目的探讨免疫和基质细胞相关基因对三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)预后的影响。方法利用ESTIMATE算法计算GEO数据库中TNBC样本的免疫评分,使用R包中的limma包筛选差异表达基因。GEO数据库和KM-plotter网站进行生存分...
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目的探讨免疫和基质细胞相关基因对三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)预后的影响。方法利用ESTIMATE算法计算GEO数据库中TNBC样本的免疫评分,使用R包中的limma包筛选差异表达基因。GEO数据库和KM-plotter网站进行生存分析,寻找与TNBC无病生存期显著相关的基因。通过免疫组织化学染色和RT-qPCR验证其中部分基因的表达水平。结果功能富集和蛋白-蛋白相互作用网络分析显示这些基因主要参与免疫应答。R包中survival包生存分析显示,36个基因中有14个基因与TNBC的DFS显著相关。Cox-LASSO分析筛选出4个与TNBC预后相关的基因。时间依赖的受试者工作特征分析显示,1年生存率的曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.95,表明4个基因具有很好的预后预测能力。结论含杆状病毒IAP重复3(baculoviral IAP repeat containing 3,BIRC3)基因、CD8抗原(CD8 antigen,CD8A)基因、颗粒溶素(granulysin,GNLY)基因和含三方基序22(tripartite motif containing 22,TRIM22)基因这4个基因可能与TNBC的免疫微环境相关,是TNBC潜在的预后和治疗标志物。
提出使用磁共振图像(MRI)超短回波时间(UTE)成像序列结合T2*映射技术,对耳软骨T2*值进行在体无创检测,探究既能对耳软骨进行非侵入性成像又能定量评估在体耳软骨生物成分的方法,为耳软骨再造和修复整形手术评价的标准化提供新思路。首先,使用1个UTE和5个短回波时间(TE)的成像组合序列采集30名志愿者右侧外耳的MRI图像;然后,利用采集到的每名志愿者的图像进行组内刚性配准及手动分割耳软骨与外耳轮廓(包含耳软骨及周围组织,如皮肤、脂肪和其他软组织)的预处理;接下来,分别运用单指数和双指数衰减模型在分割出来的耳软骨和外耳区域进行T2*值测量;最后,分别使用这两种模型拟合耳软骨信号强度随回波时间变化的衰减曲线,并比较拟合模型的准确性。结果显示,在30例右耳的单成分分析(单指数模型)实验中,外耳的T2*m平均值为(49.269±16.979)ms,耳软骨的T2*m平均值为(23.799±9.629)ms。在双成分分析(双指数模型)中,外耳的短成分T2*s平均值为(11.713±3.111)ms,长成分T2*l平均值为(65.128±13.132)ms,耳软骨的短成分T2*s平均值为(5.577±1.830)ms,长成分T2*l平均值为(30.628±8.413)ms。统计分析显示,单成分分析计算得到的T2*m,和双成分分析计算得到的T2*s、T2*l,在外耳和耳软骨区域均存在显著差异(P<0.05)。在曲线拟合中,双指数模型优于单指数模型(R^2[bi]=0.999±0.001 vs R^2[mono]=0.905±0.014,P<0.05)。实验结果表明,超短回波时间成像序列结合T2*映射技术对在体耳软骨进行T2*值无创检测具备可行性,有望为软骨组织工程和3D生物打印技术制作的耳软骨-支架复合物应用在耳廓修复和再造中提供医学影像学的支撑,也为小耳畸形外科整形手术术后定量评估耳软骨提供一种可行性方案。
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