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排序：

Parallel Extreme Ray and Pathway Computation

Parallel Extreme Ray and Pathway Computation

引用

8th International Conference, PPAM 2009

作者： Terzer, Marco Stelling, Jorg ETH CH-8092 Zurich Switzerland

ISBN: (纸本)9783642144028

Pathway analysis is a powerful tool to study metabolic reaction networks under steady state conditions An Elementary pathway constitutes a minimal set of reactions that can operate at steady state such that each reaction also proceeds in the appropriate direction In mathematical terms, elementary pathways are the extreme rays of a polyhedral cone-the solution set of homogeneous equality and inequality constraints Enumerating all extreme rays-given the constraints-is difficult especially if the problem is degenerate and high dimensional We present and compare two approaches for the parallel enumeration of extreme rays, both based on the double description method This iterative algorithm has proven efficient especially for degenerate problems, but is difficult to parallelize due to its sequential operation The first approach parallelizes single iteration steps individually in the second approach, we introduce a born/die matrix to store intermediary results, allowing for parallelization across several iteration steps We test our multi-core implementations on a 16 core machine using large examples from combinatories and biology

关键词： Extreme ray enumeration metabolic pathway analysis elementary modes double description method born/die algorithm

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