检索结果-内蒙古大学图书馆

上海交通大学学报（医学版） 2023年第12期43卷 1520-1528页

作者：赵卓明刘振浩鲁曼曼张钰许林锋谢鹭上海海洋大学食品学院食品科学与工程学科(系) 上海201306 上海市生物医药技术研究院基因组与生物信息研究所上海市疾病与健康基因组学重点实验室上海200237

目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR... 详细信息

目的·探究非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)免疫相关特征,发掘V-J基因中的肿瘤潜在标志物,为建立T细胞受体(T-cell receptor,TCR)-抗原识别预测模型提供基础。方法·收集704例NSCLC样本,用于构建一套系统的TCR组库分析流程,涵盖从原始数据到质控、过滤、TCR序列的识别和提取等上游分析部分,以及组库克隆分布、克隆分型、V-J基因共享性、互补决定区3(CDR3)分布特征以及克隆追踪等下游分析流程。使用Shannon-Weiner指数、Chao1等指数分析样本克隆分布。根据克隆扩增数目进行克隆分型,以探索不同分型间的差异。选取2例甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)样本进行去克隆扩增权重V-J基因共享分析,以探究低频克隆型对V-J基因共享性的影响。最后,通过分析V基因及高频克隆型CDR3分布特征和克隆追踪分析,监测肿瘤免疫前后克隆型频率的变化,寻找潜在的肿瘤标志物。结果·①NSCLC不同组织间克隆分布和克隆分型均存在显著差异,且在不同年龄与性别间存在显著差异。②在V-J基因共享性分析中发现了特定高共享V-J基因,同时在CDR3分布特征分析中存在非正态分布的高克隆V基因与氨基酸高频克隆型。③高频克隆型克隆追踪分析中,观察到NSCLC中高表达或新表达的高频克隆型,提示这些克隆型可作为潜在的肿瘤相关抗原或新抗原结合CDR3参考序列。④通过去克隆扩增权重V-J基因共享分析,发现原本低表达的TRBJ2-5基因表达频率显著增加,提示该基因可能为肿瘤免疫反应的潜在低频关键基因。结论·TRAV21和TRBV6.5基因在NSCLC中高克隆扩增,可作为潜在肿瘤标志物。

关键词： T细胞受体 TCR组库肿瘤免疫非小细胞肺癌

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基于多组学数据的肿瘤药物敏感性预测

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生物工程学报 2022年第6期38卷 2201-2212页

作者：杨晨雨刘振浩代培斌张钰黄鹏杰林勇谢鹭上海理工大学健康科学与工程学院上海200093 上海市生物医药技术研究院基因组与生物信息研究所上海201203 中南大学湘雅医院湖南长沙410008 同济大学医学院上海200092

肿瘤药物敏感性预测在指导患者临床用药方面具有重要意义。本文基于癌症药物敏感性基因组学数据库(genomics of drug sensitivity in cancer, GDSC) 198种药物的细胞系敏感性IC50数据,通过Stacking集成学习构建了包含基因表达、基因突... 详细信息

肿瘤药物敏感性预测在指导患者临床用药方面具有重要意义。本文基于癌症药物敏感性基因组学数据库(genomics of drug sensitivity in cancer, GDSC) 198种药物的细胞系敏感性IC50数据,通过Stacking集成学习构建了包含基因表达、基因突变、拷贝数变异数据的多组学癌症药物敏感性预测模型。采用多种特征选择方法对基因特征进行降维,使用Stacking方法集成6种初级学习器和1种次级学习器进行建模,采用5折交叉进行模型验证。预测结果中AUC大于0.9的占比为36.4%,在0.8–0.9之间的占比为49.0%,最低AUC为0.682。基于Stacking构建的多组学预测模型较已有单组学和多组学模型的准确性和稳定性具有优势。多组学整合预测药物敏感性优于单一组学。特征基因功能注释和富集分析解析了肿瘤对sorafenib潜在的耐药机制,从生物学角度提供了模型可解释性及其应用于临床用药指导的价值。

关键词：集成学习 Stacking 特征选择多组学肿瘤耐药机制 sorafenib

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miRNA在胚胎植入免疫调控中的研究进展

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中华生殖与避孕杂志 2023年第8期43卷 866-871页

作者：甘婕张璇上海市疾病与健康基因组学重点实验室国家卫生健康委员会计划生育药具重点实验室上海市生物医药技术研究院上海医学院复旦大学上海200237 上海市疾病与健康基因组学重点实验室国家卫生健康委员会计划生育药具重点实验室上海市生物医药技术研究院生殖健康研究所上海200237

胚胎植入是妊娠过程的起始阶段,囊胚必须黏附并入侵接受性母体子宫内膜,以获得氧气和营养的供应;但胎儿是一种半同种异体移植物,一旦进入子宫必然会遭到母体的免疫排斥,因此建立并维持母-胎免疫耐受对植入成功至关重要。微小RNAs(microR... 详细信息

胚胎植入是妊娠过程的起始阶段,囊胚必须黏附并入侵接受性母体子宫内膜,以获得氧气和营养的供应;但胎儿是一种半同种异体移植物,一旦进入子宫必然会遭到母体的免疫排斥,因此建立并维持母-胎免疫耐受对植入成功至关重要。微小RNAs(microRNAs,miRNAs)是一类内源性的非编码RNA,通过调控靶基因的转录后表达,从而参与人体内众多的生理和病理活动。目前已有大量的研究证实,miRNAs在胚胎植入中具有重要作用,同时也能调控母体免疫系统,当miRNAs表达失调时,通过调控免疫细胞和免疫分子参与妊娠并发症。此外,母-胎界面的免疫耐受性在着床中起着至关重要的作用。本文对miRNAs在胚胎植入免疫调控中的相关研究进展作一综述。

关键词：微小RNAs 胚胎植入杀伤细胞自然巨噬细胞 T淋巴细胞主要组织相容性复合物妊娠

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食源性抗氧化剂缓解内分泌干扰物生殖毒性的研究进展

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环境与职业医学 2024年第1期41卷 110-117页

作者：陈佳娴苗茂华王子亮复旦大学公共卫生学院上海200032 上海市生物医药技术研究院公共卫生与政策研究所/国家卫生健康委员会计划生育药具重点实验室/上海市疾病与健康基因组学重点实验室上海200237

内分泌干扰物(EDCs)是一类广泛存在于日常生活环境中的化学物质,可通过多种途径进入人体,危害生殖发育和健康。氧化应激(OS)是EDCs产生生殖毒性的重要基础机制之一。大量研究发现,EDCs暴露通过增加人体生殖系统的活性氧(ROS)水平,同时... 详细信息

内分泌干扰物(EDCs)是一类广泛存在于日常生活环境中的化学物质,可通过多种途径进入人体,危害生殖发育和健康。氧化应激(OS)是EDCs产生生殖毒性的重要基础机制之一。大量研究发现,EDCs暴露通过增加人体生殖系统的活性氧(ROS)水平,同时降低酶促抗氧化剂的活性和数量,进而导致氧化应激,从DNA和细胞等各个层面诱导生殖系统的损伤。许多研究结果表明,补充食源性非酶促抗氧化剂能够清除人体内的ROS,并增加酶促抗氧化剂的活性,从而降低OS水平,并进一步修复EDCs诱导的生殖损害。另外,许多食源性抗氧化剂本身也是参与生殖生理活动的重要元素,对生殖健康具有保护作用。本文归纳了EDCs的生殖毒性,包括损伤生殖细胞、干扰性激素作用和影响生殖相关基因的表观遗传调控,阐述了OS在EDCs诱导生殖毒性中的作用,进一步总结了多种维生素、微量元素以及植物中的多酚和色素等食源性抗氧化剂缓解EDCs生殖毒性的作用及相关机制,为防治EDCs的生殖毒性提供理论基础和科学依据。

关键词：内分泌干扰物食源性抗氧化剂生殖毒性氧化应激表观遗传调控

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