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一株柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016的全基因序列分析

病毒学报 2022年第3期38卷 573-580页

作者：许丹菡郭伟张名冯昌增丛山日刘双芹马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所昆明650118 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

对2016年云南省昆明市手足口病相关的柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016(简称V1641)全基因组进行测序,并分析其分子变异和进化特点。设计针对V1641的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和测序,拼接获得的全基因组序列。利用MEGA7.0.26... 详细信息

对2016年云南省昆明市手足口病相关的柯萨奇病毒B组5型分离株V1641/YN/CHN/2016(简称V1641)全基因组进行测序,并分析其分子变异和进化特点。设计针对V1641的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增和测序,拼接获得的全基因组序列。利用MEGA7.0.26、Geneious9.1.4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。V1641毒株基因组全长7 392nt,5’-UTR和3’-UTR分别长744nt和90nt,编码区长6 558nt,与其他CVB5相比未见核苷酸的插入和缺失,编码一个2 185aa的多聚蛋白。CVB5流行株大体上分为两个基因组,中国大陆流行株同原型株Faulkner一起分布于GenogroupⅠ分支,外国流行株大多分布于GenogroupⅡ分支。在GenBank中,V1641与KY303900-417/JS-CHN-2013最为同源,相似性为97.86%。V1641与其他中国大陆流行株的全基因组序列的核苷酸和氨基酸相似性分别为85.1%~97.8%和97.1%~99.6%。V1641在P1、P2和P3区段均与EV-B不同血清型的原型株聚类,经SimPlot3.5.1软件验证,提示有重组事件发生。云南CVB5分离株V1641同中国大陆流行株一样属于GenogroupⅠ基因群,在进化过程中可能发生了重组。中国大陆可能存在多条CVB5传播链。

关键词：柯萨奇病毒全基因组进化分析

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SARS-CoV-2疫苗序贯免疫的研究进展

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中华实验和临床病毒学杂志 2022年第3期36卷 327-336页

作者：李兴航李琦涵中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染造成的新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)是人类本世纪来面临的威胁最大的传染病之一。目前,全球范围内有4类疫苗已经获批上市或授权紧急使用—灭活疫苗、mRNA疫苗、腺病毒载体疫苗和重组蛋白疫苗。随着COVID-19大流行的持续,已进行全程免疫人群的抗体水平逐渐降低,加强免疫是必要的措施,而序贯免疫策略似乎是一种更好的疫苗接种策略。本文将对四类不同技术路线疫苗在序贯免疫中的研究进行综述。

关键词：新型冠状病毒新型冠状病毒肺炎序贯免疫疫苗

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轮状病毒NSP4胞质区在杆状病毒系统的表达及其黏膜佐剂效应评价

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中国免疫学杂志 2023年第5期39卷 917-921,927页

作者：谢力曾韦锟李臣孔璟王纪爱陈伟伟李鸿钧孙茂盛昆明学院医学院昆明650214 昆明医科大学第三附属医院昆明650118 中国医学科学院医学生物学研究所北京协和医学院云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118.

目的:应用Bac-to-Bac杆状病毒系统表达轮状病毒(RV)非结构蛋白NSP4的胞质区(CF)片段(47~175 aa),并初步检测其黏膜免疫佐剂效应。方法:将RV NSP4-CF基因片段定向克隆至转座载体pFastBac1,转化DH10Bac并筛选重组杆粒Bac-NSP4-CF。脂质体... 详细信息

目的:应用Bac-to-Bac杆状病毒系统表达轮状病毒(RV)非结构蛋白NSP4的胞质区(CF)片段(47~175 aa),并初步检测其黏膜免疫佐剂效应。方法:将RV NSP4-CF基因片段定向克隆至转座载体pFastBac1,转化DH10Bac并筛选重组杆粒Bac-NSP4-CF。脂质体介导Bac-NSP4-CF转染sf9细胞,收获细胞并传代培养。测定病毒滴度,Western blot检测目的蛋白表达情况。纯化后的重组NSP4-CF与卵清蛋白(OVA)滴鼻共免疫小鼠,并检测其黏膜免疫佐剂效应。结果:在杆状病毒系统中成功获取了NSP4-CF重组蛋白,Western blot检测可见约16 kD的特异性条带;重组NSP4-CF与OVA共免疫小鼠后,小鼠血清OVA特异性IgG、IgA抗体水平与肠道SIgA水平较OVA单独免疫组均有升高(P<0.05);ELISPOT检测结果表明NSP4-CF佐剂组(5μg)分泌IFN-γ的脾细胞平均数均高于OVA组(P<0.05)。结论:经昆虫细胞表达系统可获得RV NSP4胞质区(47~175 aa)重组蛋白,该蛋白与模式抗原经黏膜途径免疫小鼠具有增强系统免疫应答与黏膜免疫应答的佐剂活性,为进一步研究RV-NSP4佐剂活性区域及其分子机制提供了实验基础。

关键词：佐剂轮状病毒 NSP4胞质区杆状病毒黏膜免疫

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一株柯萨奇病毒A组4型云南株的全基因组分析

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中国感染控制杂志 2024年第9期23卷 1061-1069页

作者：陈俊薇冯昌增楚昭阳刘煜菡张名李丽马绍辉云南大学生命科学学院云南昆明650504 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118 昆明市妇幼保健院检验科云南昆明650031

目的了解中国云南2022年分离到的一株柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)病毒株的全基因组序列特征,探讨CVA4系统发育特征。方法对CVA4分离株194R3/YN/CHN/2022进行全基因组序列扩增测序,并应用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplo... 详细信息

目的了解中国云南2022年分离到的一株柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)病毒株的全基因组序列特征,探讨CVA4系统发育特征。方法对CVA4分离株194R3/YN/CHN/2022进行全基因组序列扩增测序,并应用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplot 3.5.1等软件拼接比对,构建CVA4分离株系统进化树,分析其全基因组序列特征。结果194R3/YN/CHN/2022分离株为CVA4,属于C2基因亚型,与我国近年的优势基因亚型一致。重组分析显示,在P2、P3非结构编码区,CVA4病毒分离株可能与EVA114原型株V13-0285、CVA16原型株G-10、CVA14原型株G-14发生过重组。结论云南分离的194R3/YN/CHN/2022属于CVA4中国流行的C2基因亚型,但发生了一定变异。

关键词：柯萨奇病毒A组4型全基因组序列系统进化分析 194R3/YN/CHN/2022

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云南省3株柯萨奇A组16型病毒全基因组序列分析

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中国病原生物学杂志 2022年第2期17卷 149-153,158页

作者：冯昌增刘昕蓓张名许丹菡徐炽何云龙马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118 云南大学医学院

目的分析柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)分离株全基因组特征。方法使用人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma,RD)、非洲绿猴肾细胞(Vero)和人胚肺二倍体细胞(human embryonic lung diploid fibroblasts,KMB17)从2019年云南手足口病患者粪便标本中分离CV-A16毒株。采用RT-PCR扩增其全基因组,测序并通过生物信息学方法对其全基因序列、系统进化和基因重组进行分析。结果共分离到3株CV-A16毒株,均为Vero细胞分离株。VP1系统进化分析表明,K106/YN/CHN/2019和K39/YN/CHN/2019属于B1基因亚型的B1b分支,K23/YN/CHN/2019属于B1基因亚型的B1a分支。在全基因组核苷酸序列上,K106/YN/CHN/2019和K39/YN/CHN/2019与中国CV-A16分离株相似性高,K23/YN/CHN/2019与国外CV-A16分离株相似性较高,其中,与澳大利亚分离株C138/CHW/AUS/2016之间的核苷酸相似性为97.6%。基于P1、P2和P3的系统进化、全基因组同源性和重组分析结果显示CV-A16在5'-UTR及P2、P3区可能与肠道病毒A组多个其他血清型病毒发生过型间重组事件。结论2019年从云南省手足口病患者粪便标本中分离到3株CV-A16,均为中国大陆流行基因型,为CV-A16的分子流行病学研究提供了理论基础。

关键词：柯萨奇病毒A组16型全基因组序列型间重组

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云南省1株柯萨奇病毒A组8型分离株全基因组分析

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中国生物制品学杂志 2024年第5期37卷 537-543页

作者：郭伟刘煜菡张名冯昌增许丹菡何秀莲范胜涛马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所、云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

目的分析柯萨奇病毒A组8型(Coxsackievirus A8,CVA8)云南分离株A8-1/YN/CHN/2019全基因组序列及其遗传特性,以期了解CVA8的流行和变异情况。方法设计针对CVA8的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增VP1序列并测序,BioEdit 7.2.3拼接得到全基因组... 详细信息

目的分析柯萨奇病毒A组8型(Coxsackievirus A8,CVA8)云南分离株A8-1/YN/CHN/2019全基因组序列及其遗传特性,以期了解CVA8的流行和变异情况。方法设计针对CVA8的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增VP1序列并测序,BioEdit 7.2.3拼接得到全基因组,使用MEGA 7.0软件进行系统进化分析,应用Simplot 3.5.1及RDP4软件进行重组分析。结果A8-1/YN/CHN/2019株长7396 nt,编码2188个氨基酸。其VP1与CVA8原型株AF081299/Donovan/USA/1998核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为81.04%和95.24%;A8-1/YN/CHN/2019株属于基因型E,其他中国分离株位于D和E型。重组分析发现A8-1/YN/CHN/2019株在非结构编码区的P2和P3段上发生重组。结论A8-1/YN/CHN/2019株为E基因型,并在P2、P3段的非结构区发生了重组事件。

关键词：柯萨奇病毒A组8型全基因组测序重组分析

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云南省柯萨奇病毒A组6型全基因组特征分析

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中国生物制品学杂志 2022年第8期35卷 922-927页

作者：张名冯昌增刘红波王晓辉许丹菡丛山日何陆涛张光贤马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

目的分析2015年云南省4株柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)分离株的全基因组特征。方法取手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便样本,制备悬液,接种至人横纹肌肉瘤细胞,CV-A6致细胞病变(CPE)后,收集病毒液,提取... 详细信息

目的分析2015年云南省4株柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)分离株的全基因组特征。方法取手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便样本,制备悬液,接种至人横纹肌肉瘤细胞,CV-A6致细胞病变(CPE)后,收集病毒液,提取RNA,经RT-PCR分段扩增获得全基因组片段,并进行测序。采用Geneious 9.1.4和Mega 7.0、Simplot等生物学软件进行核苷酸和氨基酸序列比对、系统进化及重组分析,并构建系统进化树。结果4株CV-A6分离株之间核苷酸和氨基酸序列一致性分别为94.8%~97.9%和97.3%~98.4%,与近几年国内流行的CV-A6株核苷酸和氨基酸序列一致性分别为94.6%~97.9%和97.4%~99.1%;分离株在5′UTR、2A、2C、3A、3D、3′UTR区可能存在与毒力和临床表型相关的12个位点。结论4株云南分离株属于CV-A6血清型,为D3a基因亚型。

关键词：柯萨奇病毒A组6型全基因组序列分析

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巨噬细胞抗单纯疱疹病毒1型感染作用机制的研究进展

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中国生物制品学杂志 2024年第6期37卷 763-768页

作者：张振潇(综述) 李琦涵(审校) 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所、云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus type 1,HSV-1)是一种具有免疫逃逸、潜伏以及再感染能力的DNA病毒。尽管其生物学特性已被广泛研究,但目前尚未开发出专门针对HSV-1的治疗药物和预防性疫苗。HSV-1的感染能够引发宿主固有免疫和适... 详细信息

单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus type 1,HSV-1)是一种具有免疫逃逸、潜伏以及再感染能力的DNA病毒。尽管其生物学特性已被广泛研究,但目前尚未开发出专门针对HSV-1的治疗药物和预防性疫苗。HSV-1的感染能够引发宿主固有免疫和适应性免疫响应。其中,巨噬细胞通过病原体的吞噬、加工和提呈等过程,在抗病毒免疫反应中发挥着重要作用。本文对巨噬细胞在对抗HSV-1感染中作用的最新研究进展作一综述,以期为未来的疫苗设计和药物研发提供参考。

关键词：单纯疱疹病毒巨噬细胞药物疫苗

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树突状细胞疫苗的研究进展

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中国生物制品学杂志 2022年第10期35卷 1242-1248页

作者：李兴航(综述) 李琦涵(审校) 中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

树突状细胞(dendritic cell,DC)是一类强大的抗原提呈细胞,也是适应性免疫应答的关键步骤,对于诱导T、B细胞介导的细胞免疫和体液免疫是必需的。由于其特殊的免疫学功能,在DC疫苗的研究中备受关注。目前已有一种基于DC的疫苗Sipuleucel-... 详细信息

树突状细胞(dendritic cell,DC)是一类强大的抗原提呈细胞,也是适应性免疫应答的关键步骤,对于诱导T、B细胞介导的细胞免疫和体液免疫是必需的。由于其特殊的免疫学功能,在DC疫苗的研究中备受关注。目前已有一种基于DC的疫苗Sipuleucel-T获批上市,还有多项DC疫苗正在临床试验阶段。本文对DC的生物学特征和功能、DC疫苗的类型以及DC疫苗面临的挑战和前景作一综述。

关键词：树突状细胞疫苗肿瘤预防治疗

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2019年云南省昆明市柯萨奇病毒A组16型毒株的分离鉴定及其VP1基因遗传特征分析

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中国生物制品学杂志 2024年第3期37卷 292-297页

作者：刘煜菡张名郭伟冯昌增许丹菡马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

目的对2019年云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者粪便中分离获得的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)毒株的全VP1基因遗传特征进行分析。方法使用人胚肺二倍体KMB-17细胞和非洲绿猴肾Vero细胞分离病毒,... 详细信息

目的对2019年云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者粪便中分离获得的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)毒株的全VP1基因遗传特征进行分析。方法使用人胚肺二倍体KMB-17细胞和非洲绿猴肾Vero细胞分离病毒,设计针对CVA16全VP1基因序列引物,采用RT-PCR扩增目的基因片段并测序;利用MEGA 7.0和Geneious 9.0.2等软件对全VP1序列进行分析。结果共分离获得26株CVA16毒株,其中有8株KMB-17分离株和18株Vero分离株。随机选取20株CVA16分离株进行分析,发现3株B1a和17株B1b基因亚型;其中17株CVA16 B1b分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.8%~100%和98.3%~100%,与国内其他分离株的核苷酸和氨基酸同源性为91.1%~99.2%和97.3%~99.0%;3株B1a分离株的核苷酸和氨基酸同源性为98.0%~98.1%和99.3%,与国内其他B1a分离株的核苷酸和氨基酸同源性为88.7%~98.7%和98.3%~99.7%;17株B1b分离株与其他3株B1a的核苷酸和氨基酸同源性为87.4%~88.4%和97.3%~98.7%。结论2019年昆明地区流行的CVA16属于B1a和B1b基因亚型,以B1b为主,且均为中国内地流行株。

关键词：柯萨奇病毒A组16型 VP1序列分离鉴定进化分析遗传特性

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