检索结果-内蒙古大学图书馆

第十二届中国实验动物科学年会

作者：罕园园孙晓梅匡德宣陆彩霞仝品芬王文广李娜代解杰中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心、云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记.检测了6只动物共计274278568条unigene(总长度43138417bp)序列信息后,在262980条unigene(5.75％)中共发现SNP位点262980个,SNP发生频率为1/27bp,其中转换(transition)177562个,颠换(transversion)85509个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85％和33.66％.为进一步对得到的SNP所在基因功能进行分析,将包含SNP位点的262980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGG pathway),结合已有研究,筛选到1 187个可能脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记.

关键词：树鼩转录组单核苷酸多态性(SNP) 功能注释脂肪形成

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人埃可病毒20型KM／EV20／2010分离株的全基因组序列分析

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中华流行病学杂志 2015年第5期36卷 501-505页

作者：潘玥邵聪文王晓辉朱艳菊陈俊英陈伟马绍辉刘建生中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

目的对人埃可病毒20型（EcH020）KM／EV20／2010分离株全基因组进行序列测定，并分析其分子变异和进化特点。方法设计针对KM／EV20／2010引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1... 详细信息

目的对人埃可病毒20型（EcH020）KM／EV20／2010分离株全基因组进行序列测定，并分析其分子变异和进化特点。方法设计针对KM／EV20／2010引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果KM／EV20／2010病毒株基因组全长7395bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为744nt和96nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6549rlt长的开放阅读框，编码一个含2183个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank中现有唯-1株ECH020JVl-1原型株全基因组序列相比对，核苷酸同源性为80．1％，氨基酸同源性为96．7％；构建基于全长VP1基因序列的进化树图并进行基因分型分析，ECH020可分为6个基因型，中国分离株分属Ⅲ和Ⅳ基因型，其中KM／EV20／2010属于基因型Ⅳ，且6个基因型之间核苷酸的差异为9．4％-21．7％。基于全基因组序列的种系进化分析提示KM／EV20／2010分离株与ECH020原型株JV-1遗传距离很远，未与原型株JV-1聚簇分布，而与ECH030病毒株遗传距离较近。分析发现KM／EV20／2010序列在非结构区可能存在重组。结论中国ECH020可分为6个基因型，KM／EV20／2010分离株属于Ⅳ基因型。

关键词：埃可病毒全基因组序列分析

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云南汉族人群脂联素基因启动子区多态性与宫颈癌的相关性

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贵阳医学院学报 2016年第7期41卷 770-774,778页

作者：张禹严志凌史荔杨宏英杨家方俞建昆张新文刘舒媛李传印姚宇峰中国医学科学院&北京协和医学院医学生物学研究所云南昆明650118 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118 昆明医科大学附属第三医院云南昆明650106

目的:探讨脂联素基因启动子区单核苷酸多态(SNP)与宫颈癌的相关性。方法:选取云南地区汉族女性人群中宫颈癌患者395例组为癌症组、癌前病变者131例为癌前病变组,正常健康体检者685例作为对照组,采用Taq Man探针基因分型方法对3组人群外... 详细信息

目的:探讨脂联素基因启动子区单核苷酸多态(SNP)与宫颈癌的相关性。方法:选取云南地区汉族女性人群中宫颈癌患者395例组为癌症组、癌前病变者131例为癌前病变组,正常健康体检者685例作为对照组,采用Taq Man探针基因分型方法对3组人群外周血DNA中脂联素基因启动子区的3个SNP位点rs266730(G>A)、rs266729(C>G)和rs16861194(A>G)进行基因分型,并构建单倍型,评估上述3个SNP位点及单倍型与宫颈癌的相关性。结果:癌症组、癌前病变组及对照组间脂联素基因启动子区的3个SNP位点rs266730(G>A)、rs266729(C>G)和rs16861194(A>G)的基因频率和等位基因频率比较,差异均无统计学意义(P>0.05);rs266730(G>A)、rs266729(C>G)和rs16861194(A>G)构建的单倍型频率在癌症组、癌前病变组和对照组中的差异无统计学意义(P>0.05)。结论:在云南汉族女性群体中,脂联素基因启动子区的rs266730(G>A)、rs266729(C>G)和rs16861194(A>G)3个SNP位点多态性与宫颈癌的发生无关。

关键词：宫颈肿瘤癌前状态多态性,单核苷酸基因型脂联素

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云南汉族人群IL-4基因5’和3’非编码区域多态性与HCV慢性感染无相关性

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免疫学杂志 2015年第6期31卷 545-548,552页

作者：李莹童绍勇李桃意刘城秀姚月婷俞建昆史荔姚宇峰中国医学科学院&北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

目的探讨IL-4基因5’和3’非编码区域单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNP)与HCV慢性感染的相关性。方法选取云南地区汉族人群HCV慢性感染患者380例,健康体检人群439例。采用Taq Man探针基因分型方法对IL-4基因5’和... 详细信息

目的探讨IL-4基因5’和3’非编码区域单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphism,SNP)与HCV慢性感染的相关性。方法选取云南地区汉族人群HCV慢性感染患者380例,健康体检人群439例。采用Taq Man探针基因分型方法对IL-4基因5’和3’非编码区域6个SNP位点SNP-1138A/G(rs2243247)、-1098G/T(rs2243248)、-589C/T(rs2243250)、-33C/T(rs2070874)、2979C/A(rs2227284)、3’端C/T(rs2243292)进行基因分型,并构建单倍型,评估上述6个SNP位点及单倍型与HCV慢性感染的相关性。结果 IL-4基因SNP-1138A/G(rs2243247),3’端C/T(rs2243292)在病例组和对照组中无多态性;SNP位点-1098G/T(rs2243248)、-589C/T(rs2243250)、-33C/T(rs2070874)、2979C/A(rs2227284)的基因型频率和等位基因频率在病例组和对照组中差异无统计学意义(P>0.05);单倍型分析结果显示:SNP位点-1098G/T(rs2243248)、-589C/T(rs2243250)、-33C/T(rs2070874)、2979C/A(rs2227284)构建的单倍型频率在病例组和对照组中差异无统计学意义(P>0.05)。结论在云南汉族群体中,IL-4基因5’和3’非编码区域SNP位点-1138A/G(rs2243247)、-1098G/T(rs2243248)、-589C/T(rs2243250)、-33C/T(rs2070874)、2979C/A(rs2227284)、3’端C/T(rs2243292)与HCV慢性感染没有相关性。

关键词： HCV 慢性感染单核苷酸多态性 IL-4

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基于HPV16E7蛋白CTLs抗原肽的病毒样颗粒治疗性疫苗的构建

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中国生物工程杂志 2015年第2期35卷 45-51页

作者：褚晓杰李杨龙琼姚宇峰孙文佳黄惟巍杨旭刘存宝马雁冰中国医学科学院/北京协和医学院医学生物学研究所昆明650118 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118 云南省重大传染病疫苗工程技术研究中心昆明650118

目的:构建呈递HPV16 E7 CTLs抗原表位的病毒样颗粒,并初步评价病毒样颗粒作为治疗性疫苗载体的潜能。方法:根据文献选择有效的HPV16 E7 CTLs表位,合成其正负链寡核苷酸序列,并通过退火形成双链DNA片段。将片段克隆于表达乙肝核心抗原的... 详细信息

目的:构建呈递HPV16 E7 CTLs抗原表位的病毒样颗粒,并初步评价病毒样颗粒作为治疗性疫苗载体的潜能。方法:根据文献选择有效的HPV16 E7 CTLs表位,合成其正负链寡核苷酸序列,并通过退火形成双链DNA片段。将片段克隆于表达乙肝核心抗原的重组质粒p Thio His AHBc Ag,使抗原肽得以呈现于病毒样颗粒。重组菌经IPTG诱导后经SDS-PAGE鉴定目的蛋白表达。菌体破碎后经硫酸铵盐析法和蔗糖密度梯度离心进行纯化,并经高效液相凝胶过滤色谱和电镜鉴定病毒样颗粒的存在。制备的病毒样颗粒免疫接种了TC-1细胞的肿瘤模型小鼠,检测小鼠肿瘤大小。此外,在体外以抗原肽刺激脾细胞,以ELISA检测IFN-γ表达水平。结果:构建的三个重组表达质粒经酶切鉴定及测序分析证实构建正确。表达的重组蛋白大小与预期相符,并形成了病毒样颗粒。免疫小鼠后显示了抑制肿瘤增长的一定作用趋势。此外,抗原肽体外刺激促进了疫苗免疫小鼠脾细胞IFN-γ的表达,显示疫苗引起机体产生E7特异性的细胞免疫应答。结论:HBc Ag VLPs是有潜能的治疗性疫苗载体。

关键词：病毒样颗粒治疗性疫苗人乳头瘤病毒

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云南汉族人群TNF-α基因和ALCAM基因多态性与HCV慢性感染的相关性

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昆明医科大学学报 2016年第5期37卷 5-8页

作者：刘城秀沈云松张禹檀林萍姚月婷俞建昆李桃意姚宇峰史荔中国医学科学院&北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118 云南省第一人民医院&昆明理工大学附属医院云南昆明650032

目的探讨TNF-α基因启动子SNP-C/T(rs1799724)和ALCAM基因3'UTR区SNP-A/G(rs11559013)位点与HCV慢性感染的相关性.方法入选云南地区汉族人群HCV慢性感染患者434例,健康体检人群444例.采用Taq Man探针基因分型方法对TNF-α基因启动子... 详细信息

目的探讨TNF-α基因启动子SNP-C/T(rs1799724)和ALCAM基因3'UTR区SNP-A/G(rs11559013)位点与HCV慢性感染的相关性.方法入选云南地区汉族人群HCV慢性感染患者434例,健康体检人群444例.采用Taq Man探针基因分型方法对TNF-α基因启动子SNP-C/T(rs1799724)和ALCAM基因3'UTR区SNP-A/G(rs11559013)的2个位点进行基因分型,评估上述2个SNPs与HCV慢性感染的相关性.结果在病例组和对照组中,TNF-α基因启动子SNP-C/T(rs1799724)和ALCAM基因3'UTR区SNP-A/G(rs11559013)基因型频率和等位基因频率差异没有统计学意义(P>0.05).结论在云南汉族群体中,TNF-α基因启动子SNP-C/T(rs1799724)和ALCAM基因3'UTR区SNP-A/G(rs11559013)与HCV慢性感染没有相关性.

关键词： HCV 慢性感染单核苷酸多态性 TNF-α ALCAM

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树鼩CD4及IL-6分子的克隆及分析

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中国生物制品学杂志 2015年第6期28卷 579-586页

作者：任芳芳徐婧雯张雪梅吴忠香马娜卢孔杰董少忠中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

目的克隆野生型中缅树鼩的CD4及IL-6分子,并分析其核苷酸、氨基酸序列的多态性及重要的功能位点。方法经野生型树鼩尾静脉采血,分离外周血单核淋巴细胞,经植物血球凝集素(phytohemagglutinin,PHA)刺激24 h后,提取细胞总RNA,以其为模板,... 详细信息

目的克隆野生型中缅树鼩的CD4及IL-6分子,并分析其核苷酸、氨基酸序列的多态性及重要的功能位点。方法经野生型树鼩尾静脉采血,分离外周血单核淋巴细胞,经植物血球凝集素(phytohemagglutinin,PHA)刺激24 h后,提取细胞总RNA,以其为模板,进行RT-PCR扩增,扩增产物插入p MD-19T载体,提取阳性重组质粒,经双酶切鉴定及测序;采用Lasergene分析目的基因核苷酸及氨基酸序列,并构建进化树,分析野生型树鼩与已知中缅树鼩的亲缘关系。结果野生型树鼩CD4全长编码序列的开放阅读框长度为1 365 bp,编码454个氨基酸,IL-6全长编码序列的开放阅读框为627 bp,编码208个氨基酸,22只野生型树鼩成功克隆出CD4分子,23只野生型树鼩成功克隆出IL-6分子。不同野生型中缅树鼩的CD4及IL-6分子有不同程度的核苷酸和氨基酸位点的突变,但分别有35%和26.7%的碱基突变为同义突变,且发生非同义突变的位点对树鼩CD4和IL-6分子重要的功能位点无影响。由CD4核苷酸及氨基酸序列构建的系统进化树基本一致;由IL-6核苷酸及氨基酸序列构建的系统进化树中,23只野生树鼩分为2个分支。结论 CD4和IL-6分子具有重要功能的氨基酸位点是保守稳定的,为今后树鼩CD4和IL-6单克隆抗体的制备及树鼩实验动物模型的建立奠定了基础。

关键词：树鼩 CD4 IL-6 克隆系统进化树

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树鼩白细胞介素-6的原核表达及其分子特征

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中国生物制品学杂志 2015年第6期28卷 557-563页

作者：冯凯李建平胡云光王晶晶王丽春李剑兰李琦涵刘龙丁中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

目的原核表达树鼩(tree shrew,ts)白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)基因,并分析ts IL-6蛋白分子特征。方法以人、猴、啮齿类动物等IL-6 m RNA的共有序列作为查询序列,从树鼩c DNA数据库中进行本地blast,获得预测ts IL-6核苷酸序列,将... 详细信息

目的原核表达树鼩(tree shrew,ts)白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)基因,并分析ts IL-6蛋白分子特征。方法以人、猴、啮齿类动物等IL-6 m RNA的共有序列作为查询序列,从树鼩c DNA数据库中进行本地blast,获得预测ts IL-6核苷酸序列,将其翻译成氨基酸序列,用MEGA 6软件进行核酸序列和氨基酸序列比对,绘制进化树。参考预测IL-6基因序列设计引物,PCR扩增IL-6基因序列,克隆至原核表达载体p ET-28a(+),构建重组表达质粒p ET-28a(+)-IL-6;转化感受态*** BL21(ED3),IPTG诱导表达,重组蛋白经14 KD透析膜梯度透析纯化;利用蛋白质在线数据库expasy进行蛋白质结构同源建模,并用Signal P sever预测ts IL-6的信号肽序列,经模板与预测模型的结构拟合来预测树鼩IL-6的gp130结合位点。结果 ts IL-6核苷酸和氨基酸序列与高等灵长类动物有较高的同源性;重组表达质粒p ET-28a(+)-IL-6经双酶切鉴定证明构建正确;重组表达蛋白相对分子质量约为24 000,纯化后可见单一目的条带,浓度为0.2 mg/ml;h IL-6和ts IL-6蛋白的空间结构较类似,ts IL-6的gp130结合位点Ⅱa位于A和C螺旋间,位点Ⅲa位于A和B螺旋的柔性链区及分子近C-端。结论 ts IL-6的核苷酸和氨基酸序列与高等灵长类动物具有较高同源性,成功构建的重组原核表达质粒p ET-28a(+)-IL-6,为后续IL-6相关的病理研究奠定了基础。

关键词：树鼩白细胞介素-6 原核细胞基因表达同源建模

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不同批次肠道病毒71型(EV71)灭活疫苗的一致性分析

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中国生物制品学杂志 2015年第3期28卷 223-227,232页

作者：张莹刘龙丁董承红王丽春廖芸郭磊王晶晶梁燕冯敏崔伟李琦涵中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

目的分析不同批次的肠道病毒71型（enterovirus 71,EV71）灭活疫苗（人二倍体细胞）全程免疫后免疫原性及安全性的一致性。方法检测3批EV71灭活疫苗成品的抗原含量、游离甲醛含量、铝含量、内毒素含量、抗生素残留量,并免疫动物检测异... 详细信息

目的分析不同批次的肠道病毒71型（enterovirus 71,EV71）灭活疫苗（人二倍体细胞）全程免疫后免疫原性及安全性的一致性。方法检测3批EV71灭活疫苗成品的抗原含量、游离甲醛含量、铝含量、内毒素含量、抗生素残留量,并免疫动物检测异常毒力及效力。采用随机、双盲的方法,将3批疫苗于第0、28天分别免疫900名6~72月龄的受试人群。于接种前（第0天）、完成2剂疫苗接种后28天（第56天）,采集静脉血,分离血清,采用微量细胞病变法检测EV71中和抗体（neutralizing antibody,Nab）效价;于每次接种后30 min内记录即时反应,每剂接种后0~7 d内记录各种征集性局部和全身症状,0~28 d内记录非征集性不良反应事件,并在整个观察期间报告严重不良反应事件。结果 3批EV71灭活疫苗成品的各项检定结果均在合格范围内。经2剂EV71灭活疫苗全程免疫后,20120101、20120102和20120203批疫苗受试者的抗体阳转率分别为98.00%、95.67%和98.67%,易感人群（Nab〈1∶8）免后抗体阳转率分别为96.45%、92.44%和97.60%,非易感人群（Nab≥1∶8）免后抗体水平的4倍增长率分别为67.94%、65.63%和71.43%;免后抗体GMT分别为283.79、231.48和285.78,组间差异均无统计学意义（P均〉0.05）。3批疫苗诱导的与疫苗相关的不良反应及严重不良反应事件,组间差异无统计学意义（P〉0.05）。结论通过比较3批疫苗的各项生产质量控制指标及其诱导的抗体水平,证实该疫苗的生产工艺较稳定。

关键词： EV71灭活疫苗人二倍体细胞免疫原性安全性一致性

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G1P型轮状病毒ZTR-68株冷适应株的筛选及其生物学特征鉴定

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病毒学报 2015年第5期31卷 548-553页

作者：谢力米锴叶静牛香莲孙晓琴易山李鸿钧孙茂盛昆明学院医学院昆明650214 中国医学科学院医学生物学研究所北京协和医学院云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118 昆明医科大学昆明650503

通过对G1P[8]型人野生轮状病毒ZTR-68株的梯度降温传代,筛选适应低温的轮状病毒减毒毒株,为轮状病毒减毒疫苗的制备提供研究基础。自腹泻婴儿粪便样品中分离轮状病毒,在MA104猴肾细胞中自37℃始传代培育,每传代8代后降温3℃,连续传代至2... 详细信息

通过对G1P[8]型人野生轮状病毒ZTR-68株的梯度降温传代,筛选适应低温的轮状病毒减毒毒株,为轮状病毒减毒疫苗的制备提供研究基础。自腹泻婴儿粪便样品中分离轮状病毒,在MA104猴肾细胞中自37℃始传代培育,每传代8代后降温3℃,连续传代至28℃,累计传代32代,低温适应过程中检测病毒生物学性状的变化。梯度降温传代后得到的冷适应株RNA基因组电泳迁移条带仍与原始毒株保持一致,血凝滴度降低,病毒蚀斑形态趋于变小且不规则,37℃回复培养时病毒呈现增殖速度减慢且感染性滴度降低的变化。结果显示:野生轮状病毒经冷适应传代后可以得到具有减毒效应的稳定毒株,该毒株出现了部分生物学特征的改变,冷适应株的选育为轮状病毒减毒活疫苗的研制提供了一种备选策略。

关键词：轮状病毒冷适应株生物学特征鉴定

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