检索结果-内蒙古大学图书馆

计算机工程 2005年第2期31卷 57-58,76页

作者：夏燕张忠平曹顺良朱扬勇李亦学复旦大学计算机与信息技术系上海200433 上海生物信息技术研究中心上海200235

异构数据的高效整合,在生物数据呈爆炸性增长、生物数据库复杂度不断增加的今天,具有重要的理论价值和实际意义。该文基于BioDW——一个整合的生物信息学数据仓库平台,利用统一的GeneOntology语义模型,建立异构数据库之间的语义链接,在... 详细信息

异构数据的高效整合,在生物数据呈爆炸性增长、生物数据库复杂度不断增加的今天,具有重要的理论价值和实际意义。该文基于BioDW——一个整合的生物信息学数据仓库平台,利用统一的GeneOntology语义模型,建立异构数据库之间的语义链接,在概念和联系层次上有效地解决了生物异构数据的整合问题,实现了对生物数据智能化的多重、复合和交叉检索,为生物信息的进一步研究奠定了坚实的基础。

关键词：生物整合问题实际检索数据整合层次联系异构数据库语义模型数据仓库

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个性化肿瘤新抗原疫苗中抗原肽预测研究进展

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生物化学与生物物理进展 2019年第5期46卷 441-448页

作者：王广志李雨雨谢鹭上海海洋大学食品学院上海201306 上海生物信息技术研究中心上海201203

失控的突变导致肿瘤的发生,其中某些非同义突变(错义、移码、融合)多肽,被蛋白酶体降解成短肽后被抗原提呈细胞(antigen-presenting cells,APCs)识别,呈递至引流淋巴结,符合主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC... 详细信息

失控的突变导致肿瘤的发生,其中某些非同义突变(错义、移码、融合)多肽,被蛋白酶体降解成短肽后被抗原提呈细胞(antigen-presenting cells,APCs)识别,呈递至引流淋巴结,符合主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)结合基序的短肽,继而被T细胞表面因子捕获而产生免疫反应,引发肿瘤的消退,我们称之为"新抗原"(neoantigens).这类抗原由于未受胸腺的阴性筛选,被T细胞识别为"异类",不易受免疫耐受机制的影响,从而可作为免疫介导肿瘤治疗的有效靶点.新一代测序技术极大推动了新抗原疫苗的可行性,但从测序识别肿瘤的体细胞突变到TCR (Tcell receptor)识别新抗原产生免疫反应,中间存在着大量的候选假阳性新抗原多肽,这对于针对新抗原而设计疫苗无疑是难以跨越的障碍.一套有效合理的筛选方法,是新抗原疫苗制备过程中不可或缺的一环.然而国内未见相关综述报道,本文调研了目前新抗原免疫治疗过程中的新抗原肽预测及筛选研究进展.

关键词：肿瘤新抗原肽预测疫苗

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肾脏疾病精准医学研究关键技术和平台的发展

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中华医学杂志 2018年第14期98卷 1051-1052页

作者：谢鹭李威上海生物信息技术研究中心上海科学院 201203

精准医学定义之初就决定了它是大数据与生物信息学交叉的新型医疗概念。其本质是利用高通量产出的组学大数据和生物信息学技术对分子标志物进行精准鉴定，并在不同疾病或疾病的不同状态下进行准确验证和应用，以提升对病人的精准诊断分... 详细信息

精准医学定义之初就决定了它是大数据与生物信息学交叉的新型医疗概念。其本质是利用高通量产出的组学大数据和生物信息学技术对分子标志物进行精准鉴定，并在不同疾病或疾病的不同状态下进行准确验证和应用，以提升对病人的精准诊断分型和准确治疗匹配。可以说精准医学研究的关键技术主要包括了三个层面：一是组学检测技术；二是生物信息学分析技术；三是将大数据信息合理运用于临床决策的平台技术。

关键词：肾脏疾病医学研究生物信息学技术数据信息分子标志物医学定义诊断分型检测技术

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基于蛋白质基因组学方法的新抗原鉴定流程

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生物化学与生物物理进展 2019年第7期46卷 711-718页

作者：李雨雨王广志陈兰明谢鹭上海海洋大学食品科学与技术学院上海201306 上海科学院上海生物信息技术研究中心上海201203

肿瘤新抗原是免疫治疗的重要靶点,但基因组数据产生的候选新抗原数量庞大,预测假阳性肽段过多,实验验证费时费力,影响肿瘤新抗原的临床应用.本研究以乳腺癌为例,使用比转录组水平筛选更严格、比细胞学实验更省时的蛋白质基因组学方法来... 详细信息

肿瘤新抗原是免疫治疗的重要靶点,但基因组数据产生的候选新抗原数量庞大,预测假阳性肽段过多,实验验证费时费力,影响肿瘤新抗原的临床应用.本研究以乳腺癌为例,使用比转录组水平筛选更严格、比细胞学实验更省时的蛋白质基因组学方法来预测和筛选新抗原.研究发现,C2 (IFN-γdominant)免疫表型的新抗原数量最多. C2免疫表型显示出最高的M1/M2巨噬细胞极化,较强的CD8信号和最大的T细胞受体多样性,这可能导致产生更多具有良好免疫原性的新抗原.另外,我们还观察到乳腺癌肿瘤突变负荷与新抗原数目之间呈正相关.通过同批样本的质谱数据进一步筛选发现,可将两万级别的预测新抗原肽候选降至几十条表达肽段,进而可分析其对应的特异或广谱突变基因.最后,我们进一步分析了新抗原的免疫原性,即被T细胞受体识别的可能性.本文利用蛋白质组学数据对基因组数据计算预测得到的候选新抗原进一步筛选,提高了新抗原预测准确性,大大缩小后续实验验证范围.该流程可为肿瘤新抗原预测与筛选研究提供参考.

关键词：蛋白质基因组学新抗原乳腺癌

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基于分解的灰度图像二维阈值选取算法

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自动化学报 2009年第7期35卷 1022-1027页

作者：岳峰左旺孟王宽全哈尔滨工业大学计算机学院生物信息技术研究中心哈尔滨150001

作为一维Otsu法的推广,二维Otsu法综合考虑了像素点的灰度信息及其邻域灰度的均值信息,可以有效地滤除噪声.其快速算法采用递归的方式构建查找表,将算法的时间复杂性由O(L4)降到O(L2)提出基于分解的阈值选取算法,求解两个一维Otsu法的... 详细信息

作为一维Otsu法的推广,二维Otsu法综合考虑了像素点的灰度信息及其邻域灰度的均值信息,可以有效地滤除噪声.其快速算法采用递归的方式构建查找表,将算法的时间复杂性由O(L4)降到O(L2)提出基于分解的阈值选取算法,求解两个一维Otsu法的阈值来替代原始的二维Otsu法的最佳阈值,指出在原算法的假设成立的条件下,该方法可以得到与原二维Otsu法相同的分割阈值,而算法的时间复杂性可以进一步降低到O(L).而在实际中,原算法的假设一般不成立.本文的实验结果表明此时该阈值选取方法也可以在保证原二维Otsu算法良好的抗噪性的前提下,计算阈值所需的时间更短、空间更小,且阈值化结果也可以达到或优于二维Otsu算法的结果.

关键词：图像分割 Otsu 二值图像闽值化灰度图像

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用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列(英文)

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Acta Pharmacologica Sinica 2003年第6期24卷 11-18+141页

作者：秦磊熊斌罗成郭宗明郝沛苏炅南蓬冯颖石忆湘俞晓晶罗小民陈凯先沈旭沈建华左建平赵国屏石铁流何伟忠钟扬蒋华良李亦学上海 200031 上海 201203 中国科学院上海生命科学研究院上海 200031 上海 201203 复旦大学生命学院上海 200433 中国上海生物信息技术研究中心上海生物信息技术研究中心上海 201203 中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究重点实验室药物发现与设计中心

目的:通过生物信息学的手段,预测SARS病毒的基因组包装信号序列,为反义核酸和干扰核酸药物的设计提供有效的靶序列。方法:结合已报道的有关MHV和BCoV的基因组包装信号的一级结构和二级结构特点等信息,把SARS病毒的基因组和MHV,BCoV,PEDV... 详细信息

目的:通过生物信息学的手段,预测SARS病毒的基因组包装信号序列,为反义核酸和干扰核酸药物的设计提供有效的靶序列。方法:结合已报道的有关MHV和BCoV的基因组包装信号的一级结构和二级结构特点等信息,把SARS病毒的基因组和MHV,BCoV,PEDV,HCoV的基因组序列进行多序列比对;使用RNA二级结构预测软件对它们的RNA二级结构进行了预测和比较。在此基础上,根据冠状病毒识别基因组包装信号的机理,对来自这五种病毒的N蛋白、M蛋白序列也进行了多序列比对,探讨基因组包装信号与这两个蛋白质的进化关系。结果:SARS病毒的基因组包装信号位于接近ORFlb的3’端的位置,和MHV、BCoV的基因组包装序列一起位于ORFlb基因的核酸序列高突变区,但是其RNA二级结构与MHV、BCoV的基因组包装信号的二级结构很相似。对PEDV和HCoV的基因组包装信号序列的预测获得了类似的结果,而且三者的包装信号序列的位置在多序列比对的结果中互相重叠。突变频率的分析表明,基因组包装信号序列的突变频率高于N蛋白,而N蛋白高于M蛋白。结论:SARS病毒的基因组包装信号序列靠近ORFlb基因的3’端,其二级结构与MHV、BCoV的包装信号相似。基因组包装信号所在的基因组序列具有很高的突变性,这对与之相互作用的N蛋白和M蛋白也产生了影响。

关键词：非典型肺炎(SARS) 包装信号茎-环结构 N蛋白 M蛋白反义核酸干扰核酸

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GenCenter:一个基因综合信息数据集成系统

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复旦学报（自然科学版） 2006年第5期45卷 599-603页

作者：李杨曹顺良曹文君李亦学复旦大学计算机与信息技术系上海200433 上海生物信息技术研究中心上海200235

GenCenter集成了已被实验验证以及功能已经明确了的基因信息,增加了基因相关的核酸序列、蛋白质结构、专利以及与该基因相关的疾病、药物与文献等信息.描述了GenCenter的体系结构、数据库构成、关键技术、功能.

关键词：基因 GenCenter 文本挖掘生物信息学

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血吸虫血红蛋白降解途径的重构及关键酶蛋白保守结构域的分析

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华东理工大学学报（自然科学版） 2011年第6期37卷 706-714页

作者：魏佳李园园李亦学于复东华东理工大学生物工程学院上海200237 上海生物信息技术研究中心上海200235

利用生物信息学方法,以疟原虫的血红蛋白降解途径为基础,成功地构建出了日本血吸虫和曼氏血吸虫的血红蛋白降解途径,并对降解途径上的关键酶蛋白的保守结构域进行了序列及结构分析。预测得到的血吸虫血红蛋白降解酶保守结构域,与疟原虫... 详细信息

利用生物信息学方法,以疟原虫的血红蛋白降解途径为基础,成功地构建出了日本血吸虫和曼氏血吸虫的血红蛋白降解途径,并对降解途径上的关键酶蛋白的保守结构域进行了序列及结构分析。预测得到的血吸虫血红蛋白降解酶保守结构域,与疟原虫相比,在序列上催化位点高度保守,在结构上空间相对位置较一致,为研究血吸虫血红蛋白降解酶,及其与底物或抑制剂在三维结构上的相互作用提供了理论基础。

关键词：日本血吸虫曼氏血吸虫疟原虫血红蛋白降解途径保守结构域

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语义异构生物数据源中的数据集成与更新

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计算机工程 2008年第8期34卷 38-40页

作者：杨森夏燕曹顺良邓绪斌朱扬勇复旦大学上海(国际)数据库研究中心上海200433 上海生物信息技术研究中心上海200235

针对生物数据源的分布性、异构性和动态性等特性,探讨生物信息技术服务支撑系统整体解决方案,构建基于基因本体的信息集成模式以实现生物语义学上的数据集成。设计一种以半结构化形式规范生物元数据及基于MD5算法的增量更新技术,用以解... 详细信息

针对生物数据源的分布性、异构性和动态性等特性,探讨生物信息技术服务支撑系统整体解决方案,构建基于基因本体的信息集成模式以实现生物语义学上的数据集成。设计一种以半结构化形式规范生物元数据及基于MD5算法的增量更新技术,用以解决通用扩展性和效率问题,实现生物数据仓库中数据的共享并提高管理效率。

关键词：基因本体半结构化增量更新 MD5算法

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基于openEHR的个人健康档案建模

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计算机应用与软件 2013年第5期30卷 71-72,111页

作者：张旭峰姚志洪上海生物信息技术研究中心中科院上海健康科学研究所

面向个人的健康服务是未来的发展趋势,而建立个体健康服务的基础,首先需要一个统一的个人健康档案模型。openE-HR规范定义了个人健康档案的基本框架,而卫生部的健康档案数据标准则定义了个人健康档案需要管理的数据项,两者的结合可以用... 详细信息

面向个人的健康服务是未来的发展趋势,而建立个体健康服务的基础,首先需要一个统一的个人健康档案模型。openE-HR规范定义了个人健康档案的基本框架,而卫生部的健康档案数据标准则定义了个人健康档案需要管理的数据项,两者的结合可以用于创建中国的个人健康档案模型。介绍结合两者建立个人健康档案模型的方法。

关键词：个人健康档案 openEHR 领域模型

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