检索结果-内蒙古大学图书馆

生物医学工程学杂志 2024年第6期41卷 1243-1249页

作者：许珉瑞张斯文鲁曼曼高媛张梦欢林勇谢鹭上海理工大学健康科学与工程学院上海200093 上海市生物医药技术研究院上海市疾病与健康基因组学重点实验室上海200237 复旦大学上海市生物医药技术研究院上海200237 同济大学生命科学与技术学院上海200092

T细胞受体(TCR)与抗原肽的特异性结合在调节和介导免疫的过程中发挥着关键作用,为肿瘤疫苗设计提供了必要的基础。近年来的研究主要集中在主要组织相容性复合体(MHC)Ⅰ类抗原的TCR预测,针对MHCⅡ类抗原的TCR预测研究尚不充分,仍存在较... 详细信息

T细胞受体(TCR)与抗原肽的特异性结合在调节和介导免疫的过程中发挥着关键作用,为肿瘤疫苗设计提供了必要的基础。近年来的研究主要集中在主要组织相容性复合体(MHC)Ⅰ类抗原的TCR预测,针对MHCⅡ类抗原的TCR预测研究尚不充分,仍存在较大的提升空间。本研究利用ProtT5大模型进行MHCⅡ类抗原肽和TCR结合预测研究,探究其特征提取能力。此外,对模型进行微调,并构建前馈神经网络结构进行融合从而实现预测模型。实验结果显示,本研究提出的方法较传统方法表现更佳,预测准确度达到0.96,AUC达到0.93,验证了本文提出模型的有效性。

关键词： MHCⅡ抗原肽-T细胞受体结合预测大模型 ProtT5模型免疫治疗

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第3代孕激素依托孕烯研究进展

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中国新药杂志 2024年第7期33卷 671-677页

作者：王沙沙张可陈攀赵春草陈良康陈建兴潘峰李芳郭伊霖俸灵林上海市生物医药技术研究院国家卫生健康委员会计划生育药具重点实验室上海生殖健康药具工程技术研究中心上海市疾病与健康基因组学重点实验室华东理工大学上海理工大学

依托孕烯是第3代孕激素药物，在生殖避孕方面有着不可替代的作用，由于其具有较强的药理活性和较弱的雄激素作用，是长效可逆避孕制剂产品的首选活性药物之一，早在1998年就进入国际市场，已有40多个国家应用，但其产品于2012年才引入... 详细信息

依托孕烯是第3代孕激素药物，在生殖避孕方面有着不可替代的作用，由于其具有较强的药理活性和较弱的雄激素作用，是长效可逆避孕制剂产品的首选活性药物之一，早在1998年就进入国际市场，已有40多个国家应用，但其产品于2012年才引入我国。本文综述了依托孕烯的理化性质、作用机制和制剂研究进展，以期为依托孕烯制剂的进一步开发提供参考。

关键词：依托孕烯作用机制药物制剂

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鳌肢动物Wnt基因家族的全基因组与进化分析

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山东农业大学学报（自然科学版） 2020年第3期51卷 432-437页

作者：梁园周雁复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438 中国国家人类基因组中心上海市疾病与健康基因组学重点实验室上海201203

Wnt蛋白是由Wnt基因家族编码的一类富含半胱氨酸的分泌性蛋白,在多种生物过程中扮演了至关重要的角色,如胚胎发育过程中细胞形态的分化,组织的再生,体细胞稳态维持以及免疫应答的调节。基于其功能的多样性和重要性,Wnt基因家族在多种后... 详细信息

Wnt蛋白是由Wnt基因家族编码的一类富含半胱氨酸的分泌性蛋白,在多种生物过程中扮演了至关重要的角色,如胚胎发育过程中细胞形态的分化,组织的再生,体细胞稳态维持以及免疫应答的调节。基于其功能的多样性和重要性,Wnt基因家族在多种后生动物中已经被广泛研究。但是,在节肢动物门中的螯肢动物中,仍然缺乏关于Wnt基因及蛋白的系统研究。在本研究中,从8种已有基因组或转录组资源的螯肢动物对Wnt基因家族进行了生物信息学鉴定和分析,共鉴定出87个Wnt基因家族成员。对Wnt蛋白序列结构的分析结果显示螯肢动物的Wnt蛋白包含高度保守的Wnt结构域、信号肽、跨膜区域或低复杂度区域;对Wnt基因在基因组上的位置分析表明螯肢动物的Wnt基因在基因组上的分布情况主要有两种模式,包括Wnt9-Wnt6-Wnt1基因簇和Wn5-Wnt7基因簇,此外还有一些在基因的方向和数量上有差异的物种特异性的分布;系统发育树的构建结果显示螯肢动物中的Wnt5,Wnt7和Wnt11亚家族有扩增现象,而Wnt3和Wnt10亚家族发生了丢失。本研究作为螯肢动物中第一个Wnt基因家族的全基因组研究,有望丰富螯肢动物基因组学的研究内容,为Wnt基因家族在节肢动物乃至后生动物中的和进化和功能的进一步研究提供有力的基础。

关键词：螯肢动物 Wnt基因家族全基因组进化

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肝癌相关基因DLK1转基因小鼠的构建与鉴定

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中华消化杂志 2008年第5期28卷 310-313页

作者：黄丽钰王克生韩泽广张新上海交通大学医学院附属瑞金医院血液病研究所 200025 上海市疾病与健康基因组学实验室-省部共建国家重点实验室培育基地国家人类基因组南方研究中心

目的构建并鉴定肝脏特异性表达的DLKl转基因小鼠.方法通过基因重组方法,将小鼠DLK1 cDNA片段置于小鼠白蛋白基因增强子和启动子序列下游,构建肝脏特异性表达的DLKl重组质粒,酶切重组质粒得到转基因片段,转基因在体外进行表达鉴定后,... 详细信息

目的构建并鉴定肝脏特异性表达的DLKl转基因小鼠.方法通过基因重组方法,将小鼠DLK1 cDNA片段置于小鼠白蛋白基因增强子和启动子序列下游,构建肝脏特异性表达的DLKl重组质粒,酶切重组质粒得到转基因片段,转基因在体外进行表达鉴定后,显微注射获得DLK1转基因首建小鼠,对首建小鼠进行传代,利用F1代小鼠进行DLK1转基因表达的鉴定.结果逆转录(RT)-PCR和细胞免疫荧光显示,转基因DLK1片段可在小鼠肝癌细胞系Hep1-6中表达.RT-PCR和免疫组化结果显示,DLK1在F1代成年转基因小鼠肝脏中特异性表达.结论成功构建了肝脏特异性表达的DLK1转基因小鼠.

关键词：肝肿瘤基因表达鼠,转基因

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PNMA5基因在肝癌组织中的表达及功能研究

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肿瘤 2008年第11期28卷 911-915页

作者：滕小梅邓庆韩泽广黄健上海交通大学附属瑞金医院上海血液学研究所上海200025 上海市疾病与健康基因组学实验室-省部共建国家重点实验室培育基地国家人类基因组南方研究中心上海201203 苏州大学附属第一人民医院心血管外科苏州215006

目的:研究功能未知基因PNMA5在肝癌组织中的表达及其与肝癌细胞生长的关系;方法:利用肝癌基因表达谱数据研究发现PNMA5基因在肝癌组织中高表达。采用RT-PCR及实时荧光定量-PCR(real-time fluorescemt quantitative PCR,RFQ-PCR)方法检测... 详细信息

目的:研究功能未知基因PNMA5在肝癌组织中的表达及其与肝癌细胞生长的关系;方法:利用肝癌基因表达谱数据研究发现PNMA5基因在肝癌组织中高表达。采用RT-PCR及实时荧光定量-PCR(real-time fluorescemt quantitative PCR,RFQ-PCR)方法检测PNMA5在人类正常组织以及肝癌组织和癌旁组织中的表达水平;利用RNA干扰技术沉默肝癌细胞株(Focus和PLC)内PNMA5基因的表达;CCK-8实验定量分析内源性PNMA5基因被沉默前后的Focus和PLC细胞生长曲线的变化。结果:在14种人正常组织中,PNMA5只在睾丸、卵巢和脑组织中高表达,PNMA5基因在42%(5/12)的肝癌组织中有明显的上调(与癌旁组织比大于2倍以上,P<0.05)。沉默肝癌细胞株Focus和PLC中内源性PNMA5基因表达后,2种肝癌细胞的生长均受到明显的抑制(P<0.01),同时,从G1期进入S期细胞明显减少(P<0.01)。结论:PNMA5在维持肝癌细胞恶性表型过程中可能起到重要的作用,可能是一个新的肿瘤-睾丸相关基因。进一步研究其功能有可能发现肝癌发病的新机制,成为肝癌治疗的新靶点。

关键词：肝肿瘤实验性 RNA 小分子干扰基因 PNMA5

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羊驼非免疫重链单域抗体库的构建和鉴定

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现代免疫学 2011年第5期31卷 353-357页

作者：吴标王树军夏立亮季萍葛海良赵国屏王颖上海交通大学医学院上海市免疫学研究所上海200025 上海人类基因组研究中心上海市疾病与健康基因组重点实验室上海200120

本研究旨在通过构建羊驼非免疫重链单域抗体库,完成抗体库多样性的鉴定,为进一步筛选抗原特异性重链抗体奠定基础。我们从未经免疫的羊驼外周血中分离外周血单个核细胞(PBMC),抽提RNA后,用RT-PCR方法特异性扩增羊驼重链抗体可变区(VHH)... 详细信息

本研究旨在通过构建羊驼非免疫重链单域抗体库,完成抗体库多样性的鉴定,为进一步筛选抗原特异性重链抗体奠定基础。我们从未经免疫的羊驼外周血中分离外周血单个核细胞(PBMC),抽提RNA后,用RT-PCR方法特异性扩增羊驼重链抗体可变区(VHH)片段;并采用两步连接方法将重链抗体可变区片段与噬菌粒载体pCANTAB5E连接获得重组子,多次电转感受态大肠杆菌TG1后获得VHH抗体基因库;并采用稀释计数法测定抗体库库容量,随机挑取克隆测序验证抗体库多样性。结果显示,我们所构建的羊驼非免疫重链单域抗体库的库容量为1.5×109,随机克隆测序验证多样性良好,独立克隆所占比例为80%,并显示出和人源抗体较高的同源性。上述结果表明,我们已经成功构建获得大容量的羊驼非免疫重链单域抗体库,为进一步筛选抗原特异性重链抗体奠定基础。

关键词：重链单域抗体非免疫抗体库噬菌体展示羊驼

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转录组测序深度对表达基因检出及表达量估计的影响

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云南农业大学学报（自然科学版） 2014年第5期29卷 642-647页

作者：高原王翌霞张亮窦同海周雁复旦大学生命科学学院微生物学与微生物工程系上海200433 上海人类基因组研究中心上海市疾病与健康基因组学重点实验室上海201203

基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本... 详细信息

基于第二代测序技术的转录组测序(RNA-seq)是目前基因表达分析的重要手段,其测序深度与检出的表达基因数量及基因表达量准确程度直接相关。为探索转录组测序深度对基因表达分析的影响,进而为不同实验需求选择合适的测序深度提供参考,本研究采用Hiseq2000高通量测序平台完成小鼠大脑转录组的深度测序,共产出38 M有效reads。从中随机抽取总量的25%,50%,75%和全部数据模拟建成4个不同测序深度的文库,并以相对表达量RPKM值的高低将表达基因划分为5组,比较分析不同测序深度下不同组别检出表达基因个数以及基因相对表达量(RPKM)的变化。结果表明,9.5 M reads的测序深度中可检出81.55%的总编码基因,而随测序深度增加新检出表达基因的数量逐步减少。基因表达量的分析中,中高表达量基因RPKM[30,+∞)、偏低表达基因RPKM[3,30)和低表达基因RPKM[1,3)的相对表达量分别在9.5 M,19 M和28.5 M有效reads的测序深度以上的文库中趋于稳定。由此可知,研究中高表达基因时,可参考的转录组测序量为9.5 M有效reads以上,而研究低表达基因时,测序量需为19 M有效reads或更高。

关键词：高通量测序技术测序深度基因检出个数基因表达量

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胞内抗体研究进展及临床应用前景

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现代免疫学 2012年第4期32卷 343-347页

作者：吴标赵国屏王颖上海交通大学医学院上海市免疫学研究所上海200025 上海人类基因组研究中心上海市疾病与健康基因组重点实验室上海20120

胞内抗体(intracellular antibody,intrabody)是一类在细胞内表达、特异性地靶向胞内抗原以期实现对相应功能的调节甚至阻断的新型基因工程抗体。最常见的胞内抗体形式为单链抗体(ScFv)。通过相应定位信号肽序列,胞内抗体能定位于胞浆... 详细信息

胞内抗体(intracellular antibody,intrabody)是一类在细胞内表达、特异性地靶向胞内抗原以期实现对相应功能的调节甚至阻断的新型基因工程抗体。最常见的胞内抗体形式为单链抗体(ScFv)。通过相应定位信号肽序列,胞内抗体能定位于胞浆、胞核、内质网、线粒体、高尔基体、细胞膜和过氧化酶体等各种细胞器,以实现对靶标抗原的功能性调控。其应用也由早先的干扰病毒复制和抑制肿瘤生长,逐渐拓展至治疗中枢神经系统退行性疾病、自身免疫病以及抑制免疫排斥等方面。本文对胞内抗体的作用机制、筛选策略、优缺点、应用及跨膜抗体作一综述。

关键词：胞内抗体单链抗体跨膜抗体 PTD

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鳌肢动物Wnt基因家族的全基因组与进化分析

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山东农业大学学报（自然科学版） 2020年第5期51卷 792-796页

作者：梁园周雁复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200438 中国国家人类基因组中心上海市疾病与健康基因组学重点实验室上海201203

关键词：螯肢动物 Wnt基因家族全基因组进化

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肝细胞癌中转录因子E2F7对Wnt/β-catenin信号通路活性的影响

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中国生物化学与分子生物学报 2014年第6期30卷 565-570页

作者：翟杨杨卢大儒韩泽广邓庆复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室现代人类学教育部重点实验室上海200433 上海市疾病与健康基因组学实验室-省部共建国家重点实验室培育基地国家人类基因组南方研究中心上海201203

探讨肝细胞癌(HCC)中非典型性E2F家族成员E2F7在肝癌细胞生长、分化中的作用及可能涉及的分子机制.本研究运用实时荧光定量PCR检测38例原发性肝细胞癌及对应的癌旁组织中E2F7基因mRNA的表达情况;分别通过基因过表达和RNA干扰技术上调或... 详细信息

探讨肝细胞癌(HCC)中非典型性E2F家族成员E2F7在肝癌细胞生长、分化中的作用及可能涉及的分子机制.本研究运用实时荧光定量PCR检测38例原发性肝细胞癌及对应的癌旁组织中E2F7基因mRNA的表达情况;分别通过基因过表达和RNA干扰技术上调或下调E2F7基因表达,并运用实时荧光定量PCR和Western印迹检测肝癌细胞株MHCC-H中β-catenin及其靶基因cmyc的表达情况;双荧光素酶报告基因系统检测E2F7对Wnt/β-catenin信号通路活性的影响;核浆分离实验检测过表达E2F7基因对β-catenin入核的影响;免疫共沉淀实验检测异位表达E2F7与内源β-catenin的相互作用.结果显示,肝细胞癌组织中E2F7基因的表达量显著高于相应的癌旁组织(P<0.001);转录因子E2F7可与β-catenin相互作用并促进β-catenin进入细胞核.转录因子E2F7可以促进Wnt/β-catenin信号通路的活性.

关键词：转录因子E2F7 肝细胞癌 Wnt β-catenin信号通路

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