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1 篇 kogakuin univ me...
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1 篇 kogakuin univ de...

作者

1 篇 nakakuki takashi
1 篇 shiraishi ryohei
1 篇 ryohei shiraishi
1 篇 takashi nakakuki

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2 篇 英文

检索条件"主题词=Mixed logic dynamical modeling"

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排序：

Analysis of Gene Network in MCF-7 Human Breast Cancer Cells

Analysis of Gene Network in MCF-7 Human Breast Cancer Cells

引用

12th International Conference on Control, Automation and Systems (ICCAS)

作者： Shiraishi, Ryohei Nakakuki, Takashi Kogakuin Univ Dept Mech Syst Engn Tokyo 1638677 Japan Kogakuin Univ Mech Engn Tokyo 1638677 Japan

ISBN: (纸本)9788993215045

Recent technological progress on high-throughput measurements for gene expression such as microarray analysis enables us to collect time-series gene expression data for each of tens of thousands of genes. Although a genomic analysis with those data has identified key genes relating to various diseases, few results on estimation of gene regulatory networks with real microarray data are available so far. Recently, the immediately early response (IER) genes upon epidermal growth factor stimulation in a human breast cancer cell line, MCF-7, have been identified in which time-course microarray data were measured during 90 minutes and 63 IER genes were chosen from tens of thousands of genes by using statistical analysis. In this paper, we estimate the gene regulatory networks among the 63 IER genes. To this end, we apply an estimation method based on a mixed logic dynamical modeling developed in an earlier study to the microarray data. However, the original method is executable for continuous gene expression time-series data whereas the real microarray time-course data have very few time points. In addition, some presetting parameters in the model are critical for a successful result on a network estimation. Then, we add a preprocessing and Monte Carlo-based calculation for the original method.

关键词： Gene network Network estimation mixed logic dynamical modeling Constrained optimization problem Microarray data

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Analysis of Gene Network in MCF-7 Human Breast Cancer Cells

Analysis of Gene Network in MCF-7 Human Breast Cancer Cells

引用

International Conference on Control, Automation and Systems

作者： Ryohei Shiraishi Takashi Nakakuki Major in Mechanical Engineering Kogakuin University Department of Mechanical Systems Engineering Kogakuin University

ISBN: (纸本)9781467322478

关键词： Gene network Network estimation mixed logic dynamical modeling Constrained optimization problem Microarray data

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