利用GenBank数据库中鹿科动物线粒体全基因组序列,设计了可覆盖鹿科动物线粒体基因组序列的引物,利用这些引物对东北梅花鹿、东北马鹿和塔里木马鹿的线粒体进行了全基因组测序,并将注释完全的序列提交到GenBank数据库,同时对这些序列进行了分析,最后联合GenBank数据库中的鹿科动物线粒体全基因组序列,Clusta1 X 1.83软件序列比对后,利用MEGA 4.0软件对梅花鹿、马鹿和赤鹿进行了系统进化分析。结果表明:梅花鹿存在3个明显的支系,即中国种群(大陆和台湾)、日本南部种群和日本北部种群,且大陆梅花鹿与日本南部梅花鹿的亲缘关系更近,日本梅花鹿分化为南、北两个种群,至少通过两个大陆桥在晚更新世从亚洲大陆迁徙至日本,台湾梅花鹿可能已达到了种的水平;Cervus elaphus起源于中亚,向东、西两个方向分化,形成了两个不同的物种即马鹿(亚洲-北美种群)和赤鹿(欧洲种群),马鹿与梅花鹿的亲缘关系更近,塔里木马鹿是赤鹿的祖先;梅花鹿和马鹿有最近的共同祖先,与赤鹿的祖先在中亚地区分别向东、西两个方向迁徙进化,最终向东分化为梅花鹿和马鹿,向西分化为赤鹿。
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