检索结果-内蒙古大学图书馆

广东农业科学 2024年第4期51卷 35-44页

作者：成果温彬高建忠陈再忠上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室/水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室/水产科学国家级实验教学示范中心

【目的】七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)具有特殊的亲代抚育行为，克隆并定位七彩神仙鱼催乳素基因，分析其在亲代抚育中的表达模式，为理解催乳素在七彩神仙鱼亲代抚育中的作用提供依据。【方法】通过BLASTP对七彩神仙鱼全基... 详细信息

【目的】七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)具有特殊的亲代抚育行为，克隆并定位七彩神仙鱼催乳素基因，分析其在亲代抚育中的表达模式，为理解催乳素在七彩神仙鱼亲代抚育中的作用提供依据。【方法】通过BLASTP对七彩神仙鱼全基因组进行分析，鉴定出1个催乳素基因，命名为dfprl。基于dfprl基因的CDS区，设计克隆和PCR引物，通过RACE技术克隆获得dfprl基因全长，并利用生物信息学对dfprl基因进行结构分析，对其氨基酸序列进行理化性质和进化分析。对不同抚育阶段七彩神仙鱼的脑、性腺和皮肤进行转录组分析，探究dfprl基因在亲代抚育中的表达特征，并利用原位杂交技术对dfprl基因在七彩神仙鱼皮肤中的表达进行定位。【结果】dfprl全长为1 282 bp，cDNA序列开放阅读框长度为639 bp，共编码212个氨基酸，5'-UTR为309 bp，3'-UTR为334 bp。dfprl蛋白存在PRL家族的典型结构域Hormone＿1，dfprl蛋白与慈鲷科其他鱼类PRL蛋白相似性较高，与尼加拉瓜湖始丽鱼(Archocentrus centrarchus)对应的氨基酸序列同源性最高、为96.70%。亲鱼进入抚育阶段后，dfprl在性腺和皮肤中的表达水平逐渐上升，抚育结束时表达水平下降。原位杂交结果显示，dfprl在皮肤粘液细胞中表达，且与七彩神仙鱼催乳素受体(dfprlr)表达位点重叠，在抚育早期阶段高表达。【结论】七彩神仙鱼dfprl基因高度保守，存在稳定的Hormone＿1结构域。七彩神仙鱼dfprl基因在亲代抚育阶段的皮肤中高表达，且在亲代抚育阶段的皮肤粘液细胞中与dfprlr表达位点重合，表明dfprl可能通过作用于dfprlr进而促进七彩神仙鱼独特抚育行为的发生。

关键词：七彩神仙鱼催乳素亲代抚育皮肤粘液细胞基因克隆

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七彩神仙鱼BTN1A1基因克隆及其在嗜水气单胞菌胁迫下的表达分析

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广东农业科学 2024年第4期51卷 45-53页

作者：何恺轩温彬高建忠陈再忠上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室/水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室/水产科学国家级实验教学示范中心上海201306

【目的】克隆七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)嗜乳脂蛋白1A1(Butyrophilin 1A1,BTN1A1)基因,分析其在病原刺激下的表达模式,为了解七彩神仙鱼BTN1A1基因功能提供依据。【方法】利用生物信息学对七彩神仙鱼2个BTN1A1基因(BTN1A1-... 详细信息

【目的】克隆七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)嗜乳脂蛋白1A1(Butyrophilin 1A1,BTN1A1)基因,分析其在病原刺激下的表达模式,为了解七彩神仙鱼BTN1A1基因功能提供依据。【方法】利用生物信息学对七彩神仙鱼2个BTN1A1基因(BTN1A1-1和BTN1A1-2)进行结构和进化分析。根据前期获得的七彩神仙鱼皮肤转录组数据,选取BTN1A1-1和BTN1A1-2基因的CDS区设计引物进行克隆。采用qRT-PCR分析BTN1A1在各组织中的表达及嗜水气单胞菌刺激下的表达模式。【结果】BTN1A1-1和BTN1A1-2的ORF序列长度为894、1275 bp,分别编码298、424个氨基酸。BTN1A1-1和BTN1A1-2蛋白均具有1个信号肽、1个Ig结构域、1个lg_like结构域和1个跨膜结构域的经典结构,BTN1A1-2还具有1个胞质结构域。七彩神仙鱼BTN1A1-1与慈鲷科其他鱼类相似性较高,与尼加拉瓜湖始丽鱼(Archocentrus centrarchus)BTNIAI对应氨基酸序列同源性最高、为94.14%。但BTN1A1-2与其他鱼类发生分离,形成独特分支。BTN1A1-1和BTN1A1-2在七彩神仙鱼各组织中均有表达,但在鳃、肠道、皮肤等与免疫相关的组织中表达量相对较高。七彩神仙鱼BTN1A1-1在嗜水气单胞菌胁迫后表达量先显著下降后上升,而BTN1A1-2表达量则先显著上升后下降。【结论】七彩神仙鱼BTN1A1-1基因相对保守,而BTN1A1-2基因在进化上较为特殊。二者在免疫刺激下的差异表达暗示其可能在七彩神仙鱼免疫防御中发生功能分化。

关键词：七彩神仙鱼嗜乳脂蛋白嗜水气单胞菌免疫调节基因表达

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野生型和人工选育全蓝型七彩神仙鱼群体的遗传多样性分析

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广东农业科学 2024年第4期51卷 65-78页

作者：吉钰陈再忠温彬高建忠上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室/水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室/上海水产养殖工程技术研究中心/水产科学国家级实验教学示范中心上海201306

【目的】研究七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)的遗传多样性,分析野生型和两种人工选育蓝色群体的亲缘关系和遗传差异,获得与体色形成相关的候选基因组区域及位点,同时为七彩神仙鱼分类系统的制订提供参考。【方法】对9尾野生型(... 详细信息

【目的】研究七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)的遗传多样性,分析野生型和两种人工选育蓝色群体的亲缘关系和遗传差异,获得与体色形成相关的候选基因组区域及位点,同时为七彩神仙鱼分类系统的制订提供参考。【方法】对9尾野生型(WF)、8尾全蓝型(BF)和10尾白化蓝型(ABF)七彩神仙鱼个体进行全基因组重测序,获得单核苷酸多态性(SNP)位点,计算群体遗传多样性指标,分析群体遗传结构,进行群体间的选择消除分析。考虑SNP注释和突变率,结合PCR和Sanger测序,验证候选SNP。【结果】在3个七彩神仙鱼群体中共鉴定出1360293个SNP,PIC、Pi、Ho、He表明,野生型、全蓝型和白化蓝型的遗传多样性递减,选育群体的杂合度很低。系统发育进化树、群体结构分析和多态性位点主成分分析结果均显示,3个群体之间相互独立,且群体内部聚集明显。连锁不平衡衰减分析结果表明,白化蓝型群体承受着巨大的选择压力,其次是全蓝型群体。基于群体分化指数F_(ST)和Pi进行选择消除分析,结果表明,全蓝型群体的第3、12、13、18、20号染色体和白化蓝型群体的第1、16、18、19号染色体的较大区域内存在强烈的选择信号。在全蓝型群体和白化蓝型群体中分别鉴定出13个和9个候选SNP。【结论】3个七彩神仙鱼群体的遗传多样性较低,遗传关系显示出与人工选育进程的一致性。USP43、FGFR2、DENND4、MLL1基因可能与七彩神仙鱼体色形成密切相关。

关键词：七彩神仙鱼群体遗传学遗传多样性单核苷酸多态性(SNP) 选择消除分析

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神仙鱼透明鳃盖转录组解析

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广东农业科学 2024年第4期51卷 54-64页

作者：张纬宇陈再忠温彬高建忠上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室/水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室/上海水产养殖工程技术研究中心/水产科学国家级实验教学示范中心上海201306

【目的】神仙鱼透明性状具有很高的经济价值和科研价值。探究神仙鱼透明鳃盖(Transparent gill cover,TGC)和不透明鳃盖(Opaque gill cover,OGC)之间的差异表达基因(Differential expression genes,DEG),并挖掘影响神仙鱼透明鳃盖性状... 详细信息

【目的】神仙鱼透明性状具有很高的经济价值和科研价值。探究神仙鱼透明鳃盖(Transparent gill cover,TGC)和不透明鳃盖(Opaque gill cover,OGC)之间的差异表达基因(Differential expression genes,DEG),并挖掘影响神仙鱼透明鳃盖性状的相关信号通路,可为后续筛选调控神仙鱼透明鳃盖性状的关键基因并开展相关机制研究提供理论基础。【方法】选取红顶三色品系神仙鱼的鳃盖组织为研究材料,OGC和TGC各选取6个样本。基于Illumina Novaseq 6000测序平台进行转录组学测序,利用Fastp对原始测序数据进行质控,利用Trinity软件对质控后的数据进行从头组装获得转录本(Transcript)和对应的单基因(Unigene),利用CD-HIT软件和BUSCO软件分别对初始组装序列进行去冗余分析和结果评估。去冗余后的Unigene基于序列同源性进行功能注释。利用RSEM软件计算每个样本中Unigene的表达量。使用DESeq2软件计算OGC和TGC之间的DEG。使用Goatools软件和KOBAS软件对DEG分别进行GO和KEGG通路富集分析。【结果】(1)测序数据质控后每个样本测序碱基平均错误率均低于0.1%,Q20均高于97.78%,Q30均高于93.58%,测序质量可靠。从头组装后获得200 303个Transcript,对应123 178个Unigene。组装后数据去冗余后共获得147 932个Transcript,对应108 070个Unigene,平均长度为991.85 bp,N50为2 430 bp。(2)共有40 180个Unigene在NR、KEGG、eggNOG、GO、Pfam、Swiss-Prot数据库中获得功能注释,占总体的37.98%,其中10 747个基因在6个数据库中同时被注释,占总体的26.75%。(3)TGC相对于OGC共432个DEG,其中TGC相对于OGC显著上调267个基因、下调165个基因。(4)GO富集结果显示,432个DEG主要富集在IMP生物合成过程、IMP代谢过程、“从头”IMP生物合成过程、氨基酸结合、修饰氨基酸结合等5条生物通路中。(5)KEGG富集结果显示,432个DEG主要富集在神经活性配体-受体相互作用、酪氨酸代谢、嘌呤代谢、1个叶酸碳池、苯丙氨酸代谢、核苷酸代谢、泛醌和其他萜类化合物-醌生物合成等7条生物通路中。【结论】利用转录组学测序技术获得与神仙鱼透明鳃盖性状相关的432个基因,这些基因主要参与12条信号通路。研究结果将为神仙鱼透明鳃盖性状相关基因的挖掘和功能研究提供参考。

关键词：神仙鱼转录组学透明性状差异表达基因 GO富集分析 KEGG富集分析

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亚洲草鱼群体的差异甲基化分析

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水产学报 2023年第3期47卷 101-113页

作者：魏上谢玲莉朱华张清靖沈玉帮徐晓雁李家乐上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海海洋大学水产养殖工程研究中心上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心北京市农林科学院水产科学研究所渔业生物技术北京市重点实验室

为探究水产养殖过程中DNA甲基化对亚洲草鱼群体人工驯化与环境选择适应的影响，本实验对亚洲范围内8个地区的养殖和野生草鱼群体进行了全基因组甲基化测序，测序序列经质控后比对到草鱼参考基因组上，并进行差异甲基化分析和功能富集分... 详细信息

为探究水产养殖过程中DNA甲基化对亚洲草鱼群体人工驯化与环境选择适应的影响，本实验对亚洲范围内8个地区的养殖和野生草鱼群体进行了全基因组甲基化测序，测序序列经质控后比对到草鱼参考基因组上，并进行差异甲基化分析和功能富集分析。结果显示，甲基化测序共获得308.15 Gbp测序数据，平均测序深度31×，平均比对率62.97%。对5个养殖群体分别与野生背景群体间进行差异甲基化分析，共发掘出76 422个差异甲基化位点、3 737个差异甲基化区域、1 950个差异甲基化基因。功能分析发现，差异甲基化基因被注释到血管生成、神经嵴细胞迁移、T细胞分化、颅骨系统发育、肌肉细胞发育等GO功能分类中。KEGG代谢途径富集分析的结果显示，差异甲基化基因主要参与细胞黏附连接、Notch信号通路和Wnt信号通路等代谢途径。在这些功能注释的基因中，有许多与神经、免疫、骨骼和肌肉等组织发育相关的重要基因，如sema3d、sema5bb和nrg2a等。本研究进一步对表观遗传修饰在草鱼人工驯化和环境选择适应作用机制的探究奠定了基础，为保存和科学利用草鱼种质资源提供了有价值的遗传基础数据。

关键词：草鱼基因组甲基化测序差异甲基化

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斑节对虾胸腺素β5的克隆、表达与功能分析

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中国水产科学 2020年第4期27卷 383-392页

作者：陈鸣赵超范嗣刚王鹏飞闫路路王芳邱丽华上海海洋大学水产与生命学院水产科学国家级实验教学示范中心水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306 中国水产科学研究院南海水产研究所农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室广东广州510300 大连海洋大学水产与生命学院辽宁大连116023

β-胸腺素(β-thymosin)是一类高度保守的功能多肽,在伤口愈合、血管生成、抗菌和抗病毒免疫等生理活动中起重要的调控作用。本研究从斑节对虾(Penaeus monodon)中成功克隆了一种β-thymosin cDNA序列(β-thymosin 5),其全长为1495 bp,... 详细信息

β-胸腺素(β-thymosin)是一类高度保守的功能多肽,在伤口愈合、血管生成、抗菌和抗病毒免疫等生理活动中起重要的调控作用。本研究从斑节对虾(Penaeus monodon)中成功克隆了一种β-thymosin cDNA序列(β-thymosin 5),其全长为1495 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)为615 bp,编码204个氨基酸。多重序列比对和系统进化树分析结果表明Pmβ5与对虾属的日本囊对虾(Penaeus japonicus)和凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)的胸腺素β5聚为一支,其中与日本囊对虾的胸腺素β5同源性最高,相似性高达77%。组织分布研究显示Pmβ5 mRNA在肝胰腺和淋巴等免疫相关组织中的表达量明显高于其他组织。在灭活的副溶血弧菌(Vibrio parahemolyticus)刺激下,Pmβ5基因的表达量显著升高(P<0.05),这说明Pmβ5参与了对虾的抗菌免疫反应。此外,用原核表达技术获得了Pmβ5的体外重组蛋白,抗菌实验(牛津杯法)检测证明,Pmβ5对哈维氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌和枯草芽孢杆菌均有抗菌活性。

关键词：斑节对虾 β-thymosin 基因表达原核表达抗菌活性

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Hg^(2+)对中国鲎幼体急性毒性及MT的诱导效应

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生态毒理学报 2020年第6期15卷 300-307页

作者：鲍虞园叶国玲钟金香陈海刚李银康关杰耀颉晓勇中国水产科学研究院南海水产研究所农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室广州510300 上海海洋大学水产与生命学院水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室水产科学国家级实验教学示范中心上海水产养殖工程技术研究中心上海201306 广东省土地调查规划院广州510075 北部湾大学海洋学院钦州535011

汞是一种以多种形式、广泛而持久地污染水体的重金属,具有高毒性、非生物降解性和生物富集性。为探究汞(Hg)对海洋动物的毒性效应,在实验室条件下,采用静水试验方法进行Hg^(2+)96 h胁迫对中国鲎幼体的急性毒性实验,并考察了不同质量浓度... 详细信息

汞是一种以多种形式、广泛而持久地污染水体的重金属,具有高毒性、非生物降解性和生物富集性。为探究汞(Hg)对海洋动物的毒性效应,在实验室条件下,采用静水试验方法进行Hg^(2+)96 h胁迫对中国鲎幼体的急性毒性实验,并考察了不同质量浓度(0.005、0.025和0.250 mg·L^(-1))Hg^(2+)处理对幼年中国鲎体内金属硫蛋白(MT)的影响。结果表明,Hg^(2+)对中国鲎幼体的毒性类型为急性Ⅱ,其24、48、72和96 h半数致死浓度(LC_(50))分别为15.013、7.084、4.008和2.683 mg·L^(-1),安全质量浓度为0.473 mg·L^(-1)。在安全浓度范围内,不同浓度的Hg^(2+)均能显著诱导MT的产生(P<0.05),MT含量与Hg^(2+)浓度在一定浓度范围(0~0.025 mg·L^(-1))和暴露时间(72 h)内表现为正相关;实验组MT含量为对照组的1.152倍~1.716倍。其中以72 h时0.025 mg·L^(-1)组的MT诱导量最高,为(8.93±0.16)ng·mL^(-1)。本研究为天然水环境中幼鲎的安全性评估及渔业部门制定水质标准提供了理论依据。

关键词：汞中国鲎急性毒性金属硫蛋白

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唑拉西泮和替来他明对中华草龟的麻醉效果及其药物代谢动力学

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水产学报 2019年第5期43卷 1397-1406页

作者：马艳潘连德徐建平郑串上海海洋大学上海省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室水产科学国家级实验教学示范中心农业农村部淡水水产种质资源重点实验室上海海洋大学食品学院农业农村部水产品贮藏保鲜质量安全风险评估实验室

为了解龟类临床兽医学的麻醉术问题,根据预实验结果选择动物医学推荐的临床麻醉药物舒泰（唑拉西泮:替来他明=1∶1）对中华草龟进行麻醉实验,比较不同注射剂量的舒泰对中华草龟的麻醉效果,并使用高效液相色谱法（HPLC）测定舒泰中唑拉... 详细信息

为了解龟类临床兽医学的麻醉术问题,根据预实验结果选择动物医学推荐的临床麻醉药物舒泰（唑拉西泮:替来他明=1∶1）对中华草龟进行麻醉实验,比较不同注射剂量的舒泰对中华草龟的麻醉效果,并使用高效液相色谱法（HPLC）测定舒泰中唑拉西泮和替来他明在中华草龟血浆中的浓度,用药物代谢动力学软件PKsolver 2.0来分析其药物代谢动力学特征。结果发现,肌肉注射舒泰剂量为25 mg/kg时,对中华草龟麻醉的诱导期、麻醉期和苏醒期的时长分别为0.42、4.33和4.14 h,舒泰对中华草龟的麻醉效果较好,符合临床手术的要求。唑拉西泮和替来他明在中华草龟体内的药时曲线均符合一次式二室开放模型,唑拉西泮的药物代谢动力学方程为C=13.462e–0.223t+2.127e–0.055t,主要药物代谢动力学参数为达峰浓度Cmax=11.695μg/mL、达峰时间Tmax=1.060 h和药时曲线下面积AUC=92.470μg/（mL·h）;替来他明的药物代谢动力学方程为C=10.619e–0.203t+0.279e–0.047t,主要药物代谢动力学参数为达峰浓度Cmax=9.654μg/mL、达峰时间Tmax=0.482 h和药时曲线下面积AUC=56.348μg/（mL·h）。结合麻醉效果分析,唑拉西泮和替来他明血药浓度分别达到8.12和8.96μg/mL时,可以使健康的中华草龟进入麻醉期,为维持麻醉状态,唑拉西泮和替来他明的血药浓度应不低于7.18和4.73μg/mL。

关键词：中华草龟唑拉西泮替来他明麻醉药物代谢动力学

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中国水产动物病毒学研究概述

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水产学报 2019年第1期43卷 168-187页

作者：桂朗张奇亚上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心中国科学技术部海洋生物科学国际联合研究中心水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室中国科学院水生生物学研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室农业农村部养殖病害防治重点实验室

本研究简要概述了过去几十年来中国水产养殖动物病毒学的代表性研究成果,主要涉及鱼类病毒、虾类病毒、两栖和爬行动物病毒等。此外,本研究还展望了水产动物病毒学研究的发展趋势,以有助于加深对中国水产养殖动物病毒学研究现状和未来... 详细信息

本研究简要概述了过去几十年来中国水产养殖动物病毒学的代表性研究成果,主要涉及鱼类病毒、虾类病毒、两栖和爬行动物病毒等。此外,本研究还展望了水产动物病毒学研究的发展趋势,以有助于加深对中国水产养殖动物病毒学研究现状和未来发展的认识。

关键词：水产动物病毒学鱼类病毒虾类病毒两栖和爬行动物病毒疾病诊断与防控

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