检索结果-内蒙古大学图书馆

经济林研究 2013年第4期31卷 1-8页

作者：乌云塔娜王淋叶生晶中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 国家林业局杜仲工程技术研究中心河南郑州450003 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 国家林业局中南林业调查规划设计院湖南长沙410014

乙酰CoA酰基转移酶(acetylCoA Cacetyltransferase,ACOT)是萜类化合物生物合成甲羟戊酸(mevalonate pathway,MVA)途径的起始酶,为了揭示生物合成杜仲胶的机制,对杜仲ACOTS基因家族进行全面的生物信息学分析。EuACOTS家族含有3个基因,分... 详细信息

乙酰CoA酰基转移酶(acetylCoA Cacetyltransferase,ACOT)是萜类化合物生物合成甲羟戊酸(mevalonate pathway,MVA)途径的起始酶,为了揭示生物合成杜仲胶的机制,对杜仲ACOTS基因家族进行全面的生物信息学分析。EuACOTS家族含有3个基因,分别记为EuACOT8、EuACOT9、EuACOT10。对其氨基酸序列的理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性以及同源进化等性质进行了分析,结果发现EuACOTS蛋白质的性质结构均较为相似,均存在2个硫解酶的特异保守序列,均属于稳定的疏水蛋白,无明显的跨膜区。在对EuACOTS基因家族启动子顺式作用元件潜在功能的预测分析中发现,EuACOTS基因家族启动子顺式作用元件进行比较发现启动子作用既有保守性,又有特异性,其中EuACOTS家族含有大量基本顺式作用元件TATAbox,CAATbox以及光(AE-box、Box I、MNF1)、乙烯(ERE)、真菌诱导(Box-W1)和脱落酸(ABRE)等多个顺式调控元件。

关键词：杜仲乙酰CoA 酰基转移酶生物信息学

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四数九里香种子自然萌发和离体萌发条件筛选

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经济林研究 2017年第3期35卷 93-101页

作者：蒋建林王森李畅郭红艳中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 江西环境工程职业学院江西赣州341000 中国林业科学研究院亚热带林业实验中心江西分宜336600

为提高四数九里香种子萌发率,研究了最佳浓硫酸处理种子的时间及不同激素处理对四数九里香种子自然萌发的影响,以完整种子和带胚子叶作为外植体,研究不同质量浓度的6-BA、NAA、IBA、GA3对外植体生长的影响,及不同质量浓度活性炭对外植... 详细信息

为提高四数九里香种子萌发率,研究了最佳浓硫酸处理种子的时间及不同激素处理对四数九里香种子自然萌发的影响,以完整种子和带胚子叶作为外植体,研究不同质量浓度的6-BA、NAA、IBA、GA3对外植体生长的影响,及不同质量浓度活性炭对外植体褐化的影响。结果表明,浓硫酸最佳处理时间为1 min;用200×10-6的IBA处理过的种子发芽率最高,达50%;其次是50×10^(-6)和150×10^(-6)的NAA,其萌发率均为45%;外植体在添加2.5 mg/L 6-BA、0.2 mg/L IBA、0.1 mg/L GA3或0.2 mg/L NAA的培养基上诱导率较高,活性炭为1.5 g/L时外植体褐化程度最低;四数九里香胚培养的最佳培养基为添加2.5 mg/L 6-BA、0.1 mg/L GA3、0.2mg/L NAA和1.5 g/L活性炭的MS培养基。

关键词：四数九里香植物组织培养生长素活性炭褐化

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杜仲甲羟戊酸激酶(EuMK)基因鉴定及生物信息学分析

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经济林研究 2014年第1期32卷 6-12页

甲羟戊酸激酶(mevalonate kinase,MK)是萜类化合物生物合成甲羟戊酸(mevalonate pathway,MVA)途径的限速酶之一。为了探明EuMK对杜仲胶生物合成的调控机制,对EuMK所编码蛋白质氨基酸序列的理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质... 详细信息

甲羟戊酸激酶(mevalonate kinase,MK)是萜类化合物生物合成甲羟戊酸(mevalonate pathway,MVA)途径的限速酶之一。为了探明EuMK对杜仲胶生物合成的调控机制,对EuMK所编码蛋白质氨基酸序列的理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构、结构保守域以及基因组内含子和外显子结构特征等进行了全面的生物信息学分析,结果发现EuMK蛋白质序列均存在3个与甲羟戊酸底物结合及催化反应有关的保守结构域;EuMK的氨基酸组成中性的疏水性蛋白居多数,属于稳定的疏水性蛋白;无明显的跨膜结构,均在膜外;二级结构为混合型结构的蛋白质。EuMK均含有4个外显子,3个内含子;EuMK基因家族启动子顺式作用元件潜在功能的预测分析发现,含有大量基本顺式作用元件TATAbox,CAATbox,还含有光(AE-box、CGT-motif、Box 4、G-box)、生长素(ERE、ABRE、TCA-element)响应等多个顺式调控元件。

关键词：杜仲甲羟戊酸激酶反式聚异戊二烯生物信息学

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柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码子用法

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经济林研究 2017年第2期35卷 38-44页

作者：傅建敏索玉静刘慧敏谭晓风中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 国家林业局泡桐研究开发中心河南郑州450003 中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003

为给后续柿属植物叶绿体基因工程研究提供基础,利用Codon W、CUSP、SPSS软件对5个柿属植物叶绿体基因组中的55条蛋白质编码基因序列进行密码子使用模式分析。结果显示,柿属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26.9%~27.8%,有效密... 详细信息

为给后续柿属植物叶绿体基因工程研究提供基础,利用Codon W、CUSP、SPSS软件对5个柿属植物叶绿体基因组中的55条蛋白质编码基因序列进行密码子使用模式分析。结果显示,柿属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26.9%~27.8%,有效密码子数在49.58~50.18之间,密码子偏好性较弱;柿叶绿体基因组不同位置的有效密码子数不同,取值范围为32.36~59.64;中性绘图分析和ENC-plot绘图分析结果表明,柿叶绿体基因组的密码子偏好性主要受选择的影响;通过高频密码子和高表达优越密码子分析相结合的方法,筛选出23个柿属植物最优密码子,且这些密码子主要以A和U碱基结尾。

关键词：柿属植物叶绿体密码子偏好性最优密码子

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杜仲EuHMGRS基因家族的鉴定及生物信息学分析

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经济林研究 2013年第4期31卷 16-24页

作者：王淋乌云塔娜叶生晶中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 国家林业局杜仲工程技术研究中心河南郑州450003 国家林业局中南林业调查规划设计院湖南长沙410014

萜类物质合成关键酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGRS)是甲羟戊酸途径(mevalonate pathway,MVA)的第1个限速酶,对萜类物质的合成具有重要的作用。为了探明EuHMGRS家族基因对杜仲萜类物质合成的调控机制,对EuHMGRS家族基因进行生物... 详细信息

萜类物质合成关键酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGRS)是甲羟戊酸途径(mevalonate pathway,MVA)的第1个限速酶,对萜类物质的合成具有重要的作用。为了探明EuHMGRS家族基因对杜仲萜类物质合成的调控机制,对EuHMGRS家族基因进行生物信息学分析,结果表明:杜仲EuHMGRS基因中存在HMGRS特有的保守的活性位点,其中包括2个HMG-CoA结合位点(EMPVGYVQIP、TTEGCLVA)和2个NADP(H)结合位点(DAMGMNM、GTVGGGT),因此可以确定为杜仲HMGRS基因家族,在杜仲中该家族成员至少包含3个基因,记为EuHMGR12、EuHMGR18、EuHMGR19。杜仲HMGRS与其它植物的HMGRS蛋白相比在中间区域和C端保守性高,在N端的序列相似性较低,预示不同的HMGRS基因功能上具有高度的保守性,但是对于在亚细胞定位可能会具有多样性。

关键词：杜仲萜类物质基因家族 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A

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适于转录组测序的枣不同器官总RNA提取方法筛选

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经济林研究 2015年第2期33卷 63-67页

作者：魏琦琦冯延芝林青贾宝光张琳中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学经济林培育与利用湖南省2011协同创新中心湖南长沙410004 中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003

为获得适用于转录组测序的枣花、结果枝和果实的总RNA提取方法,以中秋酥脆枣为材料,比较分析了Ambiogen和Autolab 2种总RNA提取试剂盒和基于Autolab试剂盒改良的CTAB法的总RNA的提取效果。结果表明:3种方法提取RNA的OD260/OD280差别不大... 详细信息

为获得适用于转录组测序的枣花、结果枝和果实的总RNA提取方法,以中秋酥脆枣为材料,比较分析了Ambiogen和Autolab 2种总RNA提取试剂盒和基于Autolab试剂盒改良的CTAB法的总RNA的提取效果。结果表明:3种方法提取RNA的OD260/OD280差别不大,但用2种试剂盒提取的RNA有降解,其中Ambiogen试剂盒提取的花、结果枝和果实3个器官的RNA质量浓度分别为126、284和222 ng/μL;Autolab试剂盒提取的RNA质量浓度分别为307、402和266 ng/μL;基于Autolab试剂盒改良的CTAB法提取的RNA质量浓度分别为401、417和296 ng/μL。与2种试剂盒相比,基于Autolab试剂盒改良的CTAB法提取出来的RNA完整性好、纯度和浓度高,能够满足转录组测序的要求。

关键词：中秋酥脆枣转录组测序 RNA提取 RNA完整性

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林下模拟条件下平菇生长特性分析

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农业科学 2021年第12期11卷 1124-1132页

作者：肖文静盘鑫海王清杨莹朱莞君曾艳玲中南林业科技大学经济林培育与保护教育部重点实验室经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙

食用菌在不同的光照条件下培养,生长状态不相同,其出菇时间、出菇周期、子实体长势、子实体各部位生长状态、菌包产量等都存在一定的差别。本实验通过设置自然散射光条件下不同光照强度,作为林下模拟条件的变量,对平菇在不同光强条件下... 详细信息

食用菌在不同的光照条件下培养,生长状态不相同,其出菇时间、出菇周期、子实体长势、子实体各部位生长状态、菌包产量等都存在一定的差别。本实验通过设置自然散射光条件下不同光照强度,作为林下模拟条件的变量,对平菇在不同光强条件下进行出菇培养,观察子实体生长状态特征并分析其变化差异。结果表明:光照度1500 Lx以上不利于平菇均匀生长,菌株间差异大;光照度50 Lx以下光强也不利于平菇菌盖的生长及幼小菇的发育;光照度500~1000 Lx条件下平菇子实体的生长发育情况均匀,菌柄菌盖生长比例适中,产量大,适合食用菌的生产及林下经济的发展。

关键词：平菇光照强度生长状况林下经济

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杜仲成熟果实和幼果MVA途径基因表达差异分析

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经济林研究 2013年第4期31卷 45-51页

甲基戊酸途径(mevalonate pathway,MVA)是萜类物质合成的关键途径之一。为了探明杜仲胶的生物合成机制,利用杜仲幼果及成熟果实转录组数据库,确定了MVA途径的EuACOT、EuHMGS、EuHMGR、EuMK、EuPMK、EuMDP基因,并对其表达量进行了全面分... 详细信息

甲基戊酸途径(mevalonate pathway,MVA)是萜类物质合成的关键途径之一。为了探明杜仲胶的生物合成机制,利用杜仲幼果及成熟果实转录组数据库,确定了MVA途径的EuACOT、EuHMGS、EuHMGR、EuMK、EuPMK、EuMDP基因,并对其表达量进行了全面分析。结果表明:在杜仲幼果和成熟果实转录组中,萜类物质合成(MVA)途径共涉及基因30条,分别为EuACOT 7条、EuHMGS 3条、EuHMGR 11条、EuMK 2条、EuPMK 2条、EuMDP 5条;其中,EuHMGR4、EuHMGR5在杜仲幼果中有特异表达;EuACOT7、EuHMGR10在杜仲成熟果实中有特异表达;EuACOT2-EuACOT6、EuHMGS1-EuHMGS3、EuHMGR1、EuHMGR2、EuHMGR8、EuHMGR10、EuMK1、EuMK2、EuPMK1、EuMDP1-EuMDP5在杜仲幼果和成熟果实中的表达量具有显著差异。

关键词：杜仲萜类物质合成途径基因表达幼果成熟果实差异分析

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杜仲MEP途径系列基因的基因结构预测

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经济林研究 2013年第4期31卷 39-44页

作者：刘慧敏乌云塔娜杜红岩中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 国家林业局杜仲工程技术研究中心河南郑州450003

为深入了解杜仲MEP途径基因的功能,以杜仲转录组和基因组序列为基础,预测了MEP途径系列基因的基因结构,包含两端非编码区、内含子和外显子的确定。结果表明:EuDXS2基因基因组全长为9 455 bp,包含9个内含子和10个外显子,5′端非编码区和... 详细信息

为深入了解杜仲MEP途径基因的功能,以杜仲转录组和基因组序列为基础,预测了MEP途径系列基因的基因结构,包含两端非编码区、内含子和外显子的确定。结果表明:EuDXS2基因基因组全长为9 455 bp,包含9个内含子和10个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度分别为1 853 bp和2 000 bp;EuDXR基因的基因组全长6 822 bp,包含11个内含子和12个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度为1 120 bp和2 163 bp;EuCMK基因的基因组全长为19 835 bp,包含10个内含子和11个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度分别为5 000 bp和424 bp;EuMDS基因的基因组全长为11 771 bp,包含2个内含子和3个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度均为5 000 bp;EuHDS基因的基因组全长为13 359 bp,包含18个内含子和19个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度均为2 000 bp;EuHDR基因的基因组全长为7 844bp,包含8个内含子和9个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度分别为1 347 bp和3 000 bp。

关键词：杜仲 MEP途径基因结构

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枣抑制消减cDNA文库构建与分析

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经济林研究 2016年第4期34卷 20-24页

作者：魏琦琦段经华冯延芝李芳东张琳中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学经济林培育与利用湖南省2011协同创新中心湖南长沙410004 中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003

枣树具有独特的开花结果特性，为获得枣花发育基因，以金丝4号枣不同发育时期的花蕾和同时期的叶片cDNA互为试验方和驱动方，利用抑制消减杂交技术分别构建了枣花和枣叶抑制消减杂交cDNA文库（SSH文库）。枣花和枣叶SSH文库重组率分别... 详细信息

枣树具有独特的开花结果特性，为获得枣花发育基因，以金丝4号枣不同发育时期的花蕾和同时期的叶片cDNA互为试验方和驱动方，利用抑制消减杂交技术分别构建了枣花和枣叶抑制消减杂交cDNA文库（SSH文库）。枣花和枣叶SSH文库重组率分别是92．05％和90．26％，插入片段长度均介于200～2000bp之间，主要集中于1000bp左右。分别从枣花和枣叶SSH文库中随机挑选1000个阳性克隆进行DNA测序、组装拼接，结果显示枣花SSH文库中获得96条unigene，其中contigs43个，singletons53个，96条unigene预测得到73个ORF，经过同源比对分析获得有注释的序列20条，按功能分为7类；枣叶SSH文库中获得86条unigene，其中contigs45个，singletons41个，86条unigene预测得到70个ORF，经过同源比对分析获得有23条注释的序列，按功能分为6类。

关键词：枣抑制消减杂交 cDNA文库生物信息学分析功能注释

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