检索结果-内蒙古大学图书馆

27th International Conference on Knowledge Based and Intelligent Information and Engineering Sytems, KES 2023

作者： Strak, Lukasz Wieczorek, Wojciech Nowakowski, Arkadiusz Faculty of Science and Technology University of Silesia in Katowice Bankowa 14 Katowice40-007 Poland Department of Computer Science and Automatics University of Bielsko-Biala Willowa 2 Bielsko-Biala43-309 Poland

The string site-removal problem (SSRP) originates from the field of computational biology and is known to be NP-hard. The problem is defined on the set of strings of equal length and an integer k, and its goal is to find the largest subset of the strings that become identical after removing at most k sites (columns). This paper proposes two new approaches to SSRP. The first is an exact algorithm that uses the quadratically constrained program (QCP). The second approach combines QCP and genetic algorithm (GA). In a series of experiments, we showed that our exact program performs faster on average than the state-of-the-art method (Integer Linear programming, ILP). Regarding heuristic approaches, our new proposal gives the identical results as the state-of-the-art reference method (Large Neighborhood Search, LNS) with the same CPU time budget. All source codes and benchmark instances we made publicly available via GitHub. © 2023 The Authors. Published by Elsevier B.V. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (https://***/licenses/by-nc-nd/4.0)

关键词： genetic algorithm most strings with few bad columns problem quadratically-constrained program string site-removal problem

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New Approaches for String Site-Removal Problem

引用

Procedia Computer Science 2023年 225卷 1767-1775页

作者： Łukasz Strak Wojciech Wieczorek Arkadiusz Nowakowski Faculty of Science and Technology University of Silesia in Katowice Bankowa 14 40-007 Katowice Poland

关键词： string site-removal problem most strings with few bad columns problem genetic algorithm quadratically-constrained program

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