检索结果-内蒙古大学图书馆

电子学报 2021年第8期49卷 1489-1497页

作者：李鹏闵慧罗爱静中南大学湘雅三医院湖南长沙410013 湖南中医药大学信息科学与工程学院湖南长沙410208 医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室(中南大学) 湖南长沙410006 湖南信息职业技术学院软件学院湖南长沙410200

动态蛋白质网络的构建和复合物挖掘问题是目前研究的热点.针对现有的算法在解决前述问题上的不足,文中考虑了蛋白质的活性周期和连接强度,首先提出了一种基于动态图的蛋白质网络构建算法.然后基于密度聚类设计了一种在动态蛋白质网络上... 详细信息

动态蛋白质网络的构建和复合物挖掘问题是目前研究的热点.针对现有的算法在解决前述问题上的不足,文中考虑了蛋白质的活性周期和连接强度,首先提出了一种基于动态图的蛋白质网络构建算法.然后基于密度聚类设计了一种在动态蛋白质网络上挖掘复合物的算法(PCMA).整个挖掘过程包含三个步骤:基于DBSCAN(Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise)算法的蛋白质复合物生成;基于合并增益的蛋白质复合物合并和基于归属度的复合物调整.在多个公开的生物数据集上进行了实验,实验结果表明,所提算法在查全率、查准率和F-measure方面的性能都要优于现有的算法,且对输入参数不敏感.在保证蛋白质复合物挖掘准确性的前提下,算法的时间复杂度处于一个合理的范围之内.

关键词：动态蛋白质网络蛋白质复合物动态图密度聚类查全率查准率时间复杂度

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采用隐马尔科夫模型的蛋白质复合物识别研究

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计算机科学与探索 2021年第10期15卷 1980-1989页

作者：李鹏罗爱静闵慧谭荪怡郭惠敏中南大学湘雅三医院长沙410006 湖南中医药大学信息科学与工程学院长沙410208 医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室(中南大学) 长沙410006 湖南信息职业技术学院软件学院长沙410200

动态蛋白质网络的构建和复合物识别问题是生物信息学领域目前研究的热点。针对现有的算法在解决前述问题上的不足,提出了一种基于隐马尔科夫模型的蛋白质复合物识别算法(HMM-PC)。首先基于蛋白质的基因共表达特性构建初始蛋白质网络,然... 详细信息

动态蛋白质网络的构建和复合物识别问题是生物信息学领域目前研究的热点。针对现有的算法在解决前述问题上的不足,提出了一种基于隐马尔科夫模型的蛋白质复合物识别算法(HMM-PC)。首先基于蛋白质的基因共表达特性构建初始蛋白质网络,然后利用蛋白质的共享功能注释、共享结构域和连接强度等信息来对网络进行加权,得到动态蛋白质网络。在此基础上,考虑前一时刻蛋白质网络拓扑结构信息对当前时刻蛋白质网络拓扑结构信息的影响,采用隐马尔科夫模型描述蛋白质复合物与网络个体间的相互关系,进而将动态蛋白质网络中的复合物识别问题建模为隐马尔科夫模型中的最优状态序列发现问题,并采用维特比算法识别得到蛋白质复合物。最后通过理论分析证明了所提算法的复杂度较低。采用DIP数据集和MIPS数据集中的酵母蛋白质网络作为测试对象,大量的仿真实验结果也表明,HMM-PC算法的鲁棒性较强,在查全率、查准率、F-measure和效率等方面的性能都要优于现有的复合物识别算法。

关键词：动态蛋白质网络蛋白质复合物隐马尔科夫模型状态序列维特比算法

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一种改进的蛋白质网络全局比对算法研究

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计算机应用研究 2021年

作者：李鹏罗爱静闵慧中南大学湘雅三医院中南大学医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室湖南中医药大学信息科学与工程学院湖南信息职业技术学院计算机工程系

蛋白质网络比对在寻找不同物种同源性的关系、蛋白质功能预测和保守功能模块挖掘等方面具有十分重要的生物学意义。针对现有的网络全局比对算法的不足,提出一种改进的蛋白质网络全局比对算法(IGA-PPIN)。首先,根据待比对的蛋白质网络的... 详细信息

蛋白质网络比对在寻找不同物种同源性的关系、蛋白质功能预测和保守功能模块挖掘等方面具有十分重要的生物学意义。针对现有的网络全局比对算法的不足,提出一种改进的蛋白质网络全局比对算法(IGA-PPIN)。首先,根据待比对的蛋白质网络的分层聚类结果来计算蛋白质的同源得分,并将序列信息、局部和全局网络拓扑信息均考虑在内计算蛋白质的拓扑得分,将两者结合后作为蛋白质比对得分;然后利用匈牙利算法和比对得分计算两个PPIN中蛋白质的最优匹配;最后以初始比对结果为指导,采用迭代策略使仍然存在的进化保守相互作用的数量最大化。利用多种基准数据进行的仿真实验结果表明,IGA-PPIN在精度、召回率等多种功能一致性指标上的性能要优于GHOST、MAGNA++、NETAL、HubAlign和L-GRAAL等最新算法。

关键词：蛋白质网络比对匈牙利算法比对得分迭代策略功能一致性指标

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基于中医药大数据和图卷积神经网络的前列腺癌诊断模型的建立

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北京中医药大学学报 2020年第12期43卷 1034-1041页

作者：李鹏罗爱静闵慧中南大学湘雅三医院湖南410013 湖南中医药大学信息科学与工程学院医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室湖南信息职业技术学院软件学院

目的基于人工智能技术的前列腺癌诊断是目前的研究热点。然而现有的智能诊断方法大多只能利用MRI、CT等图片数据进行前列腺癌诊断,还无法对前列腺癌的图数据进行处理,局限性很大,诊断性能还有待提高。为了弥补这一不足,提出一种基于图... 详细信息

目的基于人工智能技术的前列腺癌诊断是目前的研究热点。然而现有的智能诊断方法大多只能利用MRI、CT等图片数据进行前列腺癌诊断,还无法对前列腺癌的图数据进行处理,局限性很大,诊断性能还有待提高。为了弥补这一不足,提出一种基于图卷积神经网络(GCN)的前列腺癌诊断模型(PCa-GCN)。方法首先从各大医院收集到前列腺癌检查数据样本,然后基于jieba分词、词袋模型、最大熵模型等预处理来构建得到病历图。接着将病历图作为GCN的输入来学习得到前列腺癌特征的图嵌入表示,最后采用基于Sigmoid的逻辑回归实现特征与前列腺癌之间的映射,完成对前列腺癌的准确诊断。结果基于K折交叉验证的实验结果表明,PCa-GCN模型在召回率和ROC曲线方面的性能优于其他诊断方法。结论PCa-GCN模型可实现前列腺癌的精准诊断,为前列腺癌数据分析、疾病预防提供技术支持。

关键词：前列腺癌图卷积神经网络病历图图嵌入诊断召回率

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“新工科”人才培养体系探索研究——以计算机大类为例

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科技风 2022年第28期 31-33页

作者：李鹏闵慧湖南中医药大学信息科学与工程学院湖南长沙410208 中南大学湘雅三医院湖南长沙410013 医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室(中南大学) 湖南长沙410006 湖南信息职业技术学院软件学院湖南长沙410200

在新工科背景下,如何设计培养体系,平衡工程人才和理论研究人才的培养;如何选择合适的评估手段,规范教学活动;如何建立良性的校企合作机制,提高人才培养质量等,已经成为各大院校必须解决的问题。文中以计算机大类为例,探索了“新工科”... 详细信息

在新工科背景下,如何设计培养体系,平衡工程人才和理论研究人才的培养;如何选择合适的评估手段,规范教学活动;如何建立良性的校企合作机制,提高人才培养质量等,已经成为各大院校必须解决的问题。文中以计算机大类为例,探索了“新工科”背景下的人才培养问题,指出了人才培养面临的挑战,从四个维度出发构建了较为完善的人才培养体系,弥补了高校人才培养存在的不足,具有良好的实施前景。

关键词：新工科人才培养体系评估手段校企合作

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改进的动态PPI网络构建与蛋白质功能预测算法

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计算机工程 2020年第12期46卷 52-59页

作者：李鹏闵慧罗爱静瞿昊宇伊娜许家祺中南大学湘雅三医院长沙410006 湖南中医药大学信息科学与工程学院长沙410208 医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室(中南大学) 长沙410006 湖南信息职业技术学院软件学院长沙410200

构建可靠的动态蛋白质网络是提高蛋白质未知功能预测和蛋白质复合物识别性能的关键,然而现有蛋白质网络构建和功能预测方法普遍存在鲁棒性低、预测精度不足等问题。为此,设计改进的动态蛋白质网络构建算法。采用进化图对蛋白质相互作用... 详细信息

构建可靠的动态蛋白质网络是提高蛋白质未知功能预测和蛋白质复合物识别性能的关键,然而现有蛋白质网络构建和功能预测方法普遍存在鲁棒性低、预测精度不足等问题。为此,设计改进的动态蛋白质网络构建算法。采用进化图对蛋白质相互作用进行建模,基于蛋白质的活性周期将整个蛋白质网络划分为多个时间片的动态子网,在各个子网内部依据蛋白质之间的连接强度确定相互作用关系,从而得到一个全局的动态蛋白质网络。在此基础上,通过考查未知功能蛋白质邻居节点功能注释情况的差异,提出基于功能关联得分或神经网络的功能预测算法IPA-PF。在多个公开生物数据集上的实验结果表明,IPA-PF算法的查全率、查准率和F-measure指标优于HPMM、D-PIN、EFM和FP-BMD算法,且对输入参数不敏感,在保证功能预测准确性的前提下,其时间复杂度处于合理范围内。

关键词：动态蛋白质网络进化图连接强度功能预测神经网络

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基于战略坐标和共现网络的肝脏分割研究可视化分析

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中华医学图书情报杂志 2020年第4期29卷 53-65页

作者：姚山虎冯智超李娜容鹏飞罗爱静中南大学湘雅三医院湖南长沙410013 中南大学生命科学学院生物医学信息系湖南长沙410013 医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室湖南长沙410013

目的:使用知识图谱的方法分析医学影像领域肝脏分割研究的知识基础、研究热点。方法:以Web of Science核心数据集为来源,将"肝脏""医学影像""CT""MRI""PET""超声"等作为... 详细信息

目的:使用知识图谱的方法分析医学影像领域肝脏分割研究的知识基础、研究热点。方法:以Web of Science核心数据集为来源,将"肝脏""医学影像""CT""MRI""PET""超声"等作为主题词,"分割"作为题目关键词进行检索,使用Bicomb 2. 0对引文、关键词等数据进行清洗和频次统计,使用g CLUTO 1. 0构建高频引文、高频关键词双聚类图,使用Excel构建高频引文、高频关键词战略坐标图,使用Ucinet 6构建高频引文、高频关键词共现网络图。结果:共检索到825篇文献,自2007年开始载文量逐年快速增长。高频引文双聚类分析发现5类基础知识,高频关键词双聚类分析发现6个研究热点。结论:肝脏自动分割仍处于初始阶段,虽然形成了一些主题和分割方法,并不断引入新的分割方法,但这些算法各有优势及局限,需要根据具体情况选择、设计和组合形成合适的分割算法。

关键词：肝脏分割知识基础研究热点战略坐标共现网络

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基于连接强度的动态蛋白质网络构建算法研究

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计算机与数字工程 2020年第11期48卷 2539-2543页

作者：李鹏闵慧罗爱静许家祺颜湘茹伊娜刘杰湖南中医药大学信息科学与工程学院长沙410208 中南大学湘雅三医院长沙410006 医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室(中南大学) 长沙410006 湖南信息职业技术学院软件学院长沙410200

为了解决现有的蛋白质网络构建方法在准确性、鲁棒性等方面的不足,提出了一种基于连接强度的动态蛋白质网络构建算法。首先,基于基因表达均值计算来对所有的蛋白质划分时间片,然后对于拥有相同时间片的蛋白质,采用连接强度来判断它们之... 详细信息

为了解决现有的蛋白质网络构建方法在准确性、鲁棒性等方面的不足,提出了一种基于连接强度的动态蛋白质网络构建算法。首先,基于基因表达均值计算来对所有的蛋白质划分时间片,然后对于拥有相同时间片的蛋白质,采用连接强度来判断它们之间是否存在相互作用关系,进而构建出相应的蛋白质子网。最后,基于进化图来将多个时间片内的子网构建成动态蛋白质网络模型。以DIP数据集和CYC2008数据集为实验对象,利用多种典型的复合物识别算法在文中构建的蛋白质网络上进行测试,结果表明,论文构建的蛋白质网络明显地提高了复合物识别的精度,且鲁棒性较高。

关键词：动态蛋白质网络连接强度时间片进化图精度鲁棒性

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支持向量机基础上的银屑病辅助诊断方法研究

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医学信息学杂志 2020年第9期41卷 37-41页

作者：李鹏闵慧罗爱静湖南中医药大学信息科学与工程学院长沙410208 中南大学湘雅三医院长沙410006 医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室(中南大学) 长沙410006 湖南信息职业技术学院软件学院长沙410200

介绍基于支持向量机的银屑病辅助诊断方法实现流程,包括数据收集和预处理、构建数据库群、特征提取、建立基于支持向量机的辅助诊断模型。通过实验验证该方法的有效性,其诊断精度较高,可以为银屑病数据分析、疾病预防提供技术支持。

关键词：银屑病数据清洗特征提取支持向量机序列最小优化算法精度

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基于逻辑回归模型的缺血性脑卒中发病率预测研究

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医学信息学杂志 2020年第6期41卷 28-32页

作者：李鹏闵慧瞿昊宇罗爱静湖南中医药大学信息科学与工程学院长沙410208 中南大学湘雅三医院长沙410006 医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室(中南大学) 长沙410006 湖南信息职业技术学院软件学院长沙410200

介绍基于逻辑回归模型的缺血性脑卒中发病率预测方法及流程,包括收集和清洗数据、构建大数据平台、提取预测特征、构建基于逻辑回归的模型等。通过仿真实验验证该方法的有效性,为脑卒中数据分析、疾病预防提供技术支持。

关键词：缺血性脑卒中数据清洗特征提取逻辑回归小批量梯度下降法预测精度

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