检索结果-内蒙古大学图书馆

基础医学与临床 2025年第5期45卷 561-567页

作者：蒋正阳孙梦瑶何浏余佳马艳妮中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究假基因AC106872.1对维持人类胚胎干细胞(hESCs)自我更新能力的影响。方法在hESCs中敲除假基因AC106872.1,通过PCR及琼脂糖凝胶电泳检测敲除情况;通过集落形成实验及碱性磷酸酶(AP)染色评估hESCs的集落形成能力,qPCR及流式细胞... 详细信息

目的探究假基因AC106872.1对维持人类胚胎干细胞(hESCs)自我更新能力的影响。方法在hESCs中敲除假基因AC106872.1,通过PCR及琼脂糖凝胶电泳检测敲除情况;通过集落形成实验及碱性磷酸酶(AP)染色评估hESCs的集落形成能力,qPCR及流式细胞测量术分析检测hESCs的多能性及分化标志基因表达情况,高通量测序检测敲除假基因对细胞转录组的影响。结果敲除假基因AC106872.1后,hESCs的集落形成能力得到抑制(P<0.05),多能性标志基因表达水平显著降低(P<0.0001),分化标志基因表达水平显著上升(P<0.0001)。结论假基因AC106872.1通过调控多能性基因的表达,参与人类胚胎干细胞自我更新能力的维持。

关键词：假基因人类胚胎干细胞多能性

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基于人工智能的心血管疾病预测模型研究现状

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蚌埠医科大学学报 2025年第1期50卷 6-13页

作者：彭石娟王小满高琴陈厚早蚌埠医科大学卫生管理学院安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学基础医学院生理学教研室安徽蚌埠233030 蚌埠医科大学心脑血管疾病基础与临床重点实验室安徽蚌埠233030 中国医学科学院基础医学研究所暨北京协和医学院生物化学与分子生物学系重大疾病共性机制研究国家重点实验室北京100005

心血管疾病(CVD)是全球的主要死因,早期预测对CVD.预防、诊断和治疗至关重要。二十世纪末,研究者根据不同权重将多种危险因素组成风险评分来预测CVD风险,以便确定最有可能从预防性干预措施中获益的人群,为一些国家带来重大利益。然而,... 详细信息

心血管疾病(CVD)是全球的主要死因,早期预测对CVD.预防、诊断和治疗至关重要。二十世纪末,研究者根据不同权重将多种危险因素组成风险评分来预测CVD风险,以便确定最有可能从预防性干预措施中获益的人群,为一些国家带来重大利益。然而,传统的风险模型通常无法捕捉危险因素之间的非线性关系。人工智能(AI)技术,特别是监督式机器学习和深度学习,为CVD预测提供了新视角和工具。近几年,基于电子病历、多模态影像等临床数据和衰老大数据可以准确地预测CVD的发病和死亡风险,因此,本文将从传统评分、基于AI的临床数据和衰老大数据的CVD预测模型研究现状分别进行阐述,为促进AI结合CVD提供思路。

关键词：心血管疾病人工智能预测模型衰老生物学年龄

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大蒜素通过HBV启动子SP2抑制HBV复制

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基础医学与临床 2025年第4期45卷 465-470页

作者：卢莉莉朱席琳伍晓盼刘英中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的探究大蒜素(allicin)对乙型肝炎病毒(HBV)复制的影响并初步阐明其调控分子机制。方法不同浓度的大蒜素处理HepG2.2.15细胞,采用ELISA检测HBsAg和HBeAg的表达水平,CCK-8实验评估大蒜素对细胞活力的影响,从中筛选出适宜的药物浓度;以... 详细信息

目的探究大蒜素(allicin)对乙型肝炎病毒(HBV)复制的影响并初步阐明其调控分子机制。方法不同浓度的大蒜素处理HepG2.2.15细胞,采用ELISA检测HBsAg和HBeAg的表达水平,CCK-8实验评估大蒜素对细胞活力的影响,从中筛选出适宜的药物浓度;以该浓度的大蒜素处理HepG2-NTCP细胞,48 h后通过RT-qPCR检测HBV相关标志物的表达;通过双荧光素酶报告基因实验,分析4种HBV启动子(EnhⅠ/Xp,SP1,SP2和CP)的活性,并评估大蒜素对这些启动子活性的影响;使用工具Gene-regulation预测可能与启动子结合的转录因子,过表达转录因子后处理细胞以检测大蒜素对启动子活性的影响。最后,通过ChIP实验验证转录因子与HBV启动子的结合情况,以及大蒜素处理是否改变这种结合。结果大蒜素呈浓度依赖性显著降低HBsAg表达水平,同时对HBeAg表达有轻微抑制作用(P<0.001);40μmol/L的大蒜素表现出最佳的抗病毒效果,且对细胞活力无显著影响;此外,40μmol/L的大蒜素还能显著抑制HBV的DNA复制和转录水平(P<0.05);大蒜素显著抑制了HBV启动子SP2的活性(P<0.001);进一步研究发现,转录因子SP1能够与HBV启动子SP2的DNA序列结合,经大蒜素处理后,该结合显著受到抑制(P<0.001)。结论大蒜素通过抑制转录因子SP1与HBV启动子SP2的结合,降低HBV的转录水平,进而抑制病毒的复制。

关键词：大蒜素乙型肝炎病毒抗病毒转录调控 HBV启动子SP2

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BE-dot:为单碱基编辑设计sgRNA及预测脱靶图谱的工具

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生物化学与生物物理进展 2023年第2期50卷 397-404页

作者：王泽鲁梁俊波王晓月中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

目的单碱基编辑器作为修复基因组点突变的有力工具,在生物技术开发和临床应用中具有极大潜力。对于目标改造的单核苷酸变异(SNV),首先要选择可用于编辑的单碱基编辑器(base editors,BEs)和单向导RNA (single guide RNA,sgRNA)。目前,... 详细信息

目的单碱基编辑器作为修复基因组点突变的有力工具,在生物技术开发和临床应用中具有极大潜力。对于目标改造的单核苷酸变异(SNV),首先要选择可用于编辑的单碱基编辑器(base editors,BEs)和单向导RNA (single guide RNA,sgRNA)。目前,尽管有较多工具实现了设计sgRNA,但缺少将设计sgRNA与评估单碱基编辑器特异性完整结合起来的工具。方法纳入主流的27种胞嘧啶碱基编辑器(CBEs)和12种腺嘌呤碱基编辑器(ABEs)对SNV设计编辑方案,并通过调用第三方工具BE-Hive对编辑方案进行效率预测。综合使用多个脱靶预测工具对编辑方案的脱靶图谱进行评估。最后结合BEs类型和脱靶位点,分析得到所有可能的脱靶编辑产物,再调用ANNOVAR这一变异注释工具进行脱靶产物的功能分析。结果本文提出了一个综合性工具BE-dot,它可以实现对目标编辑的SNV从设计sgRNA到预测脱靶图谱的完整过程,并对脱靶产物进行功能注释。利用密码子的简并性,BE-dot除了提供DNA水平上的精确校正方案,还可以在蛋白质水平进行同义校正。在对单碱基编辑系统做脱靶图谱的预测时,BE-dot综合了Cas-OFFinder、CALITAS、CFD、u CRISPR、BEdeepoff等多个工具,可以更全面地评估单碱基编辑系统的特异性,为用户选择BEs和sgRNA提供参考。此外,BE-dot可以自动分析得到脱靶位点处所有可能的编辑产物,并转换为avinput格式供ANNOVAR进行功能注释,避免了以往手工注释的繁琐。结论 BE-dot能为单碱基编辑技术应用于纠正或引入SNV设计编辑方案,并且能够从编辑效率、脱靶图谱、脱靶带来的功能影响等方面对编辑方案进行全面的评估。

关键词：单碱基编辑器单向导RNA设计脱靶图谱预测

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利用结直肠癌类器官模型评估化疗药物药效

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基础医学与临床 2025年第4期45卷 456-464页

作者：果月红周凡琦吴熙张冠南王芳余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005 中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院/国家肿瘤中心/国家肿瘤临床研究中心综合肿瘤科北京100021 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院基本外科北京100730

目的构建人结直肠癌类器官并进行化疗药物药效评估。方法利用体外分离的人结直肠癌组织,采用3D类器官培养方法建立生物样结肠癌3D培养物;并使用免疫组化方法对肿瘤类器官和原发肿瘤组织进行结直肠癌分子标记物染色;使用肿瘤类器官进行... 详细信息

目的构建人结直肠癌类器官并进行化疗药物药效评估。方法利用体外分离的人结直肠癌组织,采用3D类器官培养方法建立生物样结肠癌3D培养物;并使用免疫组化方法对肿瘤类器官和原发肿瘤组织进行结直肠癌分子标记物染色;使用肿瘤类器官进行药物敏感性试验,分别给予不同浓度化疗药物5-氟尿嘧啶、奥沙利铂、伊立替康;采用3D细胞活力检测法测定药物处理前后的类器官活性。结果成功建立了5例患者样本来源的结直肠癌类器官;免疫组化结果显示CK20、Ki67和Villin蛋白的表达在肿瘤类器官与原发肿瘤中相似,且肿瘤类器官保留了与原发肿瘤相似的组织学特征;不同患者来源的肿瘤类器官表现出对不同化疗药物差异的敏感性。结论人结直肠癌类器官模型可以反应对不同化疗药物的不同敏感性,可为指导临床制订患者的个性化治疗提供参考。

关键词：结直肠癌类器官药物敏感性

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微RNA在大脑新皮层层次形成中的调控作用

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生物化学与生物物理进展 2024年第10期51卷 2392-2404页

作者：舒鹏程窦欣怡中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院重大疾病共性机制全国重点实验室生物化学与分子生物学系北京100005

种类多样的神经元有序排列和特异性的连接形成了大脑新皮层的6层组织,从而构成了神经系统高级功能的核心。了解大脑新皮层发育形成的机制将为理解哺乳动物乃至人类的生理与行为提供理论基础,也为神经系统疾病诊疗带来重大影响。本文以微... 详细信息

种类多样的神经元有序排列和特异性的连接形成了大脑新皮层的6层组织,从而构成了神经系统高级功能的核心。了解大脑新皮层发育形成的机制将为理解哺乳动物乃至人类的生理与行为提供理论基础,也为神经系统疾病诊疗带来重大影响。本文以微RNA(microRNAs,miRNAs)为对象,结合笔者实验室工作,总结近年来所发现的miRNAs在大脑皮层层次形成过程中的研究进展,特别是在神经干细胞时序性命运决定、投射神经元多样性的形成、神经元放射状迁移,以及分裂后神经元进一步命运特化等方面的进展,为大脑皮层的发育机制研究提供新的思路。

关键词：大脑新皮层投射神经元层次形成微RNA Dicer

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夜发性额叶癫痫三家系临床和遗传学特征

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中华神经科杂志 2009年第6期42卷 386-389页

作者：陈晏吴立文房岳王梦阳许琪沈岩中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院神经内科 100730 中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所生物化学与分子生物学系

目的分析夜发性额叶癫痫3个家系的临床、脑电图和遗传学特征。方法在3个夜发性额叶癫痫家系患者及部分亲属中收集临床、脑电图及神经影像学等资料，并采用测序方法筛查烟碱型乙酰胆碱受体（nAChR）讲、132和以亚单位编码基因（CHRNA4、C... 详细信息

目的分析夜发性额叶癫痫3个家系的临床、脑电图和遗传学特征。方法在3个夜发性额叶癫痫家系患者及部分亲属中收集临床、脑电图及神经影像学等资料，并采用测序方法筛查烟碱型乙酰胆碱受体（nAChR）讲、132和以亚单位编码基因（CHRNA4、CHRNB2和CHRNA2）。结果3个家系中有6例患者（其中男5例），平均年龄（20．5±11．5）岁，平均发病年龄（7．3±5．5）岁，临床表现为夜发性额叶发作，具体发作类型包括姿势性发作2例，躯体自动症发作4例，最多每夜发作6次。发作间期、发作期视频脑电图2例患者表现为正常或动作伪差，2例表现为前部导联慢波节律，3例出现前部导联棘波、棘慢波及尖波。神经系统及神经影像检查未见异常。抗癫痫药物治疗反应良好。CHRNA4、CHRNB2和CHRNA2部分序列（包含跨膜区1～3）筛查未见突变。结论夜发性额叶癫痫是一种遗传异质性癫痫综合征。

关键词：癫痫额叶系谱受体烟碱脑电描记术

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细菌有转录因子吗?——“转录因子”概念的形成和发展浅析

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中国生物化学与分子生物学报 2021年第6期37卷 691-696页

作者：杨克恭中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院生物化学与分子生物学系北京100005

围绕“细菌是否有转录因子(transcription factors,TFs)”这个问题,近20多年来在国内外学术界存在明显分歧。传统观点认为,细菌没有TFs,调节细菌基因转录起始的是转录激活蛋白和阻遏蛋白,TFs仅仅结合于真核基因启动子。这种观点的典型... 详细信息

围绕“细菌是否有转录因子(transcription factors,TFs)”这个问题,近20多年来在国内外学术界存在明显分歧。传统观点认为,细菌没有TFs,调节细菌基因转录起始的是转录激活蛋白和阻遏蛋白,TFs仅仅结合于真核基因启动子。这种观点的典型代表是某些国际学术权威主编的生物化学和分子生物学类主流原版教材。然而,新观点认为,细菌的结合DNA的转录激活蛋白和阻遏蛋白就是TFs,其含量和重要性不亚于真核。虽然新观点在国际学术期刊发表的学术论文中早已司空见惯,但迄今国内外许多学者仍然心存疑虑。“转录因子”这一概念像许多分子生物学术语一样,伴随学科发展不断更新,从狭义到广义。初期人们曾以为TFs仅仅是真核基因转录起始所必需的,细菌不需要TFs,当时将细菌排除在其适用范围以外可以理解。40年来丰富的科研成果已经证明,大量的转录激活蛋白和阻遏蛋白结合于启动子以外的顺式调控元件,其中既包括真核生物的增强子、沉默子和绝缘子,也有细菌的多种正、负调控元件,这些转录调节蛋白符合转录因子的所有基本特征,是名副其实的“转录因子”。所以,新观点具有科学性和合理性,应该为学术界广泛接受和采用。将来“转录因子”的概念是否会进一步扩大,纳入HAT等染色质修饰蛋白和ncRNAs,甚至拓展到转录的“延伸因子”和“终止因子”,我们对此应该秉持开放态度。

关键词：转录因子细菌学术之争

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分子生物学中心法则存在两个版本

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第4期40卷 520-525页

作者：杨克恭中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系北京100005

分子生物学中心法则阐述生物体内的遗传信息流动方向,是重要的分子生物学经典理论之一。中心法则存在两个版本。1957年克里克首次提出中心法则,1958年发表,1970年修改。克里克将遗传信息传递方式分为三组:(1)3种普通传递,在细胞中正常发... 详细信息

分子生物学中心法则阐述生物体内的遗传信息流动方向,是重要的分子生物学经典理论之一。中心法则存在两个版本。1957年克里克首次提出中心法则,1958年发表,1970年修改。克里克将遗传信息传递方式分为三组:(1)3种普通传递,在细胞中正常发生,包括DNA→DNA、DNA→RNA和RNA→蛋白质;(2)3种特殊传递,指某些病毒中的RNA→RNA和RNA→DNA,以及体外DNA→蛋白质;(3)3种未知传递,即尚未发现或可能不存在的信息传递,包括蛋白质→蛋白质、蛋白质→DNA和蛋白质→RNA。1965年沃森以蛋白质生物合成途径作为中心法则,将遗传信息传递过程分成两步——转录和翻译,通常简化为DNA→RNA→蛋白质,之后又补充了“RNA复制”和“逆转录”。沃森中心法则的局限性受到质疑。

关键词：分子生物学中心法则两个版本质疑

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基于微小RNA架构的新型随机短发夹RNA文库构建

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中国医学科学院学报 2017年第4期39卷 518-524页

作者：郭倩朱宁卜萌萌郭思超闫雪静陈倩陈梅红中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础医学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的构建高效发夹状随机短发夹RNA(shRNA)文库。方法构建由polⅡ启动子(CMV)驱动的增强绿色荧光蛋白(EGFP)下游连接shRNA的表达载体,转染细胞后收取蛋白,用Western blot和荧光素酶报告基因系统检测该载体表达的shRNA对靶基因表达的抑制... 详细信息

目的构建高效发夹状随机短发夹RNA(shRNA)文库。方法构建由polⅡ启动子(CMV)驱动的增强绿色荧光蛋白(EGFP)下游连接shRNA的表达载体,转染细胞后收取蛋白,用Western blot和荧光素酶报告基因系统检测该载体表达的shRNA对靶基因表达的抑制效率。在由CMV启动的EGFP下游连接shRNA的表达载体基础上,构建EGFP下游连接基于微小RNA(miRNA)架构的shRNA表达载体,转染细胞后收取RNA,用实时定量荧光PCR法检测该载体表达的shRNA对靶基因表达的抑制效果。基于EGFP下游连接基于miRNA架构的shRNA表达载体实时定量荧光PCR的检测结果,构建基于miRNA架构的大容量随机shRNA文库。结果由polⅡ启动子(CMV)驱动发夹状shRNA转录时,shRNA要位于一个大的转录本之后才能被有效转录。基于miRNA架构环境可提高shRNA的干扰效率。构建了一个容量为1.8×10~7的基于miRNA架构的大容量随机shRNA文库。结论构建了一个大容量的新型随机shRNA文库。

关键词：微小RNA 短发夹RNA 随机文库

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