检索结果-内蒙古大学图书馆

Fixed-parameter algorithms in phylogenetics

COMPUTER JOURNAL 2008年第1期51卷 79-101页

作者： Gramm, Jens Nickelsen, Arfst Tantau, Till Med Univ Lubeck Inst Theoret Informat Lubeck Germany Univ Tubingen Wilhelm Schickard Inst Informat D-72074 Tubingen Germany

We survey the use of fixed-parameter algorithms in the field of phylogenetics, which is the study of evolutionary relationships. The central problem in phylogenetics is the reconstruction of the evolutionary history of biological species, but its methods also apply to linguistics, philology or architecture. A basic computational problem is the reconstruction of a likely phylogeny ( genealogical tree) for a set of species based on observed differences in the phenotype like color or form of limbs, based on differences in the genotype like mutated nucleotide positions in the DNA sequence, or based on given partial phylogenies. Ideally, one would like to construct socalled perfect phylogenies, which arise from a very simple evolutionary model, but in practice one must often be content with phylogenies whose 'distance from perfection' is as small as possible. The computation of phylogenies has applications in seemingly unrelated areas such as genomic sequencing and finding and understanding genes. The numerous computational problems arising in phylogenetics often are NP-complete, but for many natural parametrizations they can be solved using fixed-parameter algorithms.

关键词： bioinformatics phylogenetics algorithms parameterized algorithms

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