检索结果-内蒙古大学图书馆

水产学报 2018年第5期42卷 720-732页

作者：罗衡赵良杰李丰郭海松沈竑刘其根上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室信阳农林学院河南省渔业生物工程技术研究中心上海市沐雨生态农庄

农业—水产复合生产体系(integrated agri-aquaculture system,IAAS)因其具有良好的生态环境效应及能生产满足市场对食品安全需求的绿色稻米而成为了农业可持续发展的主要方向之一。了解这种农水复合系统中土壤细菌群落结构特征对于种... 详细信息

农业—水产复合生产体系(integrated agri-aquaculture system,IAAS)因其具有良好的生态环境效应及能生产满足市场对食品安全需求的绿色稻米而成为了农业可持续发展的主要方向之一。了解这种农水复合系统中土壤细菌群落结构特征对于种养工艺的改进和生态调控的实现具有重要意义。实验采用高通量测序技术比较稻鳖共作(R-T)和稻田单作(R-M)2种模式下稻田表层和根系土壤微生物的群落结构,旨在为稻鳖种养生态学积累资料和为稻鳖综合种养的生产技术优化提供理论依据。高通量测序结果显示,两种模式下稻田表层及根系土壤中主要细菌门类为变形菌门、酸杆菌门、拟杆菌门、硝化螺旋菌门和绿弯菌门。与R-M相比,R-T表层土壤中绿弯菌门、硝化螺旋菌门和酸杆菌门的相对丰度增加,变形菌门和拟杆菌门的相对丰度减少;而其根系土壤硝化螺旋菌门、拟杆菌门和变形菌门的相对丰度增加,绿弯菌门和酸杆菌门的相对丰度减少。主要优势菌属为酸杆菌属、亚硝化单胞菌属、硝化螺旋菌属、地杆菌属、芽单胞菌属、黄单胞菌属6类。其中亚硝化单胞菌属、硝化螺旋菌属、芽单胞菌属和酸杆菌属在两种模式的表层土壤中的相对丰度存在显著差异;硝化螺旋菌属和地杆菌属在根系土壤中的相对丰度存在显著差异。引入养殖鳖(R-T)后,稻田根系和表层土壤的细菌Chao指数及Shannon指数均增加。PCA以及聚类分析结果显示,养殖鳖引入后,稻田表层土壤的细菌群落结构产生明显变化,同时也在一定程度上对水稻根系的菌群产生了影响。研究初步揭示了稻鳖共作复合生态系统优于稻田单作系统的微生物生态基础。

关键词：稻鳖共作稻田土壤群落结构 16S rDNA 高通量测序

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稻田养殖沙塘鳢对稻田水体及底泥微生物群落结构及多样性的影响

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淡水渔业 2017年第4期47卷 8-14页

作者：赵翔刚罗衡刘其根赵良杰蔡林荣戴亮亮张真上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海201306

为了研究养殖沙塘鳢(Odontobutis obscurus)对稻田水体及底泥的微生物群落结构及多样性的影响,2015年于浙江海盐江南四阡现代农业公司进行了沙塘鳢的稻田养殖实验,利用DGGE(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术对养殖过程中... 详细信息

为了研究养殖沙塘鳢(Odontobutis obscurus)对稻田水体及底泥的微生物群落结构及多样性的影响,2015年于浙江海盐江南四阡现代农业公司进行了沙塘鳢的稻田养殖实验,利用DGGE(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术对养殖过程中的稻田水体及底泥中细菌的16S r DNA片段进行指纹图谱分析。DGGE条带测序分析结果显示:稻田水体及底泥共检测到包括α-变形菌亚门(Alphaproteobacteria)、β-变形菌亚门(Betaproteobacteria)、γ-变形菌亚门(Gammaproteobacteria)、δ-变形菌亚门(Deltaproteobacteria)、ε-变形菌亚门(Epsilonproteobacteria)、绿菌门(Chlorobi)、酸杆菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)等细菌门类。多样性分析结果显示,养殖沙塘鳢的稻田底泥微生物DGGE条带数多于常规养殖稻田,养殖稻田的底泥Shannon多样性指数2.86,显著高于常规稻田的2.27,同时养殖稻田养殖沟底泥的Shannon多样性指数随养殖时间由2.56变化到2.16。PCA(Principal Component Analysis)及DGGE聚类分析结果显示,养殖稻田的水体及底泥微生物群落结构与常规稻田存在较大差异。结果表明,稻田养殖环境的微生态条件可能优于常规稻田。

关键词：稻田养鱼 DGGE 沙塘鳢(Odontobutis obscurus)

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鲢鳙放养对水体微生物碳源利用影响的围隔试验

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淡水渔业 2017年第1期47卷 84-90页

作者：刘其根孙宇赵良杰吴杰洋张真胡忠军上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海201306

利用Biolog技术就滆湖原位围隔内鲢鳙放养密度和比例对水体微生物碳源利用的影响进行了研究。结果显示,在试验阶段后期不同围隔内水体微生物对碳源总量的利用相对于试验中期有较明显的变化。未放养鲢鳙的对照组(A0)在试验后期对于碳源... 详细信息

利用Biolog技术就滆湖原位围隔内鲢鳙放养密度和比例对水体微生物碳源利用的影响进行了研究。结果显示,在试验阶段后期不同围隔内水体微生物对碳源总量的利用相对于试验中期有较明显的变化。未放养鲢鳙的对照组(A0)在试验后期对于碳源总量的利用低于各实验组(A_1:鱼密度40 g/m^3、鲢鳙比7∶3;A_2∶40 g/m^3、3∶7、A_3∶80 g/m^3、7∶3和A_4∶80 g/m^3、3∶7)。试验中期和后期,利用比例较高的碳源类型均为聚合物。主成分分析表明,试验后期不同围隔水体微生物群落碳代谢方式具有显著差异。其中,与主成分1显著相关的碳源主要有16种,分别属于聚合物、糖类、羧酸、氨基酸。实验中期和后期围隔水体微生物碳代谢多样性指数Shannon物种多样性指数、丰富度指数和Pielou均匀度指数均存在显著差异,代谢多样性指数最高的是实验组A1,实验组A4碳代谢多样性指数相对较低。根据鳙的绝对生物量、多样性指标以及对碳源的总量利用,可以得出以鲢鳙主导的微型生态系统中,鳙的绝对生物量对于水体微生物影响更加显著。

关键词：鲢鳙围隔微生物群落功能多样性 Biolog

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两种拼接方法在瓯江彩鲤转录组研究中的适用性比较

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上海海洋大学学报 2017年第5期26卷 666-673页

作者：陈晓雯王军岳武成杜金星王成辉上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点开放实验室上海201306

以瓯江彩鲤(Cyprinus carpio ***)为研究对象,探讨了目前两种常用的转录组拼接方法在鲤的不同品种/品系转录组研究上的适用性。结果表明,在转录组拼接和注释方面,基于序列比对优先策略(Cufflinks软件)拼接的转录组序列平均长度为1 545 ... 详细信息

以瓯江彩鲤(Cyprinus carpio ***)为研究对象,探讨了目前两种常用的转录组拼接方法在鲤的不同品种/品系转录组研究上的适用性。结果表明,在转录组拼接和注释方面,基于序列比对优先策略(Cufflinks软件)拼接的转录组序列平均长度为1 545 bp,注释77 601个转录本;基于从头拼接策略(Trinity软件)拼接的转录组序列平均长度为979 bp,注释转录本数为69 406个。在基因结构和选择性剪切预测方面,Cufflinks软件所拼接的转录组,每个基因平均含有3个转录本数目,而对于Trinity版本转录组,每个基因平均含有4个转录本(P<0.001)。经比较发现Cufflinks版本转录组预测的基因结构较Trinity版本更加准确。因此,与从头拼接策略相比,序列比对优先策略所拼接的瓯江彩鲤转录本序列长度更长、注释的基因数目更多,且在基因结构和选择性剪切预测方面更为准确,适用于后续与功能基因表达相关的功能研究;相反,从头拼接策略拼接的转录组更易得到瓯江彩鲤的特异基因序列,对于后续需要利用瓯江彩鲤特异基因序列进行分子进化相关的研究非常重要。本文的研究结果为根据不同的实验目的合理地选用相应的转录组拼接方法提供了依据,也为其他鱼类转录组学研究提供了借鉴。

关键词：转录组瓯江彩鲤拼接方法序列比对优先从头拼接

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基于DNA条形码技术的永暑礁泻湖鱼卵鉴定研究

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淡水渔业 2018年第2期48卷 51-57页

作者：吴娜张楠曹明郭华阳朱克诚杨静文江世贵张殿昌中国水产科学研究院南海水产研究所农业部南海渔业资源开发利用重点实验室广东省渔业生态环境重点开放实验室广州510300 上海海洋大学水产与生命学院上海201306 广东省渔业种质保护中心广州510300

为了解南海珊瑚礁鱼类的产卵时间、产卵地点和种类分布,本研究以南海永暑礁泻湖鱼卵为研究对象,根据形态学特征和DNA条形码序列信息对其进行种属鉴定分析。71个鱼卵样品根据形态学特征分为圆形和椭圆形2种类型,圆形鱼卵44个,椭圆形鱼卵2... 详细信息

为了解南海珊瑚礁鱼类的产卵时间、产卵地点和种类分布,本研究以南海永暑礁泻湖鱼卵为研究对象,根据形态学特征和DNA条形码序列信息对其进行种属鉴定分析。71个鱼卵样品根据形态学特征分为圆形和椭圆形2种类型,圆形鱼卵44个,椭圆形鱼卵27个。利用DNA条形码技术扩增测序获得了30个鱼卵样品的线粒体COI条形码序列,经BOLD数据库比对分析显示30个鱼卵样品均可鉴定到种,分属于1个目,7个科,13个种。双斑栉齿刺尾鱼有10个鱼卵,白尾栉齿刺尾鱼有4个鱼卵,为该海域的优势种类,其余各种类均为1~2个鱼卵。根据线粒体COI序列计算种内的K2P(Kimura-2-parameter)遗传距离为0.002,同一个属种间的遗传距离为0.004~0.132,而同一个科不同属间的遗传距离为0.117~0.185。该研究结果表明DNA条形码技术可以作为鉴定南沙群岛珊瑚礁海域鱼卵的有效方法,能被广泛应用于南沙群岛珊瑚海区域鱼卵和仔稚鱼的鉴定工作。

关键词：南沙群岛珊瑚礁鱼卵线粒体COI DNA条形码

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从课堂教学渠道融入“课程思政”教育理念--以《普通动物学》为例

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教育教学论坛 2018年第29期 203-204页

作者：陈立婧刘至治陈桃英姜佳枚王军唐文乔水产科学国家级实验教学示范中心农业部淡水水产种质资源与利用重点开放实验室水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心上海海洋大学上海201306

《普通动物学》是重要的专业核心课,也是校级课程思政重点建设项目之一。为更好地发挥思想政治理论课的主渠道作用,我们在确保思政理论课在高校思政教育中的核心位置的同时,也应让各类课程都能充分发挥育人功能,与思想政治理论课同向同行。

关键词：课堂教学普通动物学课程思政

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水产养殖专业“水生生物资源与环境调查”实习的改革

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教育教学论坛 2018年第24期 28-29页

作者：陈立婧刘其根胡忠军白志毅黄旭雄水产科学国家级实验教学示范中心、农业部淡水水产种质资源与利用重点开放实验室水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心、上海海洋大学上海201306

《水生生物资源与环境调查》是重要的专业必修课,也是重要的实践实训环节之一。在水产养殖学科不断发展和树立以生为本教育观的推进下,该实习的改革势在必行。

关键词：水生生物资源与环境调查实习水产养殖实践实训环节

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饲料中添加裂殖壶菌粉对凡纳滨对虾脂质沉积和血清生化成分的影响

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水生生物学报 2016年第2期40卷 225-234页

作者：钟国防焦建刚华雪铭李玲玉刘嘉航上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海201306

以健康的凡纳滨对虾(Litopenaeus Vannamei)[初重(5.81±0.24)g]为研究对象,研究裂殖壶菌粉(Extractedand-dried microfungi Schizochytrium sp.,EDMS)对凡纳滨对虾脂质转运、沉积以及血清生化成分的影响。在饲料中分别添加0、0.5%、1.0%、1.5%和2.0%的裂殖壶菌粉,制成5组(基础组、EMDS05、EMDS10、EMDS15、EMDS20)等氮等能饲料。将750尾健康的凡纳滨对虾随机分成5组(为每组3个平行,每个平行45尾虾),养殖时间45d。结果表明,随着饲料中DHA水平的提高,肌肉中水分、粗脂肪和粗蛋白质含量均无显著改变(P>0.05),但灰分随着添加量的增加呈现上升趋势,且EMDS20组显著高于基础组和EMDS05组(P<0.05);肌肉和肝胰脏中高不饱和脂肪酸(HUFA)含量显著升高(P<0.05),血清总甘油三酯(TG)含量显著升高(P<0.05),总胆固醇(TC)含量保持稳定(P>0.05),EDMS15组高/低密度脂蛋白(HDL/LDL)显著高于其他各组(P<0.05);超氧化物歧化酶(SOD)呈现先下降后升高的趋势,其中EMDS10组(1.0%添加组)显著低于其他各组(P<0.05);丙二醛(MDA)含量显著升高(P<0.05)。综上所述,饲料中添加EDMS促进了凡纳滨对虾肌肉中n-3 HUFA的沉积,同时也提高了虾体脂质过氧化压力。

关键词：凡纳滨对虾裂殖壶菌高不饱和脂肪酸脂质过氧化

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4种豆粕替代鱼粉对大黄鱼生长、抗氧化及抗菌能力的影响

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海洋渔业 2016年第5期38卷 495-506页

作者：吴钊陈乃松华雪铭黄旭雄陈晓明王坛王刚朱伟星孔纯上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海201306

分别用9种等氮等能的饲料投喂初始体质量为（34.72±0.28）g的大黄鱼（Pseudosciaena crocea）。其中1组投喂对照饲料（含50%鱼粉,不含豆粕）,另外8个试验组分别投饲由去皮豆粕（DSM）、酶解豆粕（ESM）、发酵豆粕Ⅰ（FSMⅠ）和发... 详细信息

分别用9种等氮等能的饲料投喂初始体质量为（34.72±0.28）g的大黄鱼（Pseudosciaena crocea）。其中1组投喂对照饲料（含50%鱼粉,不含豆粕）,另外8个试验组分别投饲由去皮豆粕（DSM）、酶解豆粕（ESM）、发酵豆粕Ⅰ（FSMⅠ）和发酵豆粕Ⅱ（FSMⅡ）替代20%和40%的鱼粉的饲料,9组分别命名为FM、DSM20、DSM40、ESM20、ESM40、FSMⅠ20、FSMⅠ40、FSMⅡ20、FSMⅡ40。在海水浮式网箱中进行7周的养殖实验后,评定4种豆粕替代鱼粉的可行性及适宜替代水平。结果显示,试验组与对照组鱼存活率和特定生长率无显著差异（P〉0.05）。血清生化指标显示,FM组和FSMⅡ20组超氧化物歧化酶（SOD）活性显著高于其它试验组（P〈0.05）,FM、DSM20、FSMⅠ40、FSMⅡ20组过氧化氢酶（CAT）活性显著高于DSM40、ESM20、ESM40及FSMⅠ20组（P〈0.05）,不同试验组的丙二醛（MDA）含量均不同程度高于对照组。酶解豆粕替代40%鱼粉导致实验鱼的血清对哈维氏弧菌的抵抗能力下降,去皮豆粕替代20%鱼粉导致血清对溶藻弧菌抵抗能力下降;但发酵豆粕不影响血清及黏液对3种菌的抵抗能力。研究表明,以特定生长率、饲料转化率和抗菌能力为评价指标,发酵豆粕是鱼粉的最佳替代源,发酵豆粕Ⅰ和Ⅱ均能替代20%～40%的鱼粉,但存在抗氧化能力下降的风险,尤其是发酵豆粕Ⅰ40%替代组;去皮豆粕和酶解豆粕替代鱼粉在抗菌能力和抗氧化能力方面无优势。

关键词：大黄鱼鱼粉豆粕抗氧化能力抗菌能力

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海带配子体45S rRNA及5S rRNA基因的定位与遗传连锁性初步分析

海带配子体45S rRNA及5S rRNA基因的定位与遗传连锁性初步分析

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上海市细胞生物学学会第九届一次会员代表大会暨第十三届CST细胞生物学青年论坛

作者：刘宇上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海201306 上海高校水产养殖E-研究院上海 201306

大型经济海藻海带染色体非常小(0.57-2.61 μm)且形态相似,致使难以区分染色体并进行准确的细胞遗传学研究分析,因此相关研究工作非常重要的同时又异常困难.本研究基于海带核糖体基因序列特征分析基础上,利用双色荧光原位杂交(FISH)技术... 详细信息

大型经济海藻海带染色体非常小(0.57-2.61 μm)且形态相似,致使难以区分染色体并进行准确的细胞遗传学研究分析,因此相关研究工作非常重要的同时又异常困难.本研究基于海带核糖体基因序列特征分析基础上,利用双色荧光原位杂交(FISH)技术,将海带18S-5.8S-25Sr RNA与5Sr RNA基因分别用带有特定不同荧光碱基的生物素标记定位到配子体染色体上,通过DNA特异性荧光染料DAPI染色,在荧光显微镜不同波长激发光下,得到呈现两种特定不同颜色(红、绿)标记的荧光信号,结果显示,18S-5.8S-25S rDNA基因(红色)探针与5S rDNA基因(绿色)探针都只出现了一个杂交位点,分别定位于海带配子体第23号染色体和27号染色体上,其中通过高保真酶PCR方法表明18S-5.8S-25S rDNA与5S rDNA并不存在遗传连锁现象,而双色荧光原位杂交结果再一次证明了海带配子体18S-5.8S-25S rDNA与5S rDNA并没有遗传连锁性.据目前研究表明,这是第一次利用双色荧光原位杂交技术关于藻类研究中海带rDNA染色体定位的报道,这些数据有助于了解rRNA基因在海带配子体基因组中的定位情况,并对未来海带染色体核型分析以及系统遗传发育研究奠定研究基础.

关键词： FISH 18S-5.8S-25S rDNA 5S rDNA 遗传连锁性

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