检索结果-内蒙古大学图书馆

食品科学 2022年第19期43卷 308-317页

作者：何守魁黎丹红施春雷史贤明上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240

食源性致病菌是危害食品安全的罪魁祸首,可对食品工业常用的物理杀菌因子(如热)和化学杀菌因子(如消毒剂)形成抗性,从而更易引发食物中毒。这种抗性的形成,通常是多个基因、sRNA、蛋白质和多个代谢物协调作用的综合表现,涉及多个代谢网... 详细信息

食源性致病菌是危害食品安全的罪魁祸首,可对食品工业常用的物理杀菌因子(如热)和化学杀菌因子(如消毒剂)形成抗性,从而更易引发食物中毒。这种抗性的形成,通常是多个基因、sRNA、蛋白质和多个代谢物协调作用的综合表现,涉及多个代谢网络的调控。日益成熟的组学技术为食源性致病菌抗逆相关元件的全面发掘及互作关系研究提供了坚实的技术保障,并有助于建立食源性致病菌抗逆组数据库。因此,本文综述了基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学技术在食源性致病菌抗逆机制研究中的应用进展,并对未来的发展方向进行展望,以期为遏制抗逆菌株引发的食物中毒提供理论依据。

关键词：组学技术食源性致病菌抗逆性分子机制

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基于基因组数据分析的细菌耐药基因识别与表型预测

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微生物学报 2024年第2期64卷 432-442页

作者：周秀娟何逸尘张利达崔妍史贤明上海交通大学农业与生物学院、中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240 上海健康医学院健康与公共卫生学院上海201318

利用基因组数据和生物信息学分析方法,快速鉴定耐药基因并预测耐药表型,为细菌耐药状况监测提供了有力辅助手段。目前,已有的数十个耐药数据库及其相关分析工具这些资源为细菌耐药基因的识别以及耐药表型的预测提供了数据信息和技术手... 详细信息

利用基因组数据和生物信息学分析方法,快速鉴定耐药基因并预测耐药表型,为细菌耐药状况监测提供了有力辅助手段。目前,已有的数十个耐药数据库及其相关分析工具这些资源为细菌耐药基因的识别以及耐药表型的预测提供了数据信息和技术手段。随着细菌基因组数据的持续增加以及耐药表型数据的不断积累,大数据和机器学习能够更好地建立耐药表型与基因组信息之间的相关性,因此,构建高效的耐药表型预测模型成为研究热点。本文围绕细菌耐药基因的识别和耐药表型的预测,针对耐药相关数据库、耐药特征识别理论与方法、耐药数据的机器学习与表型预测等方面展开讨论,以期为细菌耐药的相关研究提供手段和思路。

关键词：细菌耐药耐药数据库生物信息学耐药基因识别耐药表型预测

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沙门氏菌泛耐药基因组特征分析

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微生物学报 2021年第8期61卷 2358-2369页

作者：周秀娟崔妍何逸尘张利达史贤明上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240

【目的】分析沙门氏菌的泛耐药基因组特征。【方法】以EnteroBase数据库中16365株沙门氏菌为对象,利用课题组自主研发的泛耐药基因组分析软件(PRAP),进行泛耐药基因组结构的鉴定,通过曼-惠特尼秩和检验和皮尔逊检验,来分析耐药基因与血... 详细信息

【目的】分析沙门氏菌的泛耐药基因组特征。【方法】以EnteroBase数据库中16365株沙门氏菌为对象,利用课题组自主研发的泛耐药基因组分析软件(PRAP),进行泛耐药基因组结构的鉴定,通过曼-惠特尼秩和检验和皮尔逊检验,来分析耐药基因与血清型、序列型(sequence type,ST)及分离株样本来源信息间的相关性。【结果】沙门氏菌共有104种耐药基因,其中核心耐药基因18种,附属耐药基因86种,且沙门氏菌拥有一个开放型的泛耐药基因组;相同的血清型(或ST型)有相似的耐药基因谱,不同血清型(或ST型)间耐药基因的分布差异显著(P<0.05),耐药基因与样本来源、分离国家及年份间也存在一定的相关性;在测试的23种获得性耐药基因中,43.48%(10/23)的占比逐年升高,73.91%(17/23)以单一亚型为优势。【结论】利用PRAP软件分析获得的这些结果揭示了近年来沙门氏菌耐药基因的时空分布规律,为沙门氏菌等食源性致病菌耐药性的研究提供了新思路。

关键词：沙门氏菌泛耐药基因组耐药基因泛耐药基因组分析软件

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银白色葡萄球菌的发现、分布与致病性

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微生物学报 2021年第2期61卷 263-278页

作者：张道锋史贤明河海大学海洋学院海洋生物研究所江苏南京210098 上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240

银白色葡萄球菌(Staphylococcus argenteus)是金黄色葡萄球菌(S. aureus)的近缘新种,于2015年正式被鉴定、命名。在此之前,银白色葡萄球菌一直被认为是金黄色葡萄球菌种内的一个远源支系。该物种绝大多数菌株分离自人体,基因组上含有大... 详细信息

银白色葡萄球菌(Staphylococcus argenteus)是金黄色葡萄球菌(S. aureus)的近缘新种,于2015年正式被鉴定、命名。在此之前,银白色葡萄球菌一直被认为是金黄色葡萄球菌种内的一个远源支系。该物种绝大多数菌株分离自人体,基因组上含有大量与金黄色葡萄球菌同源的毒力基因,可导致与金黄色葡萄球菌类似的临床感染和食物中毒症状。因为与人类健康相关,银白色葡萄球菌受到了越来越多的关注,目前已在20多个国家被报道。但是由于出现较晚,与金黄色葡萄球菌难以区分,银白色葡萄球菌的全球分布状况、原始生境和传播过程尚不清楚。本文从发现过程、分布、致病性和鉴定方法等方面综述了银白色葡萄球菌的最新研究进展。

关键词：银白色葡萄球菌金黄色葡萄球菌复合群施韦策葡萄球菌临床感染食品安全多位点序列分型

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单核细胞增生李斯特菌特异性单链抗体磁珠的制备与评价

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中国食品学报 2021年第3期21卷 253-262页

作者：范一灵 George CPaoli 宋明辉史贤明杨美成国家药品监督管理局微生物检测技术重点实验室上海市食品药品检验研究院上海201203 美国农业部农业研究局东部研究中心美国宾夕法尼亚州190383 上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240

目的:制备一种单核细胞增生李斯特菌的特异性单链抗体捕获磁珠(scFv-IMBs),通过用人工污染的方式评价scFv-IMBs的效果。方法:在不同的增菌培养体系中以市售磁珠(Dyna-IMBs)作为对照,通过定性、定量培养技术和PCR检测技术,分析scFv-IMBs... 详细信息

目的:制备一种单核细胞增生李斯特菌的特异性单链抗体捕获磁珠(scFv-IMBs),通过用人工污染的方式评价scFv-IMBs的效果。方法:在不同的增菌培养体系中以市售磁珠(Dyna-IMBs)作为对照,通过定性、定量培养技术和PCR检测技术,分析scFv-IMBs在法兰克福香肠中捕获与分离单核细胞增生李斯特菌和英诺克李斯特菌的能力。结果:在BHI培养基中,scFv-IMBs对单核细胞增生李斯特菌的捕获率介于15%~55%之间,优于Dyna-IMBs(0.85%~1.27%),显示出良好的特异性。在MOPS-BLEB培养基中两种磁珠的捕获率在62%~88%,捕获率高于在UVM培养基(<5%)和FB培养基(<53%)中。人工污染样品经scFv-IMBs捕获,单核细胞增生李斯特菌的菌落数在选择性培养基上的比例有显著性提升(P<0.01),可从高浓度英诺克李斯特菌(1∶1000)中有效分离单核细胞增生李斯特菌。磁珠检测方法的灵敏度可达1 CFU/mL。结论:与市售免疫磁珠产品相比,scFv-IMBs具有较好的特异性,可显著降低体系中英诺克李斯特菌的干扰,具有更好的分离能力。

关键词：免疫磁珠单链抗体片段单核细胞增生李斯特菌英诺克李斯特菌聚合酶链式反应

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核酸适配体在金黄色葡萄球菌检测中的应用进展

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食品工业科技 2021年第21期42卷 1-7页

作者：崔妍白亚龙史贤明上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240 上海市农业科学院农产品质量标准与检测技术研究所上海201403

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是一种重要的食源性致病菌,快速检测方法的开发对于防控该菌引发的食源性疾病具有重要意义。生物识别物是快速检测的核心,核酸适配体作为新兴的生物识别物,与靶标分子有高度的亲和力及特异性,且... 详细信息

金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是一种重要的食源性致病菌,快速检测方法的开发对于防控该菌引发的食源性疾病具有重要意义。生物识别物是快速检测的核心,核酸适配体作为新兴的生物识别物,与靶标分子有高度的亲和力及特异性,且易于人工合成和修饰,在食源性致病菌的检测方面具有较大的潜力和优势。本文综述了核酸适配体的筛选技术及其在金黄色葡萄球菌分离富集和快速检测中的应用进展,以期为食源性致病菌新型检测方法的开发和实际应用拓宽思路。

关键词：核酸适配体金黄色葡萄球菌筛选检测生物传感器

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宁波地区沙门氏菌耐药性监测及毒力基因筛查

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中国食品学报 2019年第2期19卷 216-222页

作者：张芬周秀娟宋启发何守魁徐景野石秀清周敏史贤明上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240 宁波市疾病预防与控制中心浙江宁波315010 武汉轻工大学食品科学与工程学院武汉430023

目前宁波地区沙门氏菌对常用抗生素的耐受情况及主要毒力基因携带率的系统检测尚未见报道。本研究选取2006—2013年间宁波地区分离获得的121株沙门氏菌(共27个血清型),对其进行耐药谱检测,相关耐药基因及毒力基因筛查。结果显示:对12种... 详细信息

目前宁波地区沙门氏菌对常用抗生素的耐受情况及主要毒力基因携带率的系统检测尚未见报道。本研究选取2006—2013年间宁波地区分离获得的121株沙门氏菌(共27个血清型),对其进行耐药谱检测,相关耐药基因及毒力基因筛查。结果显示:对12种常见抗生素的耐药率依次是:氨苄西林19.8%,四环素13.2%,强力霉素12.4%,复方新诺明11.6%,氯霉素8.7%,链霉素6.6%,妥布霉素3.3%,头孢曲松2.5%,环丙沙星0.8%,诺氟沙星0%,庆大霉素0%,阿米卡星0%。耐药基因携带率:blaTEM100%,blaPSE29.2%,blaCMY-24.2%,blaCTX8.3%,blaSHV0%,tet A 100%,tet B 100%,tet G 70.8%,tet C 20.8%,sul I 100%,sul II 100%,sul III 80%。毒力基因avr A、ssa Q、gip A、sod C1、mgt C的携带率均达100%,sop E 96.9%,ssi D 93.8%,spo B 93.8%,spv C 21.9%。上述结果表明:宁波地区沙门氏菌耐药情况比较严重,耐药基因与毒力基因携带率较高。本研究为宁波地区沙门氏菌疫情的防控提供数据支持。

关键词：沙门氏菌耐药谱耐药基因毒力基因

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肠炎沙门氏菌在贮藏鸡蛋蛋清中生存动力学模型的建立

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中国食品学报 2018年第3期18卷 163-168页

作者：刘理虹周秀娟王妍妍刘玥周敏施春雷史贤明上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240 武汉轻工大学食品科学与工程学院武汉430023

肠炎沙门氏菌能引发人类的食源性疾病,被污染的禽蛋是其主要的传播媒介之一。该菌在鸡蛋清中的生存状态与抗逆特征成为研究热点。本研究以在蛋清中存活能力较强的肠炎沙门氏菌分离株SJTUF 11336与较弱的标准菌株ATCC 13076为研究对象,... 详细信息

肠炎沙门氏菌能引发人类的食源性疾病,被污染的禽蛋是其主要的传播媒介之一。该菌在鸡蛋清中的生存状态与抗逆特征成为研究热点。本研究以在蛋清中存活能力较强的肠炎沙门氏菌分离株SJTUF 11336与较弱的标准菌株ATCC 13076为研究对象,分别将它们接种于经不同温度(4,25和37℃)和时间(0~30 d)贮藏的鸡蛋蛋清中培养,24 h后进行菌落计数,测定它们的存活率,分析鸡蛋贮藏条件对沙门氏菌存活率的影响,采用多项式拟合法建立相应的生存动力学模型。结果显示:在不同贮藏条件下,SJTUF 11336和ATCC 13076的存活趋势相似;鸡蛋贮藏温度越高,受试细菌在蛋清中的存活率越低;随着贮藏时间的延长,受试细菌在蛋清中的存活率呈先降低后升高的趋势;在37℃贮藏5 d的鸡蛋清中,两菌株的存活率均达到最低值,表明此时蛋清的抑菌效果最强。本研究建立的肠炎沙门氏菌在蛋清中的生存动力学模型可靠性高,模型预测值与试验数值具有较好的一致性,适合预测鸡蛋清中肠炎沙门氏菌的存活趋势。

关键词：肠炎沙门氏菌蛋清抑菌生存动力学模型贮藏条件

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沙门菌属特异性检测靶点碱基差异位点的识别及其血清型决定力

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食品科学 2017年第24期38卷 47-52页

作者：石秀清周秀娟施春雷张芬史贤明上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240

以美国国家生物技术信息中心(NCBI)已公布的28株沙门菌(14个血清型)全基因组序列为研究对象,对前期研究获得的7个沙门菌属特异性检测靶点在不同血清型间的单核苷酸多态性进行比较分析,结果表明,S9和S69为碱基差异位点最多的两个靶点,具... 详细信息

以美国国家生物技术信息中心(NCBI)已公布的28株沙门菌(14个血清型)全基因组序列为研究对象,对前期研究获得的7个沙门菌属特异性检测靶点在不同血清型间的单核苷酸多态性进行比较分析,结果表明,S9和S69为碱基差异位点最多的两个靶点,具有沙门菌分子血清分型的潜在能力。随后,通过分析S9和S69在沙门菌不同血清型菌株中的差异位点,分别绘制两个血清分型靶点的差异位点表,从而获得了这两个靶点同时用于14个沙门菌血清型的快速分子血清分型的差异位点组合。在这些组合中,同一血清型具有相同的差异位点,不同血清型可以通过差异位点得以区分。最后,采集食品样品192份,用国标方法获得疑似沙门菌21株;利用血清分子分型靶点S9和S69进行快速分型,并同时用传统玻片凝集反应鉴定方法进行验证,两种方法鉴定结果的符合率为100%。鉴定结果为:21株沙门菌共包括4个不同血清型,其中肠炎沙门菌10株、鼠伤寒沙门菌7株、鸡沙门菌2株、纽波特沙门菌2株。基因组序列分析结果和分离株分型结果均表明,沙门菌特异分子检测靶点S9和S69相结合具备沙门菌的分子血清分型能力,以差异位点表为基础建立的血清分型方法有望替代传统的玻片凝集血清分型这一繁杂步骤,从而降低沙门菌血清鉴定的时间与成本,为聚合酶链式反应技术应用于沙门菌分子血清分型提供新思路。

关键词：沙门菌分子血清分型特异性检测靶点食品样品血清鉴定

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单核细胞增生李斯特菌食品分离株的分子分型鉴定

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中国食品学报 2017年第2期17卷 220-226页

作者：王文凯陈万义索玉娟周秀娟施春雷史贤明上海交通大学农业与生物学院中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室上海200240 光明乳业股份有限公司光明乳业研究院乳业生物技术国家重点实验室上海200436

单核细胞增生李斯特菌是一种重要的食源性条件致病菌,不同亚型菌株的致病力存在较大差异。本文以86株单核细胞增生李斯特菌食品分离株为研究对象,采用多重PCR的血清分型方法 ,将这些分离株分为3个血清组,即:1/2a或3a(72.1%,n=62),1/2b... 详细信息

单核细胞增生李斯特菌是一种重要的食源性条件致病菌,不同亚型菌株的致病力存在较大差异。本文以86株单核细胞增生李斯特菌食品分离株为研究对象,采用多重PCR的血清分型方法 ,将这些分离株分为3个血清组,即:1/2a或3a(72.1%,n=62),1/2b或3b或7(19.8%,n=17),1/2c或3c(8.1%,n=7)。采用ERICPCR亚分型方法 ,将这些分离株和4株标准菌株分为10个类群。对比ERIC-PCR的指纹图谱与血清分型结果 ,两者呈现较高的相关性。将血清分型和ERIC-PCR方法相结合,可实现不同来源单核细胞增生李斯特菌食品分离株的同源性分析。这些分型结果为该菌的流行病学调查提供数据支持。

关键词：单核细胞增生李斯特菌食品分离株 ERIC-PCR 血清型

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