检索结果-内蒙古大学图书馆

中国生物工程杂志 2017年第7期37卷 80-87页

作者：聂永强马海燕马晴雯上海交通大学附属儿童医院上海市儿童医院上海交通大学医学遗传研究所上海200040 卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室暨上海市胚胎与生殖工程重点实验室上海200040

目的:应用诱导表达的LR克隆酶系统,建立一种在细菌体内获得基于链霉菌噬菌体ФC31整合酶系统的位点特异整合型微环DNA的方法,为实现无细菌骨架等冗余序列的转基因奠定基础。方法:构建包含阿拉伯糖启动子的LR克隆酶系统和ФC31整合酶系... 详细信息

目的:应用诱导表达的LR克隆酶系统,建立一种在细菌体内获得基于链霉菌噬菌体ФC31整合酶系统的位点特异整合型微环DNA的方法,为实现无细菌骨架等冗余序列的转基因奠定基础。方法:构建包含阿拉伯糖启动子的LR克隆酶系统和ФC31整合酶系统的亲本质粒,在L-阿拉伯糖的诱导下重组产生表达ФC31整合酶的微质粒和包含有目的基因和attB位点等元件的微环DNA。以限制性内切核酸酶酶切电泳定性其重组效率,qPCR定量分析微环、微质粒及亲本质粒的比例,定量计算重组效率。观察随着诱导时间的推进微环/微质粒值的变化。结果:细菌体内LR克隆酶系统可有效催化亲本质粒的重组,重组率达85%以上。相比商品化LR克隆酶体外反应具有更高的稳定性而且更经济。结论:获得了一种高效、稳定的细菌体内产生位点特异性整合型微环DNA的亲本质粒。

关键词：微环DNA LR克隆酶系统位点特异性整合阿拉伯糖启动子ФC31 整合酶

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血友病B基因治疗研究进展

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中国医药生物技术 2017年第4期12卷 330-336页

作者：严红任兆瑞曾溢滔上海交通大学附属儿童医院/上海市儿童医院/上海交通大学医学遗传研究所/卫生部医学胚胎与分子生物学重点实验室/上海市胚胎与生殖工程重点实验室 200040

血友病B是一种X染色体连锁的隐性遗传性出血性疾病,患者多为男性,女性患者极为罕见,男性人群的发病率约为1/25000。因患者凝血因子IX（factor IX,FIX）基因突变导致FIX水平缺乏引起,症状的严重程度与体内FIX水平相关;重症患者血浆FIX含... 详细信息

血友病B是一种X染色体连锁的隐性遗传性出血性疾病,患者多为男性,女性患者极为罕见,男性人群的发病率约为1/25000。因患者凝血因子IX（factor IX,FIX）基因突变导致FIX水平缺乏引起,症状的严重程度与体内FIX水平相关;重症患者血浆FIX含量小于正常人的1%,因而频繁发生自发性出血,如关节内出血、软组织血肿、腹腔出血和脑出血等,最终导致严重的关节病、慢性疼痛,

关键词：基因治疗研究自发性出血慢性疼痛关节病出血性疾病基因突变病毒载体外周静脉注射衣壳蛋白目的基因

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唐氏综合征患儿线粒体基因组突变的分析

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医学分子生物学杂志 2017年第5期14卷 249-254,294页

作者：刘霞朱怡文刘艳娜任兆瑞颜景斌上海交通大学附属儿童医院、上海市儿童医院、上海交通大学医学遗传研究所上海市200040 上海市胚胎与生殖工程重点实验室、卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室上海市200040

目的研究唐氏综合征中线粒体DNA突变情况.方法采用高通量测序和焦磷酸测序检测7个唐氏综合征（Down＇s syndrome,DS）家系中的患儿和母亲的线粒体基因组序列,分析线粒体基因组序列的变化情况.结果 ①DS患儿中检测到36个与其母亲中不... 详细信息

目的研究唐氏综合征中线粒体DNA突变情况.方法采用高通量测序和焦磷酸测序检测7个唐氏综合征（Down＇s syndrome,DS）家系中的患儿和母亲的线粒体基因组序列,分析线粒体基因组序列的变化情况.结果 ①DS患儿中检测到36个与其母亲中不同的线粒体DNA突变,其中14个位点是首次在唐氏综合征样本中发现;②36个线粒体DNA突变主要发生于D-Loop区和线粒体复合物Ⅰ中;③ 线粒体基因组13个编码基因中,有11个基因检测到线粒体DNA的突变;④ 焦磷酸测序对线粒体基因组杂合突变频率的检测结果和高通量测序结果吻合.结论 DS患儿中广泛存在线粒体DNA的突变,这些突变可能与唐氏综合征的线粒体功能异常相关.

关键词：唐氏综合征高通量测序焦磷酸测序线粒体DNA 突变

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线粒体与体细胞核移植

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中国医药生物技术 2017年第3期12卷 265-268页

作者：贾晓程艳曾溢滔上海交通大学附属儿童医院/上海市儿童医院/上海交通大学医学遗传研究所/卫生部医学胚胎与分子生物学重点实验室/上海市胚胎与生殖工程重点实验室 200040

1996年克隆羊＂Dolly＂在英国诞生。此后,体细胞核移植（somatic cell nuclear transfer,SCNT）技术广泛应用于克隆动物和转基因动物研究,迄今已有10多种不同物种的克隆动物相继问世。然而,克隆效率偏低以及克隆动物表征缺陷是一直存在... 详细信息

1996年克隆羊＂Dolly＂在英国诞生。此后,体细胞核移植（somatic cell nuclear transfer,SCNT）技术广泛应用于克隆动物和转基因动物研究,迄今已有10多种不同物种的克隆动物相继问世。然而,克隆效率偏低以及克隆动物表征缺陷是一直存在的问题。

关键词：体细胞核移植线粒体克隆动物转基因动物 cell 克隆效率克隆羊

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应用高分辨率熔解曲线分析和焦磷酸测序快速筛查线粒体糖尿病MT3243处〉G突变

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中华医学遗传学杂志 2016年第4期33卷 447-451页

作者：危新俊杜秀娟王从容颜景斌温州医科大学检验医学院、生命科学学院浙江325035 上海交通大学附属上海市儿童医院、上海医学遗传研究所 200040 上海市胚胎与生殖工程重点实验室、卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室 200040 上海交通大学附属上海市第六人民医院、上海市糖尿病研究所 200040

目的建立快速、准确、无创、低成本的线粒体糖尿病MT3243A：〉G位点突变的筛查方法。方法采集上海市儿童医院和上海市第六人民医院确诊的6例线粒体糖尿病患者及50名正常对照的血液、唾液及尿沉渣样本，用焦磷酸测序法进行检测，并比较... 详细信息

目的建立快速、准确、无创、低成本的线粒体糖尿病MT3243A：〉G位点突变的筛查方法。方法采集上海市儿童医院和上海市第六人民医院确诊的6例线粒体糖尿病患者及50名正常对照的血液、唾液及尿沉渣样本，用焦磷酸测序法进行检测，并比较不同来源样本中MT3243A〉G突变位点的杂合度水平；应用高分辨率熔解曲线（highresolutionmeltingcurveanalysis，HRM）对来自上海市4个社区的1070例糖尿病患者尿沉渣样本中的MT3243A〉G突变位点进行快速筛查，阳性样本进一步采用焦磷酸测序技术进行验证，并定量检测突变位点的杂合度水平。结果对比实验发现，6例线粒体糖尿病患者尿沉渣中MT3243A〉G突变位点的杂合度均高于唾液和血液2～7倍，唾液中突变的杂合度略高于血液；在50名正常对照的血液、唾液及尿沉渣样本中均未检出MT3243A〉G位点突变。在1070例糖尿病尿沉渣样本的筛查实验中，用HRM筛查出2例疑似MT3243A〉G位点突变的样本，经焦磷酸测序验证后确认为MT3243A〉G位点突变，两例患者尿沉渣样本中MT3243A〉G位点杂合度分别为33．32％和14．67％。结论尿沉渣样本取材方便、无创、突变杂合度高，可作为人群中MT3243A〉G位点突变筛查的首选样本。HRM技术使用成本低，可实现点突变的快速筛查。焦磷酸测序技术检测灵敏度高、定量精确。我们将两者的优势相结合，建立了用两步法快速筛查检测线粒体糖尿病MT3243A〉G位点突变的新方法。

关键词： MT3243A〉G突变线粒体糖尿病尿沉渣高分辨率熔解曲线焦磷酸测序快速筛查

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机器学习应用于噬菌体phiC31整合酶动物基因组整合位点预测

机器学习应用于噬菌体phiC31整合酶动物基因组整合位点预测

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中华医学会第十五次全国医学遗传学学术会议暨中国医师协会医学遗传医师分会第一届全国学术会议暨2016年浙江省医学遗传学年会

作者：赵贵军马海燕汪洁马晴雯上海市儿童医院上海交通大学医学遗传研究所卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室暨上海市胚胎与生殖工程重点实验室

目的链霉菌噬菌体phi C31整合酶系统具有高效定点整合、高水平表达、整合位点相对安全、操作简单等优点和特点,广泛应用于基因治疗及转基因动植物的制备。phi C31整合酶在哺乳动物基因组中的识别位点被称为假att P位点,与野生链霉菌噬菌... 详细信息

目的链霉菌噬菌体phi C31整合酶系统具有高效定点整合、高水平表达、整合位点相对安全、操作简单等优点和特点,广泛应用于基因治疗及转基因动植物的制备。phi C31整合酶在哺乳动物基因组中的识别位点被称为假att P位点,与野生链霉菌噬菌体phi C31的att P位点有一定的序列同源性,且有其特定的序列特征。利用机器学习技术对于整合目标基因组的潜在假att P位点进行识别,对深入了解这些位点的序列特征及其上下游基因等基因组特征具有重要意义。方法采用多种机器学习方法对人、牛和小鼠的已知假att P位点训练集进行了识别位点预测。结果研究发现,单纯利用序列位置矩阵信息,KStar方法在序列长度为55 bp碱基时ROC面积达到最高,为0.77,灵敏度为0.689;Random Forest,Naive Bayes和IBK方法在序列长度为47 bp时成绩最高,ROC面积分别为0.714,0.696和0.686,KStar为次高(0.741);JRip,j48和逻辑回归方法的预测成绩比较落后;增加序列长度并不能提高预测的ROC面积和灵敏度。结论上述假att P位点的长度的预测与att P位点核心序列最短长度(39 bp)接近。

关键词：整合位点整合酶 phiC31 噬菌体机器学习基因组

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机器学习应用于噬菌体phiC31整合酶动物基因组整合位点预测

机器学习应用于噬菌体phiC31整合酶动物基因组整合位点预测

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中华医学会第十五次全国医学遗传学学术会议、中国医师协会医学遗传医师分会第一届全国学术会议暨2016年浙江省医学遗传学年会

作者：赵贵军马海燕汪洁马晴雯上海市儿童医院上海交通大学医学遗传研究所卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室暨上海市胚胎与生殖工程重点实验室上海市儿童医院上海交通大学医学遗传研究所

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iPSCs的潜在致瘤性及降低致瘤性方法的研究进展

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生物工程学报 2015年第9期31卷 1279-1288页

作者：张丽萍杨冠恒张敬之上海交通大学附属儿童医院上海市儿童医院上海交通大学医学遗传研究所上海200040 卫生部医学胚胎与分子生物学重点实验室上海市胚胎与生殖工程重点实验室上海200040

自从2006年山中伸弥成功地将小鼠皮肤成纤维细胞重编程为诱导性多能干细胞(Induced pluripotent stem cells,i PSCs),i PSCs已成为科学家们研究的热点之一。而i PSCs在为基础研究和再生医学提供了无限可能的同时,相关争论焦点也随之产生... 详细信息

自从2006年山中伸弥成功地将小鼠皮肤成纤维细胞重编程为诱导性多能干细胞(Induced pluripotent stem cells,i PSCs),i PSCs已成为科学家们研究的热点之一。而i PSCs在为基础研究和再生医学提供了无限可能的同时,相关争论焦点也随之产生,如i PSCs有可能导致肿瘤已成为其在临床应用前需要进一步证实、面对和解决的问题。目前已经有相关研究人员对i PSCs是否具有潜在致瘤性进行了探索。研究结果表明,i PSCs基因表达谱与癌细胞基因表达谱具有交集,重编程过程中积累了基因损伤,以及在培养过程中的基因突变都是其致瘤性产生的原因之一。研究人员目前已经找到很多减少i PSCs致瘤性的方法,比如优化促重编程因子、筛选表达载体、筛选细胞株等。文中对i PSCs致瘤可能性的原因和如何消除其致瘤性进行了综述。

关键词： iPSCs 致瘤性安全性

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原位染色检测慢病毒载体转录通读方法的建立

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中国生物工程杂志 2015年第5期35卷 55-60页

作者：高越檀硕任兆瑞张敬之上海交通大学附属儿童医院上海市儿童医院上海交通大学医学遗传研究所上海200040 卫生部医学胚胎分子生物学重点实验室暨上海市胚胎与生殖工程重点实验室上海200040 生物治疗协同创新中心四川大学华西医院成都610041

慢病毒载体作为基因导入系统已被多次应用于基因治疗试验当中,近年来受到了广泛关注。转录通读是慢病毒载体应用过程中存在的潜在不安全因素之一。为了进一步完善慢病毒载体转录通读的检测方法,使检测结果更加直观准确,在已建立的在转... 详细信息

慢病毒载体作为基因导入系统已被多次应用于基因治疗试验当中,近年来受到了广泛关注。转录通读是慢病毒载体应用过程中存在的潜在不安全因素之一。为了进一步完善慢病毒载体转录通读的检测方法,使检测结果更加直观准确,在已建立的在转录水平检测其转录通读的基础上,进一步模拟病毒载体整合入基因组的状态,于原病毒载体3'-LTR后插入经密码子优化的Lac Z报告基因。经转染细胞后进行原位染色,发生通读现象的细胞会被染成蓝色,从而在蛋白质水平直观地体现慢病毒载体的通读情况,说明所建立的方法是准确可行的。所得结论与q RTPCR方法在转录水平检测的结果是平行相一致。原位染色检测法的建立为慢病毒载体转录通读的检测、提高慢病毒载体生物安全性的研究提供了技术支持。

关键词：慢病毒载体转录通读原位染色原病毒载体

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3种 DNA 甲基化定量分析方法的比较

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医学分子生物学杂志 2015年第2期12卷 84-89页

作者：路兆宁周在威马晴雯颜景斌上海交通大学附属儿童医院上海市儿童医院上海交通大学医学遗传研究所上海市200040 卫生部医学胚胎与分子生物学重点实验室上海市胚胎与生殖工程重点实验室上海市200040

目的：比较特定基因区域 DNA 甲基化检测方法的优缺点。方法采用焦磷酸测序、克隆测序和DNA 甲基化芯片等3种 DNA 甲基化检测方法，对7例唐氏综合征和5例正常对照样本的 PRDM8内含子7 CpG 岛中的部分序列进行甲基化检测。从准确度、重... 详细信息

目的：比较特定基因区域 DNA 甲基化检测方法的优缺点。方法采用焦磷酸测序、克隆测序和DNA 甲基化芯片等3种 DNA 甲基化检测方法，对7例唐氏综合征和5例正常对照样本的 PRDM8内含子7 CpG 岛中的部分序列进行甲基化检测。从准确度、重复性和精确度（分辨率）等方面来比较3种方法，探讨哪种方法更适合特定基因的 DNA 甲基化水平定量检测。结果①焦磷酸测序可在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平，结果重复性好，准确度高，而且能发现样本中 CpG 位点甲基化水平变化的规律；②克隆测序也可在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平，但结果重复性较差，无法发现 CpG 位点甲基化水平变化的规律；③甲基化芯片可通过所测区域的两个探针来判断样本间甲基化水平的差异，但无法在单碱基水平定量检测样本的甲基化水平；④上述3种方法检测结果之间存在一定的差异，但是样本间甲基化水平总体趋势基本一致。此外，唐氏综合征样本的甲基化水平高于正常对照样本。结论焦磷酸测序准确度高、重复性好、费用较低、操作较为简单快捷，更为适合在单碱基水平检测特定基因区域的 DNA 甲基化水平。

关键词：焦磷酸测序克隆测序 DNA 甲基化芯片甲基化修饰

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