检索结果-内蒙古大学图书馆

广东农业科学 2024年第4期51卷 65-78页

作者：吉钰陈再忠温彬高建忠上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室/水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室/上海水产养殖工程技术研究中心/水产科学国家级实验教学示范中心上海201306

【目的】研究七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)的遗传多样性,分析野生型和两种人工选育蓝色群体的亲缘关系和遗传差异,获得与体色形成相关的候选基因组区域及位点,同时为七彩神仙鱼分类系统的制订提供参考。【方法】对9尾野生型(... 详细信息

【目的】研究七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)的遗传多样性,分析野生型和两种人工选育蓝色群体的亲缘关系和遗传差异,获得与体色形成相关的候选基因组区域及位点,同时为七彩神仙鱼分类系统的制订提供参考。【方法】对9尾野生型(WF)、8尾全蓝型(BF)和10尾白化蓝型(ABF)七彩神仙鱼个体进行全基因组重测序,获得单核苷酸多态性(SNP)位点,计算群体遗传多样性指标,分析群体遗传结构,进行群体间的选择消除分析。考虑SNP注释和突变率,结合PCR和Sanger测序,验证候选SNP。【结果】在3个七彩神仙鱼群体中共鉴定出1360293个SNP,PIC、Pi、Ho、He表明,野生型、全蓝型和白化蓝型的遗传多样性递减,选育群体的杂合度很低。系统发育进化树、群体结构分析和多态性位点主成分分析结果均显示,3个群体之间相互独立,且群体内部聚集明显。连锁不平衡衰减分析结果表明,白化蓝型群体承受着巨大的选择压力,其次是全蓝型群体。基于群体分化指数F_(ST)和Pi进行选择消除分析,结果表明,全蓝型群体的第3、12、13、18、20号染色体和白化蓝型群体的第1、16、18、19号染色体的较大区域内存在强烈的选择信号。在全蓝型群体和白化蓝型群体中分别鉴定出13个和9个候选SNP。【结论】3个七彩神仙鱼群体的遗传多样性较低,遗传关系显示出与人工选育进程的一致性。USP43、FGFR2、DENND4、MLL1基因可能与七彩神仙鱼体色形成密切相关。

关键词：七彩神仙鱼群体遗传学遗传多样性单核苷酸多态性(SNP) 选择消除分析

来源：评论

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神仙鱼透明鳃盖转录组解析

引用

广东农业科学 2024年第4期51卷 54-64页

作者：张纬宇陈再忠温彬高建忠上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室/水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室/上海水产养殖工程技术研究中心/水产科学国家级实验教学示范中心上海201306

【目的】神仙鱼透明性状具有很高的经济价值和科研价值。探究神仙鱼透明鳃盖(Transparent gill cover,TGC)和不透明鳃盖(Opaque gill cover,OGC)之间的差异表达基因(Differential expression genes,DEG),并挖掘影响神仙鱼透明鳃盖性状... 详细信息

【目的】神仙鱼透明性状具有很高的经济价值和科研价值。探究神仙鱼透明鳃盖(Transparent gill cover,TGC)和不透明鳃盖(Opaque gill cover,OGC)之间的差异表达基因(Differential expression genes,DEG),并挖掘影响神仙鱼透明鳃盖性状的相关信号通路,可为后续筛选调控神仙鱼透明鳃盖性状的关键基因并开展相关机制研究提供理论基础。【方法】选取红顶三色品系神仙鱼的鳃盖组织为研究材料,OGC和TGC各选取6个样本。基于Illumina Novaseq 6000测序平台进行转录组学测序,利用Fastp对原始测序数据进行质控,利用Trinity软件对质控后的数据进行从头组装获得转录本(Transcript)和对应的单基因(Unigene),利用CD-HIT软件和BUSCO软件分别对初始组装序列进行去冗余分析和结果评估。去冗余后的Unigene基于序列同源性进行功能注释。利用RSEM软件计算每个样本中Unigene的表达量。使用DESeq2软件计算OGC和TGC之间的DEG。使用Goatools软件和KOBAS软件对DEG分别进行GO和KEGG通路富集分析。【结果】(1)测序数据质控后每个样本测序碱基平均错误率均低于0.1%,Q20均高于97.78%,Q30均高于93.58%,测序质量可靠。从头组装后获得200 303个Transcript,对应123 178个Unigene。组装后数据去冗余后共获得147 932个Transcript,对应108 070个Unigene,平均长度为991.85 bp,N50为2 430 bp。(2)共有40 180个Unigene在NR、KEGG、eggNOG、GO、Pfam、Swiss-Prot数据库中获得功能注释,占总体的37.98%,其中10 747个基因在6个数据库中同时被注释,占总体的26.75%。(3)TGC相对于OGC共432个DEG,其中TGC相对于OGC显著上调267个基因、下调165个基因。(4)GO富集结果显示,432个DEG主要富集在IMP生物合成过程、IMP代谢过程、“从头”IMP生物合成过程、氨基酸结合、修饰氨基酸结合等5条生物通路中。(5)KEGG富集结果显示,432个DEG主要富集在神经活性配体-受体相互作用、酪氨酸代谢、嘌呤代谢、1个叶酸碳池、苯丙氨酸代谢、核苷酸代谢、泛醌和其他萜类化合物-醌生物合成等7条生物通路中。【结论】利用转录组学测序技术获得与神仙鱼透明鳃盖性状相关的432个基因,这些基因主要参与12条信号通路。研究结果将为神仙鱼透明鳃盖性状相关基因的挖掘和功能研究提供参考。

关键词：神仙鱼转录组学透明性状差异表达基因 GO富集分析 KEGG富集分析

来源：评论

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Hg^(2+)对中国鲎幼体急性毒性及MT的诱导效应

引用

生态毒理学报 2020年第6期15卷 300-307页

作者：鲍虞园叶国玲钟金香陈海刚李银康关杰耀颉晓勇中国水产科学研究院南海水产研究所农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室广州510300 上海海洋大学水产与生命学院水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室水产科学国家级实验教学示范中心上海水产养殖工程技术研究中心上海201306 广东省土地调查规划院广州510075 北部湾大学海洋学院钦州535011

汞是一种以多种形式、广泛而持久地污染水体的重金属,具有高毒性、非生物降解性和生物富集性。为探究汞(Hg)对海洋动物的毒性效应,在实验室条件下,采用静水试验方法进行Hg^(2+)96 h胁迫对中国鲎幼体的急性毒性实验,并考察了不同质量浓度... 详细信息

汞是一种以多种形式、广泛而持久地污染水体的重金属,具有高毒性、非生物降解性和生物富集性。为探究汞(Hg)对海洋动物的毒性效应,在实验室条件下,采用静水试验方法进行Hg^(2+)96 h胁迫对中国鲎幼体的急性毒性实验,并考察了不同质量浓度(0.005、0.025和0.250 mg·L^(-1))Hg^(2+)处理对幼年中国鲎体内金属硫蛋白(MT)的影响。结果表明,Hg^(2+)对中国鲎幼体的毒性类型为急性Ⅱ,其24、48、72和96 h半数致死浓度(LC_(50))分别为15.013、7.084、4.008和2.683 mg·L^(-1),安全质量浓度为0.473 mg·L^(-1)。在安全浓度范围内,不同浓度的Hg^(2+)均能显著诱导MT的产生(P<0.05),MT含量与Hg^(2+)浓度在一定浓度范围(0~0.025 mg·L^(-1))和暴露时间(72 h)内表现为正相关;实验组MT含量为对照组的1.152倍~1.716倍。其中以72 h时0.025 mg·L^(-1)组的MT诱导量最高,为(8.93±0.16)ng·mL^(-1)。本研究为天然水环境中幼鲎的安全性评估及渔业部门制定水质标准提供了理论依据。

关键词：汞中国鲎急性毒性金属硫蛋白

来源：评论

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