沉默信息调节因子(silence information regulator,sirtuin)是一类高度保守的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD^+)依赖的组蛋白去乙酰化酶,在衰老、代谢、细胞凋亡、基因转录、炎症发生等过程中发挥重要作用。哺乳动物有7种sirtuin,即SIRT1～SI...
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沉默信息调节因子(silence information regulator,sirtuin)是一类高度保守的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD^+)依赖的组蛋白去乙酰化酶,在衰老、代谢、细胞凋亡、基因转录、炎症发生等过程中发挥重要作用。哺乳动物有7种sirtuin,即SIRT1～SIRT7。其中SIRT2的异常表达与包括肝癌在内的多种癌症相关:SIRT2既可以发挥癌基因的作用,也可以发挥抑癌基因的作用。而SIRT2如何通过对不同底物去乙酰化发挥不同的作用仍然存在争议。该文主要对SIRT2在肝癌发生发展中的作用进行综述。
目的·利用生物信息学分析方法探索儿童急性不明确谱系白血病(acute leukemia of ambiguous lineage,ALAL)致病通路、生存相关的独特基因表达谱及枢纽基因。方法·从TARGET(Therapeutically Applicable Research to Generate Ef...
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目的·利用生物信息学分析方法探索儿童急性不明确谱系白血病(acute leukemia of ambiguous lineage,ALAL)致病通路、生存相关的独特基因表达谱及枢纽基因。方法·从TARGET(Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatment)和GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载患者和健康人的表达数据,利用limma、clusterProfiler、survival等生信工具对基因表达量进行差异分析、功能分析及生存分析,最后通过构建蛋白-蛋白相互作用网络筛选得到与ALAL发病及生存相关的枢纽基因。结果·将ALAL组和健康对照组进行比较,共筛选得到4053个显著差异基因(均P<0.05),其中表达上调基因1844个,表达下调基因2209个。利用GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析发现,上调基因参与细胞周期及剪接,下调基因参与免疫调节。通过与其他类型白血病的表达谱进行比较,发现ALAL中生存相关基因呈现独特的表达模式。蛋白质-蛋白质相互作网络显示生存基因网络的核心基因为CXCL8(C-X-C motif chemokine ligand 8)和LMNA(lamin A/C)。结论·ALAL的发病机制与细胞周期以及免疫相关,ALAL预后不良可能与其生存基因的独特表达谱有关;CXCL8和LMNA在ALAL中发挥重要作用,可能作为潜在的治疗靶点;这些结果对ALAL的机制研究和临床治疗具有提示作用。
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