检索结果-内蒙古大学图书馆

柯萨奇B组1型云南分离株MSH／KM9／2009全基因组序列分析

病毒学报 2013年第3期29卷 293-298页

作者：刘建生邵聪文潘玥朱艳菊邓新强廖宏玮刘雅灵马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所昆明650118 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

对2009年分离自云南省昆明市脑膜脑炎儿童的1株柯萨奇B组1型病毒MSH-KM9-09,进行了全基因组的序列测定,并对其分子变异和进化特点进行了分析。采用逆转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerasechain reaction,RT-PCR),分段扩... 详细信息

对2009年分离自云南省昆明市脑膜脑炎儿童的1株柯萨奇B组1型病毒MSH-KM9-09,进行了全基因组的序列测定,并对其分子变异和进化特点进行了分析。采用逆转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerasechain reaction,RT-PCR),分段扩增覆盖病毒全长序列的8个重叠片段(未包括多聚腺苷酸尾),并进行序列测定和分析。CVB1MSH-KM9-09病毒株基因组全长7 384个核苷酸(nt),5'端和为3'端分别为741nt和94nt的非编码区,5'和3'非编码区间为一个6 549nt长的开放阅读框,编码一个含2 183个氨基酸的多聚蛋白,编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中现有CVB1全基因组序列M16560、pmMC、Tucson B1和CVB1/Nm相比对,整个基因组的核苷酸同源性分别为80.9%、81.6%、80.5%和80%,氨基酸同源性分别为95.6%、95.8%、96.2%和95.6%。首次完成中国CVB1病毒全基因组核苷酸序列的测定,经核苷酸序列同源性比对和进化树分析,证实MSH/KM9/2009株属于CVB1基因型。

关键词：柯萨奇病毒B组1型全基因组同源性序列分析

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2009年云南省2株肠道病毒71型分离株全基因组序列遗传特性分析

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病毒学报 2012年第2期28卷 108-113页

作者：李华邵聪文潘玥柯华昕马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所昆明650118 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

对2009年云南省肠道病毒71型分离株KMM09和KM186-09进行全基因组序列测序,并与我国及其它国家流行的EV71基因型进行比较和进化分析。KMM09和KM186-09基因组长为7409bp,编码2193个氨基酸,VP1系统进化分析显示2009年云南分离株属于C4基因... 详细信息

对2009年云南省肠道病毒71型分离株KMM09和KM186-09进行全基因组序列测序,并与我国及其它国家流行的EV71基因型进行比较和进化分析。KMM09和KM186-09基因组长为7409bp,编码2193个氨基酸,VP1系统进化分析显示2009年云南分离株属于C4基因型的C4a亚型。在结构区,与其它基因型相比较,C基因型之间的核苷酸和氨基酸的同源性高于其它基因型;而在非结构区,C4与B基因型和CA16原型株G10同源性高于其它C基因亚型。通过RDP3重组软件和blast比对分析,发现EV71C4基因型与B3基因型,与CA16原型株G10的基因组在非结构区存在重组。EV71全基因组序列的比较和分析,对了解引起我国手足口病暴发或流行C4基因亚型EV71毒株的遗传特性具有重要意义。

关键词：肠道病毒71型全基因组遗传特性

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云南省人乳头状瘤病毒16型E6/E7基因的变异分析

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病毒学报 2012年第6期28卷 645-651页

作者：杨丽娟岳耀斐陈俊英潘玥赵玉娇马绍辉孙强明中国医学科学院/北京协和医学院医学生物学研究所昆明650118 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

研究人乳头状瘤病毒16型E6和E7基因在云南省的变异情况。采集获得2 000例妇科门诊样品,提取DNA,以MY09/MY11为外引物,GP5+/GP6+为内引物,采用nest-PCR法对样品HPV-DNA高变区L1区的相应基因进行扩增、测序和分型,筛选得到20例HPV-16型病... 详细信息

研究人乳头状瘤病毒16型E6和E7基因在云南省的变异情况。采集获得2 000例妇科门诊样品,提取DNA,以MY09/MY11为外引物,GP5+/GP6+为内引物,采用nest-PCR法对样品HPV-DNA高变区L1区的相应基因进行扩增、测序和分型,筛选得到20例HPV-16型病毒DNA,对其进行E6和E7基因特异性扩增,测序。结果显示20例HPV-16型E6基因中有10例在178位核苷酸发生碱基突变,突变频率为50%,E7基因中有10例在647位核苷酸发生碱基突变,突变频率为50%。进化树分析结果表明在云南省流行的HPV-16型中主要为亚洲变异型,没有发现非洲1型,非洲2型。

关键词：子宫颈癌 HPV-16 进化树分析基因变异 E6基因 E7基因

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2009年云南省柯萨奇病毒B5：分离株A210／KM／09全基因序列分析

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中华流行病学杂志 2014年第3期35卷 307-311页

作者：刘建生邵聪文赵卫中张云昆吉玛朱艳菊马忠飞马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所昆明650118 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室

目的分析柯萨奇病毒B5（CVB5）云南分离株A210／K2~I／09全基因序列及其遗传特性。方法设计针对CVB5引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列，利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果CVB5A210／KM... 详细信息

目的分析柯萨奇病毒B5（CVB5）云南分离株A210／K2~I／09全基因序列及其遗传特性。方法设计针对CVB5引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列，利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果CVB5A210／KM／09全基因组核苷酸序列长度为7372bp，编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白；A210／KM／09全基因组核苷酸及所推导的氨基酸与CVB5／CCl0／10同源性最高，其同源性分别为92．5％和97.3％；而与其他CVB5毒株如17Y、19CSF、20CSF、1954／85／US、2000／CSF／KOR、03001N、CoxB5／Henard2010、CVB5／SD／09和Faulkner核苷酸和氨基酸同源性分别为80．1％～92．5％和95．0％～97.3％；A210／KM／09与其他CVB5毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.3％～96.3％和85．3％～100．O％，其中与VP3、3D区段核苷酸的同源性最低。基于CVB5全长VPl基因序：列进行种系进化分析，可将CVB5分为A、B、C和D4个基因型，其中C基因型可再分为C1～C4基因亚型，D基因型可再分为D1～D4基因亚型。中国CVB5流行株主要聚集在C4基因亚型，国外流行株主要聚集在D1、C2亚型。结论A210／KM／09分离株为C4基因型。

关键词：柯萨奇B组5型病毒全基因组序列分析进化树图

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2009年云南省 Echo30分离株 KM／A363／09全基因组序列分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2014年第5期34卷 388-392页

作者：白巍陈俊英潘玥朱艳菊邵聪文刘建生马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

目的：对2009年从中国云南省1名脑炎患儿粪便标本中分离到的Echo30云南分离株KM／A363／09进行全基因组测序和分析，了解该株病毒的遗传特性。方法设计针对Echo30引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列，利用Gen... 详细信息

目的：对2009年从中国云南省1名脑炎患儿粪便标本中分离到的Echo30云南分离株KM／A363／09进行全基因组测序和分析，了解该株病毒的遗传特性。方法设计针对Echo30引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列，利用Geneious和Mega5．1软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析，应用RDP3和SimPlot3．5．1重组软件对序列进行重组分析。结果该分离株全基因组核苷酸序列长度为7425 bp，编码2194个氨基酸。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Bastianni的同源性分别为81．2％和95．8％；与其他Echo30型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81．2％～88．6％和95．8％～97．8％；进化分析发现KM／A363／09毒株属于中国Echo30分支中的一支。而且发现KM／A363／09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论云南分离株KM／A363／09属于中国Echo30分支中的一支，而中国分离株已经发生一定的进化。

关键词： Echo30 全基因序列序列分析 Echovirus 30

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单纯疱疹病毒1型与阿尔茨海默病的研究进展

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中华微生物学和免疫学杂志 2021年第2期41卷 149-153页

作者：高杨李雪琦李琦涵中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus type 1,HSV-1)感染常引起口唇疱疹,但近年来其引发的生殖器疱疹越来越多,且与阿尔茨海默病等神经系统疾病的发生密切相关。阿尔茨海默病(Alzheimer disease,AD)是一种慢性进行性的中枢神经系统变... 详细信息

单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus type 1,HSV-1)感染常引起口唇疱疹,但近年来其引发的生殖器疱疹越来越多,且与阿尔茨海默病等神经系统疾病的发生密切相关。阿尔茨海默病(Alzheimer disease,AD)是一种慢性进行性的中枢神经系统变性病,其发病机制尚未完全阐明,目前也缺乏能够明确改善该疾病的药物。关于AD的HSV-1致病假说由来已久,但一直没有确切的证据证明两者之间的联系,本文将对HSV-1导致AD发病机制的研究进展进行简单综述。

关键词：单纯疱疹病毒1型阿尔茨海默病 β淀粉样蛋白 tau蛋白

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肠道病毒71型灭活疫苗在婴猴保护性实验中的病理性炎症反应

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中华医学杂志 2011年第28期91卷 1977-1981页

作者：张雪梅赵红玲王晶晶廖芸纳锐雄王丽春刘龙丁高家红唐东红王从章李琦涵中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

目的分析肠道病毒71型（EV71）灭活疫苗（人二倍体细胞）对动物的免疫是否能够导致由抗病毒免疫反应所引起的免疫病理损伤,以确定该实验性疫苗的安全性.方法利用恒河猴婴猴作为实验动物,未经免疫的对照组（n=4）和经EV71灭活疫苗免疫... 详细信息

目的分析肠道病毒71型（EV71）灭活疫苗（人二倍体细胞）对动物的免疫是否能够导致由抗病毒免疫反应所引起的免疫病理损伤,以确定该实验性疫苗的安全性.方法利用恒河猴婴猴作为实验动物,未经免疫的对照组（n=4）和经EV71灭活疫苗免疫的疫苗免疫组（n=4）同时接受EV71病毒攻击后,以临床观察、外周血和脑脊液的抗体和相关炎性因子监测、动物各组织器官的病理学检查分析为指标,判断动物在免疫反应过程中的病理性炎症反应.结果疫苗免疫组婴猴的特异性中和抗体滴度达到1：32,无论病毒攻击与否,其外周血及脑脊液中的不同炎性因子均无明显变化.直接感染组在病毒攻击后,其外周血中嗜碱性粒细胞相比正常值有4～5倍的一过性上升;病毒攻击后第7天外周血中白细胞介素6（IL-6）和γ干扰素（IFN-γ）出现明显上升,直接感染组（平均数分别为18.5、12.7 pg/ml）均高于疫苗免疫组（10.2、7.6 pg/ml）.直接感染组脑脊液中IL-6达到了正常值的4～5倍,7 d时,直接感染组和疫苗免疫组分别为102.0 pg/ml和12.4 pg/ml.病理检查提示,疫苗免疫组所有动物中,中枢神经系统的各个部位及其他组织均未见明显病理改变.但在直接感染组中可见到明显的、由病毒感染所导致的病理损伤,包括神经细胞的退行性变、炎细胞浸润、血管袖套等典型的脑炎病理特征,动物支气管及肺组织也出现明显炎症反应.结论 EV71灭活疫苗可以在恒河猴婴猴体内诱导良好的免疫反应,保护恒河猴婴猴在感染EV71时,不发生严重的炎症反应和组织病理损伤.同时,EV71灭活疫苗具有良好的安全性.

关键词：肠道病毒感染灭活疫苗免疫反应炎症反应

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云南省2009年埃可病毒6型分离株KM57—09全基因序列分析

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中华流行病学杂志 2012年第9期33卷 951-955页

作者：朱艳菊潘玥陈俊英马忠飞邓新强刘建生马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

目的对云南埃可病毒6型（Ech06）分离株KM57—09全基因序列进行分析和研究，了解其遗传特性。方法设计针对Ech06引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega5．05、RDP3和SimPlot3．5．1等生物学软件分析全基因序... 详细信息

目的对云南埃可病毒6型（Ech06）分离株KM57—09全基因序列进行分析和研究，了解其遗传特性。方法设计针对Ech06引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega5．05、RDP3和SimPlot3．5．1等生物学软件分析全基因序列。结果获得KM57—09全基因组核苷酸序列长度为7419bp，编码含2191个氨基酸残基的多聚蛋白；与其他Ech06参考株核苷酸和氨基酸同源性分别为79．3％～80．2％和93．3％～94．4％，与原型株D’Amor核苷酸和氨基酸同源性分别为79．3％和93．6％。在基因组各个区段上，Ech06KM57—09分离株的2C和3A区，与HN-2-E25核苷酸同源性最高，分别为86-3％和85．0％，而其5’UTR、VP4、3D和3’UTR区则与CoxB5-Henan-2010核苷酸同源性最高，分别为91．7％、81．2％、89．7％和96．9％。在VP1区上，与中国其他省份分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80．0％～96．0％和95．8％～99．0％，而与其他国家分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为77．6％～96．0％和95．2％-99．0％。进化分析发现Ech06可分为5个分支，中国分离株分属C和E分支，其中KM57—09属于E分支，且5个分支之间核苷酸的差异为15．6％～23．3％。3D基因序列种系进化分析以及RDP3和SimPlot3．5．1软件分析发现KM57—09序列在非结构区可能存在重组。结论Ech06可分为5个基因型，KM57—09分离株属于E基因型；中国大陆曾存在不同Ech06株传播链的流行。

关键词：埃可病毒6型全基因组序列分析

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人埃可病毒20型KM／EV20／2010分离株的全基因组序列分析

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中华流行病学杂志 2015年第5期36卷 501-505页

作者：潘玥邵聪文王晓辉朱艳菊陈俊英陈伟马绍辉刘建生中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

目的对人埃可病毒20型（EcH020）KM／EV20／2010分离株全基因组进行序列测定，并分析其分子变异和进化特点。方法设计针对KM／EV20／2010引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1... 详细信息

目的对人埃可病毒20型（EcH020）KM／EV20／2010分离株全基因组进行序列测定，并分析其分子变异和进化特点。方法设计针对KM／EV20／2010引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果KM／EV20／2010病毒株基因组全长7395bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为744nt和96nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6549rlt长的开放阅读框，编码一个含2183个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank中现有唯-1株ECH020JVl-1原型株全基因组序列相比对，核苷酸同源性为80．1％，氨基酸同源性为96．7％；构建基于全长VP1基因序列的进化树图并进行基因分型分析，ECH020可分为6个基因型，中国分离株分属Ⅲ和Ⅳ基因型，其中KM／EV20／2010属于基因型Ⅳ，且6个基因型之间核苷酸的差异为9．4％-21．7％。基于全基因组序列的种系进化分析提示KM／EV20／2010分离株与ECH020原型株JV-1遗传距离很远，未与原型株JV-1聚簇分布，而与ECH030病毒株遗传距离较近。分析发现KM／EV20／2010序列在非结构区可能存在重组。结论中国ECH020可分为6个基因型，KM／EV20／2010分离株属于Ⅳ基因型。

关键词：埃可病毒全基因组序列分析

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应用R语言BUGSnet程序包实现贝叶斯网状Meta分析

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中国循证医学杂志 2022年第5期22卷 600-608页

作者：向虹岳磊赵红李华谢天宏杨婷王杰张宇昊谢忠平中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗工程技术研究中心云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

BUGSnet程序包是一款功能强大、用于实现贝叶斯网状Meta分析的R语言程序包。该程序包基于JAGS软件并可根据公认的报告规范(PRISMA、ISPOR-AMPC-NCA和NICE-DSU)进行高质量的贝叶斯网络Meta分析。本文借助类固醇佐剂治疗天疱疮的网状Meta... 详细信息

BUGSnet程序包是一款功能强大、用于实现贝叶斯网状Meta分析的R语言程序包。该程序包基于JAGS软件并可根据公认的报告规范(PRISMA、ISPOR-AMPC-NCA和NICE-DSU)进行高质量的贝叶斯网络Meta分析。本文借助类固醇佐剂治疗天疱疮的网状Meta分析实例展示BUGSnet程序包处理连续性数据或二分类数据实现贝叶斯网状Meta分析的操作流程。

关键词：网状Meta分析 R软件 BUGSnet程序包贝叶斯推理

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