检索结果-内蒙古大学图书馆

中国畜牧杂志 2023年第3期59卷 168-174页

作者：李峰洁王磊张海亮王凯胡丽蓉刘登科刘廷玉郭刚黄锡霞蒋桂娥王雅春新疆农业大学动物科学学院新疆乌鲁木齐830052 中国农业大学动物科学技术学院农业农村部动物遗传育种与繁殖(家畜)重点实验室畜禽育种国家工程实验室北京100193 北京首农畜牧发展有限公司北京100176 河北省畜牧良种工作站河北石家庄050061

为探究胎次对娟姗牛后肠道微生物组成和多样性的影响,寻找与胎次相关的后肠道微生物,实验挑选处于相同饲养管理和日粮条件下,泌乳天数相近的娟姗牛119头,其中1胎牛77头、2胎牛14头、3胎牛28头,采集奶牛的新鲜粪便样品,采用16S rRNA基因... 详细信息

为探究胎次对娟姗牛后肠道微生物组成和多样性的影响,寻找与胎次相关的后肠道微生物,实验挑选处于相同饲养管理和日粮条件下,泌乳天数相近的娟姗牛119头,其中1胎牛77头、2胎牛14头、3胎牛28头,采集奶牛的新鲜粪便样品,采用16S rRNA基因测序技术测定奶牛后肠道微生物组成,并分析微生物α多样性、β多样性和LEfSe(Linear Discriminant Analysis Effect Size),统计ASV(Amplicon Sequence Variants)在门和属水平上序列信息及计算相对丰度。α多样性分析结果显示,3胎牛物种的Observedspecies指数、Shannon指数和Chao1指数低于1胎、2胎牛(P<0.05);在Simpson指数中,2胎牛最高,3胎牛最低,但3个胎次间无显著差异;β多样性分析结果显示,不同胎次的肠道菌群结构存在差异(R=0.1599,P=0.001);在门水平上,2胎牛厚壁菌门相对丰度低于3胎牛低于1胎牛,2胎牛拟杆菌门的相对丰度均高于3胎和1胎牛,2胎牛的螺旋体门的相对丰度高于1胎牛高于3胎牛,1胎牛放线菌门的相对丰度高于3胎牛(P<0.05);在属水平上,1胎牛瘤胃球菌属UCG-005的相对丰度高于3胎牛(P<0.05)。此外,LEfSe分析显示1胎牛较其他胎次牛相比存在5个差异微生物,3胎牛较其他胎次牛相比存在8个差异微生物。可见,不同胎次娟姗牛后肠道微生物在结构和组成上相对稳定但存在差异,2胎牛的后肠道微生物多样性最丰富。

关键词：娟姗牛胎次肠道微生物粪样

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猪50K液相芯片基因组选择效果分析

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中国畜牧杂志 2022年第8期58卷 82-86页

作者：邱奥张梓鹏王雪罗文学王贵江丁向东中国农业大学动物科学技术学院畜禽育种国家工程实验室农业农村部动物遗传育种与繁殖重点实验室北京100193 河北省畜牧良种工作总站河北石家庄050049

本研究收集了1267头大白猪的生长性能测定记录和800头大白猪的繁殖记录,并用猪50K固相芯片(Geneseek)及基于靶向捕获测序技术的猪50K液相芯片(液相50K)进行基因型分型,比较2款芯片基因组选择的准确性。采用一步法模型,估计达百公斤体重... 详细信息

本研究收集了1267头大白猪的生长性能测定记录和800头大白猪的繁殖记录,并用猪50K固相芯片(Geneseek)及基于靶向捕获测序技术的猪50K液相芯片(液相50K)进行基因型分型,比较2款芯片基因组选择的准确性。采用一步法模型,估计达百公斤体重日龄、百公斤活体背膘厚和总产仔数3个性状的基因组育种值。本研究探究不同参考群体规模对基因组选择的影响,生长性状设置500和10002个参考群体规模,繁殖性状设置400和7002个参考群体规模。结果表明,液相50K与Geneseek芯片具有很好的兼容性,液相50K在2个生长性状的基因组选择准确性比Geneseek平均高出1.7%,对总产仔数的基因组选择准确性略高于Geneseek,但提升幅度较小。2款芯片的并集使标记数增加到62039个SNP,基因组选择准确性比单款芯片平均提升2.9%。无论是单款芯片还是2款芯片并集,随着参考群体规模扩大,基因组选择准确性明显上升。本研究表明液相芯片技术能够用于基因组选择且有优势,研究结果可为我国猪分子育种提供参考。

关键词：猪液相芯片基因组选择

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鉴别参与调控长白猪脂肪沉积的重要基因和lncRNA

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中国畜牧杂志 2021年第S01期57卷 143-151页

作者：刘华涛刘怡冰石咏马福平李航丁向东王楚端中国农业大学动物科学技术学院农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室动物育种国家工程实验室北京100193

脂肪沉积与生猪生产效率、猪肉品质和繁殖性状密切相关,猪脂肪沉积的调控机制一直是研究热点,且研究多基于脂肪和肌肉组织。本研究以极端背膘厚的长白猪的肝脏组织为研究样本,进行转录组测序,并鉴定长链非编码RNA(long non-coding RNA,l... 详细信息

脂肪沉积与生猪生产效率、猪肉品质和繁殖性状密切相关,猪脂肪沉积的调控机制一直是研究热点,且研究多基于脂肪和肌肉组织。本研究以极端背膘厚的长白猪的肝脏组织为研究样本,进行转录组测序,并鉴定长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),之后进行差异mRNA和lncRNA表达分析。通过生物信息学分析筛选出ACAA1、ACLY、APOA4、CRABP1、ELOVL6、FASN、HMGCR、PCK1、SQLE9个可能参与脂肪沉积调控的候选基因。根据lncRNA与mRNA之间的位置关系和表达相关预测它们之间顺式和反式调节方式,并构建两者间的调控网络,发现8个lncRNA参与调控ACAA1、ACLY、CRABP1、ELOVL6、FASN、HMGCR、PCK17个候选基因。该研究结果为脂肪沉积相关的lncRNA的发现和注释提供了新的见解,并为进一步阐明猪脂肪沉积的分子调控机制奠定基础。

关键词：长白猪脂肪沉积 mRNA lncRNA 调控网络

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猪SNP液相芯片10K~50K基因型填充效果研究

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畜牧兽医学报 2022年第10期53卷 3368-3376页

作者：陈宇邱奥张梓鹏都鹤鹤白俊艳王贵江罗文学倪俊卿李凯丁向东河南科技大学动物科技学院洛阳471000 中国农业大学动物科学技术学院畜禽育种国家工程实验室农业农村部动物遗传育种与繁殖重点实验室北京100193 河北省畜牧良种工作总站石家庄050061 河南省畜牧总站郑州450008

旨在探究低密度液相芯片在生产实践中的实用性,降低育种成本。本试验选用了3761头约160日龄,110kg左右健康大白猪,随机抽取100头大白猪,根据10K芯片标记信息,从50K芯片中抽取标记生成10K芯片,作为填充群体。再从剩余群体中,分别随机抽取... 详细信息

旨在探究低密度液相芯片在生产实践中的实用性,降低育种成本。本试验选用了3761头约160日龄,110kg左右健康大白猪,随机抽取100头大白猪,根据10K芯片标记信息,从50K芯片中抽取标记生成10K芯片,作为填充群体。再从剩余群体中,分别随机抽取800、2000、3600个个体作为参考群体,使用Beagle4.1软件对100头填充群体进行基因型填充至50K芯片,重复10次,以基因型一致性和基因型相关系数来评价基因型填充的准确性。结果表明,10K和50K芯片平均连锁不平衡(r^(2))程度为0.227和0.258,相差不大。最小等位基因频率(MAF)为0.05是基因型填充准确性的拐点,剔除掉MAF<0.05标记后,填充准确性明显升高。填充准确性随参考群体规模增大而上升,参考群由800头扩大到3600头,填充准确性从0.90提高到0.95,10次重复的标准差也从0.006下降到0.002。对于较小的参考群体规模,染色体基因型填充准确性波动较大,随着参考群体规模增大,每条染色体填充准确性相差不大。本研究结果表明,猪液相芯片从10K填充到50K是可行的,可以大规模用于基因组选择,降低基因组选择育种成本。

关键词：猪液相芯片基因型填充分子育种

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荷斯坦奶牛休息时间的群体特征及影响因素分析

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中国畜牧兽医 2021年第9期48卷 3323-3331页

作者：马龙刚安涛张海亮竹磊王磊宁景扬王炎郭刚黄锡霞王雅春新疆农业大学动物科学学院乌鲁木齐830052 中国农业大学动物科学技术学院农业农村部动物遗传育种与繁殖(家畜)重点实验室畜禽育种国家工程实验室北京 100193 中国农业大学动物科学技术学院农业农村部动物遗传育种与繁殖(家畜)重点实验室畜禽育种国家工程实验室北京 100193 北京首农畜牧发展有限公司北京100176 新疆农业大学动物科学学院乌鲁木齐830052

为探究北京地区荷斯坦奶牛休息时间的群体规律及影响因素,本研究收集了北京地区某规模化牧场2018年4月至2020年4月共838头荷斯坦奶牛的休息时间及对应的奶牛生产性能测定记录及环境温湿度数据,利用SAS 9.2软件的GLM过程分析了年份、季... 详细信息

为探究北京地区荷斯坦奶牛休息时间的群体规律及影响因素,本研究收集了北京地区某规模化牧场2018年4月至2020年4月共838头荷斯坦奶牛的休息时间及对应的奶牛生产性能测定记录及环境温湿度数据,利用SAS 9.2软件的GLM过程分析了年份、季节、场区、胎次和泌乳月等因素对荷斯坦奶牛休息时间的影响,并分析了休息时间对荷斯坦奶牛生产性能的影响.结果显示,荷斯坦奶牛平均休息时间为397.39 min/d,范围为87.74～707.03 min/d,变异系数为26％;休息时间随季节呈先降低后升高的趋势,夏季最低,冬季最高;随环境温湿度的升高而逐渐降低;产犊和发病对休息时间均有较大影响,产犊和发病当天奶牛休息时间均存在一个峰值,之后逐渐降低至正常水平;测定年份、季节、场区、胎次和泌乳月份对休息时间均有极显著影响(P<0.01);荷斯坦奶牛产奶量随休息时间的升高而降低.本研究为利用自动化记录设备探究奶牛的行为规律及利用连续测定的休息时间数据提高牛群的精准管理水平提供了理论依据.

关键词：荷斯坦奶牛休息时间产犊疾病

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秦川牛FABP4、FASN和TCAP基因多态性位点与生长和胴体性状的关联性分析

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农业生物技术学报 2022年第8期30卷 1488-1498页

作者：迟志娇澈力木格成功苏雅成立新刘剑锋曹贵方包斯琴昝林森佟彬内蒙古大学省部共建草原家畜生殖调控与繁育国家重点实验室/生命科学学院西北农林科技大学国家肉牛改良中心/动物科技学院内蒙古自治区农牧业技术推广中心内蒙古农牧业科学院畜牧研究所中国农业大学农业部畜禽遗传育种与繁殖重点实验室/农业部畜禽育种国家工程实验室/动物科学技术学院内蒙古农业大学兽医学院

肉牛(Bos taurus)的生长速度和胴体品质在肉牛产业中具有重要的经济价值。脂肪酸结合蛋白4(fat acid binding proteins 4, FABP4)和脂肪酸合酶(fatty acid synthase, FASN)在脂肪酸的合成过程中具有关键作用，是影响肉牛脂肪沉积和脂肪... 详细信息

肉牛(Bos taurus)的生长速度和胴体品质在肉牛产业中具有重要的经济价值。脂肪酸结合蛋白4(fat acid binding proteins 4, FABP4)和脂肪酸合酶(fatty acid synthase, FASN)在脂肪酸的合成过程中具有关键作用，是影响肉牛脂肪沉积和脂肪酸组成的关键功能基因。肌联蛋白帽(titin-cap, TCAP)作为一种肌丝蛋白在肌原纤维的组装过程中发挥着重要作用。TCAP基因g.346G>A位点、FASN基因g.17924G>A位点和FABP4基因g.3691G>A位点与肉牛的生长、胴体和肉质性状高度相关。为探究上述3个位点对秦川牛生长和胴体性状的影响及其在不同肉牛品种中的多态性，本研究利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry, MassARRAY)技术对350头秦川牛的以上3个基因的3个位点进行了基因分型和遗传多态性分析，并分析了其与秦川牛生长和胴体性状的关联性。结果表明，FASN基因g.17924G>A位点、FABP4基因g.3691G>A位点及TCAP基因g.346G>A位点在本研究所选的秦川牛群体中均符合哈迪-温伯格平衡。在350头秦川牛群体中，FASN基因g.17924G>A位点与秦川牛尻长与腰角宽显著相关(P<0.05)，有益等位基因(G)频率与韩国牛和安格斯牛差异极显著(P<0.01)。FABP4基因g.3691G>A位点与秦川牛腰高、腰角宽和胸围显著相关(P<0.05)，与体重、体斜长、尻长和胸深极显著相关(P<0.01)，有益等位基因(G)频率与韩国牛差异极显著(P<0.01)。TCAP基因g.346G>A位点与秦川牛体高与腰高极显著相关，与体重、体斜长、坐骨端宽和肌内脂肪含量显著相关(P<0.05)，有益等位基因(G)频率与韩国牛差异极显著(P<0.01)。综上所述，TCAP基因g.346G>A位点、FASN基因g.17924G>A位点和FABP4基因g.3691G>A位点与秦川牛的生长和胴体性状显著相关。本研究结果可为秦川牛分子标记辅助育种提供有效分子遗传标记，为秦川牛的遗传改良提供参考依据。

关键词：秦川牛脂肪酸结合蛋白4基因(FABP4) 脂肪酸合酶基因(FASN) 肌联蛋白帽基因(TCAP) 生长性状胴体性状

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计算机视觉技术在猪性能测定中的应用

计算机视觉技术在猪性能测定中的应用

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第六届中国猪业科技大会

作者：张梓鹏李谦君唐黄益徐秋良米阳席磊丁向东中国农业大学动物科学技术学院畜禽育种国家工程实验室全国畜禽生物育种重点实验室农业农村部动物遗传育种与繁殖重点实验室河南牧业经济学院动物科技学院河南生猪育种研究院中国农业大学信息与电气工程学院中国农业大学农业农村部农业信息获取技术重点实验室河南畜禽健康养殖与智能装备工程技术研究中心

在养猪业中,体尺、体重、体况评分、背膘厚和眼肌面积是评估猪只生长发育、健康状况和生产性能的重要指标,也是育种性能测定的重要性状。个体准确的表型测定可以帮助养殖者制定科学的饲养管理策略,优化营养配方,提高牲畜的产肉、产奶能... 详细信息

在养猪业中,体尺、体重、体况评分、背膘厚和眼肌面积是评估猪只生长发育、健康状况和生产性能的重要指标,也是育种性能测定的重要性状。个体准确的表型测定可以帮助养殖者制定科学的饲养管理策略,优化营养配方,提高牲畜的产肉、产奶能力,从而提高养殖效益。

关键词：性能测定眼肌面积背膘厚体况评分

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北京市种猪基因组选择育种平台的构建与应用

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中国畜牧杂志 2022年第8期58卷 79-82页

作者：唐韶青肖炜杨宇泽云鹏路永强丁向东孟庆利武建亮李凯扬张卫艺西鹏洋于凡翟晓贝北京市畜牧总站北京100107 中国农业大学动物科学技术学院畜禽育种国家工程实验室农业农村部动物遗传育种与繁殖重点实验室北京100193 北京中育种猪有限责任公司北京100194 北京顺鑫农业发展集团有限公司北京101300 北京六马养猪科技有限公司北京101308

2006年,北京市建立了种猪遗传评估数据平台。截止到2021年底,平台共收录371.46万头种猪系谱信息,51.23万条达100 kg体重日龄记录,50.90万条达100 kg活体背膘厚记录和45.15万条窝产仔记录。2015年,北京市将常规育种与基因组育种相结合,... 详细信息

2006年,北京市建立了种猪遗传评估数据平台。截止到2021年底,平台共收录371.46万头种猪系谱信息,51.23万条达100 kg体重日龄记录,50.90万条达100 kg活体背膘厚记录和45.15万条窝产仔记录。2015年,北京市将常规育种与基因组育种相结合,启动了种猪基因组选择育种平台构建工作,北京市种猪遗传评估进入基因组选择时代。截止到2021年底,平台建立了大白猪基因组选择参考群体,规模达到5335头;开发基因组遗传评估系统,实现了将复杂的基因组选择计算过程转化为“一键式”操作;利用一步法(ssGBLUP)对9个种猪场的4631头大白猪进行基因组遗传评估。基因组选择实施后,选择准确性大幅提高。早期选择时,达100 kg体重日龄的育种值准确性由0.56提高至0.66,达100 kg活体背膘厚的基因组育种值准确性由0.56提高至0.70,总产仔数育种值准确性由0.41提高至0.60。终选时,达100 kg体重日龄的育种值准确性由0.69提高至0.79,达100 kg活体背膘厚的基因组育种值准确性由0.72提高至0.80,总产仔数性状育种值准确性由0.41提高至0.61。基因组选择技术的应用实现了种猪早期选择,减少了饲养成本和常规测定成本,提高了选育效率,增强了企业的市场竞争力。

关键词：种猪基因组选择育种平台

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利用CRISPR/Cas9系统构建猪MUC4和SLC12A8基因打靶载体

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农业生物技术学报 2020年第7期28卷 1306-1313页

作者：王文文俞英张勤山东农业大学动物科技学院中国农业大学动物科学技术学院畜禽育种国家工程实验室/农业部畜禽遗传育种重点实验室

产肠毒素大肠杆菌(enterotoxigenic Escherichia coli, ETEC) F4ac是引起新生仔猪(Sus scrofa)腹泻的一种主要病原菌。黏蛋白4 (mucin 4, MUC4)和溶质运载蛋白家族12成员8 (solute carrier family 12member 8, SLC12A8)基因是影响仔猪对ETEC F4ac易感性的候选基因,且这两个基因的物理位置位于数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)定位的F4ac受体基因区段内。本研究采用CRISPR/Cas9系统,分别构建了5个和6个MUC4及SLC12A8基因敲除载体。首先以猪MUC4和SLC12A8基因为靶点,分别设计合成5对和6对单导向RNA (single guide RNA, sgRNA),并插入到pX330质粒。将测序成功的载体对猪的小肠上皮细胞系IPEC-J2进行基因打靶,T7E1酶切实验证明MUC4和SLC12A8分别有3个和5个打靶载体具有基因敲除活性。其中MUC4的3个打靶载体的切割效率依次是8.4%、6.7%和6.2%,SLC12A8的5个打靶载体的切割效率依次是18.8%、19.1%、12.2%、18.1%和13.1%。利用Western blot进一步检测打靶后目的蛋白表达情况,结果表明pX330-MUC4-3、pX330-MUC4-4和pX330-MUC4-5打靶使目的蛋白表达有不同程度的降低,其中pX330-MUC4-4敲除效率最高。而SLC12A8的5个打靶载体中,pX330-SLC12A8-2、pX330-SLC12A8-5和pX330-SLC12A8-6打靶使目的蛋白表达有不同程度的降低,其中pX330-SLC12A8-5敲除效率最高。本研究为后续获得猪MUC4及SLC12A8基因缺失型细胞株提供实验材料和技术支撑,为进一步研究基因功能提供基础材料。

关键词： CRISPR/Cas9 猪黏蛋白4 (MUC4)基因溶质运载蛋白家族12成员8 (SLC12A8)基因

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基于转录组测序的奶牛产奶性状重要功能基因挖掘

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生物技术通报 2020年第9期36卷 244-252页

作者：陈一丹张昱杨洁张勤姜力中国农业大学动物科学技术学院畜禽育种国家工程实验室农业农村部动物遗传育种与繁殖重点实验室北京100193 山东农业大学动物科技学院泰安271018

挖掘奶牛产奶性状功能基因和重要遗传变异历来是我国奶牛分子育种的关键。本研究分别采集高产奶牛和低产奶牛泌乳期的血液组织,利用转录组测序进行高低产组差异表达基因分析、遗传变异的检测和功能注释。基因表达分析结果显示,在两组间... 详细信息

挖掘奶牛产奶性状功能基因和重要遗传变异历来是我国奶牛分子育种的关键。本研究分别采集高产奶牛和低产奶牛泌乳期的血液组织,利用转录组测序进行高低产组差异表达基因分析、遗传变异的检测和功能注释。基因表达分析结果显示,在两组间共检测到431个差异表达基因,这些基因富集在代谢过程、激素调节、细胞迁移、免疫等生物学过程。研究同时检测到373049个SNPs和42273个Indels,其中75363个是新发现的遗传变异。将遗传变异在高低产组中的等位基因频率分布情况与基因表达分析结果进行整合分析,最终筛选出12个影响奶牛产奶性状的重要候选基因:ASS1、CKB、GGT1、MGAM、SDSL、HP、LTF、MMP9、UPP1、DEFB4A、PGLYRP1、MS4A8和14个位于这些基因内的重要遗传变异。

关键词：产奶性状转录组基因表达功能基因 SNP

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