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Towards hardware-accelerated Suffix Array Construction Architecture for the de novo DNA Sequence Assembly 18

Towards Hardware-accelerated Suffix Array Construction Archi...

引用

18th Mediterranean Electrotechnical Conference (MELECON)

作者： Papadopoulos, Agathoklis Christodoulakis, Manolis Theocharides, Theocharis Univ Cyprus KIOS Res Ctr Dept Elect & Comp Engn Nicosia Cyprus

ISBN: (纸本)9781509000586

It has been proven that bioinformatics applications can greatly benefit from hardware acceleration, and the de novo DNA sequence assembly is one of the most biologically significant bioinformatics problems. However, sequence assembly consists of a number of computation- and memory-intensive processing steps. This paper presents an initial approach towards an efficient hardware accelerator that will minimize the assembly time while reducing the energy footprint of the application. In particular, we present a hardware architecture, validated using an fpga, for the suffix array construction as a first step towards a hardware-accelerated de novo DNA sequence assembler. This exploratory implementation allows us to extract information about the benefits and challenges, and provides indicative hardware utilization, memory management and I/O between the host system and the targeted fpga.

关键词： fpga-based hardware accelerators High-Performance Computing Bioinformatics DNA Sequence Assembly

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Towards hardware-accelerated Suffix Array Construction Architecture for the de novo DNA Sequence Assembly

Towards Hardware-accelerated Suffix Array Construction Archi...

引用

Mediterranean Electrotechnical Conference

作者： Agathoklis Papadopoulos Manolis Christodoulakis Theocharis Theocharides KIOS Research Center Electrical & Computer Engineering Department University of Cyprus Nicosia Cyprus

ISBN: (纸本)9781509000593

关键词： fpga-based hardware accelerators High-Performance Computing Bioinformatics DNA Sequence Assembly

来源：评论

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Embedded VLSI accelerators for fingerprint signal processing

Embedded VLSI accelerators for fingerprint signal processing

引用

IEEE International Symposium on Intelligent Signal Processing

作者： Fons, Mariano Fons, Francisco Canto, Enrique Univ Rovira & Virgili Dept Engn Electron Elect & Automat Tarragona Spain

ISBN: (纸本)9781424408290

Personal identification based on biometrics is nowadays an emerging research subject. Several physiological and behavioral human characteristics have been suggested in the last decades as discriminating features to be used in personal recognition. Among them, fingerprint is the most widely used technique due to its high discriminating power. However, matching fingerprints in an automatic way is still a technical challenge. A compromise in the system pet formance exists: accuracy, security, real-time and cost are some of the critical points to face up to The main contribution of this work is focused on the physical implementation of the recognition system. The design of an embedded system developed by means of hardware/software co-design techniques highlights much more advantages than those traditional software-based solutions. The introduction of programmable logic into the system permits the synthesis of application-specific hardware a ccelerators;to speed up those computationally-expensive signal processing tasks. while keeping the rest of less expensive tasks under the control of a general-purpose microprocessor. The selected system architecture and the proper hardware-software partitioning of the application have made possible the development of an automatic fingerprint matcher system featuring real-time performance at an affordable cost, what is not guaranteed when developing the same matching algorithm under a purely-software platform.

关键词： design of embedded systems fpga-based hardware accelerators hardware-software co-design techniques real-time signal processing

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