检索结果-内蒙古大学图书馆

基础医学与临床 2020年第4期40卷 512-517页

作者：王迪李晴佟伟民牛亚梅中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院病理学系/中国医学科学院分子病理中心北京100005

目的鉴定胆管癌中异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变的潜在靶基因。方法下载TCGA胆管癌项目的DNA甲基化、转录组数据。将IDH突变型肿瘤与IDH野生型肿瘤进行比较,分别通过limma和DESeq2进行差异甲基化位点和差异表达分析。对差异表达基因的表... 详细信息

目的鉴定胆管癌中异柠檬酸脱氢酶(IDH)基因突变的潜在靶基因。方法下载TCGA胆管癌项目的DNA甲基化、转录组数据。将IDH突变型肿瘤与IDH野生型肿瘤进行比较,分别通过limma和DESeq2进行差异甲基化位点和差异表达分析。对差异表达基因的表达量进行标准化处理并与相应差异甲基化位点的甲基化水平进行Spearman相关性分析。筛选出高甲基化、低表达且两者呈负相关的基因进行富集分析以探究其功能。构建蛋白质互作网络并通过MCODE筛选出核心模块。结果分析得到11605个差异甲基化位点,其中10427个位点高甲基化;而735个差异表达基因中有651个基因下调,其中的143个基因与328个高甲基化位点形成330对强负相关组合。上述143个基因富集于表皮生长因子受体信号通路、细胞外渗及细胞分裂的调控,通过构建蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出核心模块的10个基因,分别参与了上皮细胞的分化发育、细胞蛋白质定位等生物学过程。结论本研究通过整合TCGA胆管癌DNA甲基化和转录组数据,得到了IDH突变所影响的潜在靶基因并确定其PPI网络核心模块,为阐明IDH突变在胆管癌发生发展中的作用提供了新的线索。

关键词：胆管癌异柠檬酸脱氢酶突变靶基因 DNA甲基化基因表达

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hnRNPA3通过影响mRNA出核调控hESCs多能性

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基础医学与临床 2021年第6期41卷 811-817页

作者：杨嘉宾陈仲扬周凡琦余佳马艳妮中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探究RNA结合蛋白异质核核糖核蛋白A3(hnRNPA3)在人胚胎干细胞(hESCs)多能性维持中的生物学功能,揭示其在RNA运输过程中的新机制。方法在hESC中通过核孔复合物免疫共沉淀及细胞核质分离检测hnRNPA3与核孔互作情况及定位;抑制hnRNPA3... 详细信息

目的探究RNA结合蛋白异质核核糖核蛋白A3(hnRNPA3)在人胚胎干细胞(hESCs)多能性维持中的生物学功能,揭示其在RNA运输过程中的新机制。方法在hESC中通过核孔复合物免疫共沉淀及细胞核质分离检测hnRNPA3与核孔互作情况及定位;抑制hnRNPA3内源表达后进行克隆形成及碱性磷酸酶染色实验,qPCR检测多能性/分化标志基因的表达变化,利用RNA荧光原位杂交技术检测对polyA^(+)RNA及OCT4 mRNA核质分布的影响;预测hnRNPA3与已知出核相关蛋白结合情况。结果hnRNPA3定位在细胞核且与核孔互作,抑制hnRNPA3的内源表达后显著抑制了hESCs的克隆形成能力(P<0.05)并导致细胞分化标志基因表达水平升高(P<0.001),同时显著抑制了polyA^(+)RNA及OCT4 mRNA的出核(P<0.001)。蛋白质互作网络预测出hnRNPA3与约1/3的已知出核相关蛋白结合。结论hnRNPA3通过影响mRNA出核调控hESCs多能性。

关键词：人胚胎干细胞异质核核糖核蛋白A3 多能性与自我更新 mRNA运输

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全转录组测序分析精子发生中RNA结合蛋白质的动态表达

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基础医学与临床 2021年第6期41卷 825-830页

作者：李凯邙新雨邹定峰李梦真缪时英王琳芳宋伟中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的系统解析RNA结合蛋白质(RBPs)在小鼠精子发生中的动态表达全貌、阶段特异性及协同表达模式,并预测其潜在调控作用。方法整合6种类型生精细胞的全转录组测序数据,分析精子发生全程差异表达的RBPs;利用时间序列分析软件(STEM)分析差... 详细信息

目的系统解析RNA结合蛋白质(RBPs)在小鼠精子发生中的动态表达全貌、阶段特异性及协同表达模式,并预测其潜在调控作用。方法整合6种类型生精细胞的全转录组测序数据,分析精子发生全程差异表达的RBPs;利用时间序列分析软件(STEM)分析差异表达RBPs动态表达模式;利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定精子发生中协同表达的RBPs;通过ClusterProfiler工具分别对差异表达以及协同表达的RBPs进行GO功能富集分析。结果精子发生中共鉴定519个阶段特异表达的RBPs,并具有7种动态表达模式,其中减数分裂时期的RBPs占比最高;GO分析显示RBPs主要参与mRNA选择性剪接、加工或翻译过程;WGCNA分析获得246个共表达RBPs,其中减数分裂时期共表达RBPs占比最高。结论RBPs在精子发生中呈现阶段特异性,并且以协同表达模式发挥调控作用。其在精子发生早期阶段参与RNA加工或剪接等过程,而在后期阶段参与核糖体组装或RNA翻译等过程。

关键词： RNA结合蛋白质转录组共表达精子发生

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PARP14在3种抑郁症模型小鼠海马区的表达升高及其与神经炎性反应的关系

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基础医学与临床 2021年第5期41卷 641-647页

作者：李辰修建波许琪中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探究ADP核糖聚合酶14(PARP14)与抑郁症是否相关及其是否影响小胶质细胞的炎性反应。方法构建抑郁症小鼠模型,通过实时定量PCR和Western blot对比了慢性束缚(CRS)模型、慢性不可预知压力(CUMS)模型和脂多糖(LPS)模型,3种抑郁症模型... 详细信息

目的探究ADP核糖聚合酶14(PARP14)与抑郁症是否相关及其是否影响小胶质细胞的炎性反应。方法构建抑郁症小鼠模型,通过实时定量PCR和Western blot对比了慢性束缚(CRS)模型、慢性不可预知压力(CUMS)模型和脂多糖(LPS)模型,3种抑郁症模型小鼠抑郁症相关脑区中相比于对照组PARP14的蛋白及mRNA表达水平变化。而后在永生化小胶质细胞系BV2中检测其敲低及过表达Parp14后对炎性反应的影响。结果在3种抑郁症模型小鼠海马区均观察到了PARP 4表达水平相较于对照组的升高(P<0.05),且在CRS模型组中观察到PARP14表达水平与组织中炎性反应因子的表达水平相关(P<0.05)。LPS刺激小鼠永生化小胶质细胞系BV2后PARP14表达水平也随之升高(P<0.05);同时过表达PARP14后的BV2细胞响应LPS刺激表达更多促炎性细胞因子(P<0.01),而敲低Parp14或使用PARP14抑制剂处理后表现与其相反(P<0.05)。结论抑郁模型小鼠海马区PARP14表达水平升高,这可能加剧小胶质细胞响应LPS的炎性反应,从而促使神经炎性反应水平升高。

关键词：重度抑郁症 ADP核糖聚合酶14(PARP14) 神经炎性反应小胶质细胞

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精神分裂症“二次打击”小鼠模型的建立与评价

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基础医学与临床 2021年第6期41卷 779-785页

作者：尤鹏升韦晖许琪中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探究精神分裂症的风险因素孕期感染和产后炎性反应对疾病表型是否具有累加效应。方法给GD 9.5孕鼠腹腔注射聚肌胞苷酸建立母体免疫激活模型,其子代于青春期或成年早期再次注射polyⅠ:C,建立“二次打击”小鼠模型:1)通过ELISA和RT-q... 详细信息

目的探究精神分裂症的风险因素孕期感染和产后炎性反应对疾病表型是否具有累加效应。方法给GD 9.5孕鼠腹腔注射聚肌胞苷酸建立母体免疫激活模型,其子代于青春期或成年早期再次注射polyⅠ:C,建立“二次打击”小鼠模型:1)通过ELISA和RT-qPCR检测模型小鼠外周血和大脑中的炎性因子表达;2)通过前脉冲抑制和MK-801诱导的自发活动等行为学实验,检测小鼠的精神分裂症表型。结果1)MIA小鼠成年后表现出明显的行为学改变,如感觉运动门控障碍、MK-801的高敏感性等,且雌性小鼠受累程度较雄性小鼠更重;2)“二次打击”之后,MIA小鼠的感觉运动门控障碍减轻,精神分裂症相关表型部分缓解。结论青春期或成年早期的炎性反应与孕期感染间不存在协同的病理效应。

关键词：精神分裂症母体免疫激活二次打击 polyⅠ:C

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Met-tRNAi^(Met)载体蛋白在急性髓系白血病(AML)中的表达及功能

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基础医学与临床 2021年第4期41卷 501-507页

作者：苏鹏忠何家驩于姗王小爽余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的探讨Met-tRNAi^(Met)载体蛋白eIF2A、eIF2D和MCTS1在正常造血干细胞(HSCs)和急性髓系白血病(AML)细胞中的表达,并研究上述蛋白对AML细胞增殖的影响。方法利用公共测序数据集分析Met-tRNAi^(Met)载体蛋白在小鼠HSCs分化不同阶段中的... 详细信息

目的探讨Met-tRNAi^(Met)载体蛋白eIF2A、eIF2D和MCTS1在正常造血干细胞(HSCs)和急性髓系白血病(AML)细胞中的表达,并研究上述蛋白对AML细胞增殖的影响。方法利用公共测序数据集分析Met-tRNAi^(Met)载体蛋白在小鼠HSCs分化不同阶段中的表达;利用单细胞转录组测序数据集分析Met-tRNAi^(Met)载体蛋白在人HSCs分化不同阶段中的表达;利用公共测序数据集分析Met-tRNAi^(Met)载体蛋白在健康人和AML患者骨髓细胞中的表达。在人急性髓细胞样白血病细胞系MOLM13中利用慢病毒传导分别抑制eIF2A或eIF2D的内源表达,检测细胞的增殖和周期变化。利用salubrinal(10μmol/L)处理和血清饥饿的方式处理白血病细胞系使其进入应激状态,检测eIF2A和eIF2D的表达改变。结果eIF2A和eIF2D在造血干祖细胞中的表达显著高于成熟血液细胞,并且eIF2A和eIF2D在AML患者中表达高于健康人。与之相反,MCTS1在正常造血分化过程和AML细胞中均未见表达差异。抑制内源eIF2A或eIF2D的表达后,MOLM13细胞的增殖能力受到显著抑制(P<0.001),且细胞周期阻滞在G_(2)/M期(P<0.001)。当MOLM13受到salubrinal或血清饥饿处理后,eIF2A和eIF2D的表达显著增加。结论eIF2A和eIF2D通过促进细胞周期的正常进行调控白血病细胞的增殖。

关键词： eIF2A eIF2D 造血干细胞急性髓系白血病

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IDH1调控干扰素通路相关基因IFIT3的表达

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基础医学与临床 2021年第7期41卷 988-994页

作者：唐婉军彭小忠韩为中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学系医学分子生物学国家重点实验室医学灵长类研究中心神经科学中心北京100005 中国医学科学院医学生物学研究所云南昆明650118

目的探究在人胶质瘤细胞系LN229中异柠檬酸脱氢酶1基因(IDH1)对RNA结合蛋白(RBPs)表达的影响。方法首先通过慢病毒感染构建IDH1稳定敲低和对照组LN229细胞株,分别对两组细胞株进行转录组测序(RNA-seq),利用limma包分析差异表达基因(DEGs... 详细信息

目的探究在人胶质瘤细胞系LN229中异柠檬酸脱氢酶1基因(IDH1)对RNA结合蛋白(RBPs)表达的影响。方法首先通过慢病毒感染构建IDH1稳定敲低和对照组LN229细胞株,分别对两组细胞株进行转录组测序(RNA-seq),利用limma包分析差异表达基因(DEGs)及其富集通路;然后通过string比对RBP数据库筛选出差异表达的RBPs,构建蛋白相互作用网络并挑选出候选RBPs;最后在IDH1敲低、过表达和R132H突变的细胞系中进行表达量验证。结果在IDH1敲低的LN229细胞株中,利用RNA-seq共筛选到259个DEGs,其中146个表达上调,113个表达下调;这些DEGs中包括14个编码RBP的基因,其中9个RBPs均为干扰素通路相关基因,并且具有密切的相互作用;与对照组相比,IDH1敲低时这9个RBPs表达水平均显著上调(P<0.001),IDH1过表达时仅IFIT3表达显著下降(P<0.01),而IDH1突变时IFIT3的表达水平的改变无统计学意义。结论在人胶质瘤细胞系LN229中,IDH1可调控干扰素通路相关基因IFIT3的表达。

关键词：胶质瘤 IDH1 干扰素通路 IFIT3

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胃肠道间质瘤细胞系建立及其对C-KIT下游抑制剂敏感性研究

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中华肿瘤防治杂志 2019年第11期26卷 764-770,777页

作者：周芳颖冯海凉卞晓翠康维明于健春宗静张丹刘玉琴中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所病理学系北京100005 中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所细胞资源中心北京100005 北京协和医院普外科北京100730

目的随着胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumors, GIST)诊出率不断升高,靶向抑制剂相关研究亟待开展,但国内可利用的GIST模型十分有限。本研究旨在建立人GIST细胞模型,探讨靶向抑制剂作用。方法利用手术切除的人GIST腹膜转移灶... 详细信息

目的随着胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumors, GIST)诊出率不断升高,靶向抑制剂相关研究亟待开展,但国内可利用的GIST模型十分有限。本研究旨在建立人GIST细胞模型,探讨靶向抑制剂作用。方法利用手术切除的人GIST腹膜转移灶组织1例进行体外原代培养,连续传代培养>20代进行鉴定,绘制增殖周期生长曲线。免疫细胞化学检测CD117和DOG-1表达,进行染色体核型分析,PCR法检测C-KIT基因与PDGFRA基因突变,CCK8法观察C-KIT 2种通路抑制剂效果,皮下接种BABL/c-nu裸鼠检测致瘤性,PCR法进行种属鉴定及支原体检测,短串联重复序列(short tandem repeats, STR)检测鉴定细胞身份。结果可在体外连续传代的人胃肠道间质瘤细胞命名为PUMC-GIST-1,连续传代后细胞可见分枝,呈神经细胞样生长,传代后于第5天到达平台期;CD117和DOG-1表达均阳性;不同代数细胞染色体核型有变化,在38~48条;细胞C-KIT基因11号外显子5'端突变热点区有突变V559D,PDGFRA基因12号外显子CCG-CCA突变。单独用药结果显示,不同浓度GDC-0941处理48 h后,PUMC-GIST-1 (F=8.96,P<0.001)和GIST-430细胞(F=3.19,P=0.03)增殖能力均下降,差异有统计学意义;不同浓度AZD-6244处理48h后,PUMC-GIST-1细胞增殖能力整体呈现上升趋势,差异有统计学意义,F=9.78,P<0.001;GIST-430细胞增殖能力整体呈现下降趋势,差异有统计学意义,F=6.61,P<0.001。联合用药结果显示,PUMC-GIST-1增殖能力减弱,阴性对照组和5μmol/L AZD+5μmol/L GDC组吸光度(A)值分别为0.41±0.01和0.37±0.03,差异有统计学意义,F=3.30,P=0.007;GIST-430增殖能力减弱,阴性对照组和5μmol/L AZD+5μmol/L GDC组吸光度(A)值分别为2.12±0.11和0.13±0.01,差异有统计学意义,F=158.61,P<0. 001。PUMC-GIST-1较GIST-430对联合用药低敏感。当AZD与GDC浓度分别为5μmol/L时二者具有协同抑制作用,金正均Q值检验PUMC-GIST-1与GIST-430的q值分别为3.08与3.91,均>1.15。裸鼠体内接种不成瘤;PUMC-GIST-1种属鉴定为人源性,STR结果与原代一致,无支原体污染。结论建立了C-KIT突变的PUMC-GIST-1细胞系,该细胞系对C-KIT靶向药低敏感,为胃肠肿瘤研究提供了新型细胞系。

关键词：胃肠道间质瘤 C-KIT 药物低敏感细胞系 PDGFRA

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人内源性逆转录病毒K及其在乳腺癌诊断、治疗和预后中的研究进展

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肿瘤预防与治疗 2023年第10期36卷 908-914页

作者：朱玲玲李婷媛赵宇倩余小平陈汶成都医学院公共卫生学院成都610500 四川省肿瘤临床医学研究中心四川省肿瘤医院·研究所四川省癌症防治中心电子科技大学附属肿瘤医院科研处成都610041 四川省肿瘤临床医学研究中心四川省肿瘤医院·研究所四川省癌症防治中心电子科技大学附属肿瘤医院实验研究部成都610041 成都大学基础医学院成都610106 国家癌症中心/国家肿瘤临床医学研究中心/中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院流行病学室北京100021

乳腺癌是威胁女性健康的常见恶性肿瘤,目前尚缺乏高效敏感的早期生物标志物。人内源性逆转录病毒(human endogenous retrovirus,HERV)作为一个古老的病毒从人类祖先时期就整合进入人类基因组,过去一直被认为是无用的序列。近年来研究表... 详细信息

乳腺癌是威胁女性健康的常见恶性肿瘤,目前尚缺乏高效敏感的早期生物标志物。人内源性逆转录病毒(human endogenous retrovirus,HERV)作为一个古老的病毒从人类祖先时期就整合进入人类基因组,过去一直被认为是无用的序列。近年来研究表明HERV参与人类的进化,与疾病发生有关,与肿瘤存在一定联系。本文以HERV家族中的HERV-K为重点,详细阐述HERV-K与疾病的关联,以及在乳腺癌中的功能作用,探讨HERV-K作为乳腺癌早期筛查分子标志物的可能性。

关键词：人内源性逆转录病毒乳腺癌标志物

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一例X-连锁无丙种球蛋白血症患者BTK基因新变异体的鉴定

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基础医学与临床 2021年第4期41卷 467-471页

作者：张晗孙阳王蓉蓉张文张学中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院麦库西克-张孝骞协和遗传医学中心医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院风湿免疫科国家皮肤与免疫临床医学中心卫生部重点实验室北京100730

目的对一例X-连锁无丙种球蛋白血症(XLA)患者进行致病基因变异鉴定。方法收集患者及家庭成员临床资料并采集外周血,从患者外周血中提取基因组DNA并进行全外显子组测序,筛查可疑致病变异,并对其父母基因组DNA进行Sanger测序验证及基因型... 详细信息

目的对一例X-连锁无丙种球蛋白血症(XLA)患者进行致病基因变异鉴定。方法收集患者及家庭成员临床资料并采集外周血,从患者外周血中提取基因组DNA并进行全外显子组测序,筛查可疑致病变异,并对其父母基因组DNA进行Sanger测序验证及基因型-表型共分离分析,从患者外周血中提取RNA,反转录为cDNA后进行Sanger测序,同时进行实时定量PCR实验检测该基因表达水平,进而对该变异的致病性和致病机制进行分析。结果患者携带BTK基因c.240+3A>C新变异,该变异遗传自母亲,在家系中呈基因型-表型共分离,该变异体在dbSNP153、ExAC、gnomAD和HGMD等公共数据库未见报道。该变异属于剪接变异,cDNA测序显示该变异造成BTK基因3号内含子5′端106 bp碱基插入到第3号和第4号外显子之间,引起阅读框改变,最终导致终止密码子提前出现。患者BTK基因mRNA表达水平明显降低。结论BTK基因c.240+3A>C处剪接变异可能导致该患者患X-连锁无丙种球蛋白血症。

关键词： X-连锁无丙种球蛋白血症全外显子组测序技术 BTK基因致病变异

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