检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2013年第11期35卷 1307-1316页

作者：刘志祥曾超珍谭晓风中南林业科技大学生命科学与技术学院长沙410004 中南林业科技大学林学院长沙410004 经济林育种与栽培国家林业局重点实验室长沙410004

MicroRNA(miRNA)是真核生物中普遍存在的一类参与基因表达调控的小分子RNA。ptc-MIR169基因家族有33个成员,是杨树中规模最大的miRNA基因家族。研究MIR169基因家族的进化对揭示杨树miRNA基因的进化机制具有重要的意义。文章对毛果杨MIR... 详细信息

MicroRNA(miRNA)是真核生物中普遍存在的一类参与基因表达调控的小分子RNA。ptc-MIR169基因家族有33个成员,是杨树中规模最大的miRNA基因家族。研究MIR169基因家族的进化对揭示杨树miRNA基因的进化机制具有重要的意义。文章对毛果杨MIR169基因家族的分子系统发育、基因倍增模式、表达分化和靶基因进行了分析。结果表明,染色体大片段重复和串联重复在毛果杨MIR169基因家族扩张中均具有重要作用;MIR169基因家族在表达方式上已经出现了较大的分化;MIR169基因家族可能在杨树中已经形成了复杂的调控网络,对杨树的生长发育和适应性等具有重要的调控作用。文章为杨树及杨柳科相关植物中miRNA基因家族的分子进化研究提供了参考。

关键词：毛果杨 MIR169基因家族分子进化

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杨树3个新起源miRNA家族的进化与功能分化

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广东农业科学 2013年第22期40卷 145-149页

作者：刘志祥曾超珍褚磊谭晓风中南林业科技大学生命科学与技术学院湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院/经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004

为了阐明杨树新起源miRNA基因家族的进化过程和功能分化,对ptc-MIR1446、ptc-MIR6425、ptcMIR6462家族的扩张模式、表达方式和靶基因进行了研究。结果表明:保守的ptc-MIR1446家族主要通过染色体大片段重复实现扩张,而非保守的ptc-MIR642... 详细信息

为了阐明杨树新起源miRNA基因家族的进化过程和功能分化,对ptc-MIR1446、ptc-MIR6425、ptcMIR6462家族的扩张模式、表达方式和靶基因进行了研究。结果表明:保守的ptc-MIR1446家族主要通过染色体大片段重复实现扩张,而非保守的ptc-MIR6425、ptc-MIR6462家族主要通过串联重复进行扩张;这3个基因家族成员的表达方式均已经分化,其中ptc-MIR1446在多种组织中具有较高的表达活性,而ptc-MIR6425、ptc-MIR6462仅具有较低的表达活性;3个家族内不同成员的成熟序列基本一致,其预测的靶基因也一致。

关键词：杨树 miRNA家族分子进化功能分化

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油茶EMF2基因的全长cDNA克隆及序列分析

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经济林研究 2013年第2期31卷 7-12页

作者：邬萌萌谭晓风周荣詹文勇胡孝义安徽农业大学林学与园林学院安徽合肥230036 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 安徽省油茶良种工程技术研究中心安徽舒城231340

EMF2基因是植物营养组织中的主要开花抑制基因,在植物花器官发育过程中发挥重要的作用。为给油茶性状表观遗传学调控研究提供参考依据,以"华鑫"油茶的组培幼苗为试验材料,采用3′RACE和5′RACE技术对油茶EMF2基因进行克隆及... 详细信息

EMF2基因是植物营养组织中的主要开花抑制基因,在植物花器官发育过程中发挥重要的作用。为给油茶性状表观遗传学调控研究提供参考依据,以"华鑫"油茶的组培幼苗为试验材料,采用3′RACE和5′RACE技术对油茶EMF2基因进行克隆及序列分析。结果表明:该基因全长2 210 bp,其中开放阅读框为1 866 bp,编码621个氨基酸,该基因被命名为Co-EMF2。多序列比对后发现,Co-EMF2具有EMF2基因特有的保守序列和相关特征,且与其它植物的EMF2基因具有较高的相似性。文中进而对其蛋白质序列和理化性质进行了分析,结果表明:其蛋白质属不稳定蛋白,等电点为6.17,是疏水性蛋白,亚细胞定位预测结果表明其位于细胞核中。

关键词：油茶 EMF2基因基因克隆全长cDNA 序列分析

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杜仲MVA途径相关基因的鉴定及荧光定量PCR引物筛选

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中南林业科技大学学报 2013年第8期33卷 50-56页

作者：叶生晶乌云塔娜田大伦许靖诗中南林业科技大学生命科学与技术学院湖南长沙410004 南方林业生态应用技术国家工程实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004

杜仲富含萜类物质,MVA途径是萜类物质合成的重要途径之一。从杜仲果实转录组数据KEGG中杜仲MVA途径共被注释30条Unigene,根据NCBI中的BLAST比较,分别鉴定了乙酰COA酰基转移酶,羟甲基戊二酰辅酶a合成酶,羟甲基戊二酰辅酶a还原酶,甲羟戊... 详细信息

杜仲富含萜类物质,MVA途径是萜类物质合成的重要途径之一。从杜仲果实转录组数据KEGG中杜仲MVA途径共被注释30条Unigene,根据NCBI中的BLAST比较,分别鉴定了乙酰COA酰基转移酶,羟甲基戊二酰辅酶a合成酶,羟甲基戊二酰辅酶a还原酶,甲羟戊酸激酶,磷酸甲羟戊酸激酶,二磷酸甲羟戊酸脱羧酶基因,被注释7条,3条,11条,2条,2条,5条。表达差异分析表明,以上基因中分别为5条,3条,4条,1条,5条为幼果和成熟果实差异表达基因。对差异表达基因序列进行软件设计、引物特异性分析和实验验证,最终筛选出10对适合杜仲MVA途径SYBR GreenI荧光定量PCR的引物,为MVA途径基因表达差异研究及萜类物质积累的分子机理研究提供重要依据。

关键词：杜仲萜类合成MVA途径荧光定量PCR 引物筛选

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杜仲EuACOTS基因家族的鉴定及生物信息学分析

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经济林研究 2013年第4期31卷 1-8页

作者：乌云塔娜王淋叶生晶中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 国家林业局杜仲工程技术研究中心河南郑州450003 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 国家林业局中南林业调查规划设计院湖南长沙410014

乙酰CoA酰基转移酶(acetylCoA Cacetyltransferase,ACOT)是萜类化合物生物合成甲羟戊酸(mevalonate pathway,MVA)途径的起始酶,为了揭示生物合成杜仲胶的机制,对杜仲ACOTS基因家族进行全面的生物信息学分析。EuACOTS家族含有3个基因,分... 详细信息

乙酰CoA酰基转移酶(acetylCoA Cacetyltransferase,ACOT)是萜类化合物生物合成甲羟戊酸(mevalonate pathway,MVA)途径的起始酶,为了揭示生物合成杜仲胶的机制,对杜仲ACOTS基因家族进行全面的生物信息学分析。EuACOTS家族含有3个基因,分别记为EuACOT8、EuACOT9、EuACOT10。对其氨基酸序列的理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性以及同源进化等性质进行了分析,结果发现EuACOTS蛋白质的性质结构均较为相似,均存在2个硫解酶的特异保守序列,均属于稳定的疏水蛋白,无明显的跨膜区。在对EuACOTS基因家族启动子顺式作用元件潜在功能的预测分析中发现,EuACOTS基因家族启动子顺式作用元件进行比较发现启动子作用既有保守性,又有特异性,其中EuACOTS家族含有大量基本顺式作用元件TATAbox,CAATbox以及光(AE-box、Box I、MNF1)、乙烯(ERE)、真菌诱导(Box-W1)和脱落酸(ABRE)等多个顺式调控元件。

关键词：杜仲乙酰CoA 酰基转移酶生物信息学

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杜仲EuHMGRS基因家族的鉴定及生物信息学分析

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经济林研究 2013年第4期31卷 16-24页

作者：王淋乌云塔娜叶生晶中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 国家林业局杜仲工程技术研究中心河南郑州450003 国家林业局中南林业调查规划设计院湖南长沙410014

萜类物质合成关键酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGRS)是甲羟戊酸途径(mevalonate pathway,MVA)的第1个限速酶,对萜类物质的合成具有重要的作用。为了探明EuHMGRS家族基因对杜仲萜类物质合成的调控机制,对EuHMGRS家族基因进行生物... 详细信息

萜类物质合成关键酶3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGRS)是甲羟戊酸途径(mevalonate pathway,MVA)的第1个限速酶,对萜类物质的合成具有重要的作用。为了探明EuHMGRS家族基因对杜仲萜类物质合成的调控机制,对EuHMGRS家族基因进行生物信息学分析,结果表明:杜仲EuHMGRS基因中存在HMGRS特有的保守的活性位点,其中包括2个HMG-CoA结合位点(EMPVGYVQIP、TTEGCLVA)和2个NADP(H)结合位点(DAMGMNM、GTVGGGT),因此可以确定为杜仲HMGRS基因家族,在杜仲中该家族成员至少包含3个基因,记为EuHMGR12、EuHMGR18、EuHMGR19。杜仲HMGRS与其它植物的HMGRS蛋白相比在中间区域和C端保守性高,在N端的序列相似性较低,预示不同的HMGRS基因功能上具有高度的保守性,但是对于在亚细胞定位可能会具有多样性。

关键词：杜仲萜类物质基因家族 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A

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杜仲成熟果实和幼果MVA途径基因表达差异分析

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经济林研究 2013年第4期31卷 45-51页

甲基戊酸途径(mevalonate pathway,MVA)是萜类物质合成的关键途径之一。为了探明杜仲胶的生物合成机制,利用杜仲幼果及成熟果实转录组数据库,确定了MVA途径的EuACOT、EuHMGS、EuHMGR、EuMK、EuPMK、EuMDP基因,并对其表达量进行了全面分... 详细信息

甲基戊酸途径(mevalonate pathway,MVA)是萜类物质合成的关键途径之一。为了探明杜仲胶的生物合成机制,利用杜仲幼果及成熟果实转录组数据库,确定了MVA途径的EuACOT、EuHMGS、EuHMGR、EuMK、EuPMK、EuMDP基因,并对其表达量进行了全面分析。结果表明:在杜仲幼果和成熟果实转录组中,萜类物质合成(MVA)途径共涉及基因30条,分别为EuACOT 7条、EuHMGS 3条、EuHMGR 11条、EuMK 2条、EuPMK 2条、EuMDP 5条;其中,EuHMGR4、EuHMGR5在杜仲幼果中有特异表达;EuACOT7、EuHMGR10在杜仲成熟果实中有特异表达;EuACOT2-EuACOT6、EuHMGS1-EuHMGS3、EuHMGR1、EuHMGR2、EuHMGR8、EuHMGR10、EuMK1、EuMK2、EuPMK1、EuMDP1-EuMDP5在杜仲幼果和成熟果实中的表达量具有显著差异。

关键词：杜仲萜类物质合成途径基因表达幼果成熟果实差异分析

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杜仲MEP途径系列基因的基因结构预测

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经济林研究 2013年第4期31卷 39-44页

作者：刘慧敏乌云塔娜杜红岩中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 国家林业局杜仲工程技术研究中心河南郑州450003

为深入了解杜仲MEP途径基因的功能,以杜仲转录组和基因组序列为基础,预测了MEP途径系列基因的基因结构,包含两端非编码区、内含子和外显子的确定。结果表明:EuDXS2基因基因组全长为9 455 bp,包含9个内含子和10个外显子,5′端非编码区和... 详细信息

为深入了解杜仲MEP途径基因的功能,以杜仲转录组和基因组序列为基础,预测了MEP途径系列基因的基因结构,包含两端非编码区、内含子和外显子的确定。结果表明:EuDXS2基因基因组全长为9 455 bp,包含9个内含子和10个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度分别为1 853 bp和2 000 bp;EuDXR基因的基因组全长6 822 bp,包含11个内含子和12个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度为1 120 bp和2 163 bp;EuCMK基因的基因组全长为19 835 bp,包含10个内含子和11个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度分别为5 000 bp和424 bp;EuMDS基因的基因组全长为11 771 bp,包含2个内含子和3个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度均为5 000 bp;EuHDS基因的基因组全长为13 359 bp,包含18个内含子和19个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度均为2 000 bp;EuHDR基因的基因组全长为7 844bp,包含8个内含子和9个外显子,5′端非编码区和3′端非编码区的长度分别为1 347 bp和3 000 bp。

关键词：杜仲 MEP途径基因结构

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杜仲MEP途径系列基因5′端非编码区的顺式作用元件预测

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经济林研究 2013年第4期31卷 9-15页

作者：乌云塔娜刘慧敏杜红岩中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 国家林业局杜仲工程技术研究中心河南郑州450003 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004

为深入了解杜仲MEP途径基因5′端非编码区的功能,在杜仲转录组和全基因组序列的基础上,利用生物信息学方法系统预测了MEP途径系列基因5′端非编码区顺式作用元件的结构和功能。生物信息学分析表明:EuDXS2基因5′端非编码区预测出共有22... 详细信息

为深入了解杜仲MEP途径基因5′端非编码区的功能,在杜仲转录组和全基因组序列的基础上,利用生物信息学方法系统预测了MEP途径系列基因5′端非编码区顺式作用元件的结构和功能。生物信息学分析表明:EuDXS2基因5′端非编码区预测出共有22种共220个顺式作用元件,其中包含启动子顺式元件145个TATA-box和39个CAAT-box的可能位点;EuDXR基因5′端非编码区预测出21种共127个顺式作用元件,68个TATAbox和32个CAAT-box;EuCMK基因5′端非编码区预测出24种共134个顺式作用元件,包含32个CAAT-box和68个TATA-box;EuMDS基因5′端非编码区共预测出30种共104个顺式作用元件,其中43个CAAT-box和23个TATA-box;EuHDS基因5′端非编码区预测出35种共126个顺式作用元件,包括29个CAAT-box和34个TATA-box;EuHDR基因5′端非编码区预测出24种共115个顺式作用元件,包含19个CAAT-box和67个TATA-box。

关键词：杜仲 MEP途径 5’端非编码区顺式作用元件

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杨树7个microRNA家族分子进化的比较研究

杨树7个microRNA家族分子进化的比较研究

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中国林学会林木遗传育种分会第七届全国林木遗传育种学术大会

作者：刘志祥曾超珍徐刚标谭晓风中南林业科技大学生命科学与技术学院湖南长沙410004 经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 中南林业科技大学生命科学与技术学院湖南长沙410004 经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004 中南林业科技大学林学院湖南长沙410004

杨树是重要的用材树种，随着毛果杨(Populus trichocarpa)基因组测序的完成和相关遗传学和生物信息学研究的开展，目前杨树已成为公认的木本模式植物。对于许多生物学问题，例如木材形成、多年生生长、季节性生长等，以杨树作为研究材... 详细信息

杨树是重要的用材树种，随着毛果杨(Populus trichocarpa)基因组测序的完成和相关遗传学和生物信息学研究的开展，目前杨树已成为公认的木本模式植物。对于许多生物学问题，例如木材形成、多年生生长、季节性生长等，以杨树作为研究材料是拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)等无法替代的。

关键词：杨树 microRNA 分子进化功能分化

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