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上海交通大学学报(医学版) 2025年第1期45卷 11-19页

作者：谢滨白蒙吴妍沃璐璐黄莺张晶上海交通大学基础医学院病理生理学系细胞分化与凋亡教育部重点实验室上海200025

目的:探究SUMO特异性蛋白酶1(SUMO-specific peptidase 1,SENP1)在铁死亡中的潜在作用。方法:通过肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分析SENP1基因与铁死亡相关基因酰基辅酶A合成酶长链家族成员4(acyl-CoA synthetase long chain family member 4,ACSL4)和谷胱甘肽过氧化物酶4(glutathione peroxidase 4,GPX4)表达的相关性。使用铁死亡诱导剂RSL3(RAS-selective lethal 3)诱导人纤维素瘤细胞HT1080、鼠纤维素瘤细胞MCA-205和人胚胎肾细胞293T发生铁死亡,通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RT-qPCR)和Western blotting检测SENP1的表达。在293T细胞中通过免疫沉淀-质谱联用技术检测SENP1在铁死亡过程中的相互作用蛋白。在293T细胞中瞬转Flag-SENP1过表达质粒,并通过RT-qPCR和Western blotting实验检测SENP1的过表达效率以及铁死亡相关基因ACSL4和GPX4的表达水平。结果:TCGA数据库分析结果显示,在绝大多数的肿瘤组织中,SENP1和ACSL4的表达呈正相关,与GPX4的表达呈负相关。RT-qPCR和Western blotting结果显示,RSL3处理HT1080、MCA-205和293T细胞一段时间后,SENP1的表达水平均发生明显下调。免疫沉淀-质谱联用技术鉴定结果显示,SENP1在细胞铁死亡过程中富集SUMO分子。Western blotting结果显示,SENP1过表达后ACSL4蛋白水平上升,GPX4蛋白水平无明显变化;RT-qPCR结果显示,SENP1过表达后,ACSL4和GPX4 mRNA水平均无明显变化。结论:SENP1基因表达在铁死亡过程中发生下调,并可能参与调控铁死亡相关蛋白ACSL4的稳定性。

关键词：铁死亡 SUMO特异性蛋白酶1 酰基辅酶A合成酶长链家族成员4 谷胱甘肽过氧化物酶4 小分子泛素相关修饰物蛋白

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组蛋白H3K14M突变对嗜肺军团菌来源甲基转移酶活性的抑制

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上海交通大学学报（医学版） 2019年第3期39卷 224-232页

作者：李添添隋怡刘芳唐玉杰上海交通大学基础医学院病理生理学系细胞分化与凋亡教育部重点实验室上海200025

目的·探讨真核细胞中组蛋白H3K14M突变对嗜肺军团菌分泌的甲基转移酶RomA活性的影响及其内在机制。方法·构建组蛋白H3野生型(H3WT)以及组蛋白H3上14位赖氨酸突变为甲硫氨酸、异亮氨酸、精氨酸(H3K14M、H3K14I、H3K14R)的真核... 详细信息

目的·探讨真核细胞中组蛋白H3K14M突变对嗜肺军团菌分泌的甲基转移酶RomA活性的影响及其内在机制。方法·构建组蛋白H3野生型(H3WT)以及组蛋白H3上14位赖氨酸突变为甲硫氨酸、异亮氨酸、精氨酸(H3K14M、H3K14I、H3K14R)的真核表达质粒,慢病毒包装并感染稳定表达RomA的293T、THP-1等细胞。用Western blotting检测并比较带有不同H3K14突变的细胞中内源H3K14位点表观修饰的改变。并利用免疫共沉淀技术检测H3K14M与RomA蛋白的相互作用。结果·嗜肺军团菌的分泌效应物RomA通过靶向宿主细胞核,增加其H3K14甲基化水平同时降低H3K14乙酰化水平,从而抑制宿主基因的表达,促进嗜肺军团菌有效的细胞内复制;但组蛋白H3K14M突变可以通过增强与RomA蛋白的相互作用以抑制其甲基转移酶活性,阻断RomA对H3K14位点的甲基化。结论·组蛋白H3K14M突变显著抑制嗜肺军团菌来源甲基转移酶RomA活性。

关键词：嗜肺军团菌 RomA SET结构域 H3K14M 翻译后修饰

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基于生存分析的生物信息学方法筛选乳腺癌枢纽基因和关键通路

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上海交通大学学报（医学版） 2020年第3期40卷 294-302页

作者：陈思刘春良赵倩孙海鹏刘云霞上海交通大学基础医学院病理生理学系细胞分化与凋亡教育部重点实验室上海200025

目的·利用生物信息学分析,将基因表达数据与临床生存分析相结合,以筛选乳腺癌的枢纽基因和关键通路。方法·从GEO数据库(Gene Expression Omnibus)下载了3个乳腺癌基因表达数据集,筛选出乳腺癌中的差异表达基因。Kaplan-Meier ... 详细信息

目的·利用生物信息学分析,将基因表达数据与临床生存分析相结合,以筛选乳腺癌的枢纽基因和关键通路。方法·从GEO数据库(Gene Expression Omnibus)下载了3个乳腺癌基因表达数据集,筛选出乳腺癌中的差异表达基因。Kaplan-Meier plotter数据库进一步筛选出与总体生存期相关的差异表达基因,并对这些基因进行GO(Gene Ontology)功能分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析。通过构建蛋白-蛋白相互作用网络筛选乳腺癌枢纽基因。利用Oncomine数据库和人类蛋白质图谱数据库来验证枢纽基因的表达。实时荧光定量PCR检测人乳腺癌细胞MDA-MB-231和人正常乳腺上皮细胞MCF-10A中枢纽基因的表达情况。结果·筛选到262个差异表达基因与乳腺癌患者的总体生存期显著相关。GO功能分析和KEGG通路分析结果显示,这些基因与细胞核分裂、细胞分裂和染色体分离相关,并且主要富集在细胞周期、FoxO信号通路和卵母细胞减数分裂等通路上。蛋白质相互作用网络构建确定了10个枢纽基因。经数据库验证,它们在乳腺癌中均高表达;实时荧光定量PCR结果显示,10个枢纽基因中有8个在乳腺癌细胞中高表达。结论·通过基于生存分析的生物信息学方法筛选出了参与乳腺癌发生发展的关键基因和通路,这些基因和通路主要与细胞周期调控和细胞分裂相关。

关键词：乳腺癌生物信息学枢纽基因生存分析生物学标志物

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核受体结合因子2对自噬起始复合物PI3KC3-C1活性的调节作用

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上海交通大学学报（医学版） 2019年第11期39卷 1243-1247页

作者：李杏魏佳乐汤在明钟清留筱厦上海交通大学基础医学院病理生理学系细胞分化与凋亡教育部重点实验室

目的·研究核受体结合因子2(nuclear receptor-binding factor 2,NRBF2)的不同磷酸化水平对Ⅲ型磷脂酰肌醇-3-激酶复合物Ⅰ(classⅢphosphatidylinositol 3-kinase complexⅠ,PI3KC3-C1)的活性影响,寻找一种活性最高的PI3KC3-C1作为自噬特异性小分子抑制剂筛选的靶标。方法·首先通过建立体外蛋白纯化体系,分别获得四元不含NRBF2的PI3KC3-C1和五元包含不同磷酸化水平NRBF2的PI3KC3-C1,通过凝胶过滤色谱检测复合物的完整性,然后体外测定纯化的不同PI3KC3-C1的激酶活性差异,观察NRBF2的磷酸化对PI3KC3-C1活性的影响。结果·纯化的PI3KC3-C1具有良好的纯度和产量。包含NRBF2的五元PI3KC3-C1表现出比四元的蛋白复合物更高的激酶活性,其中包含持续去磷酸化NBRF2的PI3KC3-C1具有最高的酶活性。结论·NRBF2确实作为PI3KC3-C1的组分之一稳定存在,NRBF2的存在可提升PI3KC3-C1的激酶活性;包含持续去磷酸化NRBF2的PI3KC3-C1可以作为一种新的自噬调控靶标,用来筛选自噬特异性小分子抑制剂。

关键词：核受体结合因子2 Ⅲ型磷脂酰肌醇-3-激酶复合物Ⅰ 激酶活性检测自噬调控

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铁死亡对肌肉损伤后再生能力的影响

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上海交通大学学报（医学版） 2022年第3期42卷 298-306页

作者：杜玉婷张婧黄莺张晶上海交通大学基础医学院病理生理学系细胞分化与凋亡教育部重点实验室上海200025

目的·探讨铁死亡对心脏毒素(cardiotoxin,CTX)诱发肌肉损伤后肌肉再生能力的影响。方法·在15只8周龄C57BL/6J雄性小鼠胫骨前肌(tibialis anterior,TA)上取上、中、下3个点注射CTX,在第0、3、7日分别取5只小鼠的TA做苏木精-伊... 详细信息

目的·探讨铁死亡对心脏毒素(cardiotoxin,CTX)诱发肌肉损伤后肌肉再生能力的影响。方法·在15只8周龄C57BL/6J雄性小鼠胫骨前肌(tibialis anterior,TA)上取上、中、下3个点注射CTX,在第0、3、7日分别取5只小鼠的TA做苏木精-伊红染色(hematoxylin-eosin,H-E染色)观察肌肉损伤程度;采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)和蛋白质印迹法分别从RNA和蛋白水平检测肌肉再生相关指标及铁死亡相关指标的表达水平。同时,将45只8周龄C57BL/6J雄性小鼠分为生理盐水对照组、铁离子螯合剂去铁胺(deferoxamine,DFO)处理组和铁死亡抑制剂UAMC-3203处理组,每组15只。通过分别提前1周腹腔注射生理盐水或DFO,以及提前1 d腹腔注射UAMC-3203对小鼠进行预处理。随后在小鼠TA部位注射CTX,分别于第0、3、7日取TA组织,利用RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术以及生物信息学分析铁死亡抑制剂预处理后对CTX诱导的肌肉损伤后再生能力的影响,通过H-E染色观察及qPCR检测铁死亡抑制剂对肌肉再生相关基因RNA表达水平的影响。结果·H-E染色显示CTX注射后肌肉损伤再生模型构建成功。实验观察到铁死亡相关指标酰基辅酶A合成酶长链家族成员4(acyl-CoA synthetase long chain family member 4,Acsl4)和血红素加氧酶1(heme oxygenase-1,Hmox-1)在RNA和蛋白水平上明显升高,提示肌肉损伤及再生过程中发生了铁死亡。在注射CTX后第3日肌肉组织的损伤情况较为严重,伴随着肌肉再生相关基因成肌分化抗原(myogenic differentiation antigen,Myod)、肌细胞生成素(myogenin,Myog)、固生蛋白(tenascin-c,Tnc)的明显上调,第7日有所恢复。通过对RNA-seq差异基因的京都基因与基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析发现,与生理盐水组比较,UAMC-3203处理组中性粒细胞的脱颗粒化,活性氧(reactive oxygen species,ROS)的生成以及吞噬作用中的磷脂等信号通路发生了明显的改变;并且组织蛋白酶S(cathepsin S,Ctss)的表达水平明显升高。更重要的是,注射UAMC-3203和DFO可抑制肌肉再生相关基因的表达。结论·抑制铁死亡在一定程度上减慢了肌肉的再生过程,提示铁死亡的发生可能促进了肌肉的再生。

关键词：铁死亡肌肉损伤肌肉再生心脏毒素

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铁死亡相关机制与其在肝脏相关疾病中作用的研究进展

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上海交通大学学报（医学版） 2020年第11期40卷 1519-1523页

作者：贺明魏倩张颖婷上海交通大学基础医学院病理生理学系细胞分化与凋亡教育部重点实验室上海200025

铁死亡(ferroptosis)是一种由铁依赖性的脂质过氧化引起的细胞死亡。在正常状态下,谷胱甘肽过氧化物酶4(glutathione peroxidase 4,GPX4)可通过将脂质过氧化物转化为无毒的脂质醇以防止铁死亡的发生。近来有研究证明,肝细胞铁死亡是酒... 详细信息

铁死亡(ferroptosis)是一种由铁依赖性的脂质过氧化引起的细胞死亡。在正常状态下,谷胱甘肽过氧化物酶4(glutathione peroxidase 4,GPX4)可通过将脂质过氧化物转化为无毒的脂质醇以防止铁死亡的发生。近来有研究证明,肝细胞铁死亡是酒精性脂肪肝等多种肝脏疾病的诱导和加重因素之一,而通过抑制GPX4来诱导肿瘤细胞发生铁死亡可能成为治疗肝癌的一种新策略。该文就铁死亡的分子机制及其在肝脏相关疾病中的作用进行综述,以期为肝脏疾病的治疗提供新的研究方向和思路。

关键词：铁死亡肝脏疾病脂质过氧化谷胱甘肽过氧化物酶4 肝癌

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OTUD7B在急性髓系白血病细胞中的功能及机制

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上海交通大学学报（医学版） 2018年第1期38卷 18-23页

作者：龚秀峰吴英理赵倩雷虎上海交通大学医学院病理生理学系细胞分化与凋亡教育部重点实验室上海200025

目的·探讨OTUD7B在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)细胞中的生物学效应与作用机制。方法·检测AML患者外周血单个核细胞中OTUD7B基因的表达和AML患者骨髓单个核细胞中OTUD7B蛋白的表达。利用TCGA数据库验证OTUD7B... 详细信息

目的·探讨OTUD7B在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)细胞中的生物学效应与作用机制。方法·检测AML患者外周血单个核细胞中OTUD7B基因的表达和AML患者骨髓单个核细胞中OTUD7B蛋白的表达。利用TCGA数据库验证OTUD7B与AML患者生存期的关系。构建M2型AML小鼠模型,检测模型小鼠骨髓、脾脏和肝脏中OTUD7B的表达。在白血病细胞株HL60和kasumi1中过表达OTUD7B,检测OTUD7B蛋白对细胞活率及细胞周期的影响;在稳定表达OTUD7B的HL60和kasumi1细胞株中,检测AKT/m TOR通路蛋白的变化;过表达AKT1后检测OTUD7B引起的细胞生长抑制的变化。结果·OTUD7B在各个类型AML患者原代细胞中表达量均较低。OTUD7B表达量与AML患者的生存期密切相关。与野生型小鼠比较,M2型AML小鼠骨髓、肝脏及脾脏中OTUD7B的表达量均较低。HL60和kasumi1细胞中过表达OTUD7B能够显著抑制细胞活率,降低S期细胞的比例,并显著抑制AKT和m TOR蛋白的磷酸化;过表达AKT1后能够部分逆转OTUD7B对细胞的生长抑制作用。结论·OTUD7B在原代AML患者细胞及M2型AML小鼠的骨髓、肝脏和脾脏中低表达,并且OTUD7B表达量低的患者生存期更短。OTUD7B过表达能明显抑制AML细胞HL60和kasumi1的细胞活率,并且显著抑制细胞进入S期。OTUD7B过表达对AML细胞的抑制效应可能与抑制AKT/m TOR信号通路的活化有关。

关键词： OTUD7B 急性髓系白血病增殖抑制 AKT/mTOR信号通路

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弥漫内生性脑桥胶质瘤靶向治疗新策略的体外筛选与验证

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上海交通大学学报（医学版） 2021年第8期41卷 987-996页

作者：李瑞韩雨洁张蕾唐玉杰上海交通大学医学院病理生理学系细胞分化与凋亡教育部重点实验室上海200025

目的·从表观遗传角度寻找和鉴定弥漫内生性脑桥胶质瘤(diffuse intrinsic pontine glioma,DIPG)的单药治疗和组合靶向治疗新策略。方法·以已发表的基于8例DIPG肿瘤组织和6例正常脑组织的转录组数据为基础选择用于筛选实验的... 详细信息

目的·从表观遗传角度寻找和鉴定弥漫内生性脑桥胶质瘤(diffuse intrinsic pontine glioma,DIPG)的单药治疗和组合靶向治疗新策略。方法·以已发表的基于8例DIPG肿瘤组织和6例正常脑组织的转录组数据为基础选择用于筛选实验的靶向小分子库。在DIPG原代细胞SU_DIPG13中进行单药筛选并寻找新的能显著抑制DIPG细胞生长的靶向小分子。通过实时定量PCR和Western blotting检测药物处理后其靶基因在mRNA和蛋白水平的表达变化。EdU和Annexin V/碘化丙啶染色后利用流式细胞术分别检测药物处理对DIPG原代细胞增殖和凋亡的影响。靶向小分子库中的药物分别与溴结构域和外端家族(bromodomain and extra terminal protein,BET)抑制剂JQ1和panobinostat组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC)进行组合筛选,并体外验证对DIPG存在抑制作用的药物组合。结果·选择了包含66个小分子靶向小分子的药物库用于单药和组合筛选。单药筛选鉴定出的YM155能够显著抑制DIPG原代细胞SU_DIPG13和SU_DIPG17的生长,其靶基因BIRC5(baculoviral IAP repeat containing 5;编码survivin)在DIPG肿瘤组织中的表达高于正常组织(P=0.018)。YM155能抑制BIRC5在mRNA和蛋白水平的表达。YM155既能抑制DIPG原代细胞的增殖又能促进其凋亡。靶向小分子库中的CX4945、ABT-737分别与JQ1、panobinostat联用能在体外协同抑制DIPG细胞活性。结论·通过单药和组合药物筛选鉴定出了DIPG的靶向治疗新策略,为后续体内验证这些DIPG的新靶向治疗策略和挖掘治疗机制奠定了基础。

关键词：弥漫内生性脑桥胶质瘤靶向小分子单药筛选 YM155 BIRC5基因药物组合筛选

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新型酒精性肝病小鼠模型的建立

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上海交通大学学报（医学版） 2017年第7期37卷 906-913页

作者：黄东东沃璐璐阮昕许雅芊龚一鸣杨琳希李雪川康月苧贺明上海交通大学基础医学院病理生理学教研室细胞分化与凋亡教育部重点实验室上海200025

目的·建立一种可靠的、模拟酒精性肝病(ALD)患者饮酒模式的新型ALD小鼠模型(ALDNM)。方法·在Lieber-De Carli模型基础上,结合Gao-Binge模型,使用自主设计的饲喂瓶和饲料配方,通过慢性喂养加急性灌胃法建立ALDNM模型:给予小鼠... 详细信息

目的·建立一种可靠的、模拟酒精性肝病(ALD)患者饮酒模式的新型ALD小鼠模型(ALDNM)。方法·在Lieber-De Carli模型基础上,结合Gao-Binge模型,使用自主设计的饲喂瓶和饲料配方,通过慢性喂养加急性灌胃法建立ALDNM模型:给予小鼠5 d液体对照饲料适应后,随机分为对照组和乙醇组,每组10只;乙醇组小鼠自第6日饲喂乙醇占热量比为30%的饲料10 d,第16日上午2组小鼠各自以31.5%乙醇或等热量的糊精溶液灌胃,9 h后收集标本。比较Lieber-De Carli模型和ALDNM模型小鼠的一般情况、肝脏病理学改变和血清学指标;利用油红O染色和三酰甘油(TAG)检测,明确ALDNM小鼠肝脏脂质含量;利用realtime PCR检测ALDNM模型肝组织中白介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、脂肪酸合成酶(Fas)、超长链脂肪酸延伸酶6(Elovl6)、硬脂酰辅酶A去饱和酶(Scd1)等基因mRNA水平,Western blotting检测肝组织蛋白中磷酸化信号转导与转录激活因子(p-STAT3)的变化。结果·Lieber-De Carli模型小鼠一般状态较差,血清谷丙转氨酶(GPT)、谷草转氨酶(GOT)无明显变化。ALDNM模型中,乙醇组小鼠肝细胞极度肿胀呈圆形,体积增大,细胞质内充满大量脂肪空泡;油红O染色结果显示,乙醇组小鼠肝细胞内呈现深浅不等的油红O着色;乙醇组小鼠肝重指数、肝脏TAG含量、血清GPT和GOT较对照组显著升高,血清HDL明显降低;而且,ALDNM乙醇组小鼠肝脏中炎症通路和脂质合成代谢通路相关基因表达水平显著升高。结论·成功建立了ALDNM模型;该模型操作简单,构建时间短,费用低,能较好地模拟ALD患者饮酒模式和发病过程,且具有小鼠进食量平稳、重复性好、肝脏损伤明显等优点。

关键词：酒精性肝病小鼠动物模型炎症信号通路脂质合成信号通路

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FRAP技术揭示PLZF-RARα融合蛋白在细胞核内的运动性依赖于其配基及转录活性

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上海交通大学学报（医学版） 2014年第10期34卷 1463-1470页

作者：贺薇黄莺上海交通大学基础医学院病理生理学教研室细胞分化与凋亡教育部重点实验室上海200025

目的运用光漂白荧光恢复(FRAP)技术检测一系列带有绿色荧光蛋白(GFP)标签的野生型及突变型的早幼粒细胞性白血病锌指-维甲酸受体α(PLZF-RARα)表达蛋白分子在细胞核内运动性。方法运用凝胶迁移实验(EMSA)检测带有GFP标签的野生型及突变... 详细信息

目的运用光漂白荧光恢复(FRAP)技术检测一系列带有绿色荧光蛋白(GFP)标签的野生型及突变型的早幼粒细胞性白血病锌指-维甲酸受体α(PLZF-RARα)表达蛋白分子在细胞核内运动性。方法运用凝胶迁移实验(EMSA)检测带有GFP标签的野生型及突变型PLZF-RARα融合蛋白结合维甲酸反应元件(RARE)的能力;运用FRAP以及共聚焦荧光显微镜分析一系列GFP-PLZF-RARα及其突变体表达蛋白在细胞核内的运动性;运用转录抑制剂放线菌素D(Act D)和/或全反式维甲酸(ATRA)处理GFP-RARα和GFPPLZF-RARα表达细胞,运用FRAP观察PLZF-RARα和野生型RARα在细胞核内的运动性变化情况。结果位于PLZF结构区的POZ以及锌指结构域不仅是引起PLZF-RARα核内运动性降低的主要原因,同时也是引起配体诱导的核内运动性减慢的关键因素。Act D能够显著地抑制PLZF-RARα和RARα蛋白分子在细胞核内的运动性;分化诱导剂ATRA处理可逆转Act D引起的RARα核内运动性降低效应,但经Act D处理的PLZF-RARα分子无此效应。结论运用FRAP技术发现PLZF-RARα融合蛋白在细胞核内的运动性减慢可能依赖于配体的存在及其转录活性。

关键词：早幼粒细胞性白血病锌指-维甲酸受体α 维甲酸受体α 绿色荧光蛋白光漂白荧光恢复转录

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