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检索条件"主题词=parallel combinatorial search"

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Shared Memory parallel Subgraph Enumeration 31

Shared Memory Parallel Subgraph Enumeration

引用

31st IEEE International parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPS)

作者： Kimmig, Raphael Meyerhenke, Henning Strash, Darren KIT Inst Theoret Informat Karlsruhe Germany Colgate Univ Dept Comp Sci Hamilton NY 13346 USA

ISBN: (纸本)9780769561493

The subgraph enumeration problem asks us to find all subgraphs of a target graph that are isomorphic to a given pattern graph. Determining whether even one such isomorphic subgraph exists is NP-complete-and therefore finding all such subgraphs (if they exist) is a time-consuming task. Subgraph enumeration has applications in many fields, including biochemistry and social networks, and interestingly the fastest algorithms for solving the problem for biochemical inputs are sequential. Since they depend on depth-first tree traversal, an efficient parallelization is far from trivial. Nevertheless, since important applications produce data sets with increasing difficulty, parallelism seems beneficial. We thus present here a shared-memory parallelization of the state-of-the-art subgraph enumeration algorithms RI and RIDS (a variant of RI for dense graphs) by Bonnici et al. [BMC Bioinformatics, 2013]. Our strategy uses work stealing and our implementation demonstrates a significant speedup on real-world biochemical data-despite a highly irregular data access pattern. We also improve RI-DS by pruning the search space better;this further improves the empirical running times compared to the already highly tuned RI-DS.

关键词： subgraph enumeration subgraph isomorphism parallel combinatorial search graph mining network analysis

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