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中国科学:化学 2025年第4期55卷 877-891页

作者：徐萍胡骏驰高玉婷文鑫曹玉婷郭祖奉易文杨帆李亦舟党永军张岩南华大学衡阳医学院基础医学院细胞与遗传研究所浙江大学基础医学院重庆医科大学新靶标与化学干预教育部医药基础研究创新中心重庆大学药学院创新药物研究中心山东大学基础医学院浙江大学生命科学学院

G蛋白偶联受体(GPCR)在细胞信号转导中发挥关键核心作用,其功能通过多种化学修饰精细调控.本文综述了GPCR的主要化学修饰类型,包括磷酸化、糖基化、泛素化和棕榈酰化,并探讨了这些修饰如何影响受体的活性、稳定性、膜定位及信号转导.特... 详细信息

G蛋白偶联受体(GPCR)在细胞信号转导中发挥关键核心作用,其功能通过多种化学修饰精细调控.本文综述了GPCR的主要化学修饰类型,包括磷酸化、糖基化、泛素化和棕榈酰化,并探讨了这些修饰如何影响受体的活性、稳定性、膜定位及信号转导.特别是,磷酸化修饰通过G蛋白偶联受体激酶(GRKs)调控β-Arrestin的结合,进而调节信号转导的强度和持续时间.糖基化修饰影响受体的膜表面表达以及信号偏向性,而泛素化与棕榈酰化修饰则涉及受体的降解、内吞以及膜定位的调控.本文还探讨了这些化学修饰在药物开发中的潜在应用,特别是在心血管疾病、神经退行性疾病和代谢紊乱等领域的最新研究进展,为未来药物设计提供了新的策略和视角.最后,本文总结了GPCR修饰研究在生物学和临床应用中的前景与挑战.

关键词： G蛋白偶联受体化学修饰磷酸化糖基化化学干预

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转录-蛋白组学关联分析坎帕尼亚盐单胞菌野生型与紫外突变型菌株的差异表达基因与蛋白质

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微生物学报 2025年第4期65卷 1601-1615页

作者：崔金子韩睿乔丽娟李永臻邢江娃王嵘沈国平朱德锐青海大学医学院基础医学研究中心青海西宁青海大学农林科学院蔬菜遗传与生理重点实验室青海西宁

野生型坎帕尼亚盐单胞菌(Halomonas campaniensis)经9轮紫外循环诱变,获得1株高产四氢嘧啶(ectoine)的突变菌株G9-72,关于菌株差异表达基因、蛋白质以及四氢嘧啶产量暴发的分子机制有待深入探讨。【目的】探讨野生菌株XH26和突变菌株G9... 详细信息

野生型坎帕尼亚盐单胞菌(Halomonas campaniensis)经9轮紫外循环诱变,获得1株高产四氢嘧啶(ectoine)的突变菌株G9-72,关于菌株差异表达基因、蛋白质以及四氢嘧啶产量暴发的分子机制有待深入探讨。【目的】探讨野生菌株XH26和突变菌株G9-72的差异表达基因或蛋白质(differential expression genes/proteins, DEGs/DEPs),并关联分析四氢嘧啶高效积聚的分子响应机制。【方法】在无盐和1.5 mol/L NaCl条件下培养菌株XH26和G9-72,利用Illumina Hi Seq高通量测序和定量质谱蛋白组学技术分析菌株转录组-蛋白质组学的差异变化,并采用逆转录定量PCR对显著DEGs的表达进行验证。【结果】转录组学筛选出11条氨基酸代谢通路(涉及44个DEGs)与四氢嘧啶合成代谢相关;蛋白组学筛选出10条氨基酸代谢通路(涉及50个DEPs)与四氢嘧啶合成代谢相关。转录-蛋白关联分析筛选出15个显著DEGs,其中7个基因(ectB、betB、betA、asd、doeD、doeC、gabD)在2个组学中表达上调;4个基因(ItaE、gdhA、gabT、acnB)在2个组学中表达下调;3个基因(gltD、atoB、narG)在转录组学中下调,而在蛋白组学中表达上调;基因nar K在转录组学中表达上调,但在蛋白组学中未检测到表达。RT-q PCR验证结果与RNA-seq测序分析一致。【结论】突变菌株四氢嘧啶的积聚量暴发与代谢通路的关键基因有关(合成基因asd和ectB,分解基因doeD和doeC),与代谢通路上游的参与基因间接相关(betB、 betA、 ItaE、 gltD、gadA和acnB),以及四氢嘧啶的生物合成与Ala/Asp/Glu/His代谢途径(gabD、gdhA、gabT、atoB)和氮源代谢(narK和narG)高度关联。

关键词：坎帕尼亚盐单胞菌四氢嘧啶转录组学蛋白质组学差异表达基因

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转录组学分析Fe_(3)O_(4)纳米颗粒胁迫下盐单胞菌XH26与四氢嘧啶代谢相关的差异表达基因

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微生物学报 2025年第1期65卷 239-255页

作者：张培霞陶宇杰乔丽娟王嵘韩睿朱德锐沈国平青海大学医学院基础医学研究中心青海西宁810016 青海大学农林科学院蔬菜遗传与生理重点实验室青海西宁810016

【目的】探究Fe_(3)O_(4)纳米颗粒(Fe_(3)O_(4)nanoparticles,Fe_(3)O_(4)NPs)与坎帕尼亚盐单胞菌(Halomonas campaniensis)XH26共培养后的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),明确Fe_(3)O_(4)NPs促进XH26胞内四氢嘧啶积聚量增长的分子机制。【方法】设置空白组(C,0 g/L)、低浓度组(L,0.01 g/L)、中浓度组(M,0.10 g/L)和高浓度组(H,0.50 g/L)的Fe_(3)O_(4)NPs与菌株XH26共培养。采用Illumina Hi Seq 300PE进行转录组测序,探究菌株不同浓度组的DEGs,并采用RT-q PCR验证关键的DEGs。【结果】与空白C组相比,M组四氢嘧啶的积累量提高了55.67%(708.87 mg/L),M组和H组的亚铁离子和抗氧化能力显著升高,而H组的羟基自由基含量高于M组。转录组学分析显示,M组中与菌株XH26胞内代谢相关的DEGs富集于精/脯氨酸代谢(13个)、氮代谢通路(11个)、硫代谢通路(10个),主要功能与四氢嘧啶合成通路(11个)、电子传递途径(7个)及抗氧化酶系(5个)相关。RT-q PCR验证了四氢嘧啶合成代谢关键基因lys C、asd和基因簇ect ABC,精氨酸(arginine,Arg)代谢通路基因ast A/B/D/E以及尿素循环基因arg E/H的表达趋势,与RNA-seq测序结果相一致。【结论】四氢嘧啶是细菌细胞和生物大分子重要的稳定保护剂。Fe_(3)O_(4)NPs胁迫下菌株XH26胞内的活性氧(reactive oxygen species,ROS)增多,且影响胞内的氨基酸和氮代谢过程。菌株XH26通过提升抗氧化能力,增加胞内的四氢嘧啶积聚量,以应对Fe_(3)O_(4)NPs的胁迫作用。

关键词： Fe_(3)O_(4)纳米颗粒坎帕尼亚盐单胞菌转录组学四氢嘧啶氧化应激

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宫腔粘连分离术后首个FET周期活产结局的临床影响因素分析:一项真实世界研究

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中华生殖与避孕杂志 2025年第1期45卷 45-58页

作者：汪晨彭扬琴陈辉板得莹李元龚斐林戈中南大学基础医学院、生殖与干细胞工程研究所长沙410013 湖南省生殖与遗传临床医学研究中心、中信湘雅生殖与遗传专科医院科研部长沙410221 湖南省生殖与遗传临床医学研究中心、中信湘雅生殖与遗传专科医院生殖中心长沙410221

目的探讨宫腔粘连分离术后首个冻融胚胎移植(frozen-thawed embryo transfer,FET)周期活产结局的临床影响因素。方法采用回顾性病例对照研究,分析2019年1月至2022年6月期间在中信湘雅生殖与遗传专科医院生殖中心行FET的宫腔粘连患者临... 详细信息

目的探讨宫腔粘连分离术后首个冻融胚胎移植(frozen-thawed embryo transfer,FET)周期活产结局的临床影响因素。方法采用回顾性病例对照研究,分析2019年1月至2022年6月期间在中信湘雅生殖与遗传专科医院生殖中心行FET的宫腔粘连患者临床资料(n=6154)。根据患者宫腔粘连的严重程度分为轻度粘连(n=172)、中度粘连(n=5723)和重度粘连(n=259),并按照FET结局分为活产组与未活产组。通过多因素logistic回归对影响活产的危险因素和保护因素进行分析。结果①在轻度粘连患者中,未找到影响活产率的独立因素。②在中度粘连患者中,影响活产的保护因素包括继发不孕(OR=1.39,95%CI:1.07~1.80,P=0.015)、术中同时行子宫内膜息肉(OR=1.38,95%CI:1.05~1.83,P=0.023)、移植优质胚胎数(1枚胚胎OR=1.58,95%CI:1.37~1.82,P<0.001;2枚胚胎OR=2.55,95%CI:1.80~3.64,P<0.001)、移植2枚胚胎(OR=1.77,95%CI:1.48~2.12,P<0.001)、移植胚胎类型(囊胚OR=4.93,95%CI:3.68~6.63,P<0.001;囊胚+卵裂期胚OR=1.90,95%CI:1.11~3.21,P=0.021)、植入前遗传学检测胚胎(OR=1.42,95%CI:1.19~1.69,P<0.001)、移植前内膜厚度(OR=1.11,95%CI:1.07~1.15,P<0.001);影响活产的危险因素包括女方年龄(OR=0.94,95%CI:0.92~0.96,P<0.001)、男方因素不孕(OR=0.83,95%CI:0.71~0.96,P=0.011)、合并反复植入失败(OR=0.60,95%CI:0.42~0.87,P=0.007)、合并单角子宫/双子宫(OR=0.25,95%CI:0.06~0.79,P=0.033)、宫腔粘连评分(OR=0.94,95%CI:0.89~0.98,P=0.010)、既往宫腔粘连分离手术次数(OR=0.83,95%CI:0.77~0.90,P<0.001)、周期方案(降调节人工周期OR=0.56,95%CI:0.45~0.69,P<0.001;人工周期OR=0.62,95%CI:0.51~0.76,P<0.001)。③在重度粘连患者中,影响活产的危险因素为人工周期(OR=0.25,95%CI:0.07~0.80,P=0.027)。结论影响宫腔粘连分离术后首个FET周期活产结局的临床因素在不同严重程度的粘连患者中结果不同。在中度粘连患者中,有17个临床指标影响活产率。在重度粘连患者中,人工周期是影响活产率的独立因素。

关键词：不孕症宫腔粘连生殖技术,辅助冻融胚胎移植活产率

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全基因组关联研究中极端不平衡数据的统计分析方法(二)

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中华流行病学杂志 2025年第1期46卷 147-153页

作者：谢宁毕文健张中文邵方魏永越赵杨张汝阳陈峰南京医科大学公共卫生学院生物统计学系南京211166 北京大学基础医学院医学遗传学系北京100191 北京大学公众健康与重大疫情防控战略研究中心北京100191 南京医科大学环境与人类健康国际联合研究中心南京211166 南京医科大学附属常州第二人民医院信息科常州213164

极端不平衡数据定义为自变量或因变量指标的取值呈现严重比例失衡的数据,在此情境下,参数模型假设检验的经典统计量明显偏离大样本下的理论分布,导致第一类错误膨胀。超大型人群队列全基因组资源的日益共享使得高效准确处理极端不平衡... 详细信息

极端不平衡数据定义为自变量或因变量指标的取值呈现严重比例失衡的数据,在此情境下,参数模型假设检验的经典统计量明显偏离大样本下的理论分布,导致第一类错误膨胀。超大型人群队列全基因组资源的日益共享使得高效准确处理极端不平衡数据的统计需求日益突出,也推动了遗传统计方法的发展。本文介绍当前全基因组关联研究中2种常用处理极端不平衡数据的校正方法:Firth校正方法和鞍点近似方法,并通过模拟实验展示其可有效控制第一类错误,最后,简单介绍极端不平衡基因组学数据常用分析软件。本文为研究者对极端不平衡数据的统计分析提供理论参考和应用推荐。

关键词：全基因组关联研究极端不平衡数据 Firth校正鞍点近似罕见变异

来源：评论

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赤麂线粒体全基因组的序列和结构

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动物学报 2003年第5期49卷 629-636页

作者：施燕峰单祥年李健张晓梅张海军东南大学基础医学院遗传研究中心南京210009

提取赤麂细胞株总DNA ,参照我们实验室已测定的同属动物小麂线粒体全基因组序列设计引物 ,PCR扩增、测序、拼接 ,获得赤麂线粒体全基因组序列并进行生物信息学分析。赤麂线粒体全基因组序列全长 16 35 4bp。定位了 2 2个tRNA基因、 2个r... 详细信息

提取赤麂细胞株总DNA ,参照我们实验室已测定的同属动物小麂线粒体全基因组序列设计引物 ,PCR扩增、测序、拼接 ,获得赤麂线粒体全基因组序列并进行生物信息学分析。赤麂线粒体全基因组序列全长 16 35 4bp。定位了 2 2个tRNA基因、 2个rRNA基因、 13个蛋白编码基因和 1个D loop区。赤麂与小麂及其它哺乳动物线粒体的基因组结构相同。

关键词：赤麂线粒体基因组测序序列分析

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鹿科动物线粒体控制区序列分析与系统进化(英文)

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Acta Genetica Sinica 2004年第4期31卷 395-402页

作者：施燕峰单祥年李健史庭燕郑爱玲东南大学基础医学院遗传中心南京210009

通过测定鹿科麂亚科中的小麂、赤麂和黑麂的线粒体全基因组 ,从而定位它们的控制区 ,并从GenBank获得鹿科另外 3个亚科 9种动物的线粒体控制区全序列。利用MEGA软件计算了各物种控制区序列的碱基组成、遗传距离和遗传相似度 ,通过比较... 详细信息

通过测定鹿科麂亚科中的小麂、赤麂和黑麂的线粒体全基因组 ,从而定位它们的控制区 ,并从GenBank获得鹿科另外 3个亚科 9种动物的线粒体控制区全序列。利用MEGA软件计算了各物种控制区序列的碱基组成、遗传距离和遗传相似度 ,通过比较序列同源性 ,以羊线粒体控制区序列为外群 ,构建NJ分子系统树 ,探讨了鹿科 4个亚科 12种动物的系统进化关系。序列分析表明 ,鹿科 12种动物控制区序列的碱基长度在 90 9～ 10 4 9bp之间 ,A +T含量约占 6 2 0 6 % ,其中 36 3个核苷酸位点存在变异 (约占34% )。系统进化关系结果表明 :(1)以线粒体控制区构建的鹿科 12种动物分子系统树基本与NCBI分类一致 ;(2 )美洲鹿亚科驼鹿属驼鹿在鹿科这 12种动物中处于最为原始的地位 ;(3)小麂比赤麂和黑麂更为原始 ;(4)獐亚科獐属的獐与美洲鹿亚科狍鹿属的狍鹿和美洲狍鹿聚为一支。

关键词：鹿科线粒体控制区系统发育

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小麂线粒体基因组全序列的测定和分析

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遗传 2004年第6期26卷 849-853页

作者：张晓梅单祥年施燕峰张海军李健郑爱玲东南大学基础医学院遗传中心南京210009

通过建立麂属动物小麂线粒体DNA文库、鸟枪法测序 ,获得了小麂线粒体基因组全序列并对其基因组成、蛋白质的编码序列、tRNA基因等结构作了详细分析 ,这也是国内有关哺乳动物线粒体基因组全序列的首次报道。与其他哺乳动物线粒体基因组... 详细信息

通过建立麂属动物小麂线粒体DNA文库、鸟枪法测序 ,获得了小麂线粒体基因组全序列并对其基因组成、蛋白质的编码序列、tRNA基因等结构作了详细分析 ,这也是国内有关哺乳动物线粒体基因组全序列的首次报道。与其他哺乳动物线粒体基因组全序列的比较研究发现 :全长为 16 35 4bp的小麂线粒体基因组同样编码 13种蛋白质、2种rRNA和 2 2种tRNA ,除了用于调控线粒体DNA复制和转录的D Loop区以外 ,小麂线粒体基因组各基因长度、位置与其他哺乳动物相似。

关键词：小麂线粒体基因组鸟枪法测序序列分析

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树状DNA原位杂交技术在子宫颈癌人乳头状瘤病毒DNA分型检测和细胞学定位中的应用

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中华妇产科杂志 2005年第1期40卷 53-54页

作者：史庭燕单祥年施燕峰赵苏瑛单云峰东南大学基础医学院遗传中心南京210009

人乳头状瘤病毒(human papilloma virus, HPV)是一种环状双链DNA病毒,其基因组大小为7.9 kb.目前,传统的细胞学和血清学方法诊断率较低,特异性欠佳.树状DNA杂交(DDH)技术是一种信号放大技术,它通过增加标记探针的拷贝数或标记物的信号... 详细信息

人乳头状瘤病毒(human papilloma virus, HPV)是一种环状双链DNA病毒,其基因组大小为7.9 kb.目前,传统的细胞学和血清学方法诊断率较低,特异性欠佳.树状DNA杂交(DDH)技术是一种信号放大技术,它通过增加标记探针的拷贝数或标记物的信号强度来提高敏感度[1],具有与PCR技术相似的高敏感性.本研究采用以4层单体组成的3DNA树状体作为靶序列探针载体的DDH技术,并结合原位杂交方法,对45例临床诊断为宫颈癌患者的癌组织分别进行HPV16、18DNA检测,并就提高杂交敏感性的方法学做进一步探讨,为临床推荐一个行之有效的新方法。

关键词：树状DNA原位杂交技术子宫颈癌人乳头状瘤病毒病毒DNA 细胞学定位

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抗果蝇ECP蛋白单克隆抗体的制备及特性鉴定

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细胞与分子免疫学杂志 2005年第6期21卷 745-746页

作者：刘加彬汪道涌孙明宽徐敏刘琍谢维东南大学基础医学院遗传学研究中心江苏南京210009

目的: 制备抗果蝇ECP蛋白的单克隆抗体(mAb)并进行特性鉴定.方法: 用大肠杆菌表达并纯化的GST-ECP融合蛋白, 免疫6～8 wk的雌性BALB/c小鼠, 取其脾细胞与Sp2/0骨髓瘤细胞融合, 经间接ELISA筛选和克隆化培养制备杂交瘤细胞系.用间接ELISA... 详细信息

目的: 制备抗果蝇ECP蛋白的单克隆抗体(mAb)并进行特性鉴定.方法: 用大肠杆菌表达并纯化的GST-ECP融合蛋白, 免疫6～8 wk的雌性BALB/c小鼠, 取其脾细胞与Sp2/0骨髓瘤细胞融合, 经间接ELISA筛选和克隆化培养制备杂交瘤细胞系.用间接ELISA及Western blot等方法对mAb的Ig亚类(型)、腹水效价及特异性进行鉴定.结果: 获得1株杂交瘤细胞株, 命名为***亚类(型)鉴定表明, 此株mAb为IgG1(κ型).腹水mAb的效价为 1∶ 1×*** blot分析表明, 该株mAb可与果蝇的幼虫、蛹及成虫组织中表达的ECP特异性结合, 可特异性的识别ECP抗原的231～300aa区段.结论: 获得1株能稳定分泌抗ECP mAb的细胞株, 为进一步研究ECP的功能奠定了基础.

关键词：黑腹果蝇 ECP 单克隆抗体抗原表位

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