肽，为非分泌蛋白；含有2个糖基化位点和61个磷酸化位点，为亲水性蛋白质。同源系统进化树分析表明，该序列与芝麻(Sesamum indicum)的dXS基因进化关系较近，属于dXS2亚家族。地黄RgdXS基因的成功克隆，并进行生物信息学分析，为进一步阐明地黄环烯醚萜生物合成途径及其调控提供研究基础。

关键词：地黄 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因克隆生物信息学分析

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鱼腥草1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶1基因克隆与表达分析

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中草药 2014年第11期45卷 1607-1612页

作者：魏麟伍贤进李胜华刘胜贵唐玉莲贺安娜王丹宁鹏飞李昭君怀化学院生命科学系民族药用植物资源研究与利用湖南省重点实验室湘西药用植物与民族植物学湖南省高校重点实验室湖南怀化418008

目的克隆鱼腥草1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶1(dXS1)基因并分析其表达差异。方法根据已经获得的鱼腥草dXS1转录本序列设计1对引物,采用RT-PCR方法获得dXS1基因cdNA序列并对dXS1蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析,并预... 详细信息

目的克隆鱼腥草1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶1(dXS1)基因并分析其表达差异。方法根据已经获得的鱼腥草dXS1转录本序列设计1对引物,采用RT-PCR方法获得dXS1基因cdNA序列并对dXS1蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析,并预测了该蛋白功能;利用实时荧光定量PCR方法检测了dXS1基因在鱼腥草的地下茎、地上茎、叶、花中的表达情况。结果克隆获得的dXS1基因长为2 172 bp,编码723个氨基酸。生物信息学预测dXS1蛋白不含跨膜区,不含信号肽,具有定位肽。dXS1基因在鱼腥草的花中表达丰度最高,其次是叶片,再次是地下茎,地上茎中表达量最低。结论首次从鱼腥草中克隆了dXS1基因,为进一步阐明该基因在鱼腥草萜类化合物代谢途径中的重要作用奠定基础。

关键词：鱼腥草 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶 RT-PCR cdNA序列克隆

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荆芥1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因克隆及生物信息学分析

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中草药 2021年第2期52卷 527-537页

作者：林谷音周佩娜尹梦娇刘莉成戴仕林刘潺潺吴啟南南京中医药大学药学院江苏南京210023 江苏省中药资源产业化过程协同创新中心江苏南京210023 中药资源产业化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心江苏南京210023

目的克隆荆芥1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase,StdXS)基因,并进行生物信息学分析。方法根据荆芥转录组数据获得的StdXS基因序列设计特异性引物,通过RT-PCR技术获得StdXS基因cdNA的全长序列,并进... 详细信息

目的克隆荆芥1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase,StdXS)基因,并进行生物信息学分析。方法根据荆芥转录组数据获得的StdXS基因序列设计特异性引物,通过RT-PCR技术获得StdXS基因cdNA的全长序列,并进行生物信息学分析。结果荆芥StdXS基因全长2177 bp,包含一个长度为2157 bp的开放阅读框,编码718个氨基酸,其理论相对分子质量为77240,等电点为6.32,定位于叶绿体,不存在跨膜区及信号肽,为非分泌蛋白。同源系统进化树分析表明,该序列与同科植物鼠尾草的dXS基因进化关系较近,均属于dXS1亚家族。密码子偏性分析表明,该基因偏好使用以A/T结尾的密码子,具有28个偏性密码子,烟草为该基因最适合的外源表达宿主。结论成功克隆荆芥StdXS基因并进行生物信息学分析,为从分子水平调控荆芥的生长发育和改善药材产量和品质提供理论基础。

关键词：荆芥 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因克隆生物信息学分析 RT-PCR

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芥蓝1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因BadXS1的克隆及原核表达

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浙江农业学报 2018年第5期30卷 771-777页

作者：薛生玲江敏常嘉琪刘洋魏淋周建坤张芬孙勃四川农业大学园艺学院四川成都611130 浙江大学园艺系浙江杭州310058

本研究以芥蓝为实验材料,采用同源克隆的方法分离出Ba dXS1基因,其开放阅读框为2 139 bp,编码712个氨基酸。理化性质分析表明,Ba dXS1蛋白的分子量为77.21 ku,等电点p I为8.59,不含跨膜区域,位于植物细胞叶绿体内。氨基酸序列比对发现,... 详细信息

本研究以芥蓝为实验材料,采用同源克隆的方法分离出Ba dXS1基因,其开放阅读框为2 139 bp,编码712个氨基酸。理化性质分析表明,Ba dXS1蛋白的分子量为77.21 ku,等电点p I为8.59,不含跨膜区域,位于植物细胞叶绿体内。氨基酸序列比对发现,芥蓝dXS1与甘蓝、拟南芥、烟草、番茄等植物的dXS蛋白序列的一致性达到79%以上;系统进化树分析显示,芥蓝dXS1与甘蓝dXS的亲缘关系最近。构建原核表达载体p EASY-Blunt E1-Ba dXS1,并对其进行诱导表达,发现该蛋白在大肠埃希菌体内主要以包涵体的形式存在。

关键词：芥蓝 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因克隆原核表达

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茶树1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因CsdXS1的克隆与表达分析

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生物技术通报 2018年第1期34卷 144-152页

作者：郭亚飞王君雅郭飞倪德江华中农业大学园艺林学学院园艺植物生物学教育部重点实验室武汉430070

1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase,dXS)是MEP萜类合成途径的第一个关键酶,在植物萜类物质的生物合成过程中发挥重要的作用。以福鼎大白茶为实验材料,在课题组前期转录组数据的基础上,运用RT-PCR... 详细信息

1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase,dXS)是MEP萜类合成途径的第一个关键酶,在植物萜类物质的生物合成过程中发挥重要的作用。以福鼎大白茶为实验材料,在课题组前期转录组数据的基础上,运用RT-PCR技术克隆了茶树Cs dXS1基因的完整开放阅读框(ORF)。该ORF长度为2 154 bp,编码717个氨基酸。生物信息学分析结果表明,茶树Cs dXS1蛋白与其他植物的同源蛋白相似性高达85%-90%,属于dXS基因家族的I类基因,该蛋白是不稳定的亲水蛋白,不存在信号肽和跨膜结构域,有15个可信度高的磷酸化位点,具有典型的转酮醇酶亚家族功能域。利用实时荧光定量PCR对Cs dXS1基因在茶树不同组织和不同激素处理下的表达谱进行检测,结果显示:不同组织中,Cs dXS1基因的表达水平在第三叶中最高,嫩叶中的表达量显著高于茎和老叶,表达水平从高到低依次为第三叶>第四叶>第二叶>第一叶>嫩茎>老茎>老叶。在不同激素处理中,Cs dXS1的表达量受到不同程度的诱导,且表达量峰值的出现时间存在差异。Cs dXS1在IAA和ABA激素处理下的表达量峰值最高(4 h),均为对照的1.5倍,在Me JA处理下表达量峰值最低(24 h),仅为对照的1.1倍。

关键词：茶树 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶萜类化合物序列分析表达分析

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红花1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因CtdXS1的克隆及表达分析

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河南农业科学 2021年第2期50卷 39-49页

作者：谭政委李磊余永亮许兰杰杨红旗董薇鲁丹丹马新明梁慧珍河南省农业科学院芝麻研究中心河南郑州450002 河南农业大学信息与管理科学学院河南郑州450002

1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-d-xylulose-5-phosphate synthase,dXS)是2-C-甲基-d-赤藓糖醇-4-磷酸(2-C-methyl-d-erythritol-4-phosphate,MEP)途径中的第一个关键酶,在植物萜类化合物生物合成中起着重要作用。为了明确红花dXS基因的序列特征和表达特点,结合红花转录组数据,以豫红花1号为试验材料,首次克隆得到1个红花dXS基因的全长cdNA序列,命名为CtdXS1,并对其进行生物信息学分析和基因表达特点分析。结果表明,红花CtdXS1基因的开放阅读框(ORF)长2136 bp,编码711个氨基酸,其蛋白质分子质量是76503.10 u,蛋白质保守区预测表明,CtdXS1具有典型的转酮醇酶家族功能结构域。系统进化分析显示,CtdXS1与来自黄花蒿的dXS亲缘关系最近,属于dXS基因家族的Ⅰ类基因。组织特异性表达分析表明,CtdXS1基因在苞片中表达量最高,其次是叶和茎,在其他组织部位中表达量较低;不同花色红花基因表达定量分析表明,CtdXS1基因在黄色红花中表达量较高;干旱、低温胁迫能够诱导CtdXS1基因表达上调;茉莉酸甲酯(MeJA)能诱导CtdXS1基因的表达,而赤霉素(GA3)和脱落酸(ABA)对CtdXS1基因表达有一定的抑制作用。构建原核表达载体pET28-CtdXS1并转化至大肠杆菌Transetta(dE3)进行原核表达,成功表达了CtdXS1重组蛋白。

关键词：红花 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因表达原核表达

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青天葵1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因片段的鉴定和分析

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北方园艺 2015年第22期 114-117页

作者：黄琼林何瑞詹若挺广东医学院广东湛江524023 广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心岭南中药资源教育部重点实验室广东广州510006

1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-d-xylulose-5-phosphate synthase,dXS)是植物萜类MEP生物合成途径的第一个限速关键酶,提高其编码基因的表达可提高植物萜类化合物的含量。该研究在青天葵全转录组测序数据中获取青天葵dXS基因片... 详细信息

1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-d-xylulose-5-phosphate synthase,dXS)是植物萜类MEP生物合成途径的第一个限速关键酶,提高其编码基因的表达可提高植物萜类化合物的含量。该研究在青天葵全转录组测序数据中获取青天葵dXS基因片段序列,利用生物信息学方法对其系统发育进化、保守功能域、理化性质、亲/疏水性、跨膜结构域、信号肽等进行分析和预测,并采用RPKM法分析其在青天葵叶片和球茎的表达量,为后期利用dXS基因调控青天葵萜类成分的生物合成提供理论依据。结果表明:NfdXS基因片段序列长度为2 154bp,编码含有718个氨基酸、分子量约为77.45kda的亲水性蛋白,与其它dXS同源性可达80%。NfdXS具有1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶功能域,没有信号肽和跨膜结构域,二级结构表现为混合型结构蛋白质。NfdXS基因在青天葵中的表达趋势为:叶片>球茎。

关键词：青天葵 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶生物信息学表达量

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香樟1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合酶基因的克隆与表达分析

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基因组学与应用生物学 2020年第8期39卷 3570-3577页

作者：张瑶瑶曹先爽刘伟王煜炜王进国际竹藤中心国家林业局竹藤科学与技术重点实验室北京100102

本研究通过克隆香樟植物的1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合酶(dXS)基因,进行生物信息学分析,为香樟dXS基因的功能及其表达调控提供基础。根据香樟转录组数据中注释为dXS的核苷酸拼接序列,设计特异性引物,进行香樟dXS基因的克隆,应用荧光定量PC... 详细信息

本研究通过克隆香樟植物的1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合酶(dXS)基因,进行生物信息学分析,为香樟dXS基因的功能及其表达调控提供基础。根据香樟转录组数据中注释为dXS的核苷酸拼接序列,设计特异性引物,进行香樟dXS基因的克隆,应用荧光定量PCR方法分析dXS基因在香樟根、茎和叶中的表达量。克隆获得香樟dXS基因,其c dNA序列长度为2333 bp,开放读码阅读框(ORF)为2187 bp,编码728个氨基酸,含有转酮醇酶等3个保守结构域。香樟dXS蛋白定位于叶绿体,是一个不含信号肽、无跨膜结构域的亲水性稳定蛋白,且蛋白二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲。通过氨基酸序列同源性分析发现,香樟dXS氨基酸序列与黄兰和鱼腥草的dXS氨基酸序列相似性较高,均为85%。分子进化树结果表明,香樟dXS蛋白与黄兰dXS蛋白亲缘关系较近。组织特异性表达分析结果显示,dXS在香樟叶与茎中的表达量高于根。成功克隆获得香樟dXS基因,研究结果为进一步探讨香樟dXS基因在萜类物质生物合成途径中的作用提供理论依据。

关键词：香樟 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶基因克隆

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三角褐指藻dxs基因克隆与诱导表达

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水生生物学报 2022年第9期46卷 1310-1318页

作者：舒明雨龚一富吕欣梦贾泽茗王博刘瑄瑄王何瑜宁波大学海洋学院浙江省海洋生物工程重点实验室宁波315832 宁波大学食品与药学学院宁波315832

为研究6种外源因素处理对三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(dXS)基因表达的影响,通过高通量转录组测序技术获得三角褐指藻dxs基因cdNA全长序列,并对其进行生物信息学分析。研究结果表明,三角褐指藻dx... 详细信息

为研究6种外源因素处理对三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(dXS)基因表达的影响,通过高通量转录组测序技术获得三角褐指藻dxs基因cdNA全长序列,并对其进行生物信息学分析。研究结果表明,三角褐指藻dxs基因cdNA全长2476 bp,ORF全长2193 bp,编码730个氨基酸,具有高度保守的ThdP结合位点和转酮醇酶结构域。三角褐指藻dXS蛋白为亲水性稳定蛋白,相对分子质量(M_(w))为79.31 kd,理论等电点为6.65,具有信号肽、跨膜区域、卷曲螺旋和TM-螺旋等。系统进化树分析结果表明,dXS蛋白进化树分为高等植物和藻类2个分支,高等植物dXS蛋白进一步分为dXS1和dXS2两支,藻类dXS蛋白聚类为3个分支,分别为硅藻门、红藻门和绿藻门分支,三角褐指藻聚类在硅藻门分支上。诱导表达调控结果表明,三角褐指藻dxs基因受到茉莉酸甲酯(MeJA)、花生四烯酸(AA)、硫酸铈铵(ACS)、光合诱导素(PIF)、光合抑制剂(dCMU)和光质等6种外源因素的诱导调控。在100μmol/L MeJA、62.5 mg/L AA、1.6 mg/L ACS、1.00μg/L PIF、0.2 mg/L dCMU和紫光处理下,三角褐指藻dxs基因表达量最高。在MeJA和光质处理下,三角褐指藻dxs基因表达量与岩藻黄素含量变化趋势一致,说明dXS是MeJA和光质等诱导子促进三角褐指藻岩藻黄素积累的关键酶之一。研究为进一步利用代谢工程手段提高藻细胞内岩藻黄素含量提供了良好的基因资源,为深入探索三角褐指藻岩藻黄素合成的分子调控机制提供了一定的理论依据。

关键词： 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶岩藻黄素生物信息学表达调控三角褐指藻

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基于黄棪(Camellia sinensis)基因组的dXS基因家族鉴定及表达

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应用与环境生物学报 2024年第4期30卷 811-817页

作者：曾珊珊高婷谷梦雅侯炳豪任卫威张宇航叶乃兴福建农林大学园艺学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002

1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(dXS)是MEP途径的第一个限速酶,在茶树抗性的形成中起到重要作用.为探究茶树dXS基因家族的潜在功能,利用生物信息学和实时荧光定量PCR技术,对茶树dXS基因家族进行鉴定及表达分析.采用生物信息学方法,从‘... 详细信息

1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶(dXS)是MEP途径的第一个限速酶,在茶树抗性的形成中起到重要作用.为探究茶树dXS基因家族的潜在功能,利用生物信息学和实时荧光定量PCR技术,对茶树dXS基因家族进行鉴定及表达分析.采用生物信息学方法,从‘黄棪’和‘铁观音’茶树中分别鉴定出5个dXS基因家族成员,分别命名为Hd-CsdXS1-CsdXS5和TGY-CsdXS1-CsdXS5,系统发育结果表明其分属3个亚家族,相同亚家族的CsdXS基因外显子-内含子数目及排列顺序基本一致.CsdXS启动子上存在众多与植物发育、激素和胁迫响应相关的顺式作用元件.荧光定量检测发现,Hd-CsdXS2和Hd-CsdXS5在MeJA、GA、ABA、低温和干旱处理下表达量均显著上调,Hd-CsdXS1和Hd-CsdXS4在GA、ABA和干旱处理下表达量显著上调,Hd-CsdXS3仅在GA和干旱处理下表达量上调.本研究表明CsdXS在非生物胁迫下均被诱导表达,可能与茶树抗逆性密切相关,结果可为进一步探究茶树dXS基因家族的功能研究提供参考.(图8表2参30)

关键词：茶树 1-脱氧-d-木酮糖-5-磷酸合成酶非生物胁迫表达分析

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