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Nucleosome positioning:mechanism;dynamics and computational challenges

Nucleosome positioning:mechanism;dynamics and computational ...

引用

第五届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会高通量时代的生物信息学与系统生物学

作者：张勇 School of Life Science and Technology Tongji University

Nucleosome positioning in vivo is influenced by DNA sequence,chromatin remodelers and fixed barriers,such as DNA-binding proteins,but the relative contribution of each one remains poorly *** DNA sequence is an unchanging factor,the recruitment of remodelers and barriers is closely related to the process of transcription in a cell status dependent manner. To study the effect of transcription on nucleosome positioning,we focused on the onset of zygotic transcription in zebrafish by deeply mapping nucleosome positions before and after maternal-zygotic transition(MZT).In the sample before MZT,we cannot observe the common nucleosomal pattern reported in other organisms,i.e.a clear nucleosome free region upstream transcription start site,flanking by a strong +1 and -1 ***,after the activation of zygotic transcription,nucleosome positioning is globally reshaped with the establishment of common nucleosomal pattern,together with clear nucleosome *** the genome-wide nucleosome profiles among the earliest developmental stages in vertebrate genomes,our results provide valuable insights in the reshaping of in vivo nucleosome profiles that play a role in the response to developmental signaling. We also developed a novel computational approach,DiNuP,that compares the nucleosome profiles generated by high-throughput sequencing between different conditions. Evaluation of DiNuP showed it to be both sensitive and specific for the detection of changes in nucleosome location,occupancy and *** identified from publicly available datasets revealed that nucleosome positioning dynamics are closely related to the epigenetic regulation of transcription. In addition,we generated whole-genome nucleosome positioning profiles for both wild type and mutant mouse ES cells with DNA methylation defects,aiming to reveal how DNA methylation can effect nucleosome *** research holds promise to provide a deeper insight into the crosstalk betwee

关键词： Nucleosome positioning:mechanism dynamics and computational challenges

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