检索结果-内蒙古大学图书馆

中国水产科学 2009年第2期16卷 221-229页

作者：陆广琴欧阳珑玲周志刚上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室上海高校水产养殖学E-研究院上海201306

对海带(Laminaria japonica Aresch).雄配子体抑制消减cDNA文库进行生物信息学分析,并通过Northern印迹杂交进一步验证了雄配子体2个优先表达的基因。结果表明,(1)由627个克隆产生的618条高质量cDNA可聚类成187条非冗余序列(NRS);其中93... 详细信息

对海带(Laminaria japonica Aresch).雄配子体抑制消减cDNA文库进行生物信息学分析,并通过Northern印迹杂交进一步验证了雄配子体2个优先表达的基因。结果表明,(1)由627个克隆产生的618条高质量cDNA可聚类成187条非冗余序列(NRS);其中93条Contig由524条cDNA拼接而成,剩下的94条为Singleton(只有单条cDNA),冗余率达69.74%。(2)5条NRS因与rRNA基因相匹配而不进行分析;60条NRS与GenBank中注释蛋白基因显著匹配;122条NRS无显著匹配。(3)大部分已知功能的基因与物质和能量代谢(26.7%)、生长发育(13.3%)有关,其中与叶绿体光捕获蛋白复合体有关的基因有106条cDNA,所涉及的有lhcf6基因(62条cDNA)与fcp基因(12条cDNA)等。(4)经Northern印迹杂交证实lhcf6和fcp2个基因在处于营养生长期的雄配子体中优先表达。(5)90条Contig的总G+C含量平均值为52.58%,表明了密码子的使用对G、C有明显的倾向性;20个推测功能蛋白(1520密码子)密码子第三位碱基的使用偏好C(40.7%),其次是G(33.9%);终止密码子的使用偏好TGA(54.5%)。本研究为海带雌、雄配子体差异表达基因克隆、分析和功能基因组学等研究提供了信息。

关键词：海带配子体抑制消减杂交 cDNA 基因表达

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三角帆蚌eFCB1基因cDNA序列克隆及表达研究

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水产学报 2015年第7期39卷 962-970页

作者：祁晓翔李文娟尚朝周子睿尚攀施志仪上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室上海海洋大学上海市高校水产养殖学E-研究院

为了发掘更多三角帆蚌具有eF-hand结构域的功能基因及其蛋白质,本研究运用RACe-PCR技术,克隆得到了三角帆蚌包含eF-hand结构域钙结合蛋白1基因(eF-hand calcium-binding domain-containing protein 1,eFCB1)的c DNA全长并进行了生物信... 详细信息

为了发掘更多三角帆蚌具有eF-hand结构域的功能基因及其蛋白质,本研究运用RACe-PCR技术,克隆得到了三角帆蚌包含eF-hand结构域钙结合蛋白1基因(eF-hand calcium-binding domain-containing protein 1,eFCB1)的c DNA全长并进行了生物信息学分析;通过real-time Q-PCR技术,分析了eFCB1基因在三角帆蚌10个组织,以及内脏团、外套膜插核后不同时间点的时空表达特点。结果表明三角帆蚌eFCB1基因c DNA序列全长981 bp,ORF为531 bp,编码176个氨基酸残基,5’-UTR 239 bp和3’-UTR 211 bp。eFCB1分子式为C877H1348N238O270S10,分子量约19.9 ku,等电点为4.70,不稳定系数为62.65,属亲水蛋白。其序列无信号肽序列,存在1个跨膜区域和2个eF-hand结构域,eF-hand模块分别为DLNDDKLISPee(98-109)和DTNGDDKLDGee(129-140)。荧光定量结果显示三角帆蚌eFCB1基因在各组织中均有表达,其中在肠和鳃中表达量最高(P<0.05),外套膜中表达量显著高于内脏团(P<0.05)。eFCB1基因在插核后不同时期的外套膜和内脏团育珠部位组织中表达具有显著差异(P<0.05),在外套膜中的表达量均显著高于内脏团(P<0.05),在插核后第20天时表达量显著高于各时期(P<0.05)。研究表明,eFCB1在三角帆蚌Ca2+的吸收过程中发挥调节作用,在珍珠囊形成过程中以及珍珠形成初期具有重要功能。

关键词：三角帆蚌 eFCB1 eF-hand结构域有核珍珠基因表达

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海带配子体碳酸酐酶(CA)基因的克隆及其特征分析

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水产学报 2011年第9期35卷 1343-1353页

作者：余贞毕燕会周志刚上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海高校水产养殖E-研究院

根据海带雄配子体抑制消减cDNA文库2个长为376 bp的表达序列标签(expressedsequence tag,eST),Blastn搜索发现它们与掌状海带的碳酸酐酶(carbonic anhydrase,CA)基因序列(GenBank登录号:AJ130777)有70%的相似性,结合该eST以及掌状海带CA基因保守序列设计引物,扩增得到海带配子体CA基因部分开放阅读框(open reading frame,ORF)序列,再以此为基础设计基因特异性引物,然后利用cDNA末端快速扩增技术(rapidamplification of cDNA ends,RACe),克隆得到一条长2 804 bp的cDNA序列(GenBank登录号:JF827608),其中5’-非翻译区(untranslated region,UTR)长166 bp,3’-UTR长1 765 bp,且具有明显的polyA尾巴,ORF长873 bp。它编码一个由290个氨基酸组成的前体蛋白,预测在20 Gly-21 Val处有一个典型的信号肽酶切位点,酶切后的成熟蛋白由270个氨基酸组成,具有3个锌结合的His残基所构成的催化活性中心,其分子量为30.44 ku,等电点为5.06。无论在cDNA或者DNA序列上,雌、雄配子体CA基因都没有差异,且无内含子。Southern-blotting杂交结果显示,海带配子体CA基因为单拷贝基因。蛋白同源性搜索,发现该基因的编码蛋白与掌状海带的α-CA蛋白有87%的同源性。基于36个CA蛋白的氨基酸序列所构建的邻接(Neighbor-Joining)系统进化树显示,自海带配子体中所克隆的CA基因位于α-CA蛋白所组成的一支,推测它可能为α-型,因而不在线粒体中起作用。实时荧光定量PCR(quantitativereal-time PCR,Q-RT-PCR)结果表明,在增加CO2浓度的条件下,CA基因在海带雌、雄配子体中的日表达量均较未增加的条件下有所增加,由此推测该CA基因不属于胞外CA;基于海带配子体CA蛋白仅具有一个信号肽,可以推测它是定位于叶绿体外膜上,以泵的方式为叶绿体光合作用提供充足的CO2。

关键词：海带配子体碳酸酐酶基因克隆荧光定量RCR

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缺刻缘绿藻总RNA提取方法的比较研究

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华北农学报 2008年第B10期23卷 103-106页

作者：杜道海周志刚上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室上海高校水产养殖学E-研究院上海200090

为了获得高质量的缺刻缘绿藻总RNA,采用CTAB法、TRIzol法和RNAplant法3种方法对该藻总RNA的提取效果进行比较分析。结果表明,采用CTAB法提取获得的总RNA产率最高,但因可能含有较多的蛋白质、多糖等杂质使得纯度最低;TRIzol法提取的总RN... 详细信息

为了获得高质量的缺刻缘绿藻总RNA,采用CTAB法、TRIzol法和RNAplant法3种方法对该藻总RNA的提取效果进行比较分析。结果表明,采用CTAB法提取获得的总RNA产率最高,但因可能含有较多的蛋白质、多糖等杂质使得纯度最低;TRIzol法提取的总RNA纯度较CTAB法稍高,但产率最低,且仍含有DNA带;RNAplant法提取的总RNA电泳图清晰,OD260nm/OD280nm值为2.0,高于前2种方法,产率在2种方法之间,表明RNAplant法更适于缺刻缘绿藻总RNA的提取。对后者提取的总RNA,经反转录合成的cDNA产物大小在500 bp^2 kb,并能通过RT-PCR获得18 SrRNA基因的特异性片段,进一步说明利用RNAplant法可为基因克隆、表达分析等后续研究提供高质量的RNA。

关键词：缺刻缘绿藻 RNA提取反转录聚合酶链式反应

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中华绒螯蟹和罗氏沼虾cyclin B蛋白的原核表达、抗体制备及其鉴定

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中国水产科学 2011年第4期18卷 713-719页

作者：冯海洋邱高峰上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海高校水产养殖学E-研究院上海201306

从中华绒螯蟹(eriocheir sinensis)和罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)卵巢cDNA中克隆了cyclin B基因的开放阅读框,分别连接到pGeX-2T和peT-32a表达载体,转化大肠杆菌BL21(De3),经IPTG诱导表达重组蛋白GST-esCB和Trx-MrCB。通过优化培养温度、IPTG浓度以及诱导时间,得出重组蛋白的最佳表达条件分别为:0.1 mmol/L IPTG、37℃、4 h和0.1 mmol/L IPTG、30℃、6 h。重组蛋白主要以包涵体形式存在。亲和层析纯化重组蛋白,作为抗原免疫家兔,制备GST-esCB和Trx-MrCB多克隆抗体。eLISA检测抗体效价均高达1∶80 000,Western blot鉴定该抗体能特异性识别重组蛋白,而且均能够从卵巢总蛋白中检测到cyclin B蛋白。在中华绒螯蟹未成熟卵巢中cyclin B蛋白出现2种亚型,在罗氏沼虾未成熟卵巢中只有1种亚型,推测虾和蟹cyclin B蛋白调控卵母细胞成熟的分子机制不同。本研究制备了cyclin B抗体,旨为在蛋白水平研究cyclin B在卵母细胞成熟过程中的作用机制提供基础条件。

关键词：中华绒螯蟹罗氏沼虾 cyclinB多克隆抗体原核表达卵母细胞成熟

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光对海带雌、雄配子体lhcf5和lhcf6基因相对转录量的影响

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中国水产科学 2009年第6期16卷 850-858页

作者：邹丹燕毕燕会周志刚上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海高校水产养殖学E-研究院上海201306

利用实时荧光定量PCR(Q-RT-PCR)方法分析了在不同光照强度、光质及有利于配子产生的条件下,lhcf5和lhcf6基因在海带(Laminaria japonica)雌、雄配子体中转录量的变化。不同光照强度条件下(光源为白光),lhcf5和lhcf6基因在黑暗中接近不转... 详细信息

利用实时荧光定量PCR(Q-RT-PCR)方法分析了在不同光照强度、光质及有利于配子产生的条件下,lhcf5和lhcf6基因在海带(Laminaria japonica)雌、雄配子体中转录量的变化。不同光照强度条件下(光源为白光),lhcf5和lhcf6基因在黑暗中接近不转录;雌配子体在光照强度40μmol·m-2·s-1时转录量最高,而雄配子体的最高转录量出现在80μmol·m-2·s-1的光照强度处;高于此光照强度,2个基因的转录量都会随光照强度增加而降低。相对于同强度的白光来说,红光照射无论是短时间(3d)还是长时间(7d),都会促进2个基因的相对转录水平;蓝光对雌配子体中2个基因转录的促进作用不明显,而对它们在雄配子体中的转录有一定的促进作用。将海带配子体从营养生长转至有利于配子发生的条件下,雌、雄配子体lhcf5和lhcf6基因在第1天的转录量都明显增加;雌配子体在第4天以及第12天(lhcf6)或第14天(lhcf5)均显著增加,第6天及第10天接近不转录;雄配子体在第8天及第14天增加,第10天也近似不转录;发育阶段其他时间内的转录量都低于营养生长期的。结果表明,海带配子体lhcf5和lhcf6的转录受光诱导,其中红光的促进作用最明显;其转录可能因有利于配子体细胞叶绿体结构的完善及物质与能量的积累而利于细胞分裂与营养生长。

关键词：海带配子体 lhcf基因光照强度光质转录量

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三角帆蚌内脏团不同插核部位对机体生理代谢的影响

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水生生物学报 2013年第6期37卷 1085-1093页

作者：黄凯施志仪李文娟李倩上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室上海201306 上海海洋大学上海市高校水产养殖学E-研究院上海201306

研究旨在探明内脏团不同插核部位对三角帆蚌机体生理代谢的影响。试验选取2龄三角帆蚌180只,随机分成5个实验组和1个对照组,实验组按内脏团5个部位(Ⅰ.斧足内脏团前端;Ⅱ.斧足内脏团中部;Ⅲ.近生殖腺部;Ⅳ.近胃部;Ⅴ.近肾部)进行插核,... 详细信息

研究旨在探明内脏团不同插核部位对三角帆蚌机体生理代谢的影响。试验选取2龄三角帆蚌180只,随机分成5个实验组和1个对照组,实验组按内脏团5个部位(Ⅰ.斧足内脏团前端;Ⅱ.斧足内脏团中部;Ⅲ.近生殖腺部;Ⅳ.近胃部;Ⅴ.近肾部)进行插核,并分别在插核后第5、10、20、50天(thd)采集蚌体淋巴血样,检测机体的尿酸及肝、肾生理指标的变化,以及插核对珍珠质沉积相关的钙含量和碱性磷酸酶活力的影响。结果表明:(1)与对照组相比,插核手术处理的蚌体与对照组机体生理指标有显著差异(P<0.05)。(2)5个插核组试验蚌术后5—20thd尿酸含量显著高于50thd时(P<0.05),且Ⅴ组尿酸含量在10—50thd显著高于其余各组。(3)各插核组尿素氮、肌酐含量5thd时均显著高于50thd(P<0.05),其中Ⅰ、Ⅲ组20—50thd无显著变化,Ⅴ组的尿素氮含量除5thd外,其余各个时期均显著高于其他各组(P<0.05)。(4)Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组谷丙和谷草转氨酶活性在20thd前均显著低于50thd时(P<0.05),Ⅳ组谷丙和谷草转氨酶活力除了10thd外,均显著高于其余插核组,Ⅴ组的谷丙和谷草转氨酶活力,在20thd之后均仅次于Ⅳ组,并显著高于Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组。(5)Ⅰ组插核后10thd血液钙含量显著低于5thd时,10—50thd间无显著变化;Ⅱ、Ⅲ组血液钙含量变化呈先增大后降低的趋势,在20thd达到峰值;Ⅳ组血液钙含量随着试验期的延长显著降低,Ⅴ组血液钙含量10、50thd时显著高于其余4组。Ⅱ、Ⅲ组碱性磷酸酶活力无显著变化,Ⅰ、Ⅳ组显著降低(P<0.05),而Ⅴ组在5—20thd显著升高,20—50thd显著降低,20thd时出现峰值。研究结果显示,三角帆蚌内脏团插核后20d内机体各生理指标显著变化,之后趋于稳定,表明其术后20d可能是机体损伤的修复和功能恢复以及钙性磷酸酶含量逐步稳定的关键时期。

关键词：三角帆蚌内脏团插核生理代谢钙含量碱性磷酸酶

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三角帆蚌外套膜细胞体外培养优化及体内植入培养对细胞生长的影响

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中国水产科学 2014年第2期21卷 225-234页

作者：李倩施志仪李文娟黄凯祁晓翔上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室上海201306 上海市高校水产养殖学E-研究院上海海洋大学上海201306

以DMeM为基础培养基,通过优化改良培养基及缓冲液的配方,对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii Lea)外套膜进行细胞培养,并且以显微观测、RNA/DNA的比值作为该细胞增殖的评价指标,分别对体外培养细胞的迁出时间、速度、数量以及增殖活力进行... 详细信息

以DMeM为基础培养基,通过优化改良培养基及缓冲液的配方,对三角帆蚌(Hyriopsis cumingii Lea)外套膜进行细胞培养,并且以显微观测、RNA/DNA的比值作为该细胞增殖的评价指标,分别对体外培养细胞的迁出时间、速度、数量以及增殖活力进行测定。分别取体外培养第24、108、120小时的细胞进行Hoechst DNA荧光标记,然后将3组标记细胞植入三角帆蚌外套膜中在蚌体内培养,在植入后第24、72、120、168、216小时运用RNA/DNA指标检测活体培养的细胞增殖活力。结果表明,经过优化后的缓冲液和培养基更有利于细胞从外套膜组织中迁出,迁出速度和细胞数量显著增加(P<0.05),且细胞的活力随着培养时间的延长而逐渐增大,培养至108 h时,细胞活力达到最大,RNA/DNA比值为24.53,在108 h后显著下降(P<0.05),显微观测的细胞生长状况与RNA/DNA指标测定相吻合。对体外培养的细胞植入蚌体外套膜中再进行培养时发现,对体外培养活力较好的细胞,活体内环境可增大细胞的活力,RNA/DNA比值最高达到25.45,但在活体培养168 h后活力显著下降(P<0.05);而对体外培养活力较差的细胞,活体内环境对细胞活力影响不显著(P>0.05)。本研究旨在为三角帆蚌外套膜细胞增殖的深入研究及建株提供基础性资料。

关键词：三角帆蚌外套膜细胞培养组织培养 RNA DNA活力检测淡水珍珠

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海带lhcf4基因克隆和配子体差异表达研究

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华北农学报 2011年第6期26卷 41-49页

作者：毕燕会周志刚上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海高校水产养殖学E-研究院上海201306

根据糖海带(Laminaria saccharina)光捕获蛋白基因lhcf4的cDNA全长序列(GenBank登录号:AF226860)设计引物,通过RT-PCR方法获得海带(Saccharina japonica)配子体lhcf4基因的cDNA全长序列,共1 042 bp,编码一个含218个氨基酸的前体蛋白LHCF4,推测分子量为23.11 kDa,等电点为5.36。与其同源基因相似度分析表明,lhcf基因的开放阅读框(Open reading frame,ORF)在家族内及物种间高度保守,变异主要发生在非翻译区(Untranslated re-gion,UTR)。预测LHCF4成熟蛋白三级结构存在4个α螺旋区,其中第一、三螺旋较长,形成跨膜螺旋,第二个螺旋相对较短,完全镶嵌在膜中,另外一个为短螺旋,位于类囊体膜-类囊体腔界面上。杂色藻类、绿藻及豌豆光捕获蛋白氨基酸多序列比对显示叶绿素a结合位点及盐桥形成氨基酸残基在植物进化中高度保守;将预测的海带LHCF4蛋白3D结构与豌豆X-衍射晶体结构进行空间重叠,获得了结合在LHCF4蛋白上的5个叶绿素a的空间分布。Neighbor-joining分子进化树显示原绿球藻、绿藻和杂色藻类的光捕获蛋白基因是三个独立进化的系统,共同起源于蓝细菌的只结合叶绿素a的光捕获蛋白;海带lhcf4基因与糖海带lhcf4及巨藻的fcpb基因为直系同源;糖海带lhcf4、lhcf7及lhcF1基因为旁系同源。实时荧光定量PCR结果证实lhcf4基因具有雌、雄配子体差异表达特征。

关键词：海带配子体 lhcf4 基因克隆序列分析差异表达

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三角帆蚌内脏团不同部位插核育珠对珍珠囊形成的影响

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中国水产科学 2014年第6期21卷 1098-1107页

作者：李文娟黄凯李倩祁晓翔尚朝周子睿付元帅施志仪上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室上海201306 上海市高校水产养殖学E-研究院上海海洋大学上海201306

对三角帆蚌(Hyriopsis comingii)内脏团不同部位进行插核,研究各组珍珠囊形成、结构以及珍珠质沉积的差异,从而确定出有利于珍珠形成的插核核位。实验选取内脏团5个部位(I:斧足内脏团前端;II:斧足内脏团中部;III:近生殖腺部;IV:近胃部;V... 详细信息

对三角帆蚌(Hyriopsis comingii)内脏团不同部位进行插核,研究各组珍珠囊形成、结构以及珍珠质沉积的差异,从而确定出有利于珍珠形成的插核核位。实验选取内脏团5个部位(I:斧足内脏团前端;II:斧足内脏团中部;III:近生殖腺部;IV:近胃部;V:近肾部)进行插核,并分别在插核后第20、50、90、150天(thd)采集内脏团插核部位进行组织固定,利用石蜡切片、He染色研究不同插核部位珍珠囊结构及珍珠质沉积情况。结果表明:(1)插核施术后20 d,II组插核位点最早形成单层低柱状上皮细胞,为次生珍珠囊;(2)插核施术后50 d,I、II、III组均形成了珍珠囊上皮细胞,而IV、V组插核位点未出现类似的柱状细胞。其中II、III组珍珠囊上皮细胞前端含有大量体积较大的颗粒物;(3)插核施术后90 d,I、III组珍珠囊细胞间出现大量细胞间隙,I、II组珍珠囊表皮细胞具有多核现象的细胞数量增多,且II、III组上皮细胞中颗粒物数量增多,而IV、V组插核位点形成了复层扁平上皮细胞;(4)插核施术后150 d,I、III组珍珠囊内表皮细胞间隙变少。II组珍珠囊上皮细胞游离端存在大量的微绒毛,其与III组相似,珍珠囊上皮细胞细胞核明显增多,颗粒物减少。该时期,IV组在插核位点上形成了不连续的低柱细胞、V组插核位点仍未出现珍珠囊细胞。(5)三角帆蚌在插核术后养殖150 d后,I、II、III组珠核表面出现明显的珍珠质沉积,II、III组珍珠质沉积均匀,I组不均匀,并且II组沉积的珍珠层厚度(0.85 mm±0.06 mm)显著大于I、III组(P<0.05;0.62mm±0.07 mm,0.56 mm±0.03 mm),而IV、V组珠核表面没有珍珠质沉积。研究结果表明,三角帆蚌内脏团不同插核部位珍珠囊上皮细胞的形成存在明显差异,斧足–内脏团前端、斧足–内脏团中部以及近生殖腺部插核能形成完整的珍珠囊结构并沉积珍珠质,其中斧足–内脏团中部插核更有利于珍珠的生长。本研究旨为淡水珍珠贝的内脏团育珠研究工作提供实践基础和理论依据。

关键词：三角帆蚌内脏团插核珍珠囊珍珠质

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