检索结果-内蒙古大学图书馆

农业生物技术学报 2011年第1期19卷 102-106页

作者：程甲程曦朱庆鸿赵兴波中国农业大学农业部动物遗传育种与繁殖重点开放实验室农业生物技术国家重点实验室

为了研究解耦联蛋白基因(uncoupling protein,UCP)对鸡(Gallus gallus)初生重及活性氧含量的影响,本实验通过对3个品种鸡初生重、UCP C353T多态位点基因型以及肌肉组织活性氧(ROS)含量的测定,发现丝羽乌鸡ROS值显著低于白莱航、寿光鸡,U... 详细信息

为了研究解耦联蛋白基因(uncoupling protein,UCP)对鸡(Gallus gallus)初生重及活性氧含量的影响,本实验通过对3个品种鸡初生重、UCP C353T多态位点基因型以及肌肉组织活性氧(ROS)含量的测定,发现丝羽乌鸡ROS值显著低于白莱航、寿光鸡,UCP TT基因型ROS值显著高于CT和CC基因型,而ROS含量与雏鸡初生重之间存在着正向的相关性(r=0.5011),UCP TT基因型的初生重显著高于CT和CC基因型。实验结果揭示了鸡UCP基因型对初生重性状具有选择效应。

关键词：鸡解耦联蛋白基因(UCP) 活性氧初生重基因型

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全基因组关联研究理论及其在流行病中的应用

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中华流行病学杂志 2011年第10期32卷 1043-1045页

作者：卢昕阚飙刘剑锋张勤中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 中国农业大学动物科技学院农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室

全基因组关联研究（GWAS）利用遍布于全基因组范围的分子标记（主要为单核苷酸多态性，SNP）并借助强大统计学工具，对影响某些复杂性状如疾病易感的遗传变异进行鉴定和分析。

关键词：全基因组关联研究流行病

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猪UCP5基因克隆表达特性及与屠体性状的关联分析

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生物化学与生物物理进展 2010年第12期37卷 1323-1330页

作者：李红霞赵兴波徐宁迎姜运良曹梦刘玉方方迟李宁中国农业大学农业部动物遗传育种与繁殖重点开放实验室农业生物技术国家重点实验室北京100193 浙江大学动物科学学院杭州310029 山东农业大学动物科技学院泰安271018 大连医科大学比较医学教研室大连116000

通过3′和5′cDNA末端快速扩增(RACE)获得了猪UCP5基因全长cDNA序列,通过不同品种猪UCP5基因编码区和调控区单核苷酸多态分析,发现-1 567 bp处存在A→T的突变,从而导致转录因子CdxA、HNF-1、Sox-5、GATA-2结合位点发生了改变.在金华... 详细信息

通过3′和5′cDNA末端快速扩增(RACE)获得了猪UCP5基因全长cDNA序列,通过不同品种猪UCP5基因编码区和调控区单核苷酸多态分析,发现-1 567 bp处存在A→T的突变,从而导致转录因子CdxA、HNF-1、Sox-5、GATA-2结合位点发生了改变.在金华×皮特兰F2代资源群中,使用PCR限制性片段长度多态性(RFLP)方法,对524头个体进行基因型测定,并与屠体性状关联分析,结果发现,AA型活体重极显著高于BB型(P<0.01),AB型活体重显著高于BB型(0.01

关键词：猪 UCP5 克隆表达特性屠体性状关联分析

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非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中与杂合子相伴产生的非目的条带的鉴定

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农业生物技术学报 2010年第3期18卷 616-622页

作者：王晓通连林生赵春江邓学梅吴常信中国农业大学农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室云南农业大学动物科技学院中国科学院海洋研究所

研究旨在鉴定两条在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中总是伴随杂合子出现的非目的条带。实验切胶回收了目的条带和非目的条带,以此为模板进行第二次PCR扩增,然后将PCR产物按不同组合进行混合并施加不同处理再次进行电泳,另外,人工合成了四条... 详细信息

研究旨在鉴定两条在非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳中总是伴随杂合子出现的非目的条带。实验切胶回收了目的条带和非目的条带,以此为模板进行第二次PCR扩增,然后将PCR产物按不同组合进行混合并施加不同处理再次进行电泳,另外,人工合成了四条包含该缺失位点的寡核苷酸单链,对条带形成的过程进行了模拟。结果表明以两条非目的条带为模板的第2次PCR产物的电泳结果均有4条带,与杂合子样本4条带的迁移率完全一致,以2条目的条带为模板的第2次PCR产物电泳条带的迁移率分别与其本身保持一致;将以2条目的条带为模板的第2次PCR产物混合并经过变性复性后,其结果出现非目的条带和目的条带,也与杂合子样本4条带的迁移率完全一致,而如果只是简单混合并未经过变性复性处理,其电泳结果只出现目的条带。另外,在利用寡核苷酸单链进行模拟的实验中发现,异源双链迁移率较低,形成了非目的条带,而正常双链迁移率较高,形成目的条带。结果提示,这种与杂合子相伴产生的非目的条带,并不是非特异性扩增的结果,而是由于模板为缺失突变杂合子,在复性过程中,PCR产物中的一部分碱基缺失的正负单链会与不缺失的正负单链发生互补,而在发生碱基缺失的位置,会有突环产生,产生的突环进而导致杂合双链迁移率降低,最终形成了两条迁移率较低的非目的条带。

关键词：非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳非目的条带碱基缺失 DNA突环

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基于EM和规则算法的半同胞家系单倍型推断方法

基于EM和规则算法的半同胞家系单倍型推断方法

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第十五次全国动物遗传育种学术讨论会

作者：丁向东张勤农业生物技术国家重点实验室畜禽育种国家工程实验室农业部动物遗传育种与繁殖重点开放实验室中国农业大学动物科技学院

引言单倍型(Haplotype)是指同一染色体上多个基因座位等位基因的组合,它能同时利用多个基因座位的遗传信息,比单基因座位分析更有效力,在进化、基因定位、基因组选择等研究领域有广阔的应用前景。目前,

关键词：单倍型推断 EM算法半同胞家系最小重组原则

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定位影响中国荷斯坦奶牛产奶性状的位置候选基因

定位影响中国荷斯坦奶牛产奶性状的位置候选基因

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第十五次全国动物遗传育种学术讨论会

作者：梅瑰张勤丁向东张哲农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室中国农业大学动物科技学院广东省农业科学院畜牧研究所广东省动物育种与营养公共实验室

引言20世纪以来,奶牛的生产水平大幅度提高,其中由于育种所实现的群体遗传改良起到很大作用。但传统的选择方法进展较慢,如果能找到影响奶牛产奶性状的主效基因,并应用于标记辅助选择,将大大加快遗传

关键词：奶牛 BTA6 位置候选产奶性状关联分析

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猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)检测

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生物化学与生物物理进展 2008年第11期35卷 1291-1297页

作者：巩元芳卢昕王志鹏李珊邱小田张勤农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室中国农业大学动物科技学院北京100193 河北科技师范学院动物科学系昌黎066600

以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量... 详细信息

以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测.通过似然比检验,并以自由度为2的卡方分布作为检验统计量的分布,共发现22个在P<5%水平下显著的QTL,其中在2号染色体上有9个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞体积、血红蛋白含量、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、平均血小板体积、血小板分布宽度和血小板压积,在7号染色体有7个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞血红蛋白浓度、血红蛋白含量、血小板总数、平均红细胞体积和红细胞分布宽度变异,在8号染色体上有6个,分别影响中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、血小板压积和平均红细胞体积.为尽可能地避免由于多重检验所造成的假阳性率的升高,我们采用了控制假检出率(false discovery rate,FDR)的方法来对这22个QTL进行进一步检验,发现有14个达到FDR<5%显著水平,其中又有9个达到FDR<1%显著水平.

关键词：猪血常规指标数量性状基因座(QTL) 方差组分分析假检出率(FDR)

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Henna基因突-变是导致北京紫眼果蝇眼部蝶呤含量减少的重要原因

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中国科学（C辑） 2008年第8期38卷 742-750页

作者：王勤赵春江白丽华邓学梅吴常信中国农业大学动物科技学院农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室北京100193

苯丙氨酸羟化酶被认为参与黑腹果蝇眼部蝶呤代谢,但是始终都缺乏有力证据.Henna是苯丙氨酸羟化酶的编码基因,"北京紫眼"果蝇(Hnbp)是Henna基因的一个隐性突变体,Hnbp突变形成的原因是Henna基因的第二外显子上具有插入片段.在H... 详细信息

苯丙氨酸羟化酶被认为参与黑腹果蝇眼部蝶呤代谢,但是始终都缺乏有力证据.Henna是苯丙氨酸羟化酶的编码基因,"北京紫眼"果蝇(Hnbp)是Henna基因的一个隐性突变体,Hnbp突变形成的原因是Henna基因的第二外显子上具有插入片段.在Hnbp中,其编码产物的Biopterin-Hydroxyl功能域中增加了15个氨基酸残基.蛋白预测结果显示,插入的残基改变了原有的蛋白结构,这种变化很可能降低了苯丙氨酸羟化酶与四氢生物蝶呤结合的能力.为了恢复突变表型,利用UAS-GAL4转基因体系使野生型Henna基因在Hnbp的背景下表达.在双拷贝的转基因系GMR-GAL4 UAS-Henna/UAS-Henna;Hnbp/Hnbp中,突变表型得到完全恢复:果蝇的眼色由突变体的紫色恢复到野生型的红色,蝶呤含量也从突变体的30%升至98%,与野生型差异不显著(P>0.05).上述实验结果充分说明,Henna基因突变是导致Hnbp突变体眼部喋呤含量降低的重要原因,为苯丙氨酸羟化酶参与果蝇眼部蝶呤代谢提供了体内实验的直接证据.

关键词：黑腹果蝇 (Drosophila melanogaster) 果蝇蝶呤北京紫眼果蝇苯丙氨酸羟化酶 Henna基因

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一种用于一般系谱的零重组单倍型推断方法

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科学通报 2007年第1期52卷 80-84页

作者：王春考王志鹏邱小田张勤农业部畜禽遗传育种重点开放实验室农业生物技术国家重点实验室中国农业大学动物科技学院北京100094

大量单核苷酸多态标记(single nucleotide polymorphism,SNP)的出现,使以单个标记为中心的关联分析方法逐渐转变成以单倍型为主的关联分析方法.以单倍型为主的分析方法的首要问题是如何获取单倍型.通过实验手段获取单倍型成本较高,利用... 详细信息

大量单核苷酸多态标记(single nucleotide polymorphism,SNP)的出现,使以单个标记为中心的关联分析方法逐渐转变成以单倍型为主的关联分析方法.以单倍型为主的分析方法的首要问题是如何获取单倍型.通过实验手段获取单倍型成本较高,利用基因型数据通过单倍型推断获取单倍型是当前首选方法.针对一般系谱和紧密连锁的SNP标记,本研究提出了一种快速和准确的单倍型推断方法.该方法通过3步6条规则,利用亲子关系确定有序基因型,逐步剔除多余的单倍型,最后通过最大似然法确定单倍型组合.利用模拟数据验证在不同系谱大小、不同标记数目和不同标记基因型缺失率等参数组合条件下单倍型推断方法的效率和准确性,并与PEDPHASE程序作比较.结果表明我们的方法的运行速度和准确性都优于PEDPHASE.本方法的运行速度比PEDPHASE快10～15倍,准确性高4%～10%.同时结果还说明了本方法的准确性几乎不受系谱大小、标记数目和标记基因型缺失率的影响.

关键词：单倍型推断规则算法一般系谱零重组 SNP(single nudeotide polymorphism)

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cDNA芯片差异表达基因检测的非转换方法(英文)

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Acta Genetica Sinica 2006年第1期33卷 80-88页

作者：张纪刚殷宗俊张勤中国农业大学动物科技学院农业生物技术国家重点实验室农业部畜禽遗传育种重点开放实验室北京100094

cDNA微阵列数据中包含许多变异因素,用于检测差异表达基因和其它统计分析前,必须将这些“噪音”剔除。对数比法(背景校正、对数比转换和数据标准化)已经被广泛应用于cDNA微阵列数据分析中,然而这种方法却存在着一些亟待解决的缺陷。对... 详细信息

cDNA微阵列数据中包含许多变异因素,用于检测差异表达基因和其它统计分析前,必须将这些“噪音”剔除。对数比法(背景校正、对数比转换和数据标准化)已经被广泛应用于cDNA微阵列数据分析中,然而这种方法却存在着一些亟待解决的缺陷。对此,该文提出一种非转换方法,它可免去对数比的转化过程,直接在背景校正后进行数据标准化,可以有效剔除实验“噪音”。研究结果表明:在检测差异表达基因的效率方面,非转换方法比常规的对数比法具有更好的稳健性和更高的检测功效,基因检出率和准确性大大提高。

关键词： cDNA芯片差异表达基因对数比转换非转换方法标准化

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