检索结果-内蒙古大学图书馆

食品安全质量检测学报 2022年第14期13卷 4472-4478页

作者：黎梓怡施春雷上海交通大学农业与生物学院微生物代谢国家重点实验室上海200240

食源性致病菌引起的食源性疾病在全球范围内时有暴发,对致病菌的调查和监测是预防和控制疾病大范围发生的有效手段。然而菌株的遗传变异给监测工作带来了挑战,同时罕见的、未知的菌株信息用传统鉴定方法难以实现。泛基因组学作为新发展... 详细信息

食源性致病菌引起的食源性疾病在全球范围内时有暴发,对致病菌的调查和监测是预防和控制疾病大范围发生的有效手段。然而菌株的遗传变异给监测工作带来了挑战,同时罕见的、未知的菌株信息用传统鉴定方法难以实现。泛基因组学作为新发展的基因组分析方法,提供了更完整的基因组信息,在分离株鉴别、菌株遗传差异研究等方面具有重要贡献。结合数据库与分析软件,泛基因组分析在揭示致病菌的毒力及耐药基因、寻找新的抑菌靶点、监测基因水平转移情况等方面具有很大的应用潜力。本文简要介绍了泛基因组概念和分析方法,综述了其在致病菌快速检测、风险溯源以及风险预警方面的应用,深入阐述了泛基因组分析在耐药性监测和防控领域的发展状况,以期为基于基因组层面的食源性致病菌风险评估提供参考。

关键词：泛基因组学食源性致病菌致病性抗生素耐药性风险防控

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微液滴高通量筛选方法的研究与应用进展

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合成生物学 2023年第5期4卷 966-979页

作者：秦伟彤杨广宇上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240

在单细胞层面对生物功能进行高通量的分析和分选是对关键基因、元件、途径与细胞工厂进行优化的重要技术。基于微液滴的筛选方法因其低成本、超高通量等优势,已被广泛应用于生物、医药、食品和工业等各个领域。本文针对目前主流的荧光... 详细信息

在单细胞层面对生物功能进行高通量的分析和分选是对关键基因、元件、途径与细胞工厂进行优化的重要技术。基于微液滴的筛选方法因其低成本、超高通量等优势,已被广泛应用于生物、医药、食品和工业等各个领域。本文针对目前主流的荧光激活的液滴分选、吸光度激活的液滴分选,以及无标记液滴分选等微液滴筛选设备的进展进行综述,主要包括基于质谱、拉曼、核磁共振、电化学、图像识别等。并总结了近年来微液滴筛选设备在酶进化、微生物育种等领域应用成功的案例。此外还对不同的微液滴筛选设备的优势与面临的挑战进行了讨论,未来各种新的荧光探针的开发以及质谱等非标记检测方法的进一步发展,将是微液滴筛选设备的主要发展方向,在蛋白质工程、抗体工程、细胞分选及临床研究等方面具有重要的应用潜力。

关键词：高通量筛选微流控分选方法微液滴检测信号

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防御假单胞菌H78中crp基因对抗生素合成的调控作用

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生物学杂志 2023年第3期40卷 11-15页

作者：聂晨曦向涛张雪洪黄显清上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240

crp基因(编码cAMP受体蛋白)作为全局调控因子广泛存在于各种细菌中,在不同菌株中表现不同的调控功能。防御假单胞菌(Pseudomonas protegens)H78能产生硝吡咯菌素(Prn)、2,4-二乙酰基间苯三酚(2,4-DAPG)和藤黄绿菌素(Plt)等多种广谱抗生... 详细信息

crp基因(编码cAMP受体蛋白)作为全局调控因子广泛存在于各种细菌中,在不同菌株中表现不同的调控功能。防御假单胞菌(Pseudomonas protegens)H78能产生硝吡咯菌素(Prn)、2,4-二乙酰基间苯三酚(2,4-DAPG)和藤黄绿菌素(Plt)等多种广谱抗生素。为探究*** H78中crp基因对抗生素Prn、2,4-DAPG和Plt合成的调控作用,利用基因无痕敲除、HPLC分析、lacZ报告基因分析等技术,分析crp基因对抗生素Prn、2,4-DAPG和Plt合成及基因表达的影响。结果表明:H78菌株中crp基因的敲除导致Prn合成操纵子prnABCD表达显著下降;Plt合成及操纵子表达显著上升;2,4-DAPG合成及操纵子表达小幅下降。因此,*** H78中crp基因对抗生素Prn合成存在显著的正调控作用,而对Plt合成存在明显的负调控作用,对2,4-DAPG合成存在一定的正调控作用。

关键词：防御假单胞菌H78 crp基因抗生素合成调控硝吡咯菌素 2,4-二乙酰基间苯三酚藤黄绿菌素

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链球菌噬菌体透明质酸裂解酶的异源表达及酶学性质表征

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中国医药工业杂志 2023年第1期54卷 67-74页

作者：延泉德马瑞邱旭吴金鸿张勇上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240 菏泽市立医院山东菏泽274000 上海交通大学农业生物技术学院食品科学与工程系上海200240

透明质酸酶是一类能降解透明质酸的酶的总称,在生物医药及药物递送等多方面具有重要的应用价值。为了挖掘高活性、高底物特异性及高稳定性的透明质酸酶,对来自链球菌噬菌体的透明质酸裂解酶(HylP)进行了异源表达及酶学性质表征。结果表... 详细信息

透明质酸酶是一类能降解透明质酸的酶的总称,在生物医药及药物递送等多方面具有重要的应用价值。为了挖掘高活性、高底物特异性及高稳定性的透明质酸酶,对来自链球菌噬菌体的透明质酸裂解酶(HylP)进行了异源表达及酶学性质表征。结果表明HylP由337个氨基酸残基构成,是多糖裂解酶家族16(PL16)新成员,重组HylP可在大肠埃希菌BL21(DE3)中可溶性表达,纯化产率可达到30 mg/L,最适酶活反应条件为40℃、pH 6.0,且在35℃及pH 6.0~7.0的中性条件下较为稳定。HylP专一性作用于透明质酸,比活力为24 u/mg;该酶的米氏常数(K_(m))为0.13 mg/mL,催化常数(kcat)为13.80 s^(-1),具有较好的催化活性。链球菌噬菌体来源的HylP具有中温、高特异性、高酶活的特性,在绿色制备功能性低分子透明质酸上有潜在应用价值。

关键词：透明质酸裂解酶噬菌体重组异源表达酶学性质

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一种适用于链霉菌异源合成基因簇同框缺失的高效方法

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微生物学通报 2022年第9期49卷 3657-3670页

作者：林琛罗祥坤邓子新贺新义上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200030

【背景】对抗生素生物合成途径的阐明有助于提高目标化合物的产量并开发具有更高活性的新化合物。基因的同框缺失是天然产物生物合成研究的常规手段,通过分析突变菌株积累的中间产物,可以帮助推导天然产物的合成途径及相关基因的功能。... 详细信息

【背景】对抗生素生物合成途径的阐明有助于提高目标化合物的产量并开发具有更高活性的新化合物。基因的同框缺失是天然产物生物合成研究的常规手段,通过分析突变菌株积累的中间产物,可以帮助推导天然产物的合成途径及相关基因的功能。天然产物生物合成基因簇的大小一般在20 kb以上,对每个基因进行同框缺失耗时耗力,因此,优化链霉菌来源的基因同框缺失的方法有重要的意义。【目的】基于PCR-targeting重新设计了一套在链霉菌柯斯文库质粒上进行基因同框缺失的方法,实现链霉菌基因在大肠杆菌中快速、高效的基因同框缺失的技术体系。【方法】使用氨苄青霉素抗性基因bla作为PCR-targeting DNA片段的筛选标记,同时使用体外的Pac I酶切和酶连系统代替体内的Flp/FRT系统来介导同框缺失的构建。【结果】利用这种方法,在6 d内完成了米多霉素生物合成基因簇中14个基因的同框缺失。【结论】此方法与传统的PCR-targeting方法相比,构建同框缺失载体的效率明显提高;Pac I识别序列在链霉菌基因组上的稀有性使得此方法在构建抗生素生物合成基因簇必需基因的同框缺失载体上具有普适性。

关键词：链霉菌 PCR-targeting 同框缺失米多霉素

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红酵母基因组和代谢工程改造研究进展

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生物技术通报 2023年第7期39卷 67-79页

作者：李雨真梅天秀李治文王淇李俊邹岳赵心清上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室教育部代谢与发育国际科学国际合作联合实验室上海200240 伽蓝(集团)股份有限公司上海200233

红酵母是一类产红色素酵母的总称,广泛分布于土壤、海洋、江河、湖泊等各种生态环境。很多红酵母菌株具有生产多糖、油脂、类胡萝卜素等活性物质的能力,在养殖、食品、医药和化妆品等领域具有很大的应用潜力。近年来对红酵母的研究逐渐... 详细信息

红酵母是一类产红色素酵母的总称,广泛分布于土壤、海洋、江河、湖泊等各种生态环境。很多红酵母菌株具有生产多糖、油脂、类胡萝卜素等活性物质的能力,在养殖、食品、医药和化妆品等领域具有很大的应用潜力。近年来对红酵母的研究逐渐深入,对不同红酵母的基因组序列和代谢关键酶进行了研究,扩展了对这类重要酵母的深入认识。此外,对红酵母的基因组编辑和代谢工程改造也取得了进展,为提高其工业应用效率奠定了基础。本文综述了红酵母的生物技术应用,以及红酵母基因组分析和代谢工程改造相关的研究进展,为未来更深入理解红酵母的生理代谢和利用红酵母转化可再生生物质资源,进行可持续生产提供基础。

关键词：红酵母活性物质基因组代谢工程改造生物技术应用

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酿酒酵母INO80染色质重塑复合物调控基因表达的研究进展

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微生物学报 2023年第2期63卷 553-566页

作者：袁冰汪伟滨程诚赵心清上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室上海200240 合肥师范学院生命科学学院安徽合肥230601

表观遗传调控是真核生物基因表达精细调控的重要组成部分,主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质重塑。其中,染色质重塑因子可影响组蛋白修饰酶和转录因子与特定位点的结合,在基因表达调控中占有重要地位。INO80复合物是进化上保守的... 详细信息

表观遗传调控是真核生物基因表达精细调控的重要组成部分,主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质重塑。其中,染色质重塑因子可影响组蛋白修饰酶和转录因子与特定位点的结合,在基因表达调控中占有重要地位。INO80复合物是进化上保守的染色质重塑复合物,能利用ATP水解获得的能量促进核小体的滑动和驱逐。INO80复合物除了在DNA复制、修复中发挥重要功能外,还通过改变DNA可及性调控酿酒酵母的基因表达。本文综述了染色质重塑复合物的分类及组成,重点介绍了酿酒酵母多亚基复合物INO80在基因表达调控中的重要功能,包括驱逐RNA聚合酶Ⅱ、响应信号转导途径和改变基因表达水平等,并着重总结了其在酿酒酵母环境胁迫响应机理中的研究进展。深入研究INO80染色质重塑复合物的功能,可为理解真核生物精细代谢调控的机制,并进一步开发基于染色质重塑等表观调控水平的微生物代谢工程和合成生物学改造策略,提高菌株的环境胁迫耐受性和发酵性能提供基础。

关键词：染色质重塑 INO80 真核生物基因表达调控酵母胁迫响应表观遗传调控

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乳酸菌葡聚糖蔗糖酶的研究进展

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食品工业科技 2024年第4期45卷 354-361页

作者：石贺于连升齐心彤钱志刚阚连宝杜仁鹏黑龙江大学生命科学学院农业微生物技术教育部工程研究中心黑龙江省寒区植物基因与生物发酵重点实验室黑龙江省普通高校微生物重点实验室黑龙江哈尔滨150080 河北环境工程学院河北省农业生态安全重点实验室河北秦皇岛066102 上海交通大学微生物代谢国家重点实验室上海200240

葡聚糖蔗糖酶(Glucansucrase)(EC.2.4.5.1)是一类α-转糖苷酶(Glucosyltransferase),主要由明串珠菌属(Leuconostoc)、链球菌属(Streptococcus)及乳杆菌属(Lactobacillus)等乳酸菌产生。葡聚糖蔗糖酶的结构和催化机制具有多样性,是生物合成胞外多糖的一种重要工具酶。本文主要综述了乳酸菌葡聚糖蔗糖酶的来源、分类、结构、反应机制,以及介绍培养基组成、培养条件对酶产量的影响,重点阐述葡聚糖蔗糖酶的优化方法、分离纯化过程及酶学性质,并对其发展趋势进行展望,以期为葡聚糖蔗糖酶在相关领域开展研究提供参考。

关键词：葡聚糖蔗糖酶结构催化机理优化分离纯化应用

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利用酵母菌生产有机酸的研究进展

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生物工程学报 2023年第6期39卷 2231-2247页

作者：张瑞元朱翊凡曾杜文魏士昊樊亚超廖莎赵心清张风丽张霖上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240 中石化(大连)石油化工研究院有限公司辽宁大连116045

有机酸是含有一种或多种低分子量酸性基团(如羧基、磺酸基)的可生物合成的有机化合物,广泛应用于食品、农业、医药、生物基材料工业等领域。酵母菌具有生物安全、抗逆性强、底物谱广泛、方便遗传改造,以及大规模培养技术成熟等独特优点... 详细信息

有机酸是含有一种或多种低分子量酸性基团(如羧基、磺酸基)的可生物合成的有机化合物,广泛应用于食品、农业、医药、生物基材料工业等领域。酵母菌具有生物安全、抗逆性强、底物谱广泛、方便遗传改造,以及大规模培养技术成熟等独特优点,因此利用酵母菌生产有机酸的研究日益受到国内外学者的关注。目前利用酵母生产有机酸还存在浓度低、副产物多,以及发酵效率低等缺陷。随着酵母菌代谢工程和合成生物学技术的发展,利用酵母菌生产有机酸取得了快速进展。本文总结了利用酵母合成11种有机酸的研究,包括内源和异源合成的大宗羧酸和高价值有机酸,并对该领域的未来研究方向进行了展望。

关键词：酵母有机酸生物合成生物基材料代谢调控

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雷帕链霉菌未知天然产物合成基因簇异源表达与新结构混源萜rapamylic acids A−C鉴定

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微生物学报 2025年第5期65卷 2214-2228页

作者：虞旭昶游蕤翔吴雨洙孙润泽陈少欣吴辉李雷华东理工大学生物工程学院生物反应器工程国家重点实验室上海上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海中国医药工业研究总院上海医药工业研究院先导物成药性研究全国重点实验室上海

【目的】雷帕链霉菌编码55个天然产物合成基因簇,蕴藏着丰富的生物合成潜力,但绝大部分基因簇尚未被鉴定。本研究旨在通过构建细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库,批量克隆雷帕链霉菌的新型基因簇,并将其导入模... 详细信息

【目的】雷帕链霉菌编码55个天然产物合成基因簇,蕴藏着丰富的生物合成潜力,但绝大部分基因簇尚未被鉴定。本研究旨在通过构建细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库,批量克隆雷帕链霉菌的新型基因簇,并将其导入模式链霉菌中进行异源表达,从而获得一系列新结构化合物。【方法】对雷帕链霉菌SIPI RP202编码的合成基因簇进行新颖性分析,挑选出11个编码非核糖体肽、聚酮或萜类的未知基因簇;构建BAC文库,并通过PCR筛选获得目标基因簇;利用接合转移将这些基因导入3种异源表达底盘菌株中,采用3种发酵培养基和2种发酵液萃取方法。利用LC-MS检测基因簇是否成功表达,最终对新结构化合物进行分离、纯化与结构解析。【结果】成功在一个未知的萜类合成基因簇中实现了异源表达,将其导入白色链霉菌Del14后,获得了3个新结构的芳香族混源萜化合物rapamylic acids A−C。结合化合物的结构特征与基因簇信息,推导了其潜在的生物合成途径。【结论】本研究基于批量基因簇高效克隆与异源表达策略,成功激活了一个雷帕链霉菌的沉默基因簇,为其他链霉菌沉默基因簇的表征提供了新思路。同时,rapamylic acids A−C作为全新结构的混源萜类化合物,也进一步拓展了细菌萜类化合物的多样性。

关键词：雷帕链霉菌基因组挖掘文库构建异源表达混源萜

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