检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2016年第8期38卷 724-735页

作者：程敏张文建邢天宇闫晓红李玉茂李辉王宁农业部鸡遗传育种重点实验室哈尔滨150030 黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030 东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030

miR-17-92基因簇(miR-17-92 cluster)在细胞增殖、分化、凋亡、动物发育以及肿瘤发生等过程中发挥重要作用。目前,人和小鼠等哺乳动物miR-17-92基因簇的转录调控已有深入研究,但该基因簇在鸡等鸟类中的转录调控研究还未见报道,主要原因... 详细信息

miR-17-92基因簇(miR-17-92 cluster)在细胞增殖、分化、凋亡、动物发育以及肿瘤发生等过程中发挥重要作用。目前,人和小鼠等哺乳动物miR-17-92基因簇的转录调控已有深入研究,但该基因簇在鸡等鸟类中的转录调控研究还未见报道,主要原因在于鸟类miR-17-92基因簇上游的基因组序列都存在一个gap,且该基因簇启动子的位置和序列也还不清楚。为此,本研究采用染色体步移的方法获得鸡miR-17-92基因簇上游gap区序列,并采用生物信息学分析和报告基因及截短突变技术开展该gap区的功能分析。染色体步移分析发现,鸡miR-17-92基因簇上游gap区全长1704 bp,GC含量达80.11%。生物信息学分析显示,鸡miR-17-92基因簇上游gap区内1段200 bp的序列与人、牛、小鼠等9种动物miR-17-92基因簇上游序列保守性较高,且该区域为人和小鼠等哺乳动物miR-17-92基因簇宿主基因的核心启动子区。将克隆的gap区序列插入pGL3 basic荧光素酶报告基因载体,构建成启动子荧光素酶报告基因载体pGL3-cMIR17HG(-4228/-2506)。荧光素酶报告基因活性分析表明,p GL3-c MIR17HG(-4228/-2506)报告基因的活性是pGL3 basic空载体活性的417倍,证明所克隆的gap区片段是鸡miR-17-92基因簇宿主基因的启动子。为进一步分析该启动子的结构和功能,构建gap区片段的5'端缺失突变(缺失448 bp)和3'端缺失突变(缺失894 bp)的荧光素酶报告基因载体。与pGL3-cMIR17HG(-4228/-2506)相比,5'端和3'端缺失突变分别使启动子报告基因活性降低19.82%和60.14%。这些数据提示,鸡miR-17-92基因簇宿主基因启动子的重要调控区位于-3400/-2506。本研究结果为进一步开展鸡miR-17-92基因簇的转录调控奠定了基础。

关键词：鸡 miR-17-92基因簇启动子转录调控

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鸡IGFBP2基因3′UTR区1196C>A单核苷酸多态性的功能性鉴定及分析

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生物化学与生物物理进展 2014年第11期41卷 1163-1172页

作者：于莹莹乔书培孙婴宁宋鹤张潇飞闫晓红李辉王宁农业部鸡遗传育种重点实验室黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030 齐齐哈尔大学生命科学与农林学院齐齐哈尔161006

鸡IGFBP2基因3′非编码区(3′UTR)1196C>A单核苷酸多态性(SNP)与鸡的腹脂重和腹脂率显著相关.生物信息学分析显示,该SNP恰好位于gga-mi R-456-3p的一个潜在靶基因结合位点处,提示IGFBP2基因可能是gga-mi R-456-3p的一个靶基因,且该SN... 详细信息

鸡IGFBP2基因3′非编码区(3′UTR)1196C>A单核苷酸多态性(SNP)与鸡的腹脂重和腹脂率显著相关.生物信息学分析显示,该SNP恰好位于gga-mi R-456-3p的一个潜在靶基因结合位点处,提示IGFBP2基因可能是gga-mi R-456-3p的一个靶基因,且该SNP位点可能影响gga-mi R-456-3p对IGFBP2基因表达的调控作用.为鉴定SNP 1196C>A是否为功能性SNP,本研究分别构建了包含该SNP位点C或A等位基因的双荧光素酶报告基因载体,比较分析这两个等位基因在鸡胚成纤维细胞系(DF1)和鸡前脂肪细胞中对报告基因活性和表达的影响;利用mi RNA mimics和inhibitor分析gga-mi R-456-3p对不同等位基因报告基因活性以及内源性IGFBP2表达的影响.结果发现,在DF1细胞和鸡前脂肪细胞中,A等位基因的报告基因活性和表达均显著高于C等位基因(P<0.05);gga-mi R-456-3p仅影响C等位基因的报告基因活性和表达,而对A等位基因的报告基因活性没有明显影响;gga-mi R-456-3p调控细胞内源性IGFBP2基因的m RNA和蛋白质表达.本研究证实IGFBP2基因是gga-mi R-456-3p的靶基因,其3′UTR区SNP 1196C>A是一个功能性SNP,它影响gga-mi R-456-3p对鸡IGFBP2基因的表达调控作用.本研究结果对于鸡的分子辅助选择育种及IGFBP2基因在脂肪沉积中调控机制的阐明具有重要意义.

关键词：鸡 IGFBP2基因单核苷酸多态性 3′非编码区 gga-mi R-456-3p

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HOPX基因过表达对鸡前脂肪细胞增殖的影响

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中国农业科学 2015年第8期48卷 1624-1631页

作者：史洪岩贺綦程敏孙婴宁李辉王宁东北农业大学动物科学技术学院/农业部鸡遗传育种重点实验室/黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室

【目的】构建鸡HOPX基因（homeodomain only protein X）全长编码区（coding region sequence,CDS）的真核表达载体,转染鸡原代前脂肪细胞,探讨HOPX基因过表达对鸡原代前脂肪细胞增殖的影响。【方法】利用Primer Premier 5.0软件设计鸡H... 详细信息

【目的】构建鸡HOPX基因（homeodomain only protein X）全长编码区（coding region sequence,CDS）的真核表达载体,转染鸡原代前脂肪细胞,探讨HOPX基因过表达对鸡原代前脂肪细胞增殖的影响。【方法】利用Primer Premier 5.0软件设计鸡HOPX基因CDS区上、下游引物,以AA肉鸡腹部脂肪组织的c DNA为模板,采用PCR扩增、克隆鸡HOPX基因全长CDS区,并将其亚克隆至真核表达载体（p CMV-HA vector）,获得HOPX基因的真核表达载体p CMV-HA-HOPX。采用双酶切鉴定、测序及Western blotting方法分析鉴定p CMV-HA-HOPX。采用胶原酶法分离培养12日龄AA商品肉仔鸡腹部脂肪组织原代前脂肪细胞,瞬时转染p CMV-HA-HOPX,转染6 h时后消化细胞,按照每孔50 000个细胞数接种12孔培养板,并在细胞贴壁0、24、48和72 h,分别采用显微镜观察和CCK-8细胞增殖检测试剂盒分析HOPX基因过表达对鸡原代前脂肪细胞增殖的影响;同时,利用TRIzol法提取组织和细胞总RNA,并反转录合成c DNA,采用Real-time RT-PCR方法分析细胞增殖标志基因Cyclin D1和PCNA的m RNA表达。【结果】测序结果显示,鸡HOPX基因的全长CDS区大小为222 bp,与NCBI发布的鸡HOPX基因m RNA序列（NM;04556）一致;利用HA标签抗体的Western blotting分析显示,真核表达载体p CMV-HA-HOPX能够表达出预期大小的蛋白分子（约9.5k D）,表明鸡HOPX基因的真核表达载体p CMV-HA-HOPX构建成功。显微镜观察发现,转染p CMV-HA-HOPX载体的细胞（HOPX过表达组）在细胞贴壁后培养24和48 h的细胞数量低于转染p CMV-HA vector空载体（空载体对照组）的细胞数量;CCK-8检测分析发现,转染p CMV-HA-HOPX载体细胞的吸光度值（OD值）在细胞贴壁后培养24、48和72 h都极显著低于空载体对照组（P<0.01）。与细胞增殖检测结果相一致,细胞增殖标志基因表达检测分析发现,在细胞贴壁后培养24 h后,HOPX过表达组细胞Cyclin D1基因的m RNA表达量显著低于空载体对照组（P<0.05）;在细胞贴壁后培养48 h时,HOPX过表达组的PCNA基因的m RNA表达量显著低于空载体对照组（P<0.05）;在细胞贴壁后培养72 h时,HOPX过表达组的PCNA和Cyclin D1基因的表达量均极显著低于空载体对照组（P<0.01）。【结论】HOPX基因过表达在体外抑制鸡原代前脂肪细胞的增殖。

关键词：鸡 HOPX 前脂肪细胞增殖

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鸡PPARγ基因相关长链非编码RNA的鉴定及其转录调控

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农业生物技术学报 2018年第11期26卷 1909-1918页

作者：姜修英武春艳董翔宇高卓然李辉杜志强农业部鸡遗传育种重点实验室/黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室/东北农业大学动物科学技术学院

哺乳动物中的研究发现长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)参与过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator-activated receptor gamma, PPARγ)基因的转录调控,进而影响脂肪细胞的增殖和分化。为了探究鸡(Gallus g... 详细信息

哺乳动物中的研究发现长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)参与过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator-activated receptor gamma, PPARγ)基因的转录调控,进而影响脂肪细胞的增殖和分化。为了探究鸡(Gallus gallus)中是否存在lncRNA能够调控PPARγ基因的表达,进而影响脂肪细胞的分化,本研究利用生物信息学方法分析鸡的RNA-seq数据,筛选到1条长度为1 483 bp的长链非编码RNA(命名为PLNC),其位于鸡PPARγ基因第一内含子处,并与PPARγ基因具有一致的转录方向。随后利用qRT-PCR方法分析发现,在鸡1、4、7周龄脂肪组织中,PLNC和PPARγ转录本1 (cPPARγ1)的表达量相对较高。直接分离爱拨益加(Arbor Acres, AA)鸡12日龄腹部脂肪组织中的前脂肪细胞和成熟脂肪细胞,发现PLNC与PPARγ和cPPARγ1在前脂肪细胞中的表达量均显著高于成熟脂肪细胞。鸡前脂肪细胞诱导分化过程中,PLNC与PPARγ和cPPARγ1的转录水平表达趋势一致。PLNC干扰片段与启动子报告基因共转实验表明,抑制PLNC可以显著提高cPPARγ1启动子活性。最后,不同浓度罗格列酮(rosiglitazone)处理前脂肪细胞24 h后,发现随着罗格列酮浓度上升,PLNC和cPPARγ1表达量均先上升,而当cPPARγ1表达量上升到最高点时PLNC表达量开始下降。综上所述,本研究发现PLNC可能竞争性调控cPPARγ1的启动子活性和转录水平,从而参与鸡脂肪细胞分化过程。研究结果为鸡脂肪组织生长发育的分子调控机制研究提供了新的线索,也为减少腹部脂肪沉积、以及肥胖症和代谢相关疾病的治疗提供了分子依据。

关键词：鸡脂肪生成过氧化物酶体增殖物激活受体γ基因(PPARγ) 长链非编码RNA (lncRNA) 转录调控

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鸡Perilipin1基因的克隆及亚细胞定位

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农业生物技术学报 2016年第10期24卷 1560-1568页

作者：秦菲悦周纬男王彦博程博涵李辉王宇祥东北农业大学动物科学技术学院/农业部鸡遗传育种重点实验室/黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室

本研究旨在克隆鸡（Gallus gallus）脂滴包被蛋白基因（Perilipin1）的c DNA序列,并检测其在鸡前脂肪细胞分化过程中的亚细胞定位。本研究以7周龄肉鸡腹部脂肪组织为材料,采用RT-PCR和RACE的方法扩增并克隆了鸡Perilipin1基因的5’UTR、... 详细信息

本研究旨在克隆鸡（Gallus gallus）脂滴包被蛋白基因（Perilipin1）的c DNA序列,并检测其在鸡前脂肪细胞分化过程中的亚细胞定位。本研究以7周龄肉鸡腹部脂肪组织为材料,采用RT-PCR和RACE的方法扩增并克隆了鸡Perilipin1基因的5’UTR、CDS和3’UTR片段,分析了该基因的结构;以鸡原代前脂肪细胞为材料,利用免疫荧光及激光共聚焦技术,在诱导分化的不同时间点（12;20 h）,检测了鸡Perilipin1在前脂肪细胞中的表达位置。结果表明,本研究获得的鸡Perilipin1基因5’UTR、CDS和3’UTR序列总长度为2 379 bp,该基因由9个外显子、8个内含子组成（ATG位于第二外显子上）;在鸡原代前脂肪细胞诱导分化过程中,Perilipin1始终包被在脂滴周围。综上,本研究成功克隆了鸡Perilipin1基因的完整c DNA序列并确定了Perilipin1在鸡前脂肪细胞分化过程中与脂滴的空间位置关系,该结果为深入开展鸡Perilipin1基因的功能研究,揭示鸡脂肪代谢的分子遗传机理提供了重要的理论依据。

关键词：鸡脂滴包被蛋白克隆亚细胞定位

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鸡ApoB基因g.-112A>G单核苷酸多态性的功能性鉴定与分析

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农业生物技术学报 2018年第11期26卷 1919-1927页

作者：陈耀峰谢可嘉张长超王宁李辉王守志农业部鸡遗传育种重点实验室/黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室/东北农业大学动物科学技术学院

载脂蛋白B (apolipoprotein B, ApoB)在极低密度脂蛋白(very low density lipoproteins, VLDL)组装、转运以及脂类代谢中都具有重要作用。本课题组前期研究发现鸡(Gallus gallus) ApoB基因g.-112A>G单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)与鸡腹脂重和腹脂率显著相关。生物信息学分析显示,该SNP位于鸡ApoB基因的启动子区,可能是功能性SNP。为确定该SNP的功能性,本研究开展了该位点不同基因型与血清生化指标的相关分析;比较了ApoB基因3种基因型在鸡肝脏和小肠中的表达水平;构建了含该SNP位点A和G等位基因的启动子报告基因载体,并利用双荧光素酶报告系统分析候选转录因子TATA-box binding protein (TBP)和CCAAT/enhancer binding protein alpha (C/EBPα)对该SNP位点不同等位基因荧光素酶活性的影响。关联分析结果显示,携带GG基因型的公鸡高密度脂蛋白(highdensity lipoprotein, HDL)/低密度脂蛋白(low-density lipoprotein, LDL)显著高于AA型个体(P<0.05);qRTPCR结果显示,在鸡肝脏和小肠组织,AG基因型的ApoB基因表达量显著低于AA和GG基因型(P<0.05);报告基因检测结果显示,A等位基因荧光素酶活性显著高于G等位基因(P<0.05)。此外,转录因子TBP和C/EBPα对A等位基因荧光素酶活性的促进作用强于G等位基因(P<0.05)。上述结果提示,ApoB基因g.-112A>G可能是功能性SNP位点,可初步确定其为优质鸡育种的功能性分子标记。本研究为深入探讨ApoB基因在脂肪生长发育中的功能提供了实验数据。

关键词：鸡(Gallus gallus) 载脂蛋白B基因(ApoB) 启动子功能性SNP

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大规模平行报告基因测定:一种分析基因表达调控的新技术

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遗传 2023年第10期45卷 859-873页

作者：袁萌李辉王守志农业农村部鸡遗传育种重点实验室哈尔滨150030 黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030 东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030

大规模平行报告基因测定(massively parallel reporter assay,MPRA)是一种可以同时研究基因组数千个调控元件活性的高通量分析方法。该方法在传统的荧光素酶报告基因载体上引入一段具有唯一标识的条形码,通过二代测序技术对转染前的DNA... 详细信息

大规模平行报告基因测定(massively parallel reporter assay,MPRA)是一种可以同时研究基因组数千个调控元件活性的高通量分析方法。该方法在传统的荧光素酶报告基因载体上引入一段具有唯一标识的条形码,通过二代测序技术对转染前的DNA条形码和转染后的mRNA条形码进行测序,用mRNA和DNA条形码读数的比值来分析顺式调控元件的活性。自MPRA提出以来,已被广泛应用于基因组顺式调控元件和功能性变异的鉴定、转录后调控对表型的影响等方面的研究。本文对MPRA的发展历程、基本原理、实验流程、统计分析方法以及在顺式调控元件和转录后调控方面的应用进行了综述,并对其发展前景进行了展望,以期为相关领域研究人员了解与应用MPRA提供有益参考。

关键词：大规模平行报告基因测定基因表达调控顺式调控元件转录后调控

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选择性多聚腺苷酸化的生物学效应及其调控机制研究进展

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遗传 2021年第1期43卷 4-15页

作者：徐海冬宁博林牟芳李辉王宁农业农村部鸡遗传育种重点实验室哈尔滨150030 黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030 东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030

真核生物基因的前体mRNA(pre-mRNA)及一些lncRNA在成熟过程中其3'端会发生剪切和多聚腺苷酸化反应(cleavage and polyadenylation, C/P),C/P的发生需要多聚腺苷酸化信号(polyadenylation signal, PAS)的存在。选择性多聚腺苷酸化(al... 详细信息

真核生物基因的前体mRNA(pre-mRNA)及一些lncRNA在成熟过程中其3'端会发生剪切和多聚腺苷酸化反应(cleavage and polyadenylation, C/P),C/P的发生需要多聚腺苷酸化信号(polyadenylation signal, PAS)的存在。选择性多聚腺苷酸化(alternative cleavage and polyadenylation, APA)是指具有多个PAS的基因,在其mRNA3'端成熟过程中,由于选择不同的PAS,导致产生出多个3'UTR长度和序列组成不同的转录异构体。3'UTR长度和序列的不同会影响mRNA的稳定性、翻译效率、运输和细胞定位等,因此APA是真核生物的一个重要转录后调控方式。近年来,对大量动物、植物及酵母的基因组测序分析发现,APA在真核生物广泛存在,针对APA的生物学效应和调控机制开展了一系列研究。目前已鉴定出许多APA调控的顺式调控元件和反式作用因子。本文重点介绍了APA生物学效应和调控机制的最新研究进展,并探讨了未来APA调控的研究方向。

关键词：基因表达调控选择性多聚腺苷酸化多聚腺苷酸化信号顺式调控元件反式作用因子

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鸡FBXO38转录剪接体1的克隆、表达和功能分析

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生物化学与生物物理进展 2013年第9期40卷 845-858页

作者：张志威孙婴宁荣恩光李辉王宁农业部鸡遗传育种重点实验室哈尔滨150030 黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030 东北农业大学动物科学技术学院哈尔滨150030 齐齐哈尔大学生命科学与农林学院齐齐哈尔161006

F-box蛋白（F-box proteins）广泛存在于真核生物，并且成员众多，功能多样．FBXO蛋白是一类C端没有亮氨酸重复序列（leucine-rich repeats，LRRs）和WD重复序列（WD repeats）的F-box蛋白．本研究利用PCR和克隆测序的方法从鸡腹部脂肪... 详细信息

F-box蛋白（F-box proteins）广泛存在于真核生物，并且成员众多，功能多样．FBXO蛋白是一类C端没有亮氨酸重复序列（leucine-rich repeats，LRRs）和WD重复序列（WD repeats）的F-box蛋白．本研究利用PCR和克隆测序的方法从鸡腹部脂肪组织获得一个未知全长编码区序列（coding sequence，CDS），序列分析显示，该序列是鸡FBXO38的一个转录体，本研究将其命名为鸡FBXO38基因转录本1（gallus gallus FBXO38 transcript variant 1，gFBXO38t1）．Real-time reverse transcriptase-PCR分析显示，gFBXO38t1广泛表达于肉鸡多种组织，其中胰腺、回肠和腹部脂肪组织中表达水平较高．进一步分析发现，gFBXO38t1在高、低脂系1～12周龄肉鸡腹部脂肪组织中均有表达，并且在3和4周龄时，低脂肉鸡腹部脂肪组织中gFBXO38t1的表达水平显著高于高脂肉鸡（P 〈 0.05），其余时间点两系间没有显著差异（P 〉 0.05）．在鸡前脂肪细胞（stromal- vascular cells，SV）诱导分化过程中，gFBXO38t1的表达量随着脂肪细胞分化而呈现下降趋势，此外，gFBXO38t1在前脂肪细胞中的表达量明显高于成熟脂肪细胞（fat cells，FC；P 〈 0.05），暗示gFBXO38t1可能是鸡脂肪组织形成的负调控因子．报告基因分析显示，过表达gFBXO38t1抑制CCAAT增强子结合蛋白α（CCAAT/enhancer-binding protein α，C/EBPα）、脂蛋白脂酶（lipoprotein lipase，LPL）、脂肪酸合成酶（fatty acid synthase，FASN）和脂肪酸结合蛋白4（fatty acid-binding protein 4，FABP4）基因的启动子活性（P 〈 0.05），从另一个角度提示了gFBXO38t1对鸡脂肪组织形成具有抑制作用．同时过表达鸡KLF7和gFBXO38t1并不能显著增强过表达gFBXO38t1对鸡LPL、FASN和FABP4基因启动子活性的调控作用，暗示gFBXO38t1对这些基因的调控不完全依赖于鸡转录因子KLF7．本研究为进一步研究鸡脂肪细胞分化和FBXO38的生物学功能提供参考．

关键词： F—box蛋白 KLF7 鸡脂肪组织转录调控

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鸡Perilipin1基因启动子的克隆及分析

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畜牧兽医学报 2016年第2期47卷 249-259页

作者：周纬男史铭欣乔书培史洪岩王宇祥东北农业大学动物科学技术学院农业部鸡遗传育种重点实验室黑龙江省普通高等学校动物遗传育种与繁殖重点实验室哈尔滨150030

旨在研究鸡脂滴包被蛋白基因(Perilipin1,Plin)启动子的结构及特征。本研究采用PCR方法扩增了鸡Perilipin1基因5′侧翼区约2kb的DNA片段,并对其进行了克隆、测序及生物信息学分析;同时,构建了其全长及系列截短突变的报告基因表达载体,... 详细信息

旨在研究鸡脂滴包被蛋白基因(Perilipin1,Plin)启动子的结构及特征。本研究采用PCR方法扩增了鸡Perilipin1基因5′侧翼区约2kb的DNA片段,并对其进行了克隆、测序及生物信息学分析;同时,构建了其全长及系列截短突变的报告基因表达载体,瞬时转染鸡胚成纤维细胞系(DF-1),用双荧光素酶报告基因系统测定了荧光素酶活性,确定了该基因的核心启动子区域。生物信息学分析结果表明,鸡Perilipin1基因的启动子区不存在典型的TATA box结构和CpG岛,但可能存在TFIID、Sp1、AP2、PPAR、RXR、SREBP1、C/EBP、GATA、ER、KLF5等多个转录因子结合位点;报告基因分析结果表明,本研究克隆的鸡Perilipin1基因启动子能够极显著地启动报告基因的表达(P<0.01),并且随着启动子片段由5′端逐渐截短,报告基因活性表现出逐渐增强的趋势,其中-360/-11片段具有最强的报告基因活性。综上表明,鸡Perilipin1基因-360/-11区域的启动子片段具有最强的转录活性,包含该基因的核心启动子序列。

关键词：鸡脂滴包被蛋白启动子克隆分析

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